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Primer reporte de begomovirus infectando cultivos de ají (Capsicum spp.) en Colombia 哥伦比亚首次报告Begomovirus感染辣椒(辣椒属)作物
IF 0.6 4区 生物学 Q4 PLANT SCIENCES Pub Date : 2019-09-01 DOI: 10.15446/ABC.V24N3.79367
Juan Carlos Vaca-Vaca, J. Morales-Euse, Diana Marcela Rivera-Toro, K. López-López
Virus del género Begomovirus infectan cultivos de importancia económica en todo el mundo, incluyendo ají. A la fecha, en Colombia no hay reportes de la presencia de begomovirus infectando este cultivo, por lo que el objetivo de esta investigación fue identificar la presencia de virus de este género en ají empleando estrategias moleculares. Se colectaron 197 muestras de ají en diez municipios del Valle del Cauca. Se extrajo el DNA genómico total vegetal y mediante PCR se detectó la presencia de begomovirus. Para establecer la identidad molecular del virus se amplificaron fragmentos de 1,4 kb de muestras colectadas en Palmira y Vijes. Los fragmentos fueron clonados, secuenciados y analizados. Se encontró que el 85,7 % de las muestras de ají evaluadas fueron positivas para begomovirus. Los análisis de secuencia de los fragmentos virales de 1,4 kb arrojaron una identidad de 91,8 % entre ellos y los de secuencia de nucleótidos de los virus aislados en Vijes y Palmira mostró que éstos presentan los valores de identidad más altos (87,2 % y 86,6 %) con el virus de la distorsión de la hoja de maracuyá, un begomovirus aislado de maracuyá en Colombia. Estos análisis estarían indicando que este begomovirus aislado de ají podría ser una nueva especie. De acuerdo con la literatura, este es el primer reporte de un begomovirus infectando cultivos de ají en Colombia.Virus del género Begomovirus infectan cultivos de importancia económica en todo el mundo, incluyendo ají. A la fecha, en Colombia no hay reportes de la presencia de begomovirus infectando este cultivo, por lo que el objetivo de esta investigación fue identificar la presencia de virus de este género en ají empleando estrategias moleculares. Se colectaron 197 muestras de ají en diez municipios del Valle del Cauca. Se extrajo el DNA genómico total vegetal y mediante PCR se detectó la presencia de begomovirus. Para establecer la identidad molecular del virus se amplificaron fragmentos de 1,4 kb de muestras colectadas en Palmira y Vijes. Los fragmentos fueron clonados, secuenciados y analizados. Se encontró que el 85,7 % de las muestras de ají evaluadas fueron positivas para begomovirus. Los análisis de secuencia de los fragmentos virales de 1,4 kb arrojaron una identidad de 91,8 % entre ellos y los de secuencia de nucleótidos de los virus aislados en Vijes y Palmira mostró que éstos presentan los valores de identidad más altos (87,2 % y 86,6 %) con el virus de la distorsión de la hoja de maracuyá, un begomovirus aislado de maracuyá en Colombia. Estos análisis estarían indicando que este begomovirus aislado de ají podría ser una nueva especie. De acuerdo con la literatura, este es el primer reporte de un begomovirus infectando cultivos de ají en Colombia.
Begomovirus属病毒感染世界各地具有重要经济意义的作物,包括辣椒。目前,哥伦比亚还没有关于这种作物中存在begomovirus的报告,因此本研究的目的是利用分子策略确定辣椒中存在该属病毒。在考卡山谷的10个城市收集了197个辣椒样本。在本研究中,我们分析了不同种类的植物,并对其进行了鉴定。为了确定病毒的分子特性,扩增了从Palmira和Vijes采集的1.4 kb样本片段。对这些片段进行克隆、测序和分析。本研究的目的是评估辣椒样本中begomovirus阳性的程度。病毒的基因片段的序列分析1.4 kb投掷一个身份91,8 %与他们之间的核苷酸序列中分离的病毒Vijes身份和米拉表明这些值最高(720氯化%)与变形病毒maracuyámaracuyá,一个孤立的begomovirus表在哥伦比亚。这些分析表明,从辣椒中分离出来的begomovirus可能是一个新种。根据文献,这是哥伦比亚首次报道begomovirus感染辣椒作物。Begomovirus属病毒感染世界各地具有重要经济意义的作物,包括辣椒。目前,哥伦比亚还没有关于这种作物中存在begomovirus的报告,因此本研究的目的是利用分子策略确定辣椒中存在该属病毒。在考卡山谷的10个城市收集了197个辣椒样本。在本研究中,我们分析了不同种类的植物,并对其进行了鉴定。为了确定病毒的分子特性,扩增了从Palmira和Vijes采集的1.4 kb样本片段。对这些片段进行克隆、测序和分析。本研究的目的是评估辣椒样本中begomovirus阳性的程度。病毒的基因片段的序列分析1.4 kb投掷一个身份91,8 %与他们之间的核苷酸序列中分离的病毒Vijes身份和米拉表明这些值最高(720氯化%)与变形病毒maracuyámaracuyá,一个孤立的begomovirus表在哥伦比亚。这些分析表明,从辣椒中分离出来的begomovirus可能是一个新种。根据文献,这是哥伦比亚首次报道begomovirus感染辣椒作物。
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Identificación de genogrupos del virus de la Enfermedad de Gumboro en granjas avícolas en Colombia 哥伦比亚家禽养殖场秋葵病病毒基因组鉴定
IF 0.6 4区 生物学 Q4 PLANT SCIENCES Pub Date : 2019-09-01 DOI: 10.15446/ABC.V24N3.79369
Arlen Patricia Gómez Ramírez, Magda Yoana Beltrán León, Diana Marcela Álvarez Mira, Gloria Consuelo Ramírez Nieto
El virus de la enfermedad de Gumboro (IBDV) es un avibirnavirus con genoma dsARN que presenta altas tasas de mutación y recombinación. A pesar del efecto inmunosupresor en aves y la frecuencia con que ocurre la infección por este agente en el país son pocos los estudios que caracterizan los cuadros clínicos y se desconoce cuáles son los genogrupos circulantes. Esta investigación tuvo como objetivo determinar la frecuencia de lesiones histopatológicas en órganos del sistema inmune e identificar los genogrupos del IBDV en aves comerciales de Colombia. Para determinar la frecuencia de presentación de lesiones en órganos del sistema inmune se analizaron 381 casos clínicos de las bases de datos del Laboratorio de Patología Aviar (LPA) de la Universidad Nacional de Colombia, sede Bogotá (periodo 2016-2018). Asimismo, se secuenciaron los productos de RT-PCR del gen que codifica para la proteína viral VP2 provenientes de 35 muestras de bursas de Fabricio. Como resultado se encontró evidencia de lesiones microscópicas compatibles con procesos de inmunodepresión en órganos del sistema inmune (bursa de Fabricio, timo, bazo y médula ósea) en el 25 % (97) de los casos analizados y se identificaron los genogrupos 1, 2 y 4 en la siguiente proporción: genogrupo 1-69 % (virus clásicos), genogrupo 2-25 % (variantes) y genogrupo 4-6 % (identificado en Suramérica). Estos hallazgos demuestran la presencia de lesiones en órganos del sistema inmune y la existencia de los genogrupos 1, 2 y 3 del IBDV circulando en aves comerciales en Colombia. Esta es la primera investigación en el país con este sistema de clasificación que permite evidenciar con mayor precisión los cambios en el genoma del IBDV. Lo anterior señala la necesidad de continuar con este tipo de estudios para tener una mejor comprensión de la infección en campo y orientar el diseño e implementación de estrategias de control.
