癌症潜在药物靶点关键基因的鉴定

IF 5.2 1区 计算机科学 Q1 COMPUTER SCIENCE, INFORMATION SYSTEMS Tsinghua Science and Technology Pub Date : 2023-01-01 DOI:10.26599/TST.2022.9010035
Md. Tofazzal Hossain;Md. Selim Reza;Yin Peng;Shengzhong Feng;Yanjie Wei
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摘要

癌症是最常见的癌症之一,在世界癌症死亡率中排名第三。这项研究的目的是确定潜在的中枢基因,强调它们的功能、信号通路和治疗GC患者的候选药物。我们使用公开的下一代测序(NGS)数据来鉴定差异表达(DE)基因。将顶部DE基因映射到STRING数据库以构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并选择顶部枢纽基因进行进一步分析。我们在GC中总共发现了1555个DE基因,其中870个上调,685个下调。我们选择了前400个(200个上调和200个下调)基因来构建PPI网络,并提取了前15个枢纽基因。基因本体论(GO)术语和京都基因与基因组百科全书(KEGG)对15个中枢基因的通路富集分析揭示了一些与GC患者显著相关的重要功能和信号通路。中枢基因的存活分析揭示了三个中枢基因CDH2、COL4A1和COL5A2的较低表达与GC患者的较好存活率相关。这三个基因可能是GC诊断和治疗的候选生物标志物。然后,我们考虑了3种关键蛋白(基因组生物标志物)(COL4A1、CDH2和CO5A2)作为药物靶蛋白(受体),并对其与102种元药物制剂进行了对接分析,发现依维莫司、多西他赛、兰瑞肽、Venetoclax、特姆西莫司和尼洛替尼是我们提出的治疗GC患者的靶蛋白中排名前6的候选药物。因此,所提出的药物可能对GC患者的治疗起到至关重要的作用。
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。
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