Porównanie metod identyfikacji bakterii Lactobacillus

Q4 Engineering Zywnosc-Nauka, Technologia, Jakosc Pub Date : 2021-01-01 DOI:10.15193/zntj/2021/127/377

J. Bucka-Kolendo, B. Sokołowska

{"title":"Porównanie metod identyfikacji bakterii Lactobacillus","authors":"J. Bucka-Kolendo, B. Sokołowska","doi":"10.15193/zntj/2021/127/377","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Szerokie zastosowanie bakterii kwasu mlekowego (LAB) w różnych gałęziach przemysłu spożywczego, w biotechnologii i w medycynie powoduje, że właściwa identyfikacja i ocena ich zróżnicowania wewnątrzgatunkowego jest bardzo istotna. Dobór odpowiednich technik molekularnych analizy powinien uwzględniać dużą dokładność, powtarzalności i typowalność metody. Celem pracy była ocena możliwości różnicowania 12 szczepów Lactobacillus przy użyciu metod powszechnie stosowanych w laboratoriach: sekwencjonowania genu 16S rDNA, genu pheS oraz MALDI-TOF MS. Na podstawie otrzymanych wyników analiz stwierdzono, że gen pheS w badanych szczepach charakteryzował się wysokim poziomem homologii (98 %) i niską siłą dyskryminacyjną. W dwóch niezależnych analizach MALDI-TOF MS uzyskano taki sam wynik dla 10 szczepów: siedmiu – L. brevis (DSM 6235, 102, 103, 489, 863, 975, 3/16/1), dwóch – L. plantarum (1178, 133) i jednego – L. curvatus 557. Po przeprowadzeniu analizy sekwencjonowania genu 16S rDNA wyniki potwierdziły się natomiast tylko w odniesieniu do pięciu szczepów (DSM 6235, 3/16/1 i 489) z dwunastu przebadanych. Porównanie wyników było podstawą do wnioskowania, że dla wybranych szczepów LAB największą wartość różnicującą miała analiza bazująca na sekwencjonowaniu genu 16S rDNA.","PeriodicalId":49327,"journal":{"name":"Zywnosc-Nauka, Technologia, Jakosc","volume":"1 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2021-01-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Zywnosc-Nauka, Technologia, Jakosc","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.15193/zntj/2021/127/377","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"Q4","JCRName":"Engineering","Score":null,"Total":0}

引用次数: 0

Abstract

Szerokie zastosowanie bakterii kwasu mlekowego (LAB) w różnych gałęziach przemysłu spożywczego, w biotechnologii i w medycynie powoduje, że właściwa identyfikacja i ocena ich zróżnicowania wewnątrzgatunkowego jest bardzo istotna. Dobór odpowiednich technik molekularnych analizy powinien uwzględniać dużą dokładność, powtarzalności i typowalność metody. Celem pracy była ocena możliwości różnicowania 12 szczepów Lactobacillus przy użyciu metod powszechnie stosowanych w laboratoriach: sekwencjonowania genu 16S rDNA, genu pheS oraz MALDI-TOF MS. Na podstawie otrzymanych wyników analiz stwierdzono, że gen pheS w badanych szczepach charakteryzował się wysokim poziomem homologii (98 %) i niską siłą dyskryminacyjną. W dwóch niezależnych analizach MALDI-TOF MS uzyskano taki sam wynik dla 10 szczepów: siedmiu – L. brevis (DSM 6235, 102, 103, 489, 863, 975, 3/16/1), dwóch – L. plantarum (1178, 133) i jednego – L. curvatus 557. Po przeprowadzeniu analizy sekwencjonowania genu 16S rDNA wyniki potwierdziły się natomiast tylko w odniesieniu do pięciu szczepów (DSM 6235, 3/16/1 i 489) z dwunastu przebadanych. Porównanie wyników było podstawą do wnioskowania, że dla wybranych szczepów LAB największą wartość różnicującą miała analiza bazująca na sekwencjonowaniu genu 16S rDNA.

查看原文

微信好友朋友圈 QQ好友复制链接

本刊更多论文

乳酸杆菌鉴定方法的比较

乳酸菌（LAB）在食品工业、生物技术和医学的各个分支中的广泛应用，使得对其物种内多样性的正确识别和评估变得非常重要。选择合适的分子分析技术应考虑到该方法的高精度、重复性和典型性。本研究的目的是使用实验室常用的方法：16S rDNA测序、pheS基因和MALDI-TOF MS来评估12个乳杆菌菌株分化的可能性。根据分析结果，发现测试菌株中的pheS基因具有高同源性（98%）和低辨别力的特征。MALDI-TOF MS的两个独立分析对10个菌株产生了相同的结果：7个短乳杆菌（DSM 6235、102、103、489、863、975、3/16/1）、2个植物乳杆菌（1178、133）和1个弯曲乳杆菌557。在16S rDNA测序分析之后，仅对12个测试菌株中的5个菌株（DSM 6235、3/16/1和489）确认了结果。结果的比较是基于16S rDNA测序的分析对所选LAB菌株具有最大鉴别价值的结论的基础。

本文章由计算机程序翻译，如有差异，请以英文原文为准。

求助全文

约1分钟内获得全文去求助

来源期刊

Zywnosc-Nauka, Technologia, Jakosc FOOD SCIENCE & TECHNOLOGY-

CiteScore

0.60

自引率

0.00%

发文量

审稿时长

6-12 weeks

期刊介绍： The “Zywność. Nauka. Technologia. Jakosc (Food. Science. Technology. Quality)” journal (referred to as ZNTJ) publishes research and review articles from the domain of food science. Research articles cover 85% of the scientific text of the journal. The basic language for articles is Polish but articles in English can also be submitted. Articles submitted to the Editor are accepted for publication based on the positive peer reviews pursuant to the peer reviewing procedure. The Editor reserves the right to abbreviate text, refine titles and/or the text of the articles accepted for publication. The Editor does not return unsolicited articles and materials.