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Riverscape genomics of the endangered freshwater mussel Lampsilis rafinesqueana 濒危淡水贻贝 Lampsilis rafinesqueana 的河景基因组学
IF 2.8 2区 生物学 Q2 ECOLOGY Pub Date : 2024-08-18 DOI: 10.1111/fwb.14317
Steven R. Hein, Keaka Farleigh, David J. Berg

历史上急剧的气候变化以及相关的直接和间接影响(如冰川作用和排水系统的重组)对许多水生类群的生物多样性、种系分化和当代遗传变异的形成具有重要意义。通过了解这些古老的陆地和水域景观变化对当前多样性的影响,实践者可以在制定保护策略时考虑到物种独特的进化历史。我们调查了美国内陆地区特有的极度濒危淡水贻贝 Lampsilis rafinesqueana 的种内遗传多样性。我们的研究(1)描述了种群内部和种群之间的遗传变异特征,以推断生物地理历史;(2)将遗传信息应用于潜在的保护策略。我们应用限制位点相关 DNA 测序和线粒体 DNA 测序来研究整个物种分布区中 L. rafinesqueana 种群内部和种群之间的遗传多样性。然后,我们结合历史上的河流景观过程和对保护的适用性考虑了这些信息。河流内部的变异情况类似,但我们发现了与两个主要生态区域(中部内陆高地和奥萨吉平原)相关的不同遗传种群。平原种群的 Ne 值约为高原种群的 10 倍。历史人口模型表明,这两个种群在大约 120 万年前分化,然后在大约 19700 年前,两个种群的数量都出现了大幅下降。这两个重大事件分别与历史上已知的快速气候变化时期相关。我们发现了联邦濒危贻贝 L. rafinesqueana 的两个不同种群。该物种的当代遗传多样性受到历史上气候快速变化的直接和间接影响。高原种群经历了典型的更新世后气候变化的近期扩张,同时其 Ne 值也比平原种群大得多。我们的研究结果表明,这两个不同种群之间跨代的基因流动水平较低。我们建议该物种的保护管理者在制定管理策略时考虑种群间多样性的相对差异。在许多物种中,只有在极端情况下,才会考虑在基因独特的种群之间进行辅助基因流动;然而,对于虹鳟来说,种群之间的低水平辅助迁移可能是维持自然遗传变异水平的一种有价值的策略。我们的研究表明,生物地理框架有助于制定保护策略,以保留代表目标淡水物种进化潜力的重要基因组变异。
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Aquatic invasive species exhibit contrasting seasonal detectability patterns based on environmental DNA: Implications for monitoring 基于环境 DNA 的水生入侵物种表现出截然不同的季节可探测性模式:对监测的影响
IF 2.8 2区 生物学 Q2 ECOLOGY Pub Date : 2024-08-17 DOI: 10.1111/fwb.14320
Christopher I. Rounds, Todd W. Arnold, Chan Lan Chun, Josh Dumke, Anna Totsch, Adelle Keppers, Katarina Edblad, Samantha M. García, Eric R. Larson, Jenna K. R. Nelson, Gretchen J. A. Hansen