Gumboro病病毒(IBDV)是一种具有dsARN基因组的禽病毒,具有较高的突变率和重组率。尽管在禽类中具有免疫抑制作用,而且在该国感染这种病原体的频率很高,但很少有研究描述临床症状,而且尚不清楚哪些基因群是循环的。这项研究的目的是确定免疫系统器官的组织病理学病变的频率,并确定哥伦比亚商业鸟类IBDV的基因群。为了确定免疫系统器官损伤的发生频率,我们分析了哥伦比亚国立大学bogota总部禽病理学实验室(LPA)数据库中的381例临床病例(2016-2018年期间)。对35个法布里丘斯囊标本的病毒蛋白VP2基因的RT-PCR产物进行了测序。显微伤害结果会发现证据支持与免疫系统的免疫过程实体(Fabricio bursa骨髓、胸腺、脾脏和)25%(97)的病例分析确定了genogrupos 1、2和4的比例:genogrupo经典1-69 %(病毒),genogrupo 2-25(方差)和genogrupo 4 - 6 %(南美)得到确认。这些发现表明,在哥伦比亚的商业鸟类中存在免疫系统器官损伤和IBDV基因群1、2和3。这是该国首次使用这种分类系统的研究,该系统可以更准确地显示IBDV基因组的变化。这表明有必要继续进行这类研究,以便更好地了解该领域的感染情况,并指导控制战略的设计和实施。
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Diseño de cebadores específicos para la detección por RT-PCR del Potato Virus Y (PVY) 马铃薯Y病毒RT-PCR检测特异性引物的设计
IF 0.6 4区 生物学 Q4 PLANT SCIENCES Pub Date : 2019-09-01 DOI: 10.15446/ABC.V24N3.76523
Andrea Sierra Mejía, Yuliana Marcela Gallo García, P. G. Gutiérrez Sánchez, Mauricio Alejandro Marín Montoya
El Potato virus Y (PVY) es uno de los virus más limitantes para la producción de papa (Solanum tuberosum y S. phureja) en el mundo. Este virus es transmitido por tubérculo-semilla de papa y por diferentes especies de áfidos. Para su manejo es fundamental la siembra de tubérculos certificados por su sanidad viral, para lo que se requieren metodologías de detección altamente sensibles como ELISA y RT-PCR. Para éstas últimas pruebas, es necesario disponer de cebadores específicos que permitan el diagnóstico del virus en tejidos asintomáticos. En este estudio se reportan los cebadores PVY_Col para la detección del PVY en RT-PCR convencional y en tiempo real (RT-qPCR). Estos cebadores fueron diseñados con base en las secuencias de este virus que se han reportado en Colombia sobre diferentes hospedantes, así como de las diferentes variantes encontradas en el mundo. Una particularidad adicional de estos cebadores es que no presentan reacción cruzada con el genoma del Potato virus V (PVV), otro potyvirus que recientemente se ha encontrado afectando cultivos de papa en Colombia. Se espera que los cebadores PVY_Col sean utilizados para apoyar los programas de certificación de material de siembra de papa, así como para adelantar estudios epidemiológicos y de manejo fitosanitario de este virus.
