宫颈癌瘤内微生物群的特征

IF 3 4区 医学 Q2 INFECTIOUS DISEASES Brazilian Journal of Infectious Diseases Pub Date : 2024-11-01 DOI:10.1016/j.bjid.2024.104410
Esther Jaccoud Ribeiro, Shayany Pinto Felix, Miguel A.M. Moreira, Ayslan C. Brant, Marcelo Alves Soares, Livia Ramos Goes, Juliana Domett Siqueira
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Conhecer a composição taxonômica presente no tecido tumoral do câncer cervical constitui um passo inicial para entender o papel de cada organismo e sua interação no desenvolvimento e prognóstico desta neoplasia. Esses dados podem trazer alternativas para o desenvolvimento de medidas de prevenção, rastreamento e tratamento para este câncer. Com isso, o objetivo deste estudo é caracterizar a microbiota presente no tecido tumoral do câncer cervical através do sequenciamento shotgun. O DNA isolado a partir do tecido de câncer cervical de 26 pacientes atendidas no Instituto Nacional de Câncer foi submetido ao sequenciamento em larga escala na plataforma Illumina HiSeq2500. As sequências geradas foram filtradas quanto à qualidade e atribuídas a um táxon através da identificação de sequências específicas de cada táxon e de similaridade com sequências depositadas em bancos de dados com os programas MetaPhlAn4.1 e Kraken2. A composição do microbioma foi avaliada quanto à diversidade taxonômica. Análises estatísticas serão realizadas comparando essa diversidade entre as amostras com diferentes tipos histológicos, estadiamento tumoral e genótipos do HPV. Na análise taxonômica foram identificadas 64 espécies e 41 gêneros de bactérias. Os gêneros mais prevalentes foram Porphyromonas e Prevotella. A maioria das amostras com mais de um tipo do HPV apresentou uma maior diversidade de gêneros de bactérias quando comparada às positivas para um só tipo do HPV. A caracterização da microbiota intratumoral do câncer cervical revelou uma diversidade significativa de microrganismos, que podem estar associados com o desenvolvimento e com a progressão da doença.Estes achados destacam a necessidade de avaliar o microbioma e seu papel no microambiente tumoral para desenvolver estratégias terapêuticas e de rastreio mais eficazes. <strong>Palavras-chave:</strong> Papilomavírus Humano, Microbiota, Análise Metagenômica. <strong>Conflitos de interesse:</strong> Não houve conflitos de interesse. <strong>Ética e financiamentos:</strong> Não houve conflitos de interesse.</div></div>","PeriodicalId":56327,"journal":{"name":"Brazilian Journal of Infectious Diseases","volume":"28 ","pages":"Article 104410"},"PeriodicalIF":3.0000,"publicationDate":"2024-11-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":"{\"title\":\"CARACTERIZAÇÃO DA MICROBIOTA INTRATUMORAL DO CÂNCER CERVICAL\",\"authors\":\"Esther Jaccoud Ribeiro,&nbsp;Shayany Pinto Felix,&nbsp;Miguel A.M. 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摘要

人类乳头瘤病毒(HPV)感染是宫颈癌的主要风险因素。最近,宫颈区域细菌群落的组成被认为是 HPV 感染和宫颈癌发生过程的一个危险因素。乳酸杆菌比例的下降和细菌多样性的增加被认为是菌群失调,与 HPV 的持续存在有关。在肿瘤中,细菌特征与肿瘤内免疫反应和不同类型癌症对癌症治疗的反应有关。了解宫颈癌肿瘤组织中的分类组成是了解每种生物的作用及其在这种肿瘤的发展和预后中的相互作用的第一步。这些数据可为制定宫颈癌的预防、筛查和治疗措施提供替代方案。本研究的目的是利用霰弹枪测序法确定宫颈癌肿瘤组织中微生物群的特征。从美国国立癌症研究所治疗的 26 名患者的宫颈癌组织中分离出的 DNA 在 Illumina HiSeq2500 平台上进行了大规模测序。通过使用 MetaPhlAn4.1 和 Kraken2 程序识别每个分类群的特定序列以及与数据库中序列的相似性,对生成的序列进行质量过滤并分配到一个分类群。对微生物组的组成进行了分类多样性评估。将进行统计分析,比较不同组织学类型、肿瘤分期和 HPV 基因型样本之间的多样性。分类分析确定了 64 种细菌和 41 个属。最常见的菌属是卟啉单胞菌属(Porphyromonas)和普雷沃特氏菌属(Prevotella)。与只对一种 HPV 类型呈阳性的样本相比,大多数有一种以上 HPV 类型的样本显示出更大的细菌属多样性。宫颈癌瘤内微生物群的特征显示了微生物的显著多样性,这可能与疾病的发生和发展有关。 这些发现强调了评估微生物群及其在肿瘤微环境中的作用的必要性,以便开发更有效的治疗和筛查策略。关键词:人类乳头瘤病毒、微生物群、元基因组分析。利益冲突:无利益冲突。伦理与资金:无利益冲突。
