9种松树微卫星标记的可转移性

Pub Date : 2021-12-31 DOI:10.21829/myb.2021.2732103
Isaac Sandoval-Padilla, A. Contreras-Toledo, L. F. Guzmán, Blanca Amalia Amaro González, M. Cortés-Cruz
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El objetivo del presente trabajo fue evaluar la transferibilidad de marcadores SSR desarrollados para P. taeda en diferentes especies de pinos. Se extrajo ADN genómico de P. ayacahuite, P. cembroides, P. devoniana, P. hartwegii, P. lumholtzii, P. luzmariae, P. patula, P. jeffreyi y P. pseudostrobus. basado en el método de CTAB (bromuro de hexadeciltrimetilamonio) a partir de tejido liofilizado Los marcadores fueron seleccionados por grupos de ligamiento (GL), por su motivo de repetición y por su posición dentro de cada GL. Finalmente, los fragmentos amplificados por PCR fueron cuantificados. Treinta y siete marcadores (95%) amplificaron en al menos una de las nueve especies evaluadas. De ellos, 27 (69%) presentaron amplificación en más de 50% de las especies. Estos marcadores presentan cobertura en los 12 GL. Se observó amplificación de más de 75% en P. jeffreyi, P. pseudostrobus y P. devoniana. 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摘要

在墨西哥,有94种针叶树,其中松属49种。墨西哥松树种群的遗传多样性研究很少,特别是那些包括基于简单重复序列(SSR)的分子标记的研究,这些标记被认为是物种特异性的,如微卫星。在没有对物种基因组进行测序和设计允许SSR区域扩增的引物的情况下,鉴定它们的初始成本很高。然而,另一种选择是评估相关物种的SSRs。本研究的目的是评价为针叶松开发的SSR标记在不同松树种中的可转移性。从ayacahuite、P. cembroides、P. devoniana、P. hartwegii、P. lumholtzii、P. luzmariae、P. patula、P. jeffreyi和P. pseudostrobus中提取基因组dna。在此基础上,采用PCR方法对冻干组织中16 -三甲基溴化铵(CTAB)标记物进行筛选,并根据其重复频率和在每个标记物中的位置选择标记物。在9个物种中,至少有一个物种的37个标记(95%)被扩增。其中27例(69%)在50%以上的物种中进行了扩增。这些标记的覆盖率为12 GL,杰弗里氏P. jeffreyi、P. pseudostrobus和P. devoniana的扩增率超过75%。这些标记的可转移性为研究松树物种的遗传多样性提供了一种替代方法。
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Transferibilidad de marcadores de microsatélites en nueve especies de pinos
En México se encuentran presentes 94 especies de coníferas, de las cuales el género Pinus L. destaca con 49. No obstante, los estudios de diversidad genética de poblaciones mexicanas de pinos son escasos, particularmente aquellos que incluyen marcadores moleculares, basados en secuencias simples repetidas (SSR), considerados especie-específicos, como los microsatélites. El costo inicial para su identificación es elevado cuando no se ha secuenciado el genoma de las especies, así como el diseño de cebadores que permitan la amplificación de las regiones SSR. Sin embargo, una alternativa es la evaluación de los SSRs en especies relacionadas. El objetivo del presente trabajo fue evaluar la transferibilidad de marcadores SSR desarrollados para P. taeda en diferentes especies de pinos. Se extrajo ADN genómico de P. ayacahuite, P. cembroides, P. devoniana, P. hartwegii, P. lumholtzii, P. luzmariae, P. patula, P. jeffreyi y P. pseudostrobus. basado en el método de CTAB (bromuro de hexadeciltrimetilamonio) a partir de tejido liofilizado Los marcadores fueron seleccionados por grupos de ligamiento (GL), por su motivo de repetición y por su posición dentro de cada GL. Finalmente, los fragmentos amplificados por PCR fueron cuantificados. Treinta y siete marcadores (95%) amplificaron en al menos una de las nueve especies evaluadas. De ellos, 27 (69%) presentaron amplificación en más de 50% de las especies. Estos marcadores presentan cobertura en los 12 GL. Se observó amplificación de más de 75% en P. jeffreyi, P. pseudostrobus y P. devoniana. La transferibilidad de estos marcadores representa una alternativa para realizar estudios de diversidad genética en especies de pinos.
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