Pub Date : 2018-06-11DOI: 10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2018.31.1.2202
D. Buisson, J. Astruc, F. Barillet
La variabilité génétique est la marge de progression, le carburant de la sélection, et il apparaît d’autant plus important d’en réaliser un état des lieux que l’arrivée de la sélection génomique chez les ovins laitiers en France devrait s’accompagner d’une diminution de l’intervalle de génération et d’une augmentation du progrès génétique. Une analyse rétrospective de la gestion de la variabilité génétique des races ovines laitières françaises en sélection à partir des informations généalogiques a été réalisée sur les 40 dernières années. La variabilité génétique est bien maîtrisée dans les races Lacaune (LL) et Manech Tête Rousse (MTR) : accroissement de consanguinité respectivement de + 0,29 et + 0,42% par génération entre 2000 et 2009, avec toutefois la possibilité d’améliorer la gestion de l’équilibre entre familles élites en MTR. En revanche, la situation apparaît moins favorable en races Basco-Béarnaise (BB) et Manech Tête Noire (MTN) : accroissement de consanguinité respectivement de + 0,74 et + 1,02% par génération entre 2000 et 2009. Cette situation résulte du nombre au moins deux fois trop faible de familles de Pères à Béliers (PAB) par rapport au nombre permis par la taille des noyaux de sélection BB et MTN. Elle est imputable à un trop fort déséquilibre dans l’usage des familles de PAB, qui découle pour partie de la durée très courte de la période d’Insémination Artificielle (IA) (semence fraîche), et de la moindre fertilité à l’IA. Des travaux ont été menés avec les gestionnaires de ces schémas pour augmenter dès 2015 le nombre de familles de PAB, et fournir, à chaque étape de sélection, des indicateurs de variabilité génétique pour gérer de façon plus équilibrée ces familles de PAB. La profondeur des pedigrees de la race Corse est insuffisante pour permettre une analyse pertinente des indicateurs issus des généalogies. Des travaux sont en cours dans les cinq races afin d’étudier la variabilité génétique à partir des données SNP (« Single Nucleotid Polymorphism ») des quelques 18 500 génotypages disponibles pour la sélection génomique des races LL, BB, MTR et MTN, ou réalisés spécifiquement pour cet objectif en race Corse.
遗传变异性是进展的空间，是选择的燃料，对其进行评估似乎更为重要，因为法国乳羊基因组选择的到来应伴随着世代间隔的缩短和遗传进展的增加。在过去40年中，对根据家谱信息选择的法国奶羊品种的遗传变异性管理进行了回顾性分析。Lacaune（LL）和Manech Tête Rousse（MTR）品种的遗传变异性得到了很好的控制：2000年至2009年间，每代近亲繁殖分别增加了+0.29%和+0.42%，但有可能改善MTR精英家族之间的平衡管理。另一方面，Basco-Béarnaise（BB）和Manech Tête Noire（MTN）品种的情况似乎不太有利：2000年至2009年间，每代近亲繁殖分别增加了+0.74%和+1.02%。这是由于与BB和MTN选择核的大小相比，公羊父系（PAB）的数量至少少了两倍，这是由于PAB家族的使用过度不平衡，部分原因是人工授精（AI）（新鲜精液）的时间非常短，人工授精的生育率较低。与这些计划的管理者合作，从2015年开始增加PAB家族的数量，并在每个选择阶段提供遗传变异性指标，以更平衡地管理这些PAB家族。科西嘉品种谱系的深度不足以对谱系指标进行相关分析。目前正在所有五个品种中开展工作，以研究约18500个基因型的SNP（单核苷酸多态性）数据的遗传变异性，这些基因型可用于LL、BB、MTR和MTN品种的基因组选择，或专门用于科西嘉品种的这一目的。
{"title":"Bilan et perspectives de la gestion de la variabilité génétique des ovins laitiers en France","authors":"D. Buisson, J. Astruc, F. Barillet","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2018.31.1.2202","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2018.31.1.2202","url":null,"abstract":"La variabilité génétique est la marge de progression, le carburant de la sélection, et il apparaît d’autant plus important d’en réaliser un état des lieux que l’arrivée de la sélection génomique chez les ovins laitiers en France devrait s’accompagner d’une diminution de l’intervalle de génération et d’une augmentation du progrès génétique. Une analyse rétrospective de la gestion de la variabilité génétique des races ovines laitières françaises en sélection à partir des informations généalogiques a été réalisée sur les 