水生入侵物种(AIS)是对淡水生物多样性和生态系统服务的全球性威胁。在广泛的空间范围内记录 AIS 的流行情况对于有效管理和早期发现至关重要。然而,传统的 AIS 监测成本高昂,而且很少能达到有效管理所需的分辨率和规模。使用环境 DNA(eDNA)监测 AIS 有可能以传统方法的一小部分成本实现大范围监测,但必须首先解决与 eDNA 检测概率在不同环境、季节和具有不同生活史的多个物种之间如何变化有关的关键问题。为了量化利用 eDNA 采样检测 AIS 概率的时空变化,我们调查了 20 个已知有四种水生入侵物种的湖泊:鲤鱼(Cyprinus carpio)、锈小龙虾(Faxonius rusticus)、刺水蚤(Bythotrephes longimanus)和斑马贻贝(Dreissena polymorpha)。我们在每个湖泊的 10 个地点采集水样,在整个开放水域季节采集 5 次,共采集了 1,000 份水样。使用定量聚合酶链反应和物种特异性检测方法来确定水样中是否存在每个物种的 eDNA。通过贝叶斯占据模型,我们量化了湖泊和地点特征以及朱利安日期对 eDNA 检测概率的影响。eDNA的检测概率随季节而变化,季节变化具有物种特异性,并与物种的生活史有关。斑马贻贝 eDNA 通常是我们的目标物种中最容易检测到的,检测概率在仲夏达到峰值,此时只需要 6 个水样就能达到 95% 的检测概率(80% 贝叶斯可信区间:3-12 个样本)。刺水蚤 eDNA 的检测峰值也出现在仲夏至夏末,但总体而言是最难检测的物种,需要 160 个样本才能达到 95% 的检测概率(80% 贝叶斯可信区间:67-1,616 个样本)。鲤鱼的 eDNA 在春季最易检测到,锈螯虾的 eDNA 在初秋最易检测到,这与关键的生活史事件相对应。在每个物种一年中的最佳时间段采集 eDNA 样本,可将达到 95% 检测概率所需的样本数量减少一个数量级或更多。我们的研究结果对有意将 eDNA 用作多物种监测工具的决策者很有意义,并突出了生活史对 eDNA 监测效果的重要性。
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Global assessment of aquatic Isoëtes species ecology 水生等位基因物种生态学全球评估
IF 2.8 2区 生物学 Q2 ECOLOGY Pub Date : 2024-08-17 DOI: 10.1111/fwb.14316
Mattia M. Azzella, Alice Dalla Vecchia, Thomas Abeli, Janne Alahuhta, Victor B. Amoroso, Enric Ballesteros, Vincent Bertrin, Daniel Brunton, Alexander A. Bobrov, Cecilio Caldeira, Simona Ceschin, Elena V. Chemeris, Martina Čtvrtlíková, Mary de Winton, Esperança Gacia, Oleg G. Grishutkin, Deborah Hofstra, Daniella Ivanova, Maria O. Ivanova, Nikita K. Konotop, Danelle M. Larson, Sara Magrini, Marit Mjelde, Olga A. Mochalova, Guilherme Oliveira, Ole Pedersen, Jovani B. de S. Pereira, Cristina Ribaudo, María Inmaculada Romero Buján, Angelo Troìa, Yulia S. Vinogradova, Polina A. Volkova, Daniel Basílio Zandonadi, Nadezhda V. Zueva, Rossano Bolpagni

矶苇是一种标志性的湿地植物,但研究不足,尽管主要由于栖息地的改变,矶苇在全球范围内遭受了严重的损失。因此,我们首次对水生矶苇进行了全球生态评估,以确定它们对环境的要求,并评估分类学上相关的物种在生态学上是否存在差异。通过评估,我们建立了一个庞大的水生矶螈新数据库,并进行了生态位分析和物种描述。我们编制了一个全球数据库,其中包括从 1935 年到 2023 年收集到的有关水生矶螈的所有已知环境数据。然后,我们利用 2,179 条全球记录评估了 16 个物种的环境驱动因素。此外,我们还使用超体积分析法对记录数量最多的两个物种的生态位进行了量化,发现了显著的差异,并证明棘孢等水生动物的生态位比漆鱼等水生动物的生态位更广。59个物种(占目前已知的约200个Isoëtes物种的30%)被归类为水生物种,主要分布在美洲和北欧。根据国际自然保护联盟 2023 年的红色名录,约 38% 的水生物种濒临灭绝或为小区域特有。许多物种被确定为对某些水体物理和化学因素敏感,一般喜欢低总磷、中等总氮、中低 pH 值和低电导率等寡营养条件。这项分析包括评估全球珍稀/濒危水生植物的生态数据。这一新数据库和已完成的生态分析确定了多个物种的生态要求,并找出了知识差距,有助于管理行动和未来研究。本文强调了水生矶苇的生态意义和环境敏感性。目前对大部分已知类群的了解还不够。我们申明,极有必要支持全球合作计划,并在此基础上制定未来的保护战略。
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Assessing the direct and indirect effects of bigheaded carp (Hypophthalmichthys spp.) on freshwater food webs: A meta-analysis 评估鳙鱼对淡水食物网的直接和间接影响:荟萃分析
IF 2.8 2区 生物学 Q2 ECOLOGY Pub Date : 2024-08-15 DOI: 10.1111/fwb.14314
Jillian M. Hochstrasser, Scott F. Collins

