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Anais do V Workshop em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho (WSCAD 2004)最新文献

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Construção de um Mecanismo de Comunicação para Ambientes de Processamento de Alto Desempenho 为高性能处理环境构建通信机制
Pub Date : 2004-10-27 DOI: 10.5753/wscad.2004.19015
Evandro Clivatti Dall'Agnol, Lucas Correia Villa Real, D. Peranconi, Marcelo Augusto Cardozo Junior, G. Cavalheiro
O uso de aglomerados de computadores para o Processamento de Alto Desempenho (PAD) é uma alternativa bastante viável em relação aos custos de hardware. Contudo, surgem dificuldades na programação distribuída como a preocupação com a boa utilização dos recursos disponíveis neste tipo de arquitetura. Muitos trabalhos são desenvolvidos com o objetivo de suprir a necessidade de ferramentas que facilitem o trabalho do programador. Paradigmas como Remore Procedure Call e mecanismos de comunicação como Mensagens Ativas provêem características interessantes para o desenvolvimento de novas ferramentas para a programação paralela e distribuída. Uma biblioteca de comunicação é desenvolvida nesse contexto com o objetivo de ser integrada a Anahy, um ambiente de programação para PAD. Resultados de desempenho demonstram a boa escalabilidade da implementação realizada.
使用计算机集群进行高性能处理(PAD)是一种非常可行的硬件成本替代方案。然而,在分布式编程中出现了困难,因为担心在这种类型的体系结构中可用资源的良好使用。许多工作的开发是为了满足对工具的需求,以促进程序员的工作。像Remore过程调用和通信机制(如活动消息)这样的范例为并行和分布式编程的新工具的开发提供了有趣的特性。在此背景下开发了一个通信库,目的是集成到Anahy,一个PAD编程环境。性能结果表明,实现具有良好的可伸缩性。
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Desenvolvimento de Aplicações Distribuídas Utilizando DPC++ 使用dpc++开发分布式应用程序
Pub Date : 2004-10-27 DOI: 10.5753/wscad.2004.19007
Eduardo Moschetta, G. Cavalheiro
Nesse artigo, é apresentado DPC++, uma extensão da Linguagem C++ para programação de aplicações de alto desempenho em aglomerados de computadores. Introduzindo uma quantidade mínima de primitivas à Linguagem original, oferece recursos de alto nível ao programador que simplifica o desenvolvimento de aplicações distribuídas, deixando inalterada a lógica de programação seqüencial. Nesse trabalho, esses recursos da linguagem são apresentados, bem como o pré-processamento realizado em torno desses mecanismos. O modelo de objetos distribuídos empregado pela ferramenta é apresentado e validado com testes de desempenho, os quais também permitem analisar os custos gerados pelos recursos incluídos por DPC++ em uma aplicação distribuída.
在本文中,我们介绍了dpc++,一个c++语言的扩展,用于在计算机集群中编程高性能应用程序。通过在原始语言中引入最少数量的原语,它为程序员提供了高级特性,简化了分布式应用程序的开发,同时保持顺序编程逻辑不变。在这项工作中,我们介绍了这些语言资源,以及围绕这些机制进行的预处理。提出了该工具使用的分布式对象模型,并通过性能测试进行了验证,这也允许分析分布式应用程序中包含的dpc++资源所产生的成本。
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Modelo para a Exploração Eficiente de Paralelismo em Aplicações Grão Fino 细粒应用中并行性的有效探索模型
Pub Date : 2004-10-27 DOI: 10.5753/wscad.2004.18995
Epifanio Dinis Benitez, Eduardo Moschetta, O. C. Cordeiro, G. Cavalheiro
Quando executamos aplicações com alto grau de paralelismo em arquiteturas de processamemo de alto desempenho (PAD) multiprocessadas, a melhor maneira de obter desempenho é projetar a aplicação de acordo com os recursos disponíveis na arquitetura. Para isto, é necessário classificar a aplicação em função de sua granularidade: fina, média e grossa, e identificar através de sua concorrência com que modelo de programação concorrente ela será desenvolvida. Entre estes modelos estão o paralelismo de tarefa e o paralelismo de controle. Neste contexto, o Anahy [2] apresenta um modelo de execução eficiente para aplicações que estão caracterizadas por esses modelos. Serão discutidos os modelos de execução do Anahy e do padrão POSIX para threads. Também é apresentada uma análise de desempenho destas bibliotecas de threads através de aplicações paralelas.