马铃薯Y病毒(PVY)是世界上限制马铃薯生产的病毒之一。这种病毒通过马铃薯块茎种子和不同种类的蚜虫传播。种植经病毒健康认证的块茎对于其管理至关重要,为此需要ELISA和RT-PCR等高度敏感的检测方法。对于后一种测试,需要有特定的引物来诊断无症状组织中的病毒。本研究报告了在常规和实时RT-PCR(RT-QPCR)中检测PVY的PVY_COL引物。这些引物是根据哥伦比亚报告的这种病毒在不同宿主上的序列以及世界上发现的不同变体设计的。这些引物的另一个特点是,它们与最近在哥伦比亚发现的另一种影响马铃薯作物的马铃薯病毒V(PVV)的基因组没有交叉反应。预计PVY_COL引物将用于支持马铃薯种子材料认证计划,并推进该病毒的流行病学和植物检疫管理研究。
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Coinfección natural de virus de ARN en cultivos de papa (Solanum tuberosum subsp. Andigena) en Antioquia (Colombia) 哥伦比亚安蒂奥基亚马铃薯(Solanum tuberosum subsp.andigina)作物中RNA病毒的自然联合感染
IF 0.6 4区 生物学 Q4 PLANT SCIENCES Pub Date : 2019-09-01 DOI: 10.15446/ABC.V24N3.79277
Yuliana Marcela Gallo García, Andrea Sierra Mejía, Livia Donaire Segarra, M. Aranda, P. G. Gutiérrez Sánchez, Mauricio Alejandro Marín Montoya
Las enfermedades virales son uno de los principales problemas fitopatológicos de la papa. Con el fin de determinar los virus más prevalentes en cultivos de papa var. Diacol Capiro en el oriente Antioqueño (Colombia), se evaluó mediante RT-qPCR la presencia de diez virus de ARN (PVY, PVA, PVV, TaLMV, PVS, PLRV, PYVV, PVX, ToRSV y PMTV) en 36 muestras de tejido foliar. Los resultados indicaron la ocurrencia de cinco de los diez virus evaluados, con niveles de prevalencia de 88,9 %, 75 %, 75 %, 41,7 % y 25 % para PVY, PVX, PYVV, PLRV y PVS, respectivamente. Con fines comparativos, cuatro virus también se evaluaron mediante ELISA, siendo detectados PVS (80,5 %), PVY (55 %) y PLRV (5,5 %); mientras que PVX no fue encontrado con esta prueba. La comparación de estas técnicas mediante la razón de prevalencia (RP), indicó que la RT-qPCR ofrece niveles superiores de detección con valores de RP = 1,6 y RP = 7,5 para los virus PVY y PLRV; mientras que para PVS la ELISA detectó más muestras positivas que RT-qPCR (RP = 3,22), evidenciándose la necesidad de diseñar nuevos cebadores ajustados a la diversidad de este virus en Antioquia. La coinfección mixta más frecuente fue PVY-PYVV-PVX (22,2 %), mientras que los cinco virus se encontraron en el 11,1 % de las muestras. Finalmente, utilizando secuenciación Sanger de la cápside y NGS para los genomas completos, se confirmó la circulación de todos los virus detectados en los cultivos de papa del oriente Antioqueño. Estos resultados señalan la necesidad de fortalecer los programas de manejo integrado de enfermedades virales en Antioquia.
病毒性疾病是马铃薯的主要植物病理问题之一。为了确定哥伦比亚东部安蒂奥基亚地区马铃薯品种Diacol Capiro中最常见的病毒,通过RT-QPCR评估了36个叶组织样本中10种RNA病毒(PVY、PVA、PVV、TALMV、PVS、PLRV、PYVV、PVX、TorsV和PMTV)的存在。结果表明,在评估的10种病毒中,有5种病毒发生,PVY、PVX、PYVV、PLRV和PVS的患病率分别为88.9%、75%、75%、41.7%和25%。为了进行比较,还使用ELISA对四种病毒进行了评估,检测到PVS(80.5%)、PVY(55%)和PLRV(5.5%);而PVX没有通过这个测试找到。通过患病率(RP)对这些技术的比较表明,RT-QPCR对PVY和PLRV病毒的检测水平较高,Rp=1.6和Rp=7.5;而对于PVS,ELISA检测到的阳性样本比RT-QPCR(RP=3.22)多,这表明有必要设计新的引物,以适应安蒂奥基亚这种病毒的多样性。最常见的混合感染是PVY-PYVV-PVX(22.2%),而这五种病毒都存在于11.1%的样本中。最后,通过对完整基因组的衣壳和NGS进行桑格测序,确认了在安提奥基亚东部马铃薯作物中检测到的所有病毒的循环。这些结果表明,有必要加强安蒂奥基亚病毒疾病的综合管理方案。
{"title":"Coinfección natural de virus de ARN en cultivos de papa (Solanum tuberosum subsp. Andigena) en Antioquia (Colombia)","authors":"Yuliana Marcela Gallo García, Andrea Sierra Mejía, Livia Donaire Segarra, M. Aranda, P. G. Gutiérrez Sánchez, Mauricio Alejandro Marín Montoya","doi":"10.15446/ABC.V24N3.79277","DOIUrl":"https://doi.org/10.15446/ABC.V24N3.79277","url":null,"abstract":"Las enfermedades virales son uno de los principales problemas fitopatológicos de la papa. Con el fin de determinar los virus más prevalentes en cultivos de papa var. Diacol Capiro en el oriente Antioqueño (Colombia), se evaluó mediante RT-qPCR la presencia de diez virus de ARN (PVY, PVA, PVV, TaLMV, PVS, PLRV, PYVV, PVX, ToRSV y PMTV) en 36 muestras de tejido foliar. Los resultados indicaron la ocurrencia de cinco de los diez virus evaluados, con niveles de prevalencia de 88,9 %, 75 %, 75 %, 41,7 % y 25 % para PVY, PVX, PYVV, PLRV y PVS, respectivamente. Con fines comparativos, cuatro virus también se evaluaron mediante ELISA, siendo detectados PVS (80,5 %), PVY (55 %) y PLRV (5,5 %); mientras que PVX no fue encontrado con esta prueba. La comparación de estas técnicas mediante la razón de prevalencia (RP), indicó que la RT-qPCR ofrece niveles superiores de detección con valores de RP = 1,6 y RP = 7,5 para los virus PVY y PLRV; mientras que para PVS la ELISA detectó más muestras positivas que RT-qPCR (RP = 3,22), evidenciándose la necesidad de diseñar nuevos cebadores ajustados a la diversidad de este virus en Antioquia. La coinfección mixta más frecuente fue PVY-PYVV-PVX (22,2 %), mientras que los cinco virus se encontraron en el 11,1 % de las muestras. Finalmente, utilizando secuenciación Sanger de la cápside y NGS para los genomas completos, se confirmó la circulación de todos los virus detectados en los cultivos de papa del oriente Antioqueño. Estos resultados señalan la necesidad de fortalecer los programas de manejo integrado de enfermedades virales en Antioquia.","PeriodicalId":56052,"journal":{"name":"Acta Biologica Colombiana","volume":" ","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2019-09-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"https://sci-hub-pdf.com/10.15446/ABC.V24N3.79277","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"42460166","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"生物学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
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Next generation sequencing and proteomics in plant virology: how is Colombia doing? 植物病毒学的下一代测序和蛋白质组学:哥伦比亚做得怎么样?
