El virus de la enfermedad de Gumboro (IBDV) es un avibirnavirus con genoma dsARN que presenta altas tasas de mutación y recombinación. A pesar del efecto inmunosupresor en aves y la frecuencia con que ocurre la infección por este agente en el país son pocos los estudios que caracterizan los cuadros clínicos y se desconoce cuáles son los genogrupos circulantes. Esta investigación tuvo como objetivo determinar la frecuencia de lesiones histopatológicas en órganos del sistema inmune e identificar los genogrupos del IBDV en aves comerciales de Colombia. Para determinar la frecuencia de presentación de lesiones en órganos del sistema inmune se analizaron 381 casos clínicos de las bases de datos del Laboratorio de Patología Aviar (LPA) de la Universidad Nacional de Colombia, sede Bogotá (periodo 2016-2018). Asimismo, se secuenciaron los productos de RT-PCR del gen que codifica para la proteína viral VP2 provenientes de 35 muestras de bursas de Fabricio. Como resultado se encontró evidencia de lesiones microscópicas compatibles con procesos de inmunodepresión en órganos del sistema inmune (bursa de Fabricio, timo, bazo y médula ósea) en el 25 % (97) de los casos analizados y se identificaron los genogrupos 1, 2 y 4 en la siguiente proporción: genogrupo 1-69 % (virus clásicos), genogrupo 2-25 % (variantes) y genogrupo 4-6 % (identificado en Suramérica). Estos hallazgos demuestran la presencia de lesiones en órganos del sistema inmune y la existencia de los genogrupos 1, 2 y 3 del IBDV circulando en aves comerciales en Colombia. Esta es la primera investigación en el país con este sistema de clasificación que permite evidenciar con mayor precisión los cambios en el genoma del IBDV. Lo anterior señala la necesidad de continuar con este tipo de estudios para tener una mejor comprensión de la infección en campo y orientar el diseño e implementación de estrategias de control.
{"title":"Identificación de genogrupos del virus de la Enfermedad de Gumboro en granjas avícolas en Colombia","authors":"Arlen Patricia Gómez Ramírez, Magda Yoana Beltrán León, Diana Marcela Álvarez Mira, Gloria Consuelo Ramírez Nieto","doi":"10.15446/ABC.V24N3.79369","DOIUrl":"https://doi.org/10.15446/ABC.V24N3.79369","url":null,"abstract":"El virus de la enfermedad de Gumboro (IBDV) es un avibirnavirus con genoma dsARN que presenta altas tasas de mutación y recombinación. A pesar del efecto inmunosupresor en aves y la frecuencia con que ocurre la infección por este agente en el país son pocos los estudios que caracterizan los cuadros clínicos y se desconoce cuáles son los genogrupos circulantes. Esta investigación tuvo como objetivo determinar la frecuencia de lesiones histopatológicas en órganos del sistema inmune e identificar los genogrupos del IBDV en aves comerciales de Colombia. Para determinar la frecuencia de presentación de lesiones en órganos del sistema inmune se analizaron 381 casos clínicos de las bases de datos del Laboratorio de Patología Aviar (LPA) de la Universidad Nacional de Colombia, sede Bogotá (periodo 2016-2018). Asimismo, se secuenciaron los productos de RT-PCR del gen que codifica para la proteína viral VP2 provenientes de 35 muestras de bursas de Fabricio. Como resultado se encontró evidencia de lesiones microscópicas compatibles con procesos de inmunodepresión en órganos del sistema inmune (bursa de Fabricio, timo, bazo y médula ósea) en el 25 % (97) de los casos analizados y se identificaron los genogrupos 1, 2 y 4 en la siguiente proporción: genogrupo 1-69 % (virus clásicos), genogrupo 2-25 % (variantes) y genogrupo 4-6 % (identificado en Suramérica). Estos hallazgos demuestran la presencia de lesiones en órganos del sistema inmune y la existencia de los genogrupos 1, 2 y 3 del IBDV circulando en aves comerciales en Colombia. Esta es la primera investigación en el país con este sistema de clasificación que permite evidenciar con mayor precisión los cambios en el genoma del IBDV. Lo anterior señala la necesidad de continuar con este tipo de estudios para tener una mejor comprensión de la infección en campo y orientar el diseño e implementación de estrategias de control.","PeriodicalId":56052,"journal":{"name":"Acta Biologica Colombiana","volume":null,"pages":null},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2019-09-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"https://sci-hub-pdf.com/10.15446/ABC.V24N3.79369","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"42337671","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"生物学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2019-09-01DOI: 10.15446/ABC.V24N3.79367
Juan Carlos Vaca-Vaca, J. Morales-Euse, Diana Marcela Rivera-Toro, K. López-López
