生物信息序列研究氨基酸和三维含酶蛋白结构的sp。

N. Meray, S. Suharti, A. Akhmaloka
{"title":"生物信息序列研究氨基酸和三维含酶蛋白结构的sp。","authors":"N. Meray, S. Suharti, A. Akhmaloka","doi":"10.20473/jkr.v6i2.31097","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Pada penelitian sebelumnya fragmen gen 1,9 kb telah berhasil diisolasi dari Kawah Domas, Jawa Barat melalui pendekatan metagenom. Fragmen tersebut diketahui mengandung daerah Open Reading Frame (ORF) utuh dari gen pengkode aldolase kelas II dari uncultured Acidilobus sp. yang kemudian disebut sebagai aldII. Fragmen gen aldII tersebut berhasil diekspresikan menjadi protein termostabil aldolase kelas II yang kemudian disebut sebagai AldII. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan studi bioinformasi terhadap protein AldII tersebut. Protein AldII kemudian diketahui memiliki massa molekul ~21,2 kDa dengan rumus molekul C940H1539N261O281S8. Total residu bermuatan negatif (Asp + Glu) sebanyak 22 residu, sedangkan total residu bermuatan positif (Arg + Lys) adalah 18 residu. Nilai pI teoritis AldII sebesar 5,86. Hasil perhitungan indeks kestabilan protein ini adalah 36,61 dan diklasifikasikan sebagai protein yang stabil. Lewat penjajaran dengan homologi terdekat, ditemukan daerah lestari yang dapat menunjukan residu yang mungkin berperan dalam pengikatan logam dan sisi aktif. Prediksi struktur 3D dilakukan secara ab initio, menunjukan adanya 6 struktur β-sheet dan 6 struktur α-heliks. Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa protein AldII dari uncultured Acidilobus sp. diduga memiliki aktivitas enzimatik.","PeriodicalId":33366,"journal":{"name":"Jurnal Riset Kimia","volume":null,"pages":null},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2021-12-15","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":"{\"title\":\"STUDI BIOINFORMASI URUTAN ASAM AMINO DAN STRUKTUR 3D PROTEIN ALDOLASE KELAS II (AldII) DARI Uncultured Acidilobus sp.\",\"authors\":\"N. Meray, S. Suharti, A. Akhmaloka\",\"doi\":\"10.20473/jkr.v6i2.31097\",\"DOIUrl\":null,\"url\":null,\"abstract\":\"Pada penelitian sebelumnya fragmen gen 1,9 kb telah berhasil diisolasi dari Kawah Domas, Jawa Barat melalui pendekatan metagenom. Fragmen tersebut diketahui mengandung daerah Open Reading Frame (ORF) utuh dari gen pengkode aldolase kelas II dari uncultured Acidilobus sp. yang kemudian disebut sebagai aldII. Fragmen gen aldII tersebut berhasil diekspresikan menjadi protein termostabil aldolase kelas II yang kemudian disebut sebagai AldII. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan studi bioinformasi terhadap protein AldII tersebut. Protein AldII kemudian diketahui memiliki massa molekul ~21,2 kDa dengan rumus molekul C940H1539N261O281S8. Total residu bermuatan negatif (Asp + Glu) sebanyak 22 residu, sedangkan total residu bermuatan positif (Arg + Lys) adalah 18 residu. Nilai pI teoritis AldII sebesar 5,86. Hasil perhitungan indeks kestabilan protein ini adalah 36,61 dan diklasifikasikan sebagai protein yang stabil. Lewat penjajaran dengan homologi terdekat, ditemukan daerah lestari yang dapat menunjukan residu yang mungkin berperan dalam pengikatan logam dan sisi aktif. Prediksi struktur 3D dilakukan secara ab initio, menunjukan adanya 6 struktur β-sheet dan 6 struktur α-heliks. Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa protein AldII dari uncultured Acidilobus sp. diduga memiliki aktivitas enzimatik.\",\"PeriodicalId\":33366,\"journal\":{\"name\":\"Jurnal Riset Kimia\",\"volume\":null,\"pages\":null},\"PeriodicalIF\":0.0000,\"publicationDate\":\"2021-12-15\",\"publicationTypes\":\"Journal Article\",\"fieldsOfStudy\":null,\"isOpenAccess\":false,\"openAccessPdf\":\"\",\"citationCount\":\"0\",\"resultStr\":null,\"platform\":\"Semanticscholar\",\"paperid\":null,\"PeriodicalName\":\"Jurnal Riset Kimia\",\"FirstCategoryId\":\"1085\",\"ListUrlMain\":\"https://doi.org/10.20473/jkr.v6i2.31097\",\"RegionNum\":0,\"RegionCategory\":null,\"ArticlePicture\":[],\"TitleCN\":null,\"AbstractTextCN\":null,\"PMCID\":null,\"EPubDate\":\"\",\"PubModel\":\"\",\"JCR\":\"\",\"JCRName\":\"\",\"Score\":null,\"Total\":0}","platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Jurnal Riset Kimia","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.20473/jkr.v6i2.31097","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}
引用次数: 0