40 dernières années. La variabilité génétique est bien maîtrisée dans les races Lacaune (LL) et Manech Tête Rousse (MTR) : accroissement de consanguinité respectivement de + 0,29 et + 0,42% par génération entre 2000 et 2009, avec toutefois la possibilité d’améliorer la gestion de l’équilibre entre familles élites en MTR. En revanche, la situation apparaît moins favorable en races Basco-Béarnaise (BB) et Manech Tête Noire (MTN) : accroissement de consanguinité respectivement de + 0,74 et + 1,02% par génération entre 2000 et 2009. Cette situation résulte du nombre au moins deux fois trop faible de familles de Pères à Béliers (PAB) par rapport au nombre permis par la taille des noyaux de sélection BB et MTN. Elle est imputable à un trop fort déséquilibre dans l’usage des familles de PAB, qui découle pour partie de la durée très courte de la période d’Insémination Artificielle (IA) (semence fraîche), et de la moindre fertilité à l’IA. Des travaux ont été menés avec les gestionnaires de ces schémas pour augmenter dès 2015 le nombre de familles de PAB, et fournir, à chaque étape de sélection, des indicateurs de variabilité génétique pour gérer de façon plus équilibrée ces familles de PAB. La profondeur des pedigrees de la race Corse est insuffisante pour permettre une analyse pertinente des indicateurs issus des généalogies. Des travaux sont en cours dans les cinq races afin d’étudier la variabilité génétique à partir des données SNP (« Single Nucleotid Polymorphism ») des quelques 18 500 génotypages disponibles pour la sélection génomique des races LL, BB, MTR et MTN, ou réalisés spécifiquement pour cet objectif en race Corse.","PeriodicalId":56155,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":" ","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2018-06-11","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"41600671","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2018-06-11DOI: 10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2018.31.1.2222
H. Garreau, Mélanie Gunia
L’évolution récente des technologies de séquençage et l’apport de la génomique a révolutionné nos connaissances sur les génomes et leurs polymorphismes, et permis d’élaborer des outils de génotypage qui accélèrent l’identification de polymorphismes causaux et contribuent à améliorer significativement le progrès génétique réalisé chez certaines espèces d’élevage, en particulier les bovins laitiers. Le séquençage complet du génome du lapin réalisé par le « Broad Institute » (Boston, USA), avec l’appui d’un consortium international auquel a contribué l’INRA, a été publié en 2014. Les résultats obtenus ont apporté un éclairage nouveau sur l’évolution et la domestication du lapin. En 2016, dans le cadre d’un projet Européen (COST Action TD1101 « A Collaborative European Network on Rabbit Genome Biology – RGB-Net »), une puce de génotypage avec 200000 SNP (« Single-Nucleotide Polymorphism ») a été développée, permettant de renouveler les approches de génétique chez le lapin. L’objet de cette synthèse est de faire le point sur les connaissances relatives au génome du lapin et d’établir un inventaire des gènes ou régions génomiques liés à certaines fonctions ou caractères d’intérêt dans cette espèce. Nous décrivons ici le principe des outils (cartes génétiques, puces SNP, séquençage) et des méthodes (détection de QTL, approche gènes candidats, identification de mutations causales) qui ont déjà été appliqués chez le lapin. Nous illustrons les perspectives d’utilisation des outils maintenant disponibles pour la sélection avec deux projets de recherche portant sur la résistance aux maladies et l’efficacité alimentaire. Une réflexion prospective sur la sélection génomique est également proposée.