Virus del género Begomovirus infectan cultivos de importancia económica en todo el mundo, incluyendo ají. A la fecha, en Colombia no hay reportes de la presencia de begomovirus infectando este cultivo, por lo que el objetivo de esta investigación fue identificar la presencia de virus de este género en ají empleando estrategias moleculares. Se colectaron 197 muestras de ají en diez municipios del Valle del Cauca. Se extrajo el DNA genómico total vegetal y mediante PCR se detectó la presencia de begomovirus. Para establecer la identidad molecular del virus se amplificaron fragmentos de 1,4 kb de muestras colectadas en Palmira y Vijes. Los fragmentos fueron clonados, secuenciados y analizados. Se encontró que el 85,7 % de las muestras de ají evaluadas fueron positivas para begomovirus. Los análisis de secuencia de los fragmentos virales de 1,4 kb arrojaron una identidad de 91,8 % entre ellos y los de secuencia de nucleótidos de los virus aislados en Vijes y Palmira mostró que éstos presentan los valores de identidad más altos (87,2 % y 86,6 %) con el virus de la distorsión de la hoja de maracuyá, un begomovirus aislado de maracuyá en Colombia. Estos análisis estarían indicando que este begomovirus aislado de ají podría ser una nueva especie. De acuerdo con la literatura, este es el primer reporte de un begomovirus infectando cultivos de ají en Colombia.Virus del género Begomovirus infectan cultivos de importancia económica en todo el mundo, incluyendo ají. A la fecha, en Colombia no hay reportes de la presencia de begomovirus infectando este cultivo, por lo que el objetivo de esta investigación fue identificar la presencia de virus de este género en ají empleando estrategias moleculares. Se colectaron 197 muestras de ají en diez municipios del Valle del Cauca. Se extrajo el DNA genómico total vegetal y mediante PCR se detectó la presencia de begomovirus. Para establecer la identidad molecular del virus se amplificaron fragmentos de 1,4 kb de muestras colectadas en Palmira y Vijes. Los fragmentos fueron clonados, secuenciados y analizados. Se encontró que el 85,7 % de las muestras de ají evaluadas fueron positivas para begomovirus. Los análisis de secuencia de los fragmentos virales de 1,4 kb arrojaron una identidad de 91,8 % entre ellos y los de secuencia de nucleótidos de los virus aislados en Vijes y Palmira mostró que éstos presentan los valores de identidad más altos (87,2 % y 86,6 %) con el virus de la distorsión de la hoja de maracuyá, un begomovirus aislado de maracuyá en Colombia. Estos análisis estarían indicando que este begomovirus aislado de ají podría ser una nueva especie. De acuerdo con la literatura, este es el primer reporte de un begomovirus infectando cultivos de ají en Colombia.
{"title":"Primer reporte de begomovirus infectando cultivos de ají (Capsicum spp.) en Colombia","authors":"Juan Carlos Vaca-Vaca, J. Morales-Euse, Diana Marcela Rivera-Toro, K. López-López","doi":"10.15446/ABC.V24N3.79367","DOIUrl":"https://doi.org/10.15446/ABC.V24N3.79367","url":null,"abstract":"Virus del género Begomovirus infectan cultivos de importancia económica en todo el mundo, incluyendo ají. A la fecha, en Colombia no hay reportes de la presencia de begomovirus infectando este cultivo, por lo que el objetivo de esta investigación fue identificar la presencia de virus de este género en ají empleando estrategias moleculares. Se colectaron 197 muestras de ají en diez municipios del Valle del Cauca. Se extrajo el DNA genómico total vegetal y mediante PCR se detectó la presencia de begomovirus. Para establecer la identidad molecular del virus se amplificaron fragmentos de 1,4 kb de muestras colectadas en Palmira y Vijes. Los fragmentos fueron clonados, secuenciados y analizados. Se encontró que el 85,7 % de las muestras de ají evaluadas fueron positivas para begomovirus. Los análisis de secuencia de los fragmentos virales de 1,4 kb arrojaron una identidad de 91,8 % entre ellos y los de secuencia de nucleótidos de los virus aislados en Vijes y Palmira mostró que éstos presentan los valores de identidad más altos (87,2 % y 86,6 %) con el virus de la distorsión de la hoja de maracuyá, un begomovirus aislado de maracuyá en Colombia. Estos análisis estarían indicando que este begomovirus aislado de ají podría ser una nueva especie. De acuerdo con la literatura, este es el primer reporte de un begomovirus infectando cultivos de ají en Colombia.Virus del género Begomovirus infectan cultivos de importancia económica en todo el mundo, incluyendo ají. A la fecha, en Colombia no hay reportes de la presencia de begomovirus infectando este cultivo, por lo que el objetivo de esta investigación fue identificar la presencia de virus de este género en ají empleando estrategias moleculares. Se colectaron 197 muestras de ají en diez municipios del Valle del Cauca. Se extrajo el DNA genómico total vegetal y mediante PCR se detectó la presencia de begomovirus. Para establecer la identidad molecular del virus se amplificaron fragmentos de 1,4 kb de muestras colectadas en Palmira y Vijes. Los fragmentos fueron clonados, secuenciados y analizados. Se encontró que el 85,7 % de las muestras de ají evaluadas fueron positivas para begomovirus. Los análisis de secuencia de los fragmentos virales de 1,4 kb arrojaron una identidad de 91,8 % entre ellos y los de secuencia de nucleótidos de los virus aislados en Vijes y Palmira mostró que éstos presentan los valores de identidad más altos (87,2 % y 86,6 %) con el virus de la distorsión de la hoja de maracuyá, un begomovirus aislado de maracuyá en Colombia. Estos análisis estarían indicando que este begomovirus aislado de ají podría ser una nueva especie. De acuerdo con la literatura, este es el primer reporte de un begomovirus infectando cultivos de ají en Colombia.","PeriodicalId":56052,"journal":{"name":"Acta Biologica Colombiana","volume":null,"pages":null},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2019-09-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"https://sci-hub-pdf.com/10.15446/ABC.V24N3.79367","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"44548072","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"生物学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2019-09-01DOI: 10.15446/ABC.V24N3.79486
