I. Hartanti, A. A. Putri, N. N. Auliya AS, A. L. Triadenda, E. Laelasari, C. Suhandi, M. Muchtaridi
{"title":"MOLECULAR DOCKING SENYAWA XANTON, BENZOFENON, DAN TRITERPENOID SEBAGAI ANTIDIABETES DARI EKSTRAK TUMBUHAN GARCINIA COWA","authors":"I. Hartanti, A. A. Putri, N. N. Auliya AS, A. L. Triadenda, E. Laelasari, C. Suhandi, M. Muchtaridi","doi":"10.24843/jchem.2022.v16.i01.p10","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"           Diabetes mellitus tipe 2 disebabkan oleh ekspresi PTP1B yang tinggi dan  mempengaruhi aktivitas PTKs, yang menyebabkan insulin gagal berikatan dengan reseptor insulin dan menginduksi resistensi insulin. Senyawa xanton dan benzofenon merupakan senyawa yang telah diketahui memiliki aktivitas farmakologi sebagai antidiabetes. Salah satu tanaman dengan kandungan senyawa tersebut adalah Garcinia cowa. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengetahui afinitas dan mekanisme inhibisi PTP1B oleh senyawa turunan xanton, benzofeno, dan triterpenoid dalam Garcinia cowa antara lain garcinia cowone K, guttiferone I, 1,7-dihydroxyxanthone, 1-hydroxyl-7-methoxyxanthone, mangostinone, ?-mangostin, cowanol, gacibiphenyl C, friedelin, ?-friedelinol, dan oleanane-12-ol secara in silico dengan molecular docking serta melakukan studi pre-ADMET terhadap senyawa tersebut. Molecular docking dilakukan melalui beberapa tahap diantaranya preparasi dan optimasi struktur 3D senyawa uji, preparasi struktur 3D reseptor PTP1B, validasi metode, dan docking senyawa uji dengan PTP1B. Hasil yang diperoleh dari docking senyawa uji dengan reseptor PTP1B berupa energi ikatan, konstanta inhibisi (KI), dan ikatan hidrogen. Semakin rendah nilai energi ikatan menunjukkan ikatan antara protein dan ligan yang dihasilkan semakin stabil. Hasil penelitian menunjukkan energi ikatan dan KI PTP1B dengan native ligand berturut-turut sebesar -10,07 kkal/mol dan 0,0417 ?M. Sementara dengan senyawa ?-mangostin berturut-turut sebesar -8,91 kkal/mol dan 0.29317 ?M. Hal tersebut menunjukkan bahwa senyawa ?-mangostin memiliki potensi sebagai antidiabetes mellitus tipe 2 dengan menghambat PTP1B. Selain itu, senyawa ?-mangostin juga memiliki profil ADMET yang baik. \nKata kunci:   antidiabetes, diabetes mellitus tipe 2, penambatan molekuler, PTP1B, Xanton \n          Type 2 diabetes mellitus is caused by high PTP1B expression and affects the activity of PTKs, which causes insulin to fail to bind to insulin receptors, and induces insulin resistance. Xanthones and benzophenones are compounds that have been known to have pharmacological activity as antidiabetic. One of the plants containing these compounds is Garcinia cowa. This study aims to know the affinity and inhibition mechanism of PTP1B by xanthones, benzophenones, and triterpenoid in Garcinia cowa, including garcinia cowone K, guttiferone I, 1,7-dihydroxyxanthone, 1-hydroxyl-7 methoxyxanthone, mangostinone, ?-mangostin, cowanol, gacibiphenyl C, friedelin, ?-friedelinol, and oleanane-12-ol in silico by molecular docking and conducted a pre-ADMET study of these compounds. Molecular docking is carried out in several steps including preparation and optimization of the 3D structure of the compound, preparation of the PTP1B receptor 3D structure, method validation, and docking of the compound with PTP1B. The results obtained from the docking of the compound with the PTP1B receptor appears in the form of bond energies, inhibition constant (IC), and hydrogen bonds. The lower the bond energy value, the more stable the bond between the protein and the resulting ligand is. The results showed that the bond energy and IC value of PTP1B with the native ligand is -10,07 kcal/mol and 0,0417 ?M. Meanwhile the ?