Индира Бейшова, Диляра Гриценко, Малика Шамекова, Александр Пожарский, Татьяна Ульянова, Александр Ковальчук
{"title":"ПОЛНОГЕНОМНЫЙ ПОИСК АССОЦИАЦИЙ С ПРОДУКТИВНЫМИ КАЧЕСТВАМИ У ОТЕЧЕСТВЕННЫХ ПОРОД ЛОШАДЕЙ","authors":"Индира Бейшова, Диляра Гриценко, Малика Шамекова, Александр Пожарский, Татьяна Ульянова, Александр Ковальчук","doi":"10.37884/4-2023/02","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"В настоящей работе представлены результаты полногеномного поиска ассоциаций однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) с продуктивными качествами у отечественных пород лошадей, полученные на основании данных SNP-генотипирования животных, проведенного с помощью набора реагентов Equine 80k HTS («Illumina Inc.», США). Объектом исследований являлись лошади следующих пород и типов: казахской типов джабе (n = 631), адай (n = 303) и найман (n = 158), мугалжарской (n = 584), кушумской (n = 226) и костанайской (n = 116) пород. Сбор информации по фенотипическим данным лошадей проводили до отбора проб, при этом измеряли следующие показатели: высота в холке, косая длина туловища, обхват груди, обхват пясти и живую массу. Общее число SNP, отобранных по результатам контроля качества, составило 60 987. Полногеномный поиск ассоциаций был проведен с помощью линейной регрессии с адаптивным методом перестановок Монте-Карло с коррекцией p-значения для множественных сравнений в программе PLINK1.9. В ходе анализа были выявлены 60 полиморфизмов, сцепленных с генами, участвующими в регуляции процессов развития соединительной ткани и костной системы, нервной системы, регуляции иммунной системы и других процессах. Проведенная работа подтвердила актуальность применения подобного подхода в полногеномно-ассоциативных исследованиях для детектирования единичных SNP, связанных с отдельными признаками.","PeriodicalId":508219,"journal":{"name":"Izdenister natigeler","volume":"44 13","pages":""},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2023-12-06","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Izdenister natigeler","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.37884/4-2023/02","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
Abstract
В настоящей работе представлены результаты полногеномного поиска ассоциаций однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) с продуктивными качествами у отечественных пород лошадей, полученные на основании данных SNP-генотипирования животных, проведенного с помощью набора реагентов Equine 80k HTS («Illumina Inc.», США). Объектом исследований являлись лошади следующих пород и типов: казахской типов джабе (n = 631), адай (n = 303) и найман (n = 158), мугалжарской (n = 584), кушумской (n = 226) и костанайской (n = 116) пород. Сбор информации по фенотипическим данным лошадей проводили до отбора проб, при этом измеряли следующие показатели: высота в холке, косая длина туловища, обхват груди, обхват пясти и живую массу. Общее число SNP, отобранных по результатам контроля качества, составило 60 987. Полногеномный поиск ассоциаций был проведен с помощью линейной регрессии с адаптивным методом перестановок Монте-Карло с коррекцией p-значения для множественных сравнений в программе PLINK1.9. В ходе анализа были выявлены 60 полиморфизмов, сцепленных с генами, участвующими в регуляции процессов развития соединительной ткани и костной системы, нервной системы, регуляции иммунной системы и других процессах. Проведенная работа подтвердила актуальность применения подобного подхода в полногеномно-ассоциативных исследованиях для детектирования единичных SNP, связанных с отдельными признаками.