J. Madroñero, Zayda Lorena Corredor Rozo, Javier Antonio Escobar Pérez, M. L. Velandia Romero
Crop production and trade are two of the most economically important activities in Colombia, and viral diseases cause a high negative impact to agricultural sector. Therefore, the detection, diagnosis, control, and management of viral diseases are crucial. Currently, Next-Generation Sequencing (NGS) and ‘Omic’ technologies constitute a right-hand tool for the discovery of novel viruses and for studying virus-plant interactions. This knowledge allows the development of new viral diagnostic methods and the discovery of key components of infectious processes, which could be used to generate plants resistant to viral infections. Globally, crop sciences are advancing in this direction. In this review, advancements in ‘omic’ technologies and their different applications in plant virology in Colombia are discussed. In addition, bioinformatics pipelines and resources for omics data analyses are presented. Due to their decreasing prices, NGS technologies are becoming an affordable and promising means to explore many phytopathologies affecting a wide variety of Colombian crops so as to improve their trade potential.
{"title":"Next generation sequencing and proteomics in plant virology: how is Colombia doing?","authors":"J. Madroñero, Zayda Lorena Corredor Rozo, Javier Antonio Escobar Pérez, M. L. Velandia Romero","doi":"10.15446/ABC.V24N3.79486","DOIUrl":"https://doi.org/10.15446/ABC.V24N3.79486","url":null,"abstract":"Crop production and trade are two of the most economically important activities in Colombia, and viral diseases cause a high negative impact to agricultural sector. Therefore, the detection, diagnosis, control, and management of viral diseases are crucial. Currently, Next-Generation Sequencing (NGS) and ‘Omic’ technologies constitute a right-hand tool for the discovery of novel viruses and for studying virus-plant interactions. This knowledge allows the development of new viral diagnostic methods and the discovery of key components of infectious processes, which could be used to generate plants resistant to viral infections. Globally, crop sciences are advancing in this direction. In this review, advancements in ‘omic’ technologies and their different applications in plant virology in Colombia are discussed. In addition, bioinformatics pipelines and resources for omics data analyses are presented. Due to their decreasing prices, NGS technologies are becoming an affordable and promising means to explore many phytopathologies affecting a wide variety of Colombian crops so as to improve their trade potential.","PeriodicalId":56052,"journal":{"name":"Acta Biologica Colombiana","volume":null,"pages":null},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2019-09-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"https://sci-hub-pdf.com/10.15446/ABC.V24N3.79486","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"45689849","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"生物学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2019-09-01DOI: 10.15446/ABC.V24N3.79347
Vicky Constanza Roa Linares, Juan Carlos Gallego Gómez
La quinasa dependiente de ciclina 5 (CDK5) regula diversas funciones en neuronas, células endoteliales y epiteliales, entre ellas la dinámica del citoesqueleto. Así mismo, se ha reportado que componentes del citoesqueleto, tales como, filamentos de actina y microtúbulos juegan un rol importante durante la infección por el virus dengue (DENV). El objetivo del presente trabajo fue evaluar por dos métodos, inhibición química y silenciamiento génico, la participación de CDK5 durante la infección por DENV-2. La actividad antiviral de roscovitina fue evaluada usando ensayos de Unidades Formadoras de Placa (PFU). La eficiencia de transfección y el silenciamiento de CDK5, empleando miARNs artificiales, se determinó por citometría de flujo. El efecto sobre la proteína de envoltura viral y elementos del citoesqueleto se evidenció mediante microscopia avanzada de fluorescencia y análisis de imágenes. Roscovitina mostró actividad antiviral en etapas pre y post-infectivas en una forma dependiente de la dosis. El tratamiento con roscovitina y miRCDK5 mostró ser efectivo reduciendo la cantidad de CDK5 en células no infectadas. En células infectadas y transfectadas con miRCDK5, así como tratadas con el inhibidor, se observó una reducción significativa de la proteína de envoltura viral; sin embargo, no se encontró reducción significativa de CDK5. Además, el tratamiento con roscovitina indujo cambios celulares morfológicos evidentes en células infectadas. Los resultados indican la potencial participación de CDK5 durante la infección por DENV-2, posiblemente mediando la traducción proteica o la replicación del genoma viral a través de la regulación de la dinámica del citoesqueleto. Se requieren datos adicionales para esclarecer la mecanística del fenómeno usando métodos alternativos.
