Analisis cross reactivity protein precursor membrane (prM) virus dengue endemik Indonesia dengan pendekatan imunoinformatik

Abstract

Infeksi demam berdarah dianggap sebagai salah satu masalah kesehatan utama di Indonesia dan disebabkan oleh virus dengue. Kemampuan reaksi silang pada virus dengue dapat memperparah jika terjadi infeksi lainnya. Protein precursor membrane (prM) pada virus dengue merupakan bagian yang rentan akan terjadinya antibody dependant enhancement dan evolusi gen prM berubah setiap tahunnya. Studi ini bertujuan untuk menganalisa reaksi silang gen prM dari virus dengue yang endemis di Indonesia. Sebanyak 96 data sampel dari National Center for Biotechnology Information digunakan pada studi ini. Prediksi antigenisitas dengan metode B-cell epitope prediction lalu di lanjutkan proses analisis reaksi silang menggunakan Basic Local Aligntment Search Tool (BLAST) dengan perbagian 20 protein prM pada setiap genotype virus yang memiliki antigenisitas yang spesifitasnya 0,8. Hasil dari studi ini didapatkan 4 prediksi antigenisitas dan beberapa hasil reaksi silang terhadap protein lain seperti anti-SARS-CoV-2 immunoglobulin heavy chain, human immunodeficiency virus type I enhancer-binding protein 2, insulin receptor substrate like protein partial, cerebellar-degeneration-related antigen. Pada studi ini ditemukan adanya perubahan prediksi antigenisitas dari gen prM virus dengue yang muncul setiap tahun dan adanya reaksi silang dengan protein lain.