bioRxiv｜利用生成式AI进行初级结构生物学建模

本文探讨了GPT-4在初级结构生物学建模中的应用，包括为20个标准氨基酸和α螺旋多肽链建立三维结构模型，以及分析药物与其靶标蛋白之间的相互作用。研究结果显示，GPT-4生成的结构几何参数通常接近实验参考值，且能识别参与配体结合的特定氨基酸残基及相应键距。尽管GPT-4在建模复杂分子和精确几何参数方面存在挑战，但其广泛的训练数据集和强大的语言理解能力使其在一定程度上胜任这些任务。未来的研究可以进一步优化提示策略、结合其他计算工具以及训练专门用于结构建模的GPT模型，以提高其建模精度和实用性。