{"title":"La pérdida de función de la quinasa dependiente de ciclina 5 (CDK5) altera el citoesqueleto y reduce la infección in vitro por el virus del dengue 2","authors":"Vicky Constanza Roa Linares, Juan Carlos Gallego Gómez","doi":"10.15446/ABC.V24N3.79347","DOIUrl":"https://doi.org/10.15446/ABC.V24N3.79347","url":null,"abstract":"La quinasa dependiente de ciclina 5 (CDK5) regula diversas funciones en neuronas, células endoteliales y epiteliales, entre ellas la dinámica del citoesqueleto. Así mismo, se ha reportado que componentes del citoesqueleto, tales como, filamentos de actina y microtúbulos juegan un rol importante durante la infección por el virus dengue (DENV). El objetivo del presente trabajo fue evaluar por dos métodos, inhibición química y silenciamiento génico, la participación de CDK5 durante la infección por DENV-2. La actividad antiviral de roscovitina fue evaluada usando ensayos de Unidades Formadoras de Placa (PFU). La eficiencia de transfección y el silenciamiento de CDK5, empleando miARNs artificiales, se determinó por citometría de flujo. El efecto sobre la proteína de envoltura viral y elementos del citoesqueleto se evidenció mediante microscopia avanzada de fluorescencia y análisis de imágenes. Roscovitina mostró actividad antiviral en etapas pre y post-infectivas en una forma dependiente de la dosis. El tratamiento con roscovitina y miRCDK5 mostró ser efectivo reduciendo la cantidad de CDK5 en células no infectadas. En células infectadas y transfectadas con miRCDK5, así como tratadas con el inhibidor, se observó una reducción significativa de la proteína de envoltura viral; sin embargo, no se encontró reducción significativa de CDK5. Además, el tratamiento con roscovitina indujo cambios celulares morfológicos evidentes en células infectadas. Los resultados indican la potencial participación de CDK5 durante la infección por DENV-2, posiblemente mediando la traducción proteica o la replicación del genoma viral a través de la regulación de la dinámica del citoesqueleto. Se requieren datos adicionales para esclarecer la mecanística del fenómeno usando métodos alternativos.","PeriodicalId":56052,"journal":{"name":"Acta Biologica Colombiana","volume":null,"pages":null},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2019-09-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"https://sci-hub-pdf.com/10.15446/ABC.V24N3.79347","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"48121594","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"生物学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2019-09-01DOI: 10.15446/ABC.V24N3.79368
M. Navas, F. Stoll-Keller, J. Pavlovic
Hepatitis C Virus belongs to the Flaviviridae family. One proposed mechanism of HCV persistence in the ability to infect hematopoietic cells, including Dendritic cells (DCs). HCV infection of DCs could impair their functions that represent one of the mechanisms, thus hampering viral clearance by the host immune system. Among HCV-encoded proteins, the highly conserved Core protein has been suggested to be responsible for the immunomodulatory properties of this Hepacivirus. Recombinant viral vectors expressing the HCV Core protein and allowing its transduction and therefore the expression of the protein into DCs could be useful tools for the analysis of the properties of the Core protein. Vaccinia Virus and retrovirus have been used to transduce human DCs. Likewise, gene transfer into DCs using Semliki Forest Virus has been reported. This study aimed to express the HCV Core protein in human monocyte-derived DCs using an SFV vector, in which the subgenomic RNA encoding the structural proteins was replaced by the HCV Core sequence and then analyze the effects of its expression on DCs functions.
