Mekanisme Kerja Antibiotik Ceftriaxone, Clarithromycin, dan Senyawa Aktif Quercetin pada Streptococcus pneumoniae dengan Metoda Docking In Silico

Abstract

Pneumolysin adalah protein dari bakteri Stretoccous pneumoniae yang berperan penting dalam kematian sel dan kolonisasi bakteri. Ceftriaxone, clarithromycin, dan quercetin terbukti secara in vivo dan in vitro dapat menghambat aktivitas dari pneumolysin. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi interaksi antara ceftriaxone, clarithromycin, dan quercetin dalam menghambat aktivitas pneumolysin secara in silico. Struktur 3D pneumolysin diunduh melalui RCSB PDB (PDB ID:PQQA). Struktur 3D ceftriaxone (ID:5479530), clarithromycin (ID:84029), dan quercetin (ID:5280343) diunduh melalui PubChem. Preparasi protein dengan Discovery Studio dan ligan dengan OpenBabel. Proses docking menggunakan HEX 8.0.0 dan analisis visualisasi dengan Discovery Studio. Interaksi pneumolysin-ceftriaxone menghasilkan 4 ikatan hidrogen, 5 ikatan hidrofobik, 1 ikatan elektrostatik, dan 2 ikatan unfavourable dengan nilai energi ikatan sebesar -329,98kJ/mol. Interaksi pneumolysin-clarithromycin menghasilkan 3 ikatan hidrogen, 1 ikatan elektrostatik, dan 3 ikatan unfavourable dengan nilai energi ikatan sebesar -311,12kJ/mol. Interaksi pneumolysin-quercetin menghasilkan 2 ikatan hidrogen, 4 ikatan hidrofobik, dan 2 ikatan elektrostatik dengan nilai energi ikatan sebesar -246,52kJ/mol. Kata kunci: pneumolysin, ceftriaxone, clarithromycin, quercetin, in silico.