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CARACTERIZAÇÃO DA MICROBIOTA INTRATUMORAL DO CÂNCER CERVICAL
A infecção pelo papilomavírus humano (HPV) é o principal fator de risco para o câncer cervical. Recentemente, a composição da comunidade de bactérias presentes na região cervical tem sido considerada um fator de risco para infecção pelo HPV e para o processo de carcinogênese cervical. A queda na proporção dos lactobacilos e o aumento da diversidade bacteriana, é considerada uma disbiose e está associada com a persistência do HPV. No tumor, o perfil de bactérias tem sido associado com a resposta imunológica intratumoral e com a resposta à terapia oncológica em diferentes tipos de câncer. Conhecer a composição taxonômica presente no tecido tumoral do câncer cervical constitui um passo inicial para entender o papel de cada organismo e sua interação no desenvolvimento e prognóstico desta neoplasia. Esses dados podem trazer alternativas para o desenvolvimento de medidas de prevenção, rastreamento e tratamento para este câncer. Com isso, o objetivo deste estudo é caracterizar a microbiota presente no tecido tumoral do câncer cervical através do sequenciamento shotgun. O DNA isolado a partir do tecido de câncer cervical de 26 pacientes atendidas no Instituto Nacional de Câncer foi submetido ao sequenciamento em larga escala na plataforma Illumina HiSeq2500. As sequências geradas foram filtradas quanto à qualidade e atribuídas a um táxon através da identificação de sequências específicas de cada táxon e de similaridade com sequências depositadas em bancos de dados com os programas MetaPhlAn4.1 e Kraken2. A composição do microbioma foi avaliada quanto à diversidade taxonômica. Análises estatísticas serão realizadas comparando essa diversidade entre as amostras com diferentes tipos histológicos, estadiamento tumoral e genótipos do HPV. Na análise taxonômica foram identificadas 64 espécies e 41 gêneros de bactérias. Os gêneros mais prevalentes foram Porphyromonas e Prevotella. A maioria das amostras com mais de um tipo do HPV apresentou uma maior diversidade de gêneros de bactérias quando comparada às positivas para um só tipo do HPV. A caracterização da microbiota intratumoral do câncer cervical revelou uma diversidade significativa de microrganismos, que podem estar associados com o desenvolvimento e com a progressão da doença.Estes achados destacam a necessidade de avaliar o microbioma e seu papel no microambiente tumoral para desenvolver estratégias terapêuticas e de rastreio mais eficazes. Palavras-chave: Papilomavírus Humano, Microbiota, Análise Metagenômica. Conflitos de interesse: Não houve conflitos de interesse. Ética e financiamentos: Não houve conflitos de interesse.
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期刊介绍: The Brazilian Journal of Infectious Diseases is the official publication of the Brazilian Society of Infectious Diseases (SBI). It aims to publish relevant articles in the broadest sense on all aspects of microbiology, infectious diseases and immune response to infectious agents. The BJID is a bimonthly publication and one of the most influential journals in its field in Brazil and Latin America with a high impact factor, since its inception it has garnered a growing share of the publishing market.
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