上世纪水产养殖业的快速发展导致淡水环境中水生物种的广泛引入。鳙鱼(鲤科:Hypophthalmichthys nobilis)和鲢鱼(鲤科:Hypophthalmichthys molitrix)统称为鲢鱼,是水产养殖业生产的顶级鱼类之一。这些滤食性鱼类的摄食结构使它们能够有效地清除水中的浮游生物和其他颗粒。不幸的是,当它们被引入野外和它们的历史分布区之外时,它们的摄食特性通常会导致浮游植物和浮游动物的开发和抑制,从而减少本地无脊椎动物和脊椎动物的食物资源。我们对已发表的实验进行了荟萃分析,以研究鳙鱼如何直接和间接地影响水生食物网中的生物,从而更好地了解它们在生态系统中的生态作用。具体来说,我们探讨了以下问题:(1) 鳙鱼对不同水生生物的总体影响程度和方向是什么?(2) 鳙鱼对浮游生物和底栖生物有影响吗? (3) 鳙鱼和鲢鱼的影响相似吗? (4) 不同实验场(如中观宇宙、池塘)的影响一致吗?我们检测到鳙鱼对多个营养级的直接和间接影响。大型浮游动物通常表现出最强的负面影响,不同种类的鲤鱼之间存在分类群差异。浮游动物受到的抑制向下传导至初级生产者,导致浮游植物增加(即间接影响)。然而,当大型浮游动物减少时,我们没有观察到轮虫的补偿性增长。在放养大头鲤的情况下,浮游本地鱼类的生长速度最慢。我们的研究结果进一步表明,鳙鱼排泄的废物似乎对一些底栖无脊椎动物(如摇蚊科蠓虫)产生了补贴作用(即直接作用)。鲤鱼对浮游动物的影响在介观模式和池塘中基本相似。入侵的鳙鱼通过一系列复杂的直接和间接影响,极大地调整了其周围的食物网,既有积极影响,也有消极影响。这些变化体现在多个营养级和不同的生境中。我们的分析使人们更全面地了解了这些入侵鲤鱼是如何通过开发食物资源和将物质从浮游生物生境转移到底栖生物生境来改变其周围环境的。综合来看,这一系列直接和间接的影响表明了入侵物种是如何在水生生态系统中造成失衡的,而这种失衡往往会损害本地类群的利益。由于在水产养殖中很受欢迎,大头鲤在全球许多国家都是入侵物种。我们的研究结果再次证实了这些浮游生物对本地淡水生物构成的威胁。
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Issue Information - Cover and Ed Board 发行信息 - 封面和 Ed Board
IF 2.8 2区 生物学 Q2 ECOLOGY Pub Date : 2024-08-14 DOI: 10.1111/fwb.14130
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Fish size structures in lakes of the Lower Mississippi River floodplain 密西西比河下游洪泛区湖泊中的鱼体大小结构
IF 2.8 2区 生物学 Q2 ECOLOGY Pub Date : 2024-08-13 DOI: 10.1111/fwb.14313
L. E. Miranda, D. J. Dembkowski

