Analisis evolusi dan imunogenisitas gen NA dari virus H3N2 endemik Indonesia tahun 2005-2018 secara in silico

Abstract

Influenza merupakan penyakit yang masih menjadi perhatian pemerintah terutama Indonesia karena dapat menyebabkan endemik sepanjang tahun dan dapat menimbulkan dampak yang berat bagi penderitanya. Virus Influenza A/H3N2 merupakan virus penyebab yang dominan di Indonesia. Pada permukaan virus terdapat protein yang berperan pada proses fusi virus ke sel pejamu, salah satunya adalah neuraminidase. Protein ini berperan untuk memotong sialic acid yang terdapat pada sekret di bronkus saluran pernafasan dan permukaan sel pejamu sehingga memudahkan virus pada proses invasi dan replikasi. Protein inilah yang menjadi salah satu target antibodi yang terbentuk paska infeksi atau vaksin. Namun, virus akan melakukan evolusi untuk dapat lolos dari antibodi. Studi ini bertujuan untuk melihat evolusi yang terjadi pada genetik NA virus A/H3N2 yang beredar di Indonesia beserta prediksi perubahan antigenisitas dan epitop pada human leukocyte antigen (HLA) kelas II. Studi ini menggunakan sebanyak 129 spesimen NA dari Indonesia tahun 2005-2018, diperoleh dari bank data National Center for Biotechnology Information (NCBI), Global Initiative on Sharing All Influence Data (GISAID). Analisa evolusi dan filodinamika dilakukan menggunakan software BEAST versi 1.8.3 dilanjutkan dengan analisa antigenisitas, dengan metode Kolaskar dan Tongaonkar. Analisa prediksi pengikatan MHC kelas II dilakukan menggunakan Immune Epitope Database (IEDb). Hasil didapatkan evolusi pada virus A/H3N2 terutama pada gen neuraminidase dengan pola antigenic drift sehingga terdapat dua klaster berbeda. Pada analisa keragaman genetik juga didapatkan hasil jumlah varian yang berfluktuasi dari tahun ke tahun. Sekalipun demikian, pada prediksi imunogenisitas didapatkan mayoritas sekuens memiliki prediksi yang sama. Pada studi ini juga ditemukan beberapa situs prediksi imunogensitas mengalami penurunan atau peningkatan yang menunjukkan adanya seleksi negatif dan positif pada virus yang endemik di Indonesia.