Déterminants de la virulence extra-intestinale de Escherichia coli : de la microbiologie à la clinique

Les infections à Escherichia coli représentent un problème majeur de santé publique tant par leur fréquence que leur gravité. Ces infections peuvent être intestinales ou extra-intestinales. E. coli est aussi le commensal anaérobie facultatif majeur du tube digestif. L’espèce E. coli est clonale avec 7 groupes phylogénétiques principaux (A, B1, B2, C, D, E, F). La virulence des souches de E. coli est étudiée depuis de nombreuses années que ce soit d’un point de vue épidémiologique clinique, phylogénétique ou génétique basé sur l’étude de gènes de virulence nommés facteurs de virulence. De nombreuses études sur des modèles animaux ont montré le rôle des facteurs de virulence dans ce type d’infections. Toutefois, le rôle exact de ces facteurs de virulence en situation clinique est encore discuté. D’autres paramètres bactériens (capacités de croissance, résistance aux stress bactériens) peuvent également participer à la virulence des souches. L’émergence de la résistance aux antibiotiques devient problématique pour la prise en charge thérapeutique et peut se surajouter à la virulence propre des souches. Enfin en clinique, le poids respectif des caractéristiques bactériennes, en comparaison avec les facteurs de l’hôte et de la porte d’entrée dans l’évolution de l’infection, reste à mieux définir.

Escherichia coli infections are a major public health problem both in their frequency and in severity. These infections can be intestinal or extra-intestinal. E. coli is also the major anaerobic facultative commensal of the gut. The E. coli species is clonal with 7 main phylogenetic groups (A, B1, B2, C, D, E, F). The virulence of E. coli has been studied for many years on a clinical, epidemiological, phylogenetic or genetic based point of view. Numerous studies in animal models have shown the role of virulence factors in extra-intestinal infections. However, the exact role of these virulence factors in clinical situation is still debated. Other bacterial parameters (growth capabilities, bacterial stress resistance) may also contribute to the virulence of the strains. The emergence of antibiotic resistance becomes problematic for the treatment and can be superimposed to the strain virulence. Finally, in the clinical situation the weight of bacterial characteristics, in comparison with host factors and portal of entry, remains to be better define.