IF 0.6 4区 生物学 Q4 PLANT SCIENCES Pub Date : 2019-09-01 DOI: 10.15446/ABC.V24N3.79486
J. Madroñero, Zayda Lorena Corredor Rozo, Javier Antonio Escobar Pérez, M. L. Velandia Romero
Crop production and trade are two of the most economically important activities in Colombia, and viral diseases cause a high negative impact to agricultural sector. Therefore, the detection, diagnosis, control, and management of viral diseases are crucial. Currently, Next-Generation Sequencing (NGS) and ‘Omic’ technologies constitute a right-hand tool for the discovery of novel viruses and for studying virus-plant interactions. This knowledge allows the development of new viral diagnostic methods and the discovery of key components of infectious processes, which could be used to generate plants resistant to viral infections. Globally, crop sciences are advancing in this direction. In this review, advancements in ‘omic’ technologies and their different applications in plant virology in Colombia are discussed. In addition, bioinformatics pipelines and resources for omics data analyses are presented. Due to their decreasing prices, NGS technologies are becoming an affordable and promising means to explore many phytopathologies affecting a wide variety of Colombian crops so as to improve their trade potential.
作物生产和贸易是哥伦比亚最重要的两项经济活动,病毒性疾病对农业部门造成了严重的负面影响。因此,病毒性疾病的检测、诊断、控制和管理至关重要。目前,下一代测序(NGS)和“奥密克戎”技术是发现新病毒和研究病毒与植物相互作用的得力工具。这些知识有助于开发新的病毒诊断方法,并发现感染过程的关键组成部分,这些组成部分可用于培育对病毒感染具有耐药性的植物。在全球范围内,作物科学正朝着这个方向发展。本文综述了“omic”技术的进展及其在哥伦比亚植物病毒学中的不同应用。此外,还介绍了用于组学数据分析的生物信息学管道和资源。由于价格不断下降,NGS技术正成为一种负担得起且有前景的手段,可以探索影响多种哥伦比亚作物的许多植物病理学,以提高其贸易潜力。
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La pérdida de función de la quinasa dependiente de ciclina 5 (CDK5) altera el citoesqueleto y reduce la infección in vitro por el virus del dengue 2 细胞周期素依赖激酶5(CDK5)功能的丧失改变了细胞骨架,减少了体外对登革热病毒2的感染
IF 0.6 4区 生物学 Q4 PLANT SCIENCES Pub Date : 2019-09-01 DOI: 10.15446/ABC.V24N3.79347
Vicky Constanza Roa Linares, Juan Carlos Gallego Gómez
La quinasa dependiente de ciclina 5 (CDK5) regula diversas funciones en neuronas, células endoteliales y epiteliales, entre ellas la dinámica del citoesqueleto. Así mismo, se ha reportado que componentes del citoesqueleto, tales como, filamentos de actina y microtúbulos juegan un rol importante durante la infección por el virus dengue (DENV). El objetivo del presente trabajo fue evaluar por dos métodos, inhibición química y silenciamiento génico, la participación de CDK5 durante la infección por DENV-2. La actividad antiviral de roscovitina fue evaluada usando ensayos de Unidades Formadoras de Placa (PFU). La eficiencia de transfección y el silenciamiento de CDK5, empleando miARNs artificiales, se determinó por citometría de flujo. El efecto sobre la proteína de envoltura viral y elementos del citoesqueleto se evidenció mediante microscopia avanzada de fluorescencia y análisis de imágenes. Roscovitina mostró actividad antiviral en etapas pre y post-infectivas en una forma dependiente de la dosis. El tratamiento con roscovitina y miRCDK5 mostró ser efectivo reduciendo la cantidad de CDK5 en células no infectadas. En células infectadas y transfectadas con miRCDK5, así como tratadas con el inhibidor, se observó una reducción significativa de la proteína de envoltura viral; sin embargo, no se encontró reducción significativa de CDK5. Además, el tratamiento con roscovitina indujo cambios celulares morfológicos evidentes en células infectadas. Los resultados indican la potencial participación de CDK5 durante la infección por DENV-2, posiblemente mediando la traducción proteica o la replicación del genoma viral a través de la regulación de la dinámica del citoesqueleto. Se requieren datos adicionales para esclarecer la mecanística del fenómeno usando métodos alternativos.
