云中gpu集群中的生物序列比较

Revista da Secao Judiciaria do Rio de Janeiro Pub Date : 2021-11-29 DOI:10.5753/eradrj.2021.18559

Wallison P. Sousa, F. M. Soares, A. C. M. A. Melo, C. Bentes, Maria Clicia S. de Castro

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摘要

基因组序列比较是发现生物体基因或蛋白质结构变化的过程。它简单，计算成本高，需要减少处理时间的算法。这项工作评估了用gpu比较云实例中的基因组序列的货币成本和运行时间。实验结果表明，比较聚类中较大的序列是有利的。

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Comparação de Sequências Biológicas em Cluster de GPUs na Nuvem

A comparação de sequências genômicas é um processo utilizado para encontrar alterações estruturais em genes ou proteínas de organismos vivos. Ela é simples, computacionalmente custosa e necessita de algoritmos que reduzam seu o tempo de processamento. Este trabalho avalia o custo monetário e tempo de execução da comparação de sequências genômicas em instâncias na nuvem com GPUs. Resultados experimentais mostram que comparar sequências maiores nos clusters é vantajoso.

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