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Nat Commun | 李婧翌团队系统总结34 种空间变化基因识别方法

BioArt 2025-02-09 17:30
文章摘要
本文由加州大学洛杉矶分校的李婧翌教授团队撰写，系统总结了34种用于识别空间变化基因（SVG）的计算方法，并将这些方法归纳为三大类别：整体SVG、细胞类型特异性SVG和空间区域标记SVG。文章探讨了这三类SVG的生物学意义，并详细分析了23种方法的统计假设检验原理。此外，作者还讨论了现有方法的局限性，并提出了未来研究方向，包括优化方法以适应不同的SRT技术和组织类型，以及提高统计严谨性和方法验证框架。最后，作者总结了当前方法比较研究的局限性，并提出了改进建议。
Nat Commun | 李婧翌团队系统总结34 种空间变化基因识别方法
查看文献： Categorization of 34 computational methods to detect spatially variable genes from spatially resolved transcriptomics data
查看期刊：Nature Communications
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