细胞周期素依赖激酶5(CDK5)调节神经元、内皮细胞和上皮细胞的各种功能,包括细胞骨架动力学。同样,据报道,细胞骨架的成分,如肌动蛋白丝和微管,在登革热病毒感染过程中起着重要作用。这项工作的目的是通过化学抑制和基因沉默两种方法评估CDK5在DENV-2感染过程中的参与。使用斑块形成单位(PFU)试验评估Roscovitin的抗病毒活性。用流式细胞术检测了使用人工miRNA的CDK5的转染效率和沉默情况。先进的荧光显微镜和图像分析证明了它对病毒包膜蛋白和细胞骨架元素的影响。Roscovitin在感染前和感染后阶段以剂量依赖性的方式显示出抗病毒活性。Roscovitin和MIRCDK5治疗表明,通过减少未感染细胞中CDK5的数量是有效的。在感染和转染MIRCDK5以及使用抑制剂治疗的细胞中,观察到病毒包膜蛋白显著减少;然而,CDK5没有显著减少。此外,Roscovitin治疗引起感染细胞的明显细胞形态学变化。结果表明,CDK5可能参与了DENV-2感染过程,可能通过调节细胞骨架动力学来介导蛋白质翻译或病毒基因组复制。需要额外的数据来使用替代方法澄清这种现象的机制。
{"title":"La pérdida de función de la quinasa dependiente de ciclina 5 (CDK5) altera el citoesqueleto y reduce la infección in vitro por el virus del dengue 2","authors":"Vicky Constanza Roa Linares, Juan Carlos Gallego Gómez","doi":"10.15446/ABC.V24N3.79347","DOIUrl":"https://doi.org/10.15446/ABC.V24N3.79347","url":null,"abstract":"La quinasa dependiente de ciclina 5 (CDK5) regula diversas funciones en neuronas, células endoteliales y epiteliales, entre ellas la dinámica del citoesqueleto. Así mismo, se ha reportado que componentes del citoesqueleto, tales como, filamentos de actina y microtúbulos juegan un rol importante durante la infección por el virus dengue (DENV). El objetivo del presente trabajo fue evaluar por dos métodos, inhibición química y silenciamiento génico, la participación de CDK5 durante la infección por DENV-2. La actividad antiviral de roscovitina fue evaluada usando ensayos de Unidades Formadoras de Placa (PFU). La eficiencia de transfección y el silenciamiento de CDK5, empleando miARNs artificiales, se determinó por citometría de flujo. El efecto sobre la proteína de envoltura viral y elementos del citoesqueleto se evidenció mediante microscopia avanzada de fluorescencia y análisis de imágenes. Roscovitina mostró actividad antiviral en etapas pre y post-infectivas en una forma dependiente de la dosis. El tratamiento con roscovitina y miRCDK5 mostró ser efectivo reduciendo la cantidad de CDK5 en células no infectadas. En células infectadas y transfectadas con miRCDK5, así como tratadas con el inhibidor, se observó una reducción significativa de la proteína de envoltura viral; sin embargo, no se encontró reducción significativa de CDK5. Además, el tratamiento con roscovitina indujo cambios celulares morfológicos evidentes en células infectadas. Los resultados indican la potencial participación de CDK5 durante la infección por DENV-2, posiblemente mediando la traducción proteica o la replicación del genoma viral a través de la regulación de la dinámica del citoesqueleto. Se requieren datos adicionales para esclarecer la mecanística del fenómeno usando métodos alternativos.","PeriodicalId":56052,"journal":{"name":"Acta Biologica Colombiana","volume":" ","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2019-09-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"https://sci-hub-pdf.com/10.15446/ABC.V24N3.79347","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"48121594","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"生物学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
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Lack of expression of hepatitis C virus core protein in human monocyte-erived dendritic cells using recombinant semliki forest virus 用重组semliki森林病毒在人单核细胞衍生的树突状细胞中缺乏丙型肝炎病毒核心蛋白的表达
IF 0.6 4区 生物学 Q4 PLANT SCIENCES Pub Date : 2019-09-01 DOI: 10.15446/ABC.V24N3.79368
M. Navas, F. Stoll-Keller, J. Pavlovic
Hepatitis C Virus belongs to the Flaviviridae family.  One proposed mechanism of HCV persistence in the ability to infect hematopoietic cells, including Dendritic cells (DCs). HCV infection of DCs could impair their functions that represent one of the mechanisms, thus hampering viral clearance by the host immune system. Among HCV-encoded proteins, the highly conserved Core protein has been suggested to be responsible for the immunomodulatory properties of this Hepacivirus. Recombinant viral vectors expressing the HCV Core protein and allowing its transduction and therefore the expression of the protein into DCs could be useful tools for the analysis of the properties of the Core protein. Vaccinia Virus and retrovirus have been used to transduce human DCs. Likewise, gene transfer into DCs using Semliki Forest Virus has been reported. This study aimed to express the HCV Core protein in human monocyte-derived DCs using an SFV vector, in which the subgenomic RNA encoding the structural proteins was replaced by the HCV Core sequence and then analyze the effects of its expression on DCs functions.
丙型肝炎病毒属于黄病毒科。一种被提出的HCV持续感染造血细胞(包括树突状细胞)的机制。HCV感染dc可损害其功能,这是其中一种机制,从而阻碍宿主免疫系统对病毒的清除。在hcv编码的蛋白中,高度保守的Core蛋白被认为是这种肝炎病毒免疫调节特性的原因。表达HCV核心蛋白的重组病毒载体,允许其转导并因此将蛋白质表达到dc中,可能是分析核心蛋白特性的有用工具。牛痘病毒和逆转录病毒已被用于转导人类dc。同样,使用塞姆利基森林病毒将基因转移到树突状细胞中也有报道。本研究旨在利用SFV载体在人单核细胞来源的dc中表达HCV Core蛋白,将编码结构蛋白的亚基因组RNA替换为HCV Core序列,并分析其表达对dc功能的影响。
{"title":"Lack of expression of hepatitis C virus core protein in human monocyte-erived dendritic cells using recombinant semliki forest virus","authors":"M. Navas, F. Stoll-Keller, J. Pavlovic","doi":"10.15446/ABC.V24N3.79368","DOIUrl":"https://doi.org/10.15446/ABC.V24N3.79368","url":null,"abstract":"Hepatitis C Virus belongs to the Flaviviridae family.  One proposed mechanism of HCV persistence in the ability to infect hematopoietic cells, including Dendritic cells (DCs). HCV infection of DCs could impair their functions that represent one of the mechanisms, thus hampering viral clearance by the host immune system. Among HCV-encoded proteins, the highly conserved Core protein has been suggested to be responsible for the immunomodulatory properties of this Hepacivirus. Recombinant viral vectors expressing the HCV Core protein and allowing its transduction and therefore the expression of the protein into DCs could be useful tools for the analysis of the properties of the Core protein. Vaccinia Virus and retrovirus have been used to transduce human DCs. Likewise, gene transfer into DCs using Semliki Forest Virus has been reported. This study aimed to express the HCV Core protein in human monocyte-derived DCs using an SFV vector, in which the subgenomic RNA encoding the structural proteins was replaced by the HCV Core sequence and then analyze the effects of its expression on DCs functions.","PeriodicalId":56052,"journal":{"name":"Acta Biologica Colombiana","volume":" ","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2019-09-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"https://sci-hub-pdf.com/10.15446/ABC.V24N3.79368","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"47086318","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"生物学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
