分子動力学シミュレーションは、生体高分子の構造・物性・機能相関の研究に有用であることが一般に認められている。本総説では、筆者らが開発した生体分子解析用ソフトウェアPEACH（Program for Energetic Analysis of bioChemical molecules）を使って、タンパク質とDNAの分子動力学シミュレーションを行う場合の手続きを、実践的に解説する。
分子动力学模拟在研究生物大分子的结构、物性、功能相关方面具有广泛的应用价值。在本总说中，笔者开发的生物分子分析用软件PEACH (Program for Energetic Analysis of bioChemical使用molecules)，对蛋白质和DNA的分子动力学进行模拟时的步骤进行实践性解说。
{"title":"生体分子の分子動力学シミュレーション (2) 応用","authors":"勇人 古明地, 澄恵 田島, 誠 原口, 伸幸 高橋, 正巳 上林, 雲兵 長嶋","doi":"10.2477/JCHEMSOFT.7.1","DOIUrl":"https://doi.org/10.2477/JCHEMSOFT.7.1","url":null,"abstract":"分子動力学シミュレーションは、生体高分子の構造・物性・機能相関の研究に有用であることが一般に認められている。本総説では、筆者らが開発した生体分子解析用ソフトウェアPEACH（Program for Energetic Analysis of bioChemical molecules）を使って、タンパク質とDNAの分子動力学シミュレーションを行う場合の手続きを、実践的に解説する。","PeriodicalId":205210,"journal":{"name":"Journal of Chemical Software","volume":"7 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2001-03-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"130929266","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2000-09-30DOI: 10.14827/JCCJ1999.12.195
M. Hata, R. Nishida, Norihito Ohmori, M. Tsuda
{"title":"The Role of Heme in Monooxygenation Reaction Mechanism by Cytochrome P-450","authors":"M. Hata, R. Nishida, Norihito Ohmori, M. Tsuda","doi":"10.14827/JCCJ1999.12.195","DOIUrl":"https://doi.org/10.14827/JCCJ1999.12.195","url":null,"abstract":"","PeriodicalId":205210,"journal":{"name":"Journal of Chemical Software","volume":"5 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2000-09-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"124562035","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
分子動力学シミュレーションは、タンパク質やDNAなどの生体高分子の構造・物性・機能相関の研究に有用であることが認められている。本総説では、筆者らが開発したソフトウェアPEACH（Program for Energetic Analysis of bioChemical molecules）に導入した機能を中心に、生体高分子の分子動力学シミュレーションの方法を概観する。
分子动力学模拟在研究蛋白质和DNA等生物大分子的结构、物性、功能相关方面具有重要的作用。在本总说中，笔者开发的软件PEACH (Program for Energetic Analysis of bioChemicalmolecules)的功能为中心，概述了生物大分子的分子动力学模拟方法。
{"title":"生体分子の分子動力学シミュレーション(1)方法","authors":"勇人 古明地, 正巳 上林, 雲兵 長嶋","doi":"10.2477/JCHEMSOFT.6.1","DOIUrl":"https://doi.org/10.2477/JCHEMSOFT.6.1","url":null,"abstract":"分子動力学シミュレーションは、タンパク質やDNAなどの生体高分子の構造・物性・機能相関の研究に有用であることが認められている。本総説では、筆者らが開発したソフトウェアPEACH（Program for Energetic Analysis of bioChemical molecules）に導入した機能を中心に、生体高分子の分子動力学シミュレーションの方法を概観する。","PeriodicalId":205210,"journal":{"name":"Journal of Chemical Software","volume":"6 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2000-03-15","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"130167540","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
{"title":"グラフの特性量のデータベース(Graphical Characteristics Data Base : GCDB)の開発 –Multi-Layered Cyclic Fence Graph と特性量–","authors":"K. Hayashi, S. Fukuda, U. Nagashima, H. Hosoya","doi":"10.2477/JCHEMSOFT.5.137","DOIUrl":"https://doi.org/10.2477/JCHEMSOFT.5.137","url":null,"abstract":"","PeriodicalId":205210,"journal":{"name":"Journal of Chemical Software","volume":"37 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"1999-12-15","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"134379605","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
{"title":"時間変化曲線解析プログラム「名称: KINE」の開発","authors":"博史 崎山","doi":"10.2477/jchemsoft.5.173","DOIUrl":"https://doi.org/10.2477/jchemsoft.5.173","url":null,"abstract":"化学反応の速度論的解析を目的として，時間変化曲線解析プログラム「名称: KINE」を開発した。KINEは，平衡反応や並発反応等を含む25種類の反応パターンについて，初濃度と速度定数の入力によって時間変化曲線を求める。また，実測値に対して速度定数等最大８個のパラメーターを同時に最適化し，フィッティングを行なう。単純な一次反応および二次反応について誤差の見積りを行なったところ誤差は1％以内であり，全自動フィッティングでは98.9%以上の精度で速度定数が求められた。","PeriodicalId":205210,"journal":{"name":"Journal of Chemical Software","volume":"3 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"1999-12-15","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"132244122","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
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