{"title":"Lack of expression of hepatitis C virus core protein in human monocyte-erived dendritic cells using recombinant semliki forest virus","authors":"M. Navas, F. Stoll-Keller, J. Pavlovic","doi":"10.15446/ABC.V24N3.79368","DOIUrl":"https://doi.org/10.15446/ABC.V24N3.79368","url":null,"abstract":"Hepatitis C Virus belongs to the Flaviviridae family. One proposed mechanism of HCV persistence in the ability to infect hematopoietic cells, including Dendritic cells (DCs). HCV infection of DCs could impair their functions that represent one of the mechanisms, thus hampering viral clearance by the host immune system. Among HCV-encoded proteins, the highly conserved Core protein has been suggested to be responsible for the immunomodulatory properties of this Hepacivirus. Recombinant viral vectors expressing the HCV Core protein and allowing its transduction and therefore the expression of the protein into DCs could be useful tools for the analysis of the properties of the Core protein. Vaccinia Virus and retrovirus have been used to transduce human DCs. Likewise, gene transfer into DCs using Semliki Forest Virus has been reported. This study aimed to express the HCV Core protein in human monocyte-derived DCs using an SFV vector, in which the subgenomic RNA encoding the structural proteins was replaced by the HCV Core sequence and then analyze the effects of its expression on DCs functions.","PeriodicalId":56052,"journal":{"name":"Acta Biologica Colombiana","volume":null,"pages":null},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2019-09-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"https://sci-hub-pdf.com/10.15446/ABC.V24N3.79368","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"47086318","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"生物学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2019-09-01DOI: 10.15446/ABC.V24N3.79277
Yuliana Marcela Gallo García, Andrea Sierra Mejía, Livia Donaire Segarra, M. Aranda, P. G. Gutiérrez Sánchez, Mauricio Alejandro Marín Montoya
Las enfermedades virales son uno de los principales problemas fitopatológicos de la papa. Con el fin de determinar los virus más prevalentes en cultivos de papa var. Diacol Capiro en el oriente Antioqueño (Colombia), se evaluó mediante RT-qPCR la presencia de diez virus de ARN (PVY, PVA, PVV, TaLMV, PVS, PLRV, PYVV, PVX, ToRSV y PMTV) en 36 muestras de tejido foliar. Los resultados indicaron la ocurrencia de cinco de los diez virus evaluados, con niveles de prevalencia de 88,9 %, 75 %, 75 %, 41,7 % y 25 % para PVY, PVX, PYVV, PLRV y PVS, respectivamente. Con fines comparativos, cuatro virus también se evaluaron mediante ELISA, siendo detectados PVS (80,5 %), PVY (55 %) y PLRV (5,5 %); mientras que PVX no fue encontrado con esta prueba. La comparación de estas técnicas mediante la razón de prevalencia (RP), indicó que la RT-qPCR ofrece niveles superiores de detección con valores de RP = 1,6 y RP = 7,5 para los virus PVY y PLRV; mientras que para PVS la ELISA detectó más muestras positivas que RT-qPCR (RP = 3,22), evidenciándose la necesidad de diseñar nuevos cebadores ajustados a la diversidad de este virus en Antioquia. La coinfección mixta más frecuente fue PVY-PYVV-PVX (22,2 %), mientras que los cinco virus se encontraron en el 11,1 % de las muestras. Finalmente, utilizando secuenciación Sanger de la cápside y NGS para los genomas completos, se confirmó la circulación de todos los virus detectados en los cultivos de papa del oriente Antioqueño. Estos resultados señalan la necesidad de fortalecer los programas de manejo integrado de enfermedades virales en Antioquia.
{"title":"Coinfección natural de virus de ARN en cultivos de papa (Solanum tuberosum subsp. Andigena) en Antioquia (Colombia)","authors":"Yuliana Marcela Gallo García, Andrea Sierra Mejía, Livia Donaire Segarra, M. Aranda, P. G. Gutiérrez Sánchez, Mauricio Alejandro Marín Montoya","doi":"10.15446/ABC.V24N3.79277","DOIUrl":"https://doi.org/10.15446/ABC.V24N3.79277","url":null,"abstract":"Las enfermedades virales son uno de los principales problemas fitopatológicos de la papa. Con el fin de determinar los virus más prevalentes en cultivos de papa var. Diacol Capiro en el oriente Antioqueño (Colombia), se evaluó mediante RT-qPCR la presencia de diez virus de ARN (PVY, PVA, PVV, TaLMV, PVS, PLRV, PYVV, PVX, ToRSV y PMTV) en 36 muestras de tejido foliar. Los resultados indicaron la ocurrencia de cinco de los diez virus evaluados, con niveles de prevalencia de 88,9 %, 75 %, 75 %, 41,7 % y 25 % para PVY, PVX, PYVV, PLRV y PVS, respectivamente. Con fines comparativos, cuatro virus también se evaluaron mediante ELISA, siendo detectados PVS (80,5 %), PVY (55 %) y PLRV (5,5 %); mientras que PVX no fue encontrado con esta prueba. La comparación de estas técnicas mediante la razón de prevalencia (RP), indicó que la RT-qPCR ofrece niveles superiores de detección con valores de RP = 1,6 y RP = 7,5 para los virus PVY y PLRV; mientras que para PVS la ELISA detectó más muestras positivas que RT-qPCR (RP = 3,22), evidenciándose la necesidad de diseñar nuevos cebadores ajustados a la diversidad de este virus en Antioquia. La coinfección mixta más frecuente fue PVY-PYVV-PVX (22,2 %), mientras que los cinco virus se encontraron en el 11,1 % de las muestras. Finalmente, utilizando secuenciación Sanger de la cápside y NGS para los genomas completos, se confirmó la circulación de todos los virus detectados en los cultivos de papa del oriente Antioqueño. Estos resultados señalan la necesidad de fortalecer los programas de manejo integrado de enfermedades virales en Antioquia.","PeriodicalId":56052,"journal":{"name":"Acta Biologica Colombiana","volume":null,"pages":null},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2019-09-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"https://sci-hub-pdf.com/10.15446/ABC.V24N3.79277","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"42460166","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"生物学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2019-09-01DOI: 10.15446/ABC.V24N3.76523
Andrea Sierra Mejía, Yuliana Marcela Gallo García, P. G. Gutiérrez Sánchez, Mauricio Alejandro Marín Montoya
El Potato virus Y (PVY) es uno de los virus más limitantes para la producción de papa (Solanum tuberosum y S. phureja) en el mundo. Este virus es transmitido por tubérculo-semilla de papa y por diferentes especies de áfidos. Para su manejo es fundamental la siembra de tubérculos certificados por su sanidad viral, para lo que se requieren metodologías de detección altamente sensibles como ELISA y RT-PCR. Para éstas últimas pruebas, es necesario disponer de cebadores específicos que permitan el diagnóstico del virus en tejidos asintomáticos. En este estudio se reportan los cebadores PVY_Col para la detección del PVY en RT-PCR convencional y en tiempo real (RT-qPCR). Estos cebadores fueron diseñados con base en las secuencias de este virus que se han reportado en Colombia sobre diferentes hospedantes, así como de las diferentes variantes encontradas en el mundo. Una particularidad adicional de estos cebadores es que no presentan reacción cruzada con el genoma del Potato virus V (PVV), otro potyvirus que recientemente se ha encontrado afectando cultivos de papa en Colombia. Se espera que los cebadores PVY_Col sean utilizados para apoyar los programas de certificación de material de siembra de papa, así como para adelantar estudios epidemiológicos y de manejo fitosanitario de este virus.