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Metaanálisis de la validez y el desempeño de las pruebas de tamización del virus de la hepatitis C en bancos de sangre, 2000-2018 2000-2018年血库丙型肝炎病毒筛选试验有效性和性能的荟萃分析
IF 0.6 4区 生物学 Q4 PLANT SCIENCES Pub Date : 2019-09-01 DOI: 10.15446/ABC.V24N3.79348
Claudia María Orrego-Marín, A. Bedoya, Jaiberth Antonio Cardona Arias
Este estudio evaluó la validez y desempeño del inmunodiagnóstico del virus de la hepatitis C (VHC), con base en estudios publicados en la literatura científica mundial. Se diseñó y validó un protocolo de búsqueda y selección de investigaciones en las fases de la guía PRISMA, se analizaron los parámetros de sensibilidad, especificidad, cocientes de probabilidad, razón de odds y curva ROC, en MetaDisc. Se tamizaron 4602 estudios, de los cuales sólo 545 se realizaron en bancos de sangre y 18 evaluaron la validez diagnóstica de las pruebas para el VHC. La mayoría de los estudios fueron de Europa y Asia, con un 78 % basados en determinación de anticuerpos. Los estudios con detección de anticuerpos se realizaron en 21 483 donantes sanos y 3 145 infectados en quienes se halló una sensibilidad de 97,8 % (IC 95 % = 97,3 - 98,2), especificidad 99,0 % (IC 95 % = 98,9 - 99,2), cociente de probabilidad positivo 75,4 (IC 95 % = 27,2 - 209,2) y negativo de 0,02 (IC 95 % = 0,01 - 0,07) y área bajo la curva de 99,8 %. Se concluye que la detección de anticuerpos presenta excelente validez, desempeño y utilidad diagnóstica para la detección del VHC en donantes de sangre y población general.
这项研究评估了丙型肝炎病毒(hcv)免疫诊断的有效性和表现,基于发表在世界科学文献中的研究。我们设计并验证了PRISMA指南阶段的研究搜索和选择方案,并在元isc中分析了敏感性、特异性、概率比、比值比和ROC曲线等参数。筛选了4602项研究,其中只有545项在血库中进行,18项评估了hcv检测的诊断有效性。大多数研究来自欧洲和亚洲,78%基于抗体测定。研究健康21 483捐助者进行抗体检测和3 145人发现感染的灵敏度97.8 (IC 95 % = 97.3 - 98.2),特异性99.0 (IC 95 % = 98.9 - 99.2),正面的概率比75.4 (IC 95 % = 27.2 - 209.2)和消极的0.02 (IC 95 % = 0.01 - 0.07)和曲线下面积99.8 %。结果表明,抗体检测在献血者和普通人群中具有良好的有效性、性能和诊断价值。
{"title":"Metaanálisis de la validez y el desempeño de las pruebas de tamización del virus de la hepatitis C en bancos de sangre, 2000-2018","authors":"Claudia María Orrego-Marín, A. Bedoya, Jaiberth Antonio Cardona Arias","doi":"10.15446/ABC.V24N3.79348","DOIUrl":"https://doi.org/10.15446/ABC.V24N3.79348","url":null,"abstract":"Este estudio evaluó la validez y desempeño del inmunodiagnóstico del virus de la hepatitis C (VHC), con base en estudios publicados en la literatura científica mundial. Se diseñó y validó un protocolo de búsqueda y selección de investigaciones en las fases de la guía PRISMA, se analizaron los parámetros de sensibilidad, especificidad, cocientes de probabilidad, razón de odds y curva ROC, en MetaDisc. Se tamizaron 4602 estudios, de los cuales sólo 545 se realizaron en bancos de sangre y 18 evaluaron la validez diagnóstica de las pruebas para el VHC. La mayoría de los estudios fueron de Europa y Asia, con un 78 % basados en determinación de anticuerpos. Los estudios con detección de anticuerpos se realizaron en 21 483 donantes sanos y 3 145 infectados en quienes se halló una sensibilidad de 97,8 % (IC 95 % = 97,3 - 98,2), especificidad 99,0 % (IC 95 % = 98,9 - 99,2), cociente de probabilidad positivo 75,4 (IC 95 % = 27,2 - 209,2) y negativo de 0,02 (IC 95 % = 0,01 - 0,07) y área bajo la curva de 99,8 %. Se concluye que la detección de anticuerpos presenta excelente validez, desempeño y utilidad diagnóstica para la detección del VHC en donantes de sangre y población general.","PeriodicalId":56052,"journal":{"name":"Acta Biologica Colombiana","volume":" ","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2019-09-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"https://sci-hub-pdf.com/10.15446/ABC.V24N3.79348","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"44146962","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"生物学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
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Ensamblaje y liberación del virus dengue: controversia sobre la participación de la proteína Alix 登革热病毒的组装和释放:关于ALIX蛋白参与的争议
IF 0.6 4区 生物学 Q4 PLANT SCIENCES Pub Date : 2019-09-01 DOI: 10.15446/ABC.V24N3.79321
Claudia Liliana Bueno Angarita, Liliana Morales de la Pava, Myriam Lucia Velandia Romero, María Angélica Calderón Peláez, Jacqueline Chaparro-Olaya
Algunos virus envueltos usurpan la maquinaria celular ESCRT (complejo de clasificación endosomal requerido para el transporte) para llevar a cabo funciones como la transcripción, la traducción, el ensamblaje y la liberación de partículas virales desde las células huésped. Aunque esta estrategia ha sido estudiada principalmente en retrovirus, son varios los virus envueltos que la usan. El objetivo del trabajo fue explorar la participación de una proteína accesoria de ESCRT, la proteína Alix, en la transcripción, traducción, ensamblaje y liberación del virus dengue (DENV), así como su interacción con la proteína viral NS3. Células A549 infectadas con DENV2 fueron tratadas con pequeños ARN de interferencia (siRNA) para disminuir la expresión (“knock-down”) de la proteína Alix. Simultáneamente, se obtuvo una línea A549 que expresaba una proteína NS3 recombinante y sobre este sistema se hicieron ensayos de inmunoprecipitación y “pull-down” para detectar interacción entre NS3 y Alix. Los resultados mostraron que el “knock-down” de Alix no tuvo efecto notable en la transcripción o la traducción viral, pero sí en el ensamblaje y la liberación de DENV2, mientras que los ensayos de “pull-down” revelaron la interacción entre NS3 y Alix. La participación de Alix en la producción de DENV2 y su interacción con NS3 constituyen un potencial blanco para el diseño de estrategias dirigidas a controlar la propagación de DENV.
