AVALIAÇÃO DE CARACTERÍSTICAS MORFOLÓGICAS E AGRONÔMICAS DE SELEÇÃO DE MUTANTES DE ARROZ (oryza sativa)

Abstract

O trabalho é inserido dentro do projeto “macro” que visa a identificação de acessos desementes mutantes de arroz (Oryza sativa), obtidas em um banco de germoplasma, que mostratolerância e produtividade com o objetivo futuro de utilização da técnica de sequenciamentodo genoma (NGS - Next Genome Sequence) para identificar do local da mutação. Para isso, éimportante que tenhamos um conhecimento das técnicas de bioinformática, banco de dados ealinhamentos de sequência, e também técnicas de programação, a fim de conseguirmosmontar o genoma. Nesse contexto, o objetivo deste trabalho foi utilização de ferramentas debioinformática, a partir de criação de uma ferramenta web, que permitisse as análises desequencias genômicas após a utilização do NGS em acessos mutantes de arroz de interesse. Afim de testar os conhecimentos em bioinformática foram selecionados os genes DREB(Dehydration Responsive Element Binding Proteins) em arroz e as sequencias genômicasforam procuradas utilizando o Genbank (site NCBI). Após a familiaridade com ferramentasbásicas da bioinformática, como banco de dados e alinhamento de sequências, foi utilizadolinguagens de programação para testar a ferramenta web para apoiar o sequenciamento ealinhamento genético, além da busca de mutações em uma sequência quando comparada auma sequência conhecida do mesmo gene em uma base online, pesquisou-se ferramentas jáexistentes que dessem suporte às essas operações como frameworks e bibliotecas. Com baseno referencial teórico, identificou-se que a biblioteca BioPython, para a linguagem deprogramação Python, é a mais completa e indicada para as análises genômicas necessárias.Durante a execução do projeto, foram feitos experimentos com a biblioteca, estudando suasconfigurações e ferramentas para realizar análises genômicas. Como a biblioteca é para alinguagem Python, não sendo esta linguagem ensinada no ensino técnico, o bolsista tambémestudou e aprendeu essa nova linguagem junto com a biblioteca para a realização do projeto.Como resultado dessas etapas foi desenvolvido um tutorial básico de uso do BioPython parasequenciamento e alinhamento genético apresentados nesse relatório.