{"title":"Diseño de cebadores específicos para la detección por RT-PCR del Potato Virus Y (PVY)","authors":"Andrea Sierra Mejía, Yuliana Marcela Gallo García, P. G. Gutiérrez Sánchez, Mauricio Alejandro Marín Montoya","doi":"10.15446/ABC.V24N3.76523","DOIUrl":"https://doi.org/10.15446/ABC.V24N3.76523","url":null,"abstract":"El Potato virus Y (PVY) es uno de los virus más limitantes para la producción de papa (Solanum tuberosum y S. phureja) en el mundo. Este virus es transmitido por tubérculo-semilla de papa y por diferentes especies de áfidos. Para su manejo es fundamental la siembra de tubérculos certificados por su sanidad viral, para lo que se requieren metodologías de detección altamente sensibles como ELISA y RT-PCR. Para éstas últimas pruebas, es necesario disponer de cebadores específicos que permitan el diagnóstico del virus en tejidos asintomáticos. En este estudio se reportan los cebadores PVY_Col para la detección del PVY en RT-PCR convencional y en tiempo real (RT-qPCR). Estos cebadores fueron diseñados con base en las secuencias de este virus que se han reportado en Colombia sobre diferentes hospedantes, así como de las diferentes variantes encontradas en el mundo. Una particularidad adicional de estos cebadores es que no presentan reacción cruzada con el genoma del Potato virus V (PVV), otro potyvirus que recientemente se ha encontrado afectando cultivos de papa en Colombia. Se espera que los cebadores PVY_Col sean utilizados para apoyar los programas de certificación de material de siembra de papa, así como para adelantar estudios epidemiológicos y de manejo fitosanitario de este virus.","PeriodicalId":56052,"journal":{"name":"Acta Biologica Colombiana","volume":null,"pages":null},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2019-09-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"https://sci-hub-pdf.com/10.15446/ABC.V24N3.76523","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"42977810","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"生物学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2019-09-01DOI: 10.15446/ABC.V24N3.79348
Claudia María Orrego-Marín, A. Bedoya, Jaiberth Antonio Cardona Arias
Este estudio evaluó la validez y desempeño del inmunodiagnóstico del virus de la hepatitis C (VHC), con base en estudios publicados en la literatura científica mundial. Se diseñó y validó un protocolo de búsqueda y selección de investigaciones en las fases de la guía PRISMA, se analizaron los parámetros de sensibilidad, especificidad, cocientes de probabilidad, razón de odds y curva ROC, en MetaDisc. Se tamizaron 4602 estudios, de los cuales sólo 545 se realizaron en bancos de sangre y 18 evaluaron la validez diagnóstica de las pruebas para el VHC. La mayoría de los estudios fueron de Europa y Asia, con un 78 % basados en determinación de anticuerpos. Los estudios con detección de anticuerpos se realizaron en 21 483 donantes sanos y 3 145 infectados en quienes se halló una sensibilidad de 97,8 % (IC 95 % = 97,3 - 98,2), especificidad 99,0 % (IC 95 % = 98,9 - 99,2), cociente de probabilidad positivo 75,4 (IC 95 % = 27,2 - 209,2) y negativo de 0,02 (IC 95 % = 0,01 - 0,07) y área bajo la curva de 99,8 %. Se concluye que la detección de anticuerpos presenta excelente validez, desempeño y utilidad diagnóstica para la detección del VHC en donantes de sangre y población general.
