Potential Compounds Interacting in a Specific Potential Site in SARS-CoV-2 Variants, Selected by Molecular Docking

IF 16.4 1区化学 Q1 CHEMISTRY, MULTIDISCIPLINARY Accounts of Chemical Research Pub Date : 2022-10-01 DOI:10.29356/jmcs.v66i4.1805

C. Benítez-Cardoza, Jesús Néstor Ramirez-Torres, J. L. Vique‐Sánchez

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Abstract

Abstract. The SARS-CoV-2 virus continues developing variants, and different ways of treatments have been proposed during this COVID-19 pandemic. This study proposes compounds to develop a drug against SARS-CoV-2 variants, by molecular docking using a library of compounds (502530 compounds) directed to interact in the region between the amino acids (Ser477, Lys478, Pro479, Cys480, Asn481, Gly482, Val483, Lys484, Gly485, Phe486, Asn487, Cys488, and Tyr489) in the RBD in S-Protein of SARS-CoV-2, this is a specific potential site in SARS-CoV-2 variants. We propose ten compounds selected by molecular docking, with a high probability to interact in the specific region in the RBD of SARS-CoV-2 variants (amino acids between 478 and 484), to reduce the interaction between S-protein and ACE2. Also, these compounds have a high probability to be safe in humans, validated by web servers of prediction of ADME and toxicity (PreADMET) to develop a new specific adjuvant antiviral against SARS-CoV-2 variants. Resumen. El virus SARS-CoV-2 continúa desarrollando variantes y se han propuesto diferentes formas de tratamiento durante esta pandemia de COVID-19. Este estudio propone compuestos para desarrollar un fármaco contra las variantes del SARS-CoV-2, mediante simulaciones de acoplamiento molecular (docking) utilizando una quimioteca de compuestos (502530 compuestos) dirigidos a interactuar en la región entre los aminoácidos (Ser477, Lys478, Pro479, Cys480, Asn481, Gly482, Val483, Lys484, Gly485, Phe486, Asn487, Cys488 y Tyr489) en la RBD en la proteína S del SARS-CoV-2, este es un sitio potencial específico en las variantes del SARS-CoV-2. Proponemos diez compuestos seleccionados por docking, con una alta probabilidad de interactuar en la región específica en la RBD de las variantes del SARS-CoV-2 (aminoácidos entre 478 y 484), para reducir la interacción entre la proteína S y ACE2. Además, estos compuestos tienen una alta probabilidad de ser seguros en humanos, validados por servidores web de predicción de ADME y toxicidad (PreADMET) para desarrollar un nuevo antiviral adyuvante específico contra variantes del SARS-CoV-2.

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通过分子对接选择在SARS-CoV-2变体中特定潜在位点相互作用的潜在化合物

摘要SARS-CoV-2病毒继续变异，在这次COVID-19大流行期间，人们提出了不同的治疗方法。本研究通过分子对接化合物库(502530个化合物)，在SARS-CoV-2 s蛋白RBD中氨基酸(Ser477、Lys478、Pro479、Cys480、Asn481、Gly482、Val483、Lys484、Gly485、Phe486、Asn487、Cys488和Tyr489)之间的区域相互作用，这是SARS-CoV-2变体的特定潜在位点，提出了开发药物的化合物。我们提出通过分子对接选择10个极有可能在SARS-CoV-2变异体RBD特定区域相互作用的化合物(氨基酸在478 ~ 484之间)，以减少s蛋白与ACE2的相互作用。此外，通过预测ADME和毒性的web服务器(PreADMET)验证，这些化合物在人体中具有很高的安全性，可以开发出针对SARS-CoV-2变体的新的特异性佐剂抗病毒药物。Resumen。新冠病毒SARS-CoV-2 continúa在COVID-19大流行期间提出了不同的治疗形式。Este estudio proone compuestos para desarrollar un fármaco contra las variantes del SARS-CoV-2, mediante simulaciones de acplamiento分子(对接)利用，mediante simulaciones de compuestos (502530 compuestos) dirigidos a interactuar en la región entre los aminoácidos (Ser477, Lys478, Pro479, Cys480, Asn481, Gly482, Val483, Lys484, Gly485, Phe486, Asn487, Cys488 y Tyr489) en la RBD en la proteína S del SARS-CoV-2, Este es unsitpotential específico en las variantes del SARS-CoV-2。支持对计算机进行选择和对接，支持对交互的可能性进行分析región específica支持对SARS-CoV-2变异的RBD进行分析(aminoácidos entre 478 y 484)，支持对interacción entre la proteína S y ACE2进行分析。Además, estos compuestos tienen unalta probabilidad de ser seguros en humanos, validados pservidores web de predicción de ADME y toxicidad (PreADMET) para desrollar unevo抗病毒药物adyuvante específico contra variantes del SARS-CoV-2。

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Accounts of Chemical Research 化学-化学综合

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期刊介绍： Accounts of Chemical Research presents short, concise and critical articles offering easy-to-read overviews of basic research and applications in all areas of chemistry and biochemistry. These short reviews focus on research from the author’s own laboratory and are designed to teach the reader about a research project. In addition, Accounts of Chemical Research publishes commentaries that give an informed opinion on a current research problem. Special Issues online are devoted to a single topic of unusual activity and significance. Accounts of Chemical Research replaces the traditional article abstract with an article "Conspectus." These entries synopsize the research affording the reader a closer look at the content and significance of an article. Through this provision of a more detailed description of the article contents, the Conspectus enhances the article's discoverability by search engines and the exposure for the research.