一些包膜病毒篡夺细胞机制ESCRT(运输所需的内体分类复合物)来执行转录、翻译、组装和从宿主细胞释放病毒颗粒等功能。虽然这种策略主要在逆转录病毒中进行研究,但也有一些相关病毒使用这种策略。本研究的目的是探讨ESCRT辅助蛋白Alix在登革病毒(DENV)的转录、翻译、组装和释放中的参与,以及它与病毒蛋白NS3的相互作用。用小干扰rna (siRNA)处理感染DENV2的A549细胞,以减少Alix蛋白的敲除。同时获得表达重组NS3蛋白的A549线,并对该系统进行免疫沉淀和拉下试验,检测NS3与Alix之间的相互作用。结果表明,Alix敲除对病毒转录或翻译没有显著影响,但对DENV2的组装和释放有显著影响,而拉下试验揭示了NS3和Alix之间的相互作用。Alix参与DENV2的生产及其与NS3的相互作用是设计控制DENV传播策略的潜在目标。
{"title":"Ensamblaje y liberación del virus dengue: controversia sobre la participación de la proteína Alix","authors":"Claudia Liliana Bueno Angarita, Liliana Morales de la Pava, Myriam Lucia Velandia Romero, María Angélica Calderón Peláez, Jacqueline Chaparro-Olaya","doi":"10.15446/ABC.V24N3.79321","DOIUrl":"https://doi.org/10.15446/ABC.V24N3.79321","url":null,"abstract":"Algunos virus envueltos usurpan la maquinaria celular ESCRT (complejo de clasificación endosomal requerido para el transporte) para llevar a cabo funciones como la transcripción, la traducción, el ensamblaje y la liberación de partículas virales desde las células huésped. Aunque esta estrategia ha sido estudiada principalmente en retrovirus, son varios los virus envueltos que la usan. El objetivo del trabajo fue explorar la participación de una proteína accesoria de ESCRT, la proteína Alix, en la transcripción, traducción, ensamblaje y liberación del virus dengue (DENV), así como su interacción con la proteína viral NS3. Células A549 infectadas con DENV2 fueron tratadas con pequeños ARN de interferencia (siRNA) para disminuir la expresión (“knock-down”) de la proteína Alix. Simultáneamente, se obtuvo una línea A549 que expresaba una proteína NS3 recombinante y sobre este sistema se hicieron ensayos de inmunoprecipitación y “pull-down” para detectar interacción entre NS3 y Alix. Los resultados mostraron que el “knock-down” de Alix no tuvo efecto notable en la transcripción o la traducción viral, pero sí en el ensamblaje y la liberación de DENV2, mientras que los ensayos de “pull-down” revelaron la interacción entre NS3 y Alix. La participación de Alix en la producción de DENV2 y su interacción con NS3 constituyen un potencial blanco para el diseño de estrategias dirigidas a controlar la propagación de DENV.","PeriodicalId":56052,"journal":{"name":"Acta Biologica Colombiana","volume":"1 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2019-09-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"https://sci-hub-pdf.com/10.15446/ABC.V24N3.79321","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"41355329","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"生物学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
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Seroprevalencia del virus de la hepatitis C en un banco de sangre de Medellín-Colombia, 2005-2018 2005-2018年哥伦比亚medellin血库丙型肝炎病毒血清流行率
IF 0.6 4区 生物学 Q4 PLANT SCIENCES Pub Date : 2019-09-01 DOI: 10.15446/ABC.V24N3.79399
Jaiberth Antonio Cardona Arias, Jenniffer Flórez Duque, Luis Felipe Higuita Gutiérrez
El objetivo de este estudio fue estimar la seroprevalencia del virus de la hepatitis C (VHC) en donantes de un banco de sangre de Medellín- Colombia en el periodo 2005-2018 e identificar sus factores asociados. Se realizó un estudio ecológico mixto con 166603 sujetos. La descripción se realizó con frecuencias, series de tiempo con las seroprevalencias y sus intervalos de confianza del 95 %. Se estimaron razones de odds crudas y ajustadas mediante regresión logística binaria en SPSS 25.0®. La seroprevalencia fue 0,567 (IC 95 % = 0,53-0,60) con una endemia baja y estable desde el 2010. Los únicos factores que presentaron diferencias estadísticas en la seroprevalencia fueron el grupo etario y la frecuencia de donación, con una infección 23 % mayor en los donantes con edad mayor de 40 años (frente a las personas con edad entre 18-40), y 94 % mayor en los donantes de primera vez, en comparación con quienes donan a repetición . Se concluye que en Medellín los niveles endémicos del VHC han sido estables y bajos en la última década, evidenciando la importancia de la vigilancia epidemiológica que realizan los bancos de sangre. La menor prevalencia en la última década hace suponer una exposición diferencial al virus en función de la generación a la que se pertenece, de manera que el efecto de cohorte de nacimiento debe ser investigada en estudios posteriores.