{"title":"Metaanálisis de la validez y el desempeño de las pruebas de tamización del virus de la hepatitis C en bancos de sangre, 2000-2018","authors":"Claudia María Orrego-Marín, A. Bedoya, Jaiberth Antonio Cardona Arias","doi":"10.15446/ABC.V24N3.79348","DOIUrl":"https://doi.org/10.15446/ABC.V24N3.79348","url":null,"abstract":"Este estudio evaluó la validez y desempeño del inmunodiagnóstico del virus de la hepatitis C (VHC), con base en estudios publicados en la literatura científica mundial. Se diseñó y validó un protocolo de búsqueda y selección de investigaciones en las fases de la guía PRISMA, se analizaron los parámetros de sensibilidad, especificidad, cocientes de probabilidad, razón de odds y curva ROC, en MetaDisc. Se tamizaron 4602 estudios, de los cuales sólo 545 se realizaron en bancos de sangre y 18 evaluaron la validez diagnóstica de las pruebas para el VHC. La mayoría de los estudios fueron de Europa y Asia, con un 78 % basados en determinación de anticuerpos. Los estudios con detección de anticuerpos se realizaron en 21 483 donantes sanos y 3 145 infectados en quienes se halló una sensibilidad de 97,8 % (IC 95 % = 97,3 - 98,2), especificidad 99,0 % (IC 95 % = 98,9 - 99,2), cociente de probabilidad positivo 75,4 (IC 95 % = 27,2 - 209,2) y negativo de 0,02 (IC 95 % = 0,01 - 0,07) y área bajo la curva de 99,8 %. Se concluye que la detección de anticuerpos presenta excelente validez, desempeño y utilidad diagnóstica para la detección del VHC en donantes de sangre y población general.","PeriodicalId":56052,"journal":{"name":"Acta Biologica Colombiana","volume":null,"pages":null},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2019-09-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"https://sci-hub-pdf.com/10.15446/ABC.V24N3.79348","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"44146962","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"生物学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2019-09-01DOI: 10.15446/ABC.V24N3.79321
Claudia Liliana Bueno Angarita, Liliana Morales de la Pava, Myriam Lucia Velandia Romero, María Angélica Calderón Peláez, Jacqueline Chaparro-Olaya
Algunos virus envueltos usurpan la maquinaria celular ESCRT (complejo de clasificación endosomal requerido para el transporte) para llevar a cabo funciones como la transcripción, la traducción, el ensamblaje y la liberación de partículas virales desde las células huésped. Aunque esta estrategia ha sido estudiada principalmente en retrovirus, son varios los virus envueltos que la usan. El objetivo del trabajo fue explorar la participación de una proteína accesoria de ESCRT, la proteína Alix, en la transcripción, traducción, ensamblaje y liberación del virus dengue (DENV), así como su interacción con la proteína viral NS3. Células A549 infectadas con DENV2 fueron tratadas con pequeños ARN de interferencia (siRNA) para disminuir la expresión (“knock-down”) de la proteína Alix. Simultáneamente, se obtuvo una línea A549 que expresaba una proteína NS3 recombinante y sobre este sistema se hicieron ensayos de inmunoprecipitación y “pull-down” para detectar interacción entre NS3 y Alix. Los resultados mostraron que el “knock-down” de Alix no tuvo efecto notable en la transcripción o la traducción viral, pero sí en el ensamblaje y la liberación de DENV2, mientras que los ensayos de “pull-down” revelaron la interacción entre NS3 y Alix. La participación de Alix en la producción de DENV2 y su interacción con NS3 constituyen un potencial blanco para el diseño de estrategias dirigidas a controlar la propagación de DENV.
{"title":"Ensamblaje y liberación del virus dengue: controversia sobre la participación de la proteína Alix","authors":"Claudia Liliana Bueno Angarita, Liliana Morales de la Pava, Myriam Lucia Velandia Romero, María Angélica Calderón Peláez, Jacqueline Chaparro-Olaya","doi":"10.15446/ABC.V24N3.79321","DOIUrl":"https://doi.org/10.15446/ABC.V24N3.79321","url":null,"abstract":"Algunos virus envueltos usurpan la maquinaria celular ESCRT (complejo de clasificación endosomal requerido para el transporte) para llevar a cabo funciones como la transcripción, la traducción, el ensamblaje y la liberación de partículas virales desde las células huésped. Aunque esta estrategia ha sido estudiada principalmente en retrovirus, son varios los virus envueltos que la usan. El objetivo del trabajo fue explorar la participación de una proteína accesoria de ESCRT, la proteína Alix, en la transcripción, traducción, ensamblaje y liberación del virus dengue (DENV), así como su interacción con la proteína viral NS3. Células A549 infectadas con DENV2 fueron tratadas con pequeños ARN de interferencia (siRNA) para disminuir la expresión (“knock-down”) de la proteína Alix. Simultáneamente, se obtuvo una línea A549 que expresaba una proteína NS3 recombinante y sobre este sistema se hicieron ensayos de inmunoprecipitación y “pull-down” para detectar interacción entre NS3 y