{"title":"La génomique du lapin : avancées, applications et perspectives","authors":"H. Garreau, Mélanie Gunia","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2018.31.1.2222","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2018.31.1.2222","url":null,"abstract":"L’évolution récente des technologies de séquençage et l’apport de la génomique a révolutionné nos connaissances sur les génomes et leurs polymorphismes, et permis d’élaborer des outils de génotypage qui accélèrent l’identification de polymorphismes causaux et contribuent à améliorer significativement le progrès génétique réalisé chez certaines espèces d’élevage, en particulier les bovins laitiers. Le séquençage complet du génome du lapin réalisé par le « Broad Institute » (Boston, USA), avec l’appui d’un consortium international auquel a contribué l’INRA, a été publié en 2014. Les résultats obtenus ont apporté un éclairage nouveau sur l’évolution et la domestication du lapin. En 2016, dans le cadre d’un projet Européen (COST Action TD1101 « A Collaborative European Network on Rabbit Genome Biology – RGB-Net »), une puce de génotypage avec 200000 SNP (« Single-Nucleotide Polymorphism ») a été développée, permettant de renouveler les approches de génétique chez le lapin. L’objet de cette synthèse est de faire le point sur les connaissances relatives au génome du lapin et d’établir un inventaire des gènes ou régions génomiques liés à certaines fonctions ou caractères d’intérêt dans cette espèce. Nous décrivons ici le principe des outils (cartes génétiques, puces SNP, séquençage) et des méthodes (détection de QTL, approche gènes candidats, identification de mutations causales) qui ont déjà été appliqués chez le lapin. Nous illustrons les perspectives d’utilisation des outils maintenant disponibles pour la sélection avec deux projets de recherche portant sur la résistance aux maladies et l’efficacité alimentaire. Une réflexion prospective sur la sélection génomique est également proposée.","PeriodicalId":56155,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":" ","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2018-06-11","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"45236276","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2017-04-05DOI: 10.20870/productions-animales.2019.32.3.2941
S. Métayer-Coustard, J.-Cl. Lesuisse, Seline Schallier, L. Roffidal, J. Buyse
Le développement de l’embryon d’oiseau dépend de l’environnement dans lequel il baigne et des nutriments disponibles. La période de démarrage (1ère semaine post-éclosion) est souvent délicate avec parfois des mortalités post-natales importantes dues aux délais d’alimentation et aux conditions d’ambiance et de transport sub-optimales. Les liens entre la nutrition parentale, la composition de l’œuf et le comportement ultérieur des animaux, leurs performances, et leur sensibilité aux maladies sont bien établis. Des supplémentations en nutriments de l’œuf via l’alimentation maternelle ou via des injections in ovo (« in ovo feeding ») représentent alors des stratégies innovantes pour optimiser l’apport de nutriments à l’embryon. La finalité de telles approches est d’optimiser les apports nutritionnels des reproductrices ou des embryons en développement dans le but d’obtenir des poussins de meilleure qualité en termes de robustesse, croissance et/ou composition corporelle en tirant parti de la plasticité embryonnaire d’utilisation des nutriments. La manipulation très précoce de l’environnement dans lequel l’embryon se développe est très prometteuse pour analyser l'influence des conditions précoces sur l'élaboration des phénotypes à long terme que ce soit sur des critère de croissance, composition corporelle, caractéristiques tissulaires, robustesse vis-à-vis de challenges ou adaptation à des conditions d’élevage différentes. Outre les bénéfices observés pour les animaux, ces stratégies alimentaires tentent de répondre aussi à des intérêts environnementaux et économiques.
{"title":"Nouvelles stratégies alimentaires précoces au service de la production avicole","authors":"S. Métayer-Coustard, J.-Cl. Lesuisse, Seline Schallier, L. Roffidal, J. Buyse","doi":"10.20870/productions-animales.2019.32.3.2941","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/productions-animales.2019.32.3.2941","url":null,"abstract":"Le développement de l’embryon d’oiseau dépend de l’environnement dans lequel il baigne et des nutriments disponibles. La période de démarrage (1ère semaine post-éclosion) est souvent délicate avec parfois des mortalités post-natales importantes dues aux délais d’alimentation et aux conditions d’ambiance et de transport sub-optimales. Les liens entre la nutrition parentale, la composition de l’œuf et le comportement ultérieur des animaux, leurs performances, et leur sensibilité aux maladies sont bien établis. Des supplémentations en nutriments de l’œuf via l’alimentation maternelle ou via des injections in ovo (« in ovo feeding ») représentent alors des stratégies innovantes pour optimiser l’apport de nutriments à l’embryon. La finalité de telles approches est d’optimiser les apports nutritionnels des reproductrices ou des