密西西比河下游的洪泛区包括 1350 个常年湖泊,这些湖泊是由河道变迁和其他水力流变过程在漫长岁月中雕刻而成的。尽管这些水体的产地相似,但它们的形态和演替阶段却千差万别,展现了从水生湿地到森林湿地的自然轨迹。这种地理、形态和时间上的多样性造就了动态多样的鱼类群落。我们研究了这些洪泛平原湖泊中鱼类群落的大小结构是如何与主要的湖内和湖外环境因素相关联的。在其中 30 个湖泊样本中,我们采用标准化程序采集了鱼类的长度,从而构建了一个按湖泊长度划分的群体矩阵。同样,还收集了湖内和湖外环境描述因子,以构建逐湖变量矩阵。采用基于距离的线性模型来评估鱼体大小结构与环境描述因子之间的关联。较小的鱼通常与浊度、叶绿素-a、藻蓝蛋白和周围农业水平的增加有关。与农业景观和连通性降低有关的浅层高富营养化洪泛平原湖泊经历着恶劣的物理化学环境。这些条件似乎阻碍了持续鱼类群落的形成,但可能会给幼鱼或寿命较短的小型物种带来生存优势。相反,较大的鱼类与湖泊深度、水透明度、连通性和周围森林-湿地范围的增加有关。在较深和较清澈的湖泊中,群落的稳定性和大小结构都有所提高,这表明这些条件有利于多年龄组的长寿物种的发展。增强的连通性促进了稳定性的提高,这也使得大型流动物种得以存在。大小结构评估可作为洪泛平原湖泊中一个有价值的生态和生物多样性指标。大小结构评估可以补充甚至取代传统的分类分析,并加强对这一巨大而重要的自然资源的监测。
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Population genetic structure of the endemic sponge Lubomirskia baikalensis in Lake Baikal in the light of mass disease and mortality events 从大规模疾病和死亡事件看贝加尔湖特有海绵 Lubomirskia baikalensis 的种群遗传结构
IF 2.8 2区 生物学 Q2 ECOLOGY Pub Date : 2024-08-13 DOI: 10.1111/fwb.14318
Alena Yakhnenko, Yurij Bukin, Evgeniya Bondar, Igor Khanaev, Sergei Kirilchik, Ilya Kondratov, Valeria Itskovich

近几十年来,贝加尔湖特有海绵种群出现了大量死亡和疾病,因此对其状况的研究备受关注。为了确定物种易灭绝的可能迹象,开发有助于制定保护措施的适当遗传标记至关重要。本文描述了贝加尔湖特有海绵 Lubomirskia baikalensis 的种群遗传结构,并利用我们开发的一套微卫星标记进行了研究。我们分析了来自贝加尔湖三个流域八个地点的 251 个样本。结果表明,贝加尔湖鲑鱼的基因可分为三个群。造成这种结构的主要原因是幼虫的分散能力较低。尽管所有研究地点都存在死亡和患病个体,但所有种群都处于哈代-温伯格平衡状态,完全没有发现瓶颈效应。这是首次对贝加尔湖特有物种 L. baikalensis 进行遗传连通性研究。有效种群数量变化的重建与钻探样本分析的结果一致,表明有效种群数量在大约 24,000 年前减少了 55.5 倍,这表明贝加尔湖特有海绵目前显然没有灭绝的威胁。
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Interspecies differences and lake-specificity in the δ13C and δ18O signatures of charophyte carbonate encrustations 叶绿体碳酸盐结壳的δ13C和δ18O特征的种间差异和湖泊特异性
IF 2.8 2区 生物学 Q2 ECOLOGY Pub Date : 2024-08-10 DOI: 10.1111/fwb.14315
Mariusz Pełechaty, Eugeniusz Pronin, Andrzej Pukacz, Karina Apolinarska

本研究确定了现存叶绿体碳酸盐的δ13C和δ18O特征(δ13CCARB和δ18OCARB)与水中溶解无机碳的δ13C和δ18O(δ13CDIC和δ18OWATER)之间的关系,以及叶绿体床的结构和环境水的物理化学性质。研究人员在中欧四个以叶绿藻为主的湖泊(Chara-lakes)中对四个形态各异的叶绿藻物种(Nitellopsis obtusa、Chara tomentosa、Chara rudis、Chara contraria)进行了研究。这些物种广泛分布在富含钙质的淡水湖泊中,在湖泊中形成了广泛的水下床,促进了钙质沉积物的沉积,因此该研究具有代表性。每月(2008 年 6 月至 9 月)在永久性研究地点对叶绿藻及其上层水体进行采样。对所有被研究的叶绿体而言,包壳的δ13C和δ18O值的变化都大于环境和浮游水体的变化。除 N. obtusa 和 C. tomentosa 外,其他物种的 δ13CCARB 值差异显著。与水中的 DIC 相比,包壳富含 13C。与 N. obtusa 和 C. contraria 相比,Chara tomentosa 结壳中的 18O 含量明显减少。与 Chara 种类相反,N. obtusa 包壳与周围水体相比富含 18O。考虑到 δ13CCARB 与 δ13CDIC 值的比较,只有细长的物种(即 N. obtusa 和 C. contraria)析出的包壳接近与水 DIC 的同位素平衡。通过冗余分析,δ13CCARB 值与δ13CDIC 和δ18OWATER 值以及植物栖息水体的百分比呈正相关。地点深度、水矿化度、碱度和肥力与 δ13CCARB 值成反比。我们推测,叶绿体包壳的稳定 C 和 O 同位素组成具有湖泊特异性而非物种特异性,叶绿体碳酸盐的同位素特征代表了整个湖泊的表层水,而不仅仅是植被覆盖的沿岸带。此外,大体积沉积物的同位素信号可以提供与特定物种同位素值同样有用的环境信息。
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The role of the environment and connectivity on multiple facets of local fish diversity in tropical headwater streams 环境和连通性对热带淡水溪流当地鱼类多样性多个方面的作用
IF 2.8 2区 生物学 Q2 ECOLOGY Pub Date : 2024-07-30 DOI: 10.1111/fwb.14312
André Ribeiro-Martins, Douglas Aviz Bastos, Leandro Melo Sousa, Tommaso Giarrizzo, Silvia Vendruscolo Milesi, Luiz Ubiratan Hepp

