ПОЛНОГЕНОМНЫЙ ПОИСК АССОЦИАЦИЙ С ПРОДУКТИВНЫМИ КАЧЕСТВАМИ У ОТЕЧЕСТВЕННЫХ ПОРОД ЛОШАДЕЙ

Индира Бейшова, Диляра Гриценко, Малика Шамекова, Александр Пожарский, Татьяна Ульянова, Александр Ковальчук
{"title":"ПОЛНОГЕНОМНЫЙ ПОИСК АССОЦИАЦИЙ С ПРОДУКТИВНЫМИ КАЧЕСТВАМИ У ОТЕЧЕСТВЕННЫХ ПОРОД ЛОШАДЕЙ","authors":"Индира Бейшова, Диляра Гриценко, Малика Шамекова, Александр Пожарский, Татьяна Ульянова, Александр Ковальчук","doi":"10.37884/4-2023/02","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"В настоящей работе представлены результаты полногеномного поиска ассоциаций однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) с продуктивными качествами у отечественных пород лошадей, полученные на основании данных SNP-генотипирования животных, проведенного с помощью набора реагентов Equine 80k HTS («Illumina Inc.», США). Объектом исследований являлись лошади следующих пород и типов: казахской типов джабе (n = 631), адай (n = 303) и найман (n = 158), мугалжарской (n = 584), кушумской (n = 226) и костанайской (n = 116) пород. Сбор информации по фенотипическим данным лошадей проводили до отбора проб, при этом измеряли следующие показатели: высота в холке, косая длина туловища, обхват груди, обхват пясти и живую массу. Общее число SNP, отобранных по результатам контроля качества, составило 60 987. Полногеномный поиск ассоциаций был проведен с помощью линейной регрессии с адаптивным методом перестановок Монте-Карло с коррекцией p-значения для множественных сравнений в программе PLINK1.9. В ходе анализа были выявлены 60 полиморфизмов, сцепленных с генами, участвующими в регуляции процессов развития соединительной ткани и костной системы, нервной системы, регуляции иммунной системы и других процессах. Проведенная работа подтвердила актуальность применения подобного подхода в полногеномно-ассоциативных исследованиях для детектирования единичных SNP, связанных с отдельными признаками.","PeriodicalId":508219,"journal":{"name":"Izdenister natigeler","volume":"44 13","pages":""},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2023-12-06","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Izdenister natigeler","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.37884/4-2023/02","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}
引用次数: 0

Abstract

В настоящей работе представлены результаты полногеномного поиска ассоциаций однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) с продуктивными качествами у отечественных пород лошадей, полученные на основании данных SNP-генотипирования животных, проведенного с помощью набора реагентов Equine 80k HTS («Illumina Inc.», США). Объектом исследований являлись лошади следующих пород и типов: казахской типов джабе (n = 631), адай (n = 303) и найман (n = 158), мугалжарской (n = 584), кушумской (n = 226) и костанайской (n = 116) пород. Сбор информации по фенотипическим данным лошадей проводили до отбора проб, при этом измеряли следующие показатели: высота в холке, косая длина туловища, обхват груди, обхват пясти и живую массу. Общее число SNP, отобранных по результатам контроля качества, составило 60 987. Полногеномный поиск ассоциаций был проведен с помощью линейной регрессии с адаптивным методом перестановок Монте-Карло с коррекцией p-значения для множественных сравнений в программе PLINK1.9. В ходе анализа были выявлены 60 полиморфизмов, сцепленных с генами, участвующими в регуляции процессов развития соединительной ткани и костной системы, нервной системы, регуляции иммунной системы и других процессах. Проведенная работа подтвердила актуальность применения подобного подхода в полногеномно-ассоциативных исследованиях для детектирования единичных SNP, связанных с отдельными признаками.
查看原文
分享 分享
微信好友 朋友圈 QQ好友 复制链接
本刊更多论文
全基因组搜索与家马品种生产性特征的关系
本文介绍了在使用Equine 80k HTS试剂盒("Illumina Inc.",美国)对动物进行SNP基因分型数据的基础上,对单核苷酸多态性(SNP)与家养马品种生产品质的关联性进行全基因组搜索的结果。研究对象为以下品种和类型的马:哈萨克类型的Dzhabe(n = 631)、Adai(n = 303)和Naiman(n = 158)、Mugalzhar(n = 584)、Kushum(n = 226)和Kostanai(n = 116)品种。采样前收集了马匹的表型数据信息,并测量了以下参数:肩高、斜体长、胸围、足跟围和活体重。通过质量控制筛选出的 SNPs 总数为 60,987 个。在 PLINK1.9 程序中使用线性回归和自适应蒙特卡洛置换法进行了全基因组关联搜索,并对多重比较进行了 p 值校正。在分析过程中发现了 60 个多态性基因,它们与结缔组织和骨骼发育、神经系统、免疫系统调节和其他过程的调控有关。这项工作证实了在全基因组关联研究中使用这种方法来检测与个体性状相关的单个 SNPs 的意义。
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。
求助全文
约1分钟内获得全文 去求助
来源期刊
自引率
0.00%
发文量
0
期刊最新文献
АРА БАЛЫНЫҢ ТОЗАҢ ТАЛДАУЫ ASSESSMENT OF CHANGES AND USE OF WATER RESOURCES IN THE SYRDARYA RIVER ИЗУЧЕНИЕ СОРТОВ И ПЕРСПЕКТИВНЫХ СЕЛЕКЦИОННЫХ НОМЕРОВ СУДАНСКОЙ ТРАВЫ В КОНКУРСНОМ СОРТОИСПЫТАНИИ В УСЛОВИЯХ СЕВЕРНОГО КАЗАХСТАНА ИЗУЧЕНИЕ БИОЛОГИЧЕСКОЙ И ПИЩЕВОЙ ЦЕННОСТИ СУХОФРУКТОВ ИЗ СОРТОВ ВИНОГРАДА, ПРОИЗРАСТАЮЩЕГО НА ЮГЕ КАЗАХСТАНА ПОЛНОГЕНОМНЫЙ ПОИСК АССОЦИАЦИЙ С ПРОДУКТИВНЫМИ КАЧЕСТВАМИ У ОТЕЧЕСТВЕННЫХ ПОРОД ЛОШАДЕЙ
×
引用
GB/T 7714-2015
复制
MLA
复制
APA
复制
导出至
BibTeX EndNote RefMan NoteFirst NoteExpress
×
×
提示
您的信息不完整,为了账户安全,请先补充。
现在去补充
×
提示
您因"违规操作"
具体请查看互助需知
我知道了
×
提示
现在去查看 取消
×
提示
确定
0
微信
客服QQ
Book学术公众号 扫码关注我们
反馈
×
意见反馈
请填写您的意见或建议
请填写您的手机或邮箱
已复制链接
已复制链接
快去分享给好友吧!
我知道了
×
扫码分享
扫码分享
Book学术官方微信
Book学术文献互助
Book学术文献互助群
群 号:481959085
Book学术
文献互助 智能选刊 最新文献 互助须知 联系我们:info@booksci.cn
Book学术提供免费学术资源搜索服务,方便国内外学者检索中英文文献。致力于提供最便捷和优质的服务体验。
Copyright © 2023 Book学术 All rights reserved.
ghs 京公网安备 11010802042870号 京ICP备2023020795号-1