embryons en développement dans le but d’obtenir des poussins de meilleure qualité en termes de robustesse, croissance et/ou composition corporelle en tirant parti de la plasticité embryonnaire d’utilisation des nutriments. La manipulation très précoce de l’environnement dans lequel l’embryon se développe est très prometteuse pour analyser l'influence des conditions précoces sur l'élaboration des phénotypes à long terme que ce soit sur des critère de croissance, composition corporelle, caractéristiques tissulaires, robustesse vis-à-vis de challenges ou adaptation à des conditions d’élevage différentes. Outre les bénéfices observés pour les animaux, ces stratégies alimentaires tentent de répondre aussi à des intérêts environnementaux et économiques.","PeriodicalId":56155,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":"1 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2017-04-05","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"45002064","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2016-12-28DOI: 10.20870/productions-animales.2016.29.5.3003
D. Boichard, C. Grohs, P. Michot, C. Danchin-Burge, Aurélien Capitan, Lucie Genestout, Stéphane Barbier, S. Fritz
Pendant plusieurs dizaines d’années après la mise en place des programmes de sélection génétique, la découverte de nouvelles anomalies est restée sporadique. Cela a incité jusqu’à présent les gestionnaires de ces programmes à appliquer une politique d’éradication drastique des reproducteurs porteurs, combinée à la procréation de futurs reproducteurs non porteurs. Mais la situation est en train de changer avec l’avènement de la sélection génomique et des technologies associées, qui permettent de détecter les anomalies plus rapidement et donc en plus grand nombre. Il est donc indispensable de faire évoluer la façon de les prendre en compte dans les programmes de sélection. Un état de la situation dans la population doit d’abord être établi en estimant la fréquence allélique de l’anomalie et en caractérisant le statut des reproducteurs les plus importants avec les tests moléculaires disponibles, en particulier avec les puces à « Single Nucleotide Polymorphism » (SNP). Dans certains cas, une prédiction indirecte, à partir d’haplotypes ou d’imputation, permet de connaître le statut à la mutation des reproducteurs plus anciens avec une forte probabilité sans nécessité de ré-analyser leur ADN. Une fois ce bilan établi, les mesures à prendre dépendent du poids économique des anomalies qui est fonction de deux paramètres, le coût par individu atteint et la fréquence allélique dans la population. La méthode optimale permettant une éradication progressive des anomalies repose sur l’utilisation d’un objectif de sélection combinant les anomalies aux autres caractères. Une phase délicate à gérer, principalement au travers des accouplements, est celle de l’utilisation de reproducteurs porteurs durant la période de transition entre la découverte de l’anomalie et l’éradication complète. Enfin, il est rappelé qu’une mesure simple permettant de limiter l’émergence de nouvelles anomalies est d’utiliser un nombre élevé de reproducteurs tout en restreignant leur taille de descendance.
{"title":"Prise en compte des anomalies génétiques en sélection : le cas des bovins","authors":"D. Boichard, C. Grohs, P. Michot, C. Danchin-Burge, Aurélien Capitan, Lucie Genestout, Stéphane Barbier, S. Fritz","doi":"10.20870/productions-animales.2016.29.5.3003","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/productions-animales.2016.29.5.3003","url":null,"abstract":"Pendant plusieurs dizaines d’années après la mise en place des programmes de sélection génétique, la découverte de nouvelles anomalies est restée sporadique. Cela a incité jusqu’à présent les gestionnaires de ces programmes à appliquer une politique d’éradication drastique des reproducteurs porteurs, combinée à la procréation de futurs reproducteurs non porteurs. Mais la situation est en train de changer avec l’avènement de la sélection génomique et des technologies associées, qui permettent de détecter les anomalies plus rapidement et donc en plus grand nombre. Il est donc indispensable de faire évoluer la façon de les prendre en compte dans les programmes de sélection. Un état de la situation dans la population doit d’abord être établi en estimant la fréquence allélique de l’anomalie et en caractérisant le statut des reproducteurs les plus importants avec les tests moléculaires disponibles, en particulier avec les puces à « Single Nucleotide Polymorphism » (SNP). Dans certains cas, une prédiction indirecte, à partir d’haplotypes ou d’imputation, permet de connaître le statut à la mutation des reproducteurs plus anciens avec une forte probabilité sans nécessité de ré-analyser leur ADN. Une fois ce bilan établi, les mesures à prendre dépendent du poids économique des anomalies qui est fonction de deux paramètres, le coût par individu atteint et la fréquence allélique dans la population. La méthode optimale permettant une éradication progressive des anomalies repose sur l’utilisation d’un objectif de sélection combinant les anomalies aux autres caractères. Une phase délicate à gérer, principalement au travers des accouplements, est celle de l’utilisation de reproducteurs porteurs durant la période de transition entre la découverte de l’anomalie et l’éradication complète. Enfin, il est rappelé qu’une mesure simple permettant de limiter l’émergence de nouvelles anomalies est d’utiliser un nombre élevé de reproducteurs tout en restreignant leur taille de descendance.","PeriodicalId":56155,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":"1 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2016-12-28","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"67758722","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2016-12-28DOI: 10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2016.29.5.2997