Alix. Los resultados mostraron que el “knock-down” de Alix no tuvo efecto notable en la transcripción o la traducción viral, pero sí en el ensamblaje y la liberación de DENV2, mientras que los ensayos de “pull-down” revelaron la interacción entre NS3 y Alix. La participación de Alix en la producción de DENV2 y su interacción con NS3 constituyen un potencial blanco para el diseño de estrategias dirigidas a controlar la propagación de DENV.","PeriodicalId":56052,"journal":{"name":"Acta Biologica Colombiana","volume":null,"pages":null},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2019-09-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"https://sci-hub-pdf.com/10.15446/ABC.V24N3.79321","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"41355329","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"生物学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2019-09-01DOI: 10.15446/ABC.V24N3.79399
Jaiberth Antonio Cardona Arias, Jenniffer Flórez Duque, Luis Felipe Higuita Gutiérrez
El objetivo de este estudio fue estimar la seroprevalencia del virus de la hepatitis C (VHC) en donantes de un banco de sangre de Medellín- Colombia en el periodo 2005-2018 e identificar sus factores asociados. Se realizó un estudio ecológico mixto con 166603 sujetos. La descripción se realizó con frecuencias, series de tiempo con las seroprevalencias y sus intervalos de confianza del 95 %. Se estimaron razones de odds crudas y ajustadas mediante regresión logística binaria en SPSS 25.0®. La seroprevalencia fue 0,567 (IC 95 % = 0,53-0,60) con una endemia baja y estable desde el 2010. Los únicos factores que presentaron diferencias estadísticas en la seroprevalencia fueron el grupo etario y la frecuencia de donación, con una infección 23 % mayor en los donantes con edad mayor de 40 años (frente a las personas con edad entre 18-40), y 94 % mayor en los donantes de primera vez, en comparación con quienes donan a repetición . Se concluye que en Medellín los niveles endémicos del VHC han sido estables y bajos en la última década, evidenciando la importancia de la vigilancia epidemiológica que realizan los bancos de sangre. La menor prevalencia en la última década hace suponer una exposición diferencial al virus en función de la generación a la que se pertenece, de manera que el efecto de cohorte de nacimiento debe ser investigada en estudios posteriores.
本研究的目的是估计2005-2018年哥伦比亚medellin血库献血者中丙型肝炎病毒(hcv)的血清流行率，并确定其相关因素。本研究的目的是评估该地区的生物多样性。采用频率、血清流行率时间序列及其95%置信区间进行描述。使用SPSS 25.0®的二元logistic回归估计粗比值比和调整比值比。2010年以来，血清流行率为0.567 (95% ci = 0.53 - 0.60)，地方性低而稳定。血清中唯一提出统计差异的因素是年龄组和养老频率与23 %感染,在捐助方与年龄超过40岁患者(18-40),至94 %最大的一次,在捐助者与人相比,重复。本研究的目的是确定在medellin中流行的丙型肝炎病毒(hcv)水平在过去十年中是稳定和低的，这表明了血库流行病学监测的重要性。在过去十年中流行率较低，这意味着病毒暴露在不同世代之间存在差异，因此出生队列效应应在以后的研究中进行调查。
{"title":"Seroprevalencia del virus de la hepatitis C en un banco de sangre de Medellín-Colombia, 2005-2018","authors":"Jaiberth Antonio Cardona Arias, Jenniffer Flórez Duque, Luis Felipe Higuita Gutiérrez","doi":"10.15446/ABC.V24N3.79399","DOIUrl":"https://doi.org/10.15446/ABC.V24N3.79399","url":null,"abstract":"El objetivo de este estudio fue estimar la seroprevalencia del virus de la hepatitis C (VHC) en donantes de un banco de sangre de Medellín- Colombia en el periodo 2005-2018 e identificar sus factores asociados. Se realizó un estudio ecológico mixto con 166603 sujetos. La descripción se realizó con frecuencias, series de tiempo con las seroprevalencias y sus intervalos de confianza del 95 %. Se estimaron razones de odds crudas y ajustadas mediante regresión logística binaria en SPSS 25.0®. La seroprevalencia fue 0,567 (IC 95 % = 0,53-0,60) con una endemia baja y estable desde el 2010. Los únicos factores que presentaron diferencias estadísticas en la seroprevalencia fueron el grupo etario y la frecuencia de donación, con una infección 23 % mayor en los donantes con edad mayor de 40 años (frente a las personas con edad entre 18-40), y 94 % mayor en los donantes de primera vez, en comparación con quienes donan a repetición . Se concluye que en Medellín los niveles endémicos del VHC han sido estables y bajos en la última década, evidenciando la importancia de la vigilancia epidemiológica que realizan los bancos de sangre. La menor prevalencia en la última década hace suponer una exposición diferencial al virus en función de la generación a la que se pertenece, de manera que el efecto de cohorte de nacimiento debe ser investigada en estudios posteriores.","PeriodicalId":56052,"journal":{"name":"Acta Biologica Colombiana","volume":null,"pages":null},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2019-09-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"https://sci-hub-pdf.com/10.15446/ABC.V24N3.79399","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"43411440","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"生物学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
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