摘要

在之前的研究中,1.9 kb的基因片段通过形而上的方法成功地从西爪哇岛的Domas火山口分离出来。这片碎片已知含有一种未培养的sp。aldII基因的碎片被成功地分解成一种温态的二维酶蛋白质,后来被称为aldII。本研究旨在对其中一种蛋白质进行生物信息研究。AldII蛋白后来被发现有分子质量为~ 21.2 kDa,其分子公式为C940H1539N261O281S8。负电荷残渣(Asp + Glu)共22个残渣,而正电荷残渣(Arg + Lys)共18个残渣。AldII的理论pI值为5.86。蛋白质稳定性指数计算结果为36.61,列为稳定蛋白。通过与附近的同源对齐,发现了一个可持续的区域,它可以显示出金属键和活动面中可能存在的残留物。预测进行ab initio 3D结构,暗示6β结构-sheet结构和6α-heliks。因此,我们可以得出结论,sp中非菌性叶子基蛋白被认为具有酶活性。
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。
查看原文
分享 分享
微信好友 朋友圈 QQ好友 复制链接
本刊更多论文
STUDI BIOINFORMASI URUTAN ASAM AMINO DAN STRUKTUR 3D PROTEIN ALDOLASE KELAS II (AldII) DARI Uncultured Acidilobus sp.
Pada penelitian sebelumnya fragmen gen 1,9 kb telah berhasil diisolasi dari Kawah Domas, Jawa Barat melalui pendekatan metagenom. Fragmen tersebut diketahui mengandung daerah Open Reading Frame (ORF) utuh dari gen pengkode aldolase kelas II dari uncultured Acidilobus sp. yang kemudian disebut sebagai aldII. Fragmen gen aldII tersebut berhasil diekspresikan menjadi protein termostabil aldolase kelas II yang kemudian disebut sebagai AldII. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan studi bioinformasi terhadap protein AldII tersebut. Protein AldII kemudian diketahui memiliki massa molekul ~21,2 kDa dengan rumus molekul C940H1539N261O281S8. Total residu bermuatan negatif (Asp + Glu) sebanyak 22 residu, sedangkan total residu bermuatan positif (Arg + Lys) adalah 18 residu. Nilai pI teoritis AldII sebesar 5,86. Hasil perhitungan indeks kestabilan protein ini adalah 36,61 dan diklasifikasikan sebagai protein yang stabil. Lewat penjajaran dengan homologi terdekat, ditemukan daerah lestari yang dapat menunjukan residu yang mungkin berperan dalam pengikatan logam dan sisi aktif. Prediksi struktur 3D dilakukan secara ab initio, menunjukan adanya 6 struktur β-sheet dan 6 struktur α-heliks. Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa protein AldII dari uncultured Acidilobus sp. diduga memiliki aktivitas enzimatik.
求助全文
通过发布文献求助,成功后即可免费获取论文全文。 去求助
来源期刊
自引率
0.00%
发文量
24
审稿时长
12 weeks
期刊最新文献
Sintesis Natrium Silikat Menggunakan Silika dari Pasir Pantai Bengkalis Pemanfaatan Ekstrak Daun Sirih Hijau (Piper Betle Linn.) sebagai Capping Agent dalam Green Synthesis Spinel Ferit ZnFe2O4 untuk Remediasi Fenol dalam Air dan sebagai Anti Bakteri Karakterisasi Struktur Kumarin pada Akar Tumbuhan Langsat (Lansium domesticum Corr.) The Density Functional Tight Binding (DFTB) Approach for Investigating Vacancy and Doping in Graphene as Hydrogen Storage Senyawa Isoflavonoid dari Akar Gitaan (Willughbeia coriacea Wall.)
×
引用
GB/T 7714-2015
复制
MLA
复制
APA
复制
导出至
BibTeX EndNote RefMan NoteFirst NoteExpress
×
×
提示
您的信息不完整,为了账户安全,请先补充。
现在去补充
×
提示
您因"违规操作"
具体请查看互助需知
我知道了
×
提示
现在去查看 取消
×
提示
确定
0
微信
客服QQ
Book学术公众号 扫码关注我们
反馈
×
意见反馈
请填写您的意见或建议
请填写您的手机或邮箱
已复制链接
已复制链接
快去分享给好友吧!
我知道了
×
扫码分享
扫码分享
Book学术官方微信
Book学术文献互助
Book学术文献互助群
群 号:481959085
Book学术
文献互助 智能选刊 最新文献 互助须知 联系我们:info@booksci.cn
Book学术提供免费学术资源搜索服务,方便国内外学者检索中英文文献。致力于提供最便捷和优质的服务体验。
Copyright © 2023 Book学术 All rights reserved.
ghs 京公网安备 11010802042870号 京ICP备2023020795号-1