Uma implementação do algoritmo LCS em FPGA usando High-Level Synthesis

Abstract

Este trabalho apresenta uma implementação do algoritmo Longest Common Subsequence (LCS) para comparação de duas sequências biológicas utilizando linguagem de alto nı́vel High Level Synthesis (HLS) para FPGAs. Foram comparados resultados entre a execução em uma CPU Intel Core i73770 e uma FPGA Xilinx® ADM-PCIE-KU3 que possui uma Xilinx Kintex® UltraScale XCKU060-2. Os resultados mostraram que a implementação em CPU consumiu 6,8x mais energia em relação à FPGA.