Análise de viabilidade de ferramenta para correção híbrida de sequências genômicas em ambiente de memória compartilhada com FPGA

Abstract

A análise do genoma compreende pesquisas com amplo escopo, com foco em doenças e em tratamento das mesmas. Em apoio a tais atividades, pesquisadores valem-se de ferramentas computacionais para montagens de genomas. Este trabalho apresenta uma análise de viabilidade de uma ferramenta para correção hı́brida de sequências genômicas, etapa esta necessária para a montagem do genoma. É proposta uma arquitetura para ambientes heterogêneos, com implementação feita em CPU e uma placa FPGA. Os resultados obtidos no levantamento dos dados teóricos e práticos apontam que a implementação com o acelerador em hardware possui ganhos de desempenho de até cerca de 19 vezes em relação à versão sequencial, podendo aumentar a depender da tecnologia de comunicação utilizada.