-mangostin compound is -8,91 kcal/mol and 0,29317 ?M. It shows that the ?-mangostin has potential as an antidiabetic mellitus type 2 agent by inhibiting PTP1B. In addition, ?-mangostin also shows a good ADMET profile. \nKeywords: antidiabetic, molecular docking, PTP1B, type 2 diabetes mellitus, xanthones","PeriodicalId":17780,"journal":{"name":"Jurnal Kimia","volume":"122 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2022-01-28","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Jurnal Kimia","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.24843/jchem.2022.v16.i01.p10","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}
引用次数: 0

摘要

2型糖尿病是由PTP1B的高表达引起的,影响PTKs活动,导致胰岛素与胰岛素受体结合失败,并诱导胰岛素抵抗。xanton和benzofenon是一种已知的抗糖尿病药物。其中一种含有这种化合物的植物是Garcinia cowa。这样做的目的是了解亲和力和研究的抑制机制PTP1B的xanton衍生品,benzofeno化合物,triterpenoid Garcinia cowa包括Garcinia cowone K, guttiferone一世、1,7-dihydroxyxanthone 1-hydroxyl-7-methoxyxanthone, mangostinone ? -mangostin、cowanol gacibiphenyl C, friedelin ? in silico地-friedelinol, oleanane-12-ol分子对接,并对化合物进行pre-ADMET研究。分子对接完成的几个阶段包括对三维化合物的预制和优化,对PTP1B受体的3D结构进行改进,方法验证和对PTP1B进行验证。从对接化合物测试中获得的结果是结合能量、抑制常数(KI)和氢键。键的能量值越低,表示蛋白质和配体之间的联系就越稳定。研究结果显示,结合的能量和KI p1b与native ligand的强度为- 10.07 kkal/mol和0417 ?同时用一个连续的mangostin - 8.91 kkal/mol和0,29317 ?这表明该化合物具有抑制PTP1B的2型糖尿病的潜力。-mangostin也有很好的管理资料。关键字:抗糖尿病、2型糖尿病、分子抑制剂、PTP1B、Xanton型2糖尿病因pt1b表达和影响PTKs的行为而感染,这是胰岛素导致注射胰岛素受体和胰岛素抵抗。Xanthones和benzophenones是被称为“反糖尿病”的药理学活动的化合物。其中一种植物携带这些化合物是Garcinia cowa。这个研究aims to知道PTP1B由xanthones affinity和抑制机制》,benzophenones和triterpenoid in Garcinia cowa, Garcinia在内,1,7-dihydroxyxanthone cowone K, guttiferone一世1-hydroxyl-7 methoxyxanthone, mangostinone ? -mangostin、cowanol gacibiphenyl C, friedelin ? -friedelinol oleanane-12-ol in silico由分子对接和conducted a pre-ADMET study of这些compounds)。分子对接在几个步骤中被注意到,三维的准备和优化的步骤,是结构、方法验证和验证的结构。结果显示,人们在与PTP1B receptor的结合下,出现在形式的键能、持续抑制和氢结合中。下键能量值,蛋白质和再介质之间的更稳定的键是。结果显示,残余能量和IC值的PTP1B值为- 10.07 kcal/mol和0,0417 ?食物摄取化合物是- 8.91 kcal/mol和0,29317 ?猎物有可能是PTP1B抑制剂的2型抗糖尿病溶剂。-mangostin还做了一个很好的广告。Keywords:抗糖尿病,分子分裂,PTP1B, 2型糖尿病,xanthones
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。
查看原文
分享 分享
微信好友 朋友圈 QQ好友 复制链接
本刊更多论文
MOLECULAR DOCKING SENYAWA XANTON, BENZOFENON, DAN TRITERPENOID SEBAGAI ANTIDIABETES DARI EKSTRAK TUMBUHAN GARCINIA COWA
           Diabetes mellitus tipe 2 disebabkan oleh ekspresi PTP1B yang tinggi dan  mempengaruhi aktivitas PTKs, yang menyebabkan insulin gagal berikatan dengan reseptor insulin dan menginduksi resistensi insulin. Senyawa xanton dan benzofenon merupakan senyawa yang telah diketahui memiliki aktivitas farmakologi sebagai antidiabetes. Salah satu tanaman dengan kandungan senyawa tersebut adalah Garcinia cowa. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengetahui afinitas dan mekanisme inhibisi PTP1B oleh senyawa turunan xanton, benzofeno, dan triterpenoid dalam Garcinia cowa antara lain garcinia cowone K, guttiferone I, 1,7-dihydroxyxanthone, 1-hydroxyl-7-methoxyxanthone, mangostinone, ?-mangostin, cowanol, gacibiphenyl C, friedelin, ?-friedelinol, dan oleanane-12-ol secara in silico dengan molecular docking serta melakukan studi pre-ADMET terhadap senyawa tersebut. Molecular docking dilakukan melalui beberapa tahap diantaranya preparasi dan optimasi struktur 3D senyawa uji, preparasi struktur 3D reseptor PTP1B, validasi metode, dan docking senyawa uji dengan PTP1B. Hasil yang diperoleh dari docking senyawa uji dengan reseptor PTP1B berupa energi ikatan, konstanta inhibisi (KI), dan ikatan hidrogen. Semakin rendah nilai energi ikatan menunjukkan ikatan antara protein dan ligan yang dihasilkan semakin stabil. Hasil penelitian menunjukkan energi ikatan dan KI PTP1B dengan native ligand berturut-turut sebesar -10,07 kkal/mol dan 0,0417 ?M. Sementara dengan senyawa ?