Le microbiote intestinal est l’avenir de la multirésistance bactérienne

Le microbiote intestinal humain est composé de 10¹³ à 10¹⁴ bactéries et constitue en cela notre principal réservoir bactérien. Il comprend le microbiote résident, dit « commensal », qui assure de nombreuses fonctions bénéfiques à son hôte, et les bactéries en transit qui ne colonisent pas durablement le tube digestif en raison de « l’effet barrière » exercé par les bactéries anaérobies. Le microbiote intestinal est aussi un réservoir majeur de bactéries résistantes aux antibiotiques, qui peut être enrichi par des bactéries multirésistantes comme les entérobactéries productrices de bêtalactamases à spectre élargi (BLSE) ou de carbapénémases. La prise d’antibiotiques joue un rôle majeur dans ces phénomènes en altérant la diversité des populations du microbiote intestinal (et notamment l’effet barrière qu’elles exercent) et en augmentant les densités intestinales des bactéries résistantes. Dans cette revue, nous verrons comment le microbiote intestinal est au cœur de la problématique de la multirésistance bactérienne. Nous aborderons les différentes phases de la colonisation par des bactéries multirésistantes et leurs déterminants, particulièrement le rôle des antibiotiques et l’influence des densités intestinales des bactéries multirésistantes dans la survenue d’infections et de transmissions croisées. Enfin, nous verrons quels sont les moyens actuels et à venir de lutte contre la colonisation intestinale à bactéries multirésistantes.

The human intestinal microbiota is our main bacterial reservoir with 10¹³–10¹⁴ cells. It is divided into a permanent (or resident) microbiota, which provides several benefits to its host, and a variable microbiota, made of exogenous bacteria that cannot sustainably settle because of the ‘barrier effect’ exerted by anaerobic bacteria. The intestinal microbiota is besides a major reservoir for antibiotic-resistant bacteria, which can be enriched by acquired multidrug-resistant bacteria such as enterobacteria that produce extended-spectrum beta-lactamases (ESBL) or carbapenemases. Antibiotics play a key role in this phenomenon in decreasing the species diversity within the intestinal microbiota while promoting the growth of resistant bacteria. In this review, we will see how the intestinal microbiota stands at the very heart of bacterial multidrug-resistance. We will tackle the different phases of the colonization by resistant bacteria and their underlying determinants, particularly the role played by antibiotics and the influence of the intestinal densities of multidrug-resistant bacteria on infections and patient-to-patient transmission. Eventually, we will review the current perspectives and those to come to combat the intestinal colonization by multidrug-resistant bacteria.