当我们在高性能多处理体系结构(PAD)中运行具有高度并行性的应用程序时,获得性能的最佳方法是根据体系结构中可用的资源设计应用程序。为此,有必要根据应用程序的粒度对其进行分类:细粒度、中粒度和粗粒度,并通过它的并发程序模型确定它将被开发的并发程序。这些模型包括任务并行性和控制并行性。在这种情况下,Anahy[2]为具有这些模型特征的应用程序提供了一个有效的执行模型。将讨论Anahy和POSIX线程标准的执行模型。并通过并行应用程序对这些线程库进行了性能分析。
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Framework para alinhamento de seqüências biológicas com o auxílio de programação concorrente 在并行编程的帮助下对齐生物序列的框架
Pub Date : 2004-10-27 DOI: 10.5753/wscad.2004.19009
G.A.B Lermen, D. Peranconi, G. Cavalheiro
Este artigo apresenta um framework para implementação de algoritmos de alinhamento de seqüências biológicas, com o diferencial de oferecer suporte à execução concorrente. O objetivo do trabalho é oferecer recursos computacionais que facilitem a extração de informações estruturais, funcionais e evolucionárias de pares de seqüências de DNA ou proteínas em ambiente de processamento paralelo. A avaliação dos resultados obtidos foi realizada através da implementação de algoritmos que utilizam o método de programação dinâmica e por uma análise de desempenho. O artigo é complementado por uma análise do uso do modelo de programação de Anahy e de seu núcleo executivo.
本文提出了一个实现生物序列比对算法的框架,其不同之处在于支持并发执行。这项工作的目标是提供计算资源,以促进提取结构,功能和进化信息的DNA序列对或蛋白质在并行处理环境。采用动态规划方法实现算法,并进行性能分析,对所得结果进行评价。本文还分析了Anahy编程模型及其执行核心的使用。
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期刊
Anais do V Workshop em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho (WSCAD 2004)
全部 Acc. Chem. Res. ACS Applied Bio Materials ACS Appl. Electron. Mater. ACS Appl. Energy Mater. ACS Appl. Mater. Interfaces ACS Appl. Nano Mater. ACS Appl. Polym. Mater. ACS BIOMATER-SCI ENG ACS Catal. ACS Cent. Sci. ACS Chem. Biol. ACS Chemical Health & Safety ACS Chem. Neurosci. ACS Comb. Sci. ACS Earth Space Chem. ACS Energy Lett. ACS Infect. Dis. ACS Macro Lett. ACS Mater. Lett. ACS Med. Chem. Lett. ACS Nano ACS Omega ACS Photonics ACS Sens. ACS Sustainable Chem. Eng. ACS Synth. Biol. Anal. Chem. BIOCHEMISTRY-US Bioconjugate Chem. BIOMACROMOLECULES Chem. Res. Toxicol. Chem. Rev. Chem. Mater. CRYST GROWTH DES ENERG FUEL Environ. Sci. Technol. Environ. Sci. Technol. Lett. Eur. J. Inorg. Chem. IND ENG CHEM RES Inorg. Chem. J. Agric. Food. Chem. J. Chem. Eng. Data J. Chem. Educ. J. Chem. Inf. Model. J. Chem. Theory Comput. J. Med. Chem. J. Nat. Prod. J PROTEOME RES J. Am. Chem. Soc. LANGMUIR MACROMOLECULES Mol. Pharmaceutics Nano Lett. Org. Lett. ORG PROCESS RES DEV ORGANOMETALLICS J. Org. Chem. J. Phys. Chem. J. Phys. Chem. A J. Phys. Chem. B J. Phys. Chem. C J. Phys. Chem. Lett. Analyst Anal. Methods Biomater. Sci. Catal. Sci. Technol. Chem. Commun. Chem. Soc. Rev. CHEM EDUC RES PRACT CRYSTENGCOMM Dalton Trans. Energy Environ. Sci. ENVIRON SCI-NANO ENVIRON SCI-PROC IMP ENVIRON SCI-WAT RES Faraday Discuss. Food Funct. Green Chem. Inorg. Chem. Front. Integr. Biol. J. Anal. At. Spectrom. J. Mater. Chem. A J. Mater. Chem. B J. Mater. Chem. C Lab Chip Mater. Chem. Front. Mater. Horiz. MEDCHEMCOMM Metallomics Mol. Biosyst. Mol. Syst. Des. Eng. Nanoscale Nanoscale Horiz. Nat. Prod. Rep. New J. Chem. Org. Biomol. Chem. Org. Chem. Front. PHOTOCH PHOTOBIO SCI PCCP Polym. Chem.
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