用于蛋白质比较的最长常见子序列

Revista da Secao Judiciaria do Rio de Janeiro Pub Date : 2021-11-23 DOI:10.5753/eri-rj.2021.18781

Jéssica Costa, M. Pereira, Kele T. Belloze, E. Bezerra

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摘要

本文比较了两种算法在生物蛋白质序列中搜索最长公共子序列(LCS)的性能。为此，我们使用了不同大小的序列，并使用Wagner-Fischer和Needleman-Wunsch算法进行了测试。结果表明，随着输入大小的增加，两种算法的运行时间线性增加，但Wagner-Fischer算法的运行时间较好。

本文章由计算机程序翻译，如有差异，请以英文原文为准。

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Longest Common Subsequence Aplicada à Comparação de Proteínas

Este trabalho realiza uma comparação do desempenho de dois algoritmos na busca da maior subsequência comum (LCS - Longest Common Sub- sequence) entre sequências de proteínas de organismos vivos. Para isso foram utilizadas sequências de diversos tamanhos e realizados testes com os algoritmos de Wagner-Fischer e Needleman-Wunsch. Foi observado que conforme o tamanho da entrada cresce, o tempo de execução aumenta linearmente para ambos os algoritmos, contudo, apresentando melhores resultados para o algoritmo de Wagner-Fischer.

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