确定生物多样性的多个方面(如系统发育和功能)有助于了解生物群落的进化和生态机制是如何形成的。在此,我们采用多元回归和方差分区的方法,研究了环境条件、连通性和空间对东亚马孙地区新古河流域热带源头溪流中鱼类功能和系统发育方面的影响。我们发现,鱼类群落的功能和系统发育多样性与当地环境条件和排水网络中的溪流连通性有关,雨季和旱季之间存在明显差异。此外,我们还发现,功能独特性主要受环境因素的影响,而系统发育独特性与当地环境因素和连通性的影响关系更为复杂。我们的研究结果表明,新古河流域小型源头溪流中的鱼类组合有着密切的系统发育历史。这可能是因为亚马逊鱼类在进化过程中经历了气候和环境的稳定性。我们的发现强调了基于生态位的过程在形成源头溪流鱼类群独特功能组成中的作用,并突出了环境异质性在维持这些淡水生态系统生态完整性中的重要性。
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Characterising dispersal and potential impacts of non-native red swamp crayfish (Procambarus clarkii) populations in the coastal plain region of the pee Dee River basin, U.S.A. 美国皮迪河流域沿海平原地区非本地红色沼泽小龙虾(Procambarus clarkii)种群的扩散特征和潜在影响。
IF 2.8 2区 生物学 Q2 ECOLOGY Pub Date : 2024-07-26 DOI: 10.1111/fwb.14311
Michael R. Kendrick, Matt J. Walker, Elizabeth U. Scott, Jeanette H. Huber, Meagan B. Roy, Bronwyn W. Williams, Gregory K. Rothman, Peter R. Kingsley-Smith, Tanya L. Darden

非本地物种可通过自然和人为机制在水生生态系统中迅速传播,但这两种机制在决定物种传播方面的相对重要性并不总是很明确。红沼泽螯虾(Procambarus clarkii)已被引入多个大洲,包括美国的水体,在美国,自然和人为的传播都有可能导致其目前的分布。本研究综合比较了 P. clarkii 和几种高度优先保护的螯虾物种的历史和当代分布情况、区域实地取样以及北卡罗来纳州和南卡罗来纳州皮迪河流域的微卫星遗传方法,以了解 P. clarkii 的扩散模式及其对本地螯虾的潜在影响。实地取样和微卫星分析表明,P. clarkii种群广泛分布于整个研究区域,具有特定流域的种群遗传结构模式。在克氏原螯虾迅速扩散的同时,本土螯虾种群也在灭绝,这些本土螯虾包括瓦卡莫螯虾(Procambarus braswelli)、卡罗莱纳沙丘螯虾(Procambarus pearsei)和沿海平原螯虾(Procambarus ancylus)。P.clarkii的快速传播和本地螯虾的同时灭绝,要求进行更广泛的监管,以帮助防止通过水产养殖、投放鱼饵、宠物交易和环境教育行业有意或意外地释放非本地螯虾。
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Freshwater Biology
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