本研究的目的是估计2005-2018年哥伦比亚medellin血库献血者中丙型肝炎病毒(hcv)的血清流行率,并确定其相关因素。本研究的目的是评估该地区的生物多样性。采用频率、血清流行率时间序列及其95%置信区间进行描述。使用SPSS 25.0®的二元logistic回归估计粗比值比和调整比值比。2010年以来,血清流行率为0.567 (95% ci = 0.53 - 0.60),地方性低而稳定。血清中唯一提出统计差异的因素是年龄组和养老频率与23 %感染,在捐助方与年龄超过40岁患者(18-40),至94 %最大的一次,在捐助者与人相比,重复。本研究的目的是确定在medellin中流行的丙型肝炎病毒(hcv)水平在过去十年中是稳定和低的,这表明了血库流行病学监测的重要性。在过去十年中流行率较低,这意味着病毒暴露在不同世代之间存在差异,因此出生队列效应应在以后的研究中进行调查。
{"title":"Seroprevalencia del virus de la hepatitis C en un banco de sangre de Medellín-Colombia, 2005-2018","authors":"Jaiberth Antonio Cardona Arias, Jenniffer Flórez Duque, Luis Felipe Higuita Gutiérrez","doi":"10.15446/ABC.V24N3.79399","DOIUrl":"https://doi.org/10.15446/ABC.V24N3.79399","url":null,"abstract":"El objetivo de este estudio fue estimar la seroprevalencia del virus de la hepatitis C (VHC) en donantes de un banco de sangre de Medellín- Colombia en el periodo 2005-2018 e identificar sus factores asociados. Se realizó un estudio ecológico mixto con 166603 sujetos. La descripción se realizó con frecuencias, series de tiempo con las seroprevalencias y sus intervalos de confianza del 95 %. Se estimaron razones de odds crudas y ajustadas mediante regresión logística binaria en SPSS 25.0®. La seroprevalencia fue 0,567 (IC 95 % = 0,53-0,60) con una endemia baja y estable desde el 2010. Los únicos factores que presentaron diferencias estadísticas en la seroprevalencia fueron el grupo etario y la frecuencia de donación, con una infección 23 % mayor en los donantes con edad mayor de 40 años (frente a las personas con edad entre 18-40), y 94 % mayor en los donantes de primera vez, en comparación con quienes donan a repetición . Se concluye que en Medellín los niveles endémicos del VHC han sido estables y bajos en la última década, evidenciando la importancia de la vigilancia epidemiológica que realizan los bancos de sangre. La menor prevalencia en la última década hace suponer una exposición diferencial al virus en función de la generación a la que se pertenece, de manera que el efecto de cohorte de nacimiento debe ser investigada en estudios posteriores.","PeriodicalId":56052,"journal":{"name":"Acta Biologica Colombiana","volume":" ","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2019-09-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"https://sci-hub-pdf.com/10.15446/ABC.V24N3.79399","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"43411440","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"生物学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
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Acta Biologica Colombiana
全部 Acc. Chem. Res. ACS Applied Bio Materials ACS Appl. Electron. Mater. ACS Appl. Energy Mater. ACS Appl. Mater. Interfaces ACS Appl. Nano Mater. ACS Appl. Polym. Mater. ACS BIOMATER-SCI ENG ACS Catal. ACS Cent. Sci. ACS Chem. Biol. ACS Chemical Health & Safety ACS Chem. Neurosci. ACS Comb. Sci. ACS Earth Space Chem. ACS Energy Lett. ACS Infect. Dis. ACS Macro Lett. ACS Mater. Lett. ACS Med. Chem. Lett. ACS Nano ACS Omega ACS Photonics ACS Sens. ACS Sustainable Chem. Eng. ACS Synth. Biol. Anal. Chem. BIOCHEMISTRY-US Bioconjugate Chem. BIOMACROMOLECULES Chem. Res. Toxicol. Chem. Rev. Chem. Mater. CRYST GROWTH DES ENERG FUEL Environ. Sci. Technol. Environ. Sci. Technol. Lett. Eur. J. Inorg. Chem. IND ENG CHEM RES Inorg. Chem. J. Agric. Food. Chem. J. Chem. Eng. Data J. Chem. Educ. J. Chem. Inf. Model. J. Chem. Theory Comput. J. Med. Chem. J. Nat. Prod. J PROTEOME RES J. Am. Chem. Soc. LANGMUIR MACROMOLECULES Mol. Pharmaceutics Nano Lett. Org. Lett. ORG PROCESS RES DEV ORGANOMETALLICS J. Org. Chem. J. Phys. Chem. J. Phys. Chem. A J. Phys. Chem. B J. Phys. Chem. C J. Phys. Chem. Lett. Analyst Anal. Methods Biomater. Sci. Catal. Sci. Technol. Chem. Commun. Chem. Soc. Rev. CHEM EDUC RES PRACT CRYSTENGCOMM Dalton Trans. Energy Environ. Sci. ENVIRON SCI-NANO ENVIRON SCI-PROC IMP ENVIRON SCI-WAT RES Faraday Discuss. Food Funct. Green Chem. Inorg. Chem. Front. Integr. Biol. J. Anal. At. Spectrom. J. Mater. Chem. A J. Mater. Chem. B J. Mater. Chem. C Lab Chip Mater. Chem. Front. Mater. Horiz. MEDCHEMCOMM Metallomics Mol. Biosyst. Mol. Syst. Des. Eng. Nanoscale Nanoscale Horiz. Nat. Prod. Rep. New J. Chem. Org. Biomol. Chem. Org. Chem. Front. PHOTOCH PHOTOBIO SCI PCCP Polym. Chem.
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