D. Boichard, C. Grohs, C. Danchin-Burge, Aurélien Capitan
Cet article rappelle les notions et principes relatifs aux anomalies génétiques dont on observe régulièrement des émergences dans les populations animales d’élevage. Ces anomalies proviennent de mutations naturelles et certaines d’entre elles voient leur fréquence augmenter du fait principalement de la dérive génétique, parfois de la sélection. Lorsqu’elles sont dominantes, elles sont généralement rapidement contre-sélectionnées et tendent à disparaître. Mais lorsqu’elles sont récessives, les cas observables ne représentent qu’une toute petite fraction des individus porteurs. On définit généralement les anomalies génétiques comme des syndromes monogéniques. Toutefois, cette règle a beaucoup d’exceptions, soit parce que l’anomalie se révèle plus complexe qu’initialement supposé, soit parce que le syndrome présente une variabilité phénotypique due à des gènes modulateurs. Les anomalies récessives sont principalement dues à des mutations de type perte de fonction, tandis que les mutations dominantes résultent souvent d’interactions entre gènes ou entre protéines, ou de l’altération d’un gène répresseur. Les anomalies cytogénétiques conduisent à des phénotypes anormaux généralement différents entre types de caryotypes déséquilibrés. Enfin, les anomalies présentent parfois des déterminismes particuliers, par exemple dans le cas de gènes portés par les chromosomes sexuels ou soumis à empreinte parentale.
{"title":"Les anomalies génétiques : définition, origine, transmission et évolution, mode d'action","authors":"D. Boichard, C. Grohs, C. Danchin-Burge, Aurélien Capitan","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2016.29.5.2997","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2016.29.5.2997","url":null,"abstract":"Cet article rappelle les notions et principes relatifs aux anomalies génétiques dont on observe régulièrement des émergences dans les populations animales d’élevage. Ces anomalies proviennent de mutations naturelles et certaines d’entre elles voient leur fréquence augmenter du fait principalement de la dérive génétique, parfois de la sélection. Lorsqu’elles sont dominantes, elles sont généralement rapidement contre-sélectionnées et tendent à disparaître. Mais lorsqu’elles sont récessives, les cas observables ne représentent qu’une toute petite fraction des individus porteurs. On définit généralement les anomalies génétiques comme des syndromes monogéniques. Toutefois, cette règle a beaucoup d’exceptions, soit parce que l’anomalie se révèle plus complexe qu’initialement supposé, soit parce que le syndrome présente une variabilité phénotypique due à des gènes modulateurs. Les anomalies récessives sont principalement dues à des mutations de type perte de fonction, tandis que les mutations dominantes résultent souvent d’interactions entre gènes ou entre protéines, ou de l’altération d’un gène répresseur. Les anomalies cytogénétiques conduisent à des phénotypes anormaux généralement différents entre types de caryotypes déséquilibrés. Enfin, les anomalies présentent parfois des déterminismes particuliers, par exemple dans le cas de gènes portés par les chromosomes sexuels ou soumis à empreinte parentale.","PeriodicalId":56155,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":"1 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2016-12-28","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"67758615","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2016-12-28DOI: 10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2016.29.5.3001
J. Riquet, S. Rousseau, M. Mercat, Eric Pailhoux, C. Larzul
Les anomalies congénitales sont définies comme des défauts de structure ou de fonction présents à la naissance. Bien que la fréquence des anomalies congénitales soit relativement faible, leur impact en production porcine est significatif. Elles provoquent le plus souvent un mal-être des animaux et une dépréciation des carcasses à l’abattoir induisant des pertes économiques. Les anomalies congénitales peuvent être de nature diverse, mais les défauts les plus courants rencontrés chez le porcelet sont de type urogénital (les hernies inguinales et scrotales, la cryptorchidie et l’intersexualité). Ces défauts peuvent être dus à des problèmes nutritionnels, aux conditions d’environnement ou à la conduite de l’élevage, mais une part de leur déterminisme est très souvent