-mangostin berturut-turut sebesar -8,91 kkal/mol dan 0.29317 ?M. Hal tersebut menunjukkan bahwa senyawa ?-mangostin memiliki potensi sebagai antidiabetes mellitus tipe 2 dengan menghambat PTP1B. Selain itu, senyawa ?-mangostin juga memiliki profil ADMET yang baik. Kata kunci:   antidiabetes, diabetes mellitus tipe 2, penambatan molekuler, PTP1B, Xanton           Type 2 diabetes mellitus is caused by high PTP1B expression and affects the activity of PTKs, which causes insulin to fail to bind to insulin receptors, and induces insulin resistance. Xanthones and benzophenones are compounds that have been known to have pharmacological activity as antidiabetic. One of the plants containing these compounds is Garcinia cowa. This study aims to know the affinity and inhibition mechanism of PTP1B by xanthones, benzophenones, and triterpenoid in Garcinia cowa, including garcinia cowone K, guttiferone I, 1,7-dihydroxyxanthone, 1-hydroxyl-7 methoxyxanthone, mangostinone, ?-mangostin, cowanol, gacibiphenyl C, friedelin, ?-friedelinol, and oleanane-12-ol in silico by molecular docking and conducted a pre-ADMET study of these compounds. Molecular docking is carried out in several steps including preparation and optimization of the 3D structure of the compound, preparation of the PTP1B receptor 3D structure, method validation, and docking of the compound with PTP1B. The results obtained from the docking of the compound with the PTP1B receptor appears in the form of bond energies, inhibition constant (IC), and hydrogen bonds. The lower the bond energy value, the more stable the bond between the protein and the resulting ligand is. The results showed that the bond energy and IC value of PTP1B with the native ligand is -10,07 kcal/mol and 0,0417 ?M. Meanwhile the ?-mangostin compound is -8,91 kcal/mol and 0,29317 ?M. It shows that the ?-mangostin has potential as an antidiabetic mellitus type 2 agent by inhibiting PTP1B. In addition, ?-mangostin also shows a good ADMET profile. Keywords: antidiabetic, molecular docking, PTP1B, type 2 diabetes mellitus, xanthones
求助全文
通过发布文献求助,成功后即可免费获取论文全文。 去求助
来源期刊
自引率
0.00%
发文量
0
期刊最新文献
AKTIVITAS ANTIOKSIDANT DAN ANTIBAKTERI (Staphylococus epidermidis) EKSTRAK KULIT BUAH RENGGAK (Amomum dealbatum ) TANAMAN KHAS LOMBOK EFEKTIVITAS JINTEN HITAM (Nigella sativa) DALAM UPAYA PENYISIHAN BAKTERI Escherichia coli PADA AIR DARI SUMBER MATA AIR DI KECAMATAN SELEMADEG BARAT KABUPATEN TABANAN GREEN SINTESIS OKSIDA GRAFENA TEREDUKSI DARI ARANG TEMPURUNG KELAPA DAN KAYU DENGAN MENGGUNAKAN REDUKTOR RAMAH LINGKUNGAN ASAM L-ASKORBAT PERBANDINGAN METODE EKSTRAKSI ASAM LEMAK PADA AMPAS KOPI MENGGUNAKAN METODE SOXHLET DAN MASERASI Synthesis and Characterization of SRF Fertilizer using a Mixture of Urea and Bentonite Clays
×
引用
GB/T 7714-2015
复制
MLA
复制
APA
复制
导出至
BibTeX EndNote RefMan NoteFirst NoteExpress
×
×
提示
您的信息不完整,为了账户安全,请先补充。
现在去补充
×
提示
您因"违规操作"
具体请查看互助需知
我知道了
×
提示
现在去查看 取消
×
提示
确定
0
微信
客服QQ
Book学术公众号 扫码关注我们
反馈
×
意见反馈
请填写您的意见或建议
请填写您的手机或邮箱
已复制链接
已复制链接
快去分享给好友吧!
我知道了
×
扫码分享
扫码分享
Book学术官方微信
Book学术文献互助
Book学术文献互助群
群 号:481959085
Book学术
文献互助 智能选刊 最新文献 互助须知 联系我们:info@booksci.cn
Book学术提供免费学术资源搜索服务,方便国内外学者检索中英文文献。致力于提供最便捷和优质的服务体验。
Copyright © 2023 Book学术 All rights reserved.
ghs 京公网安备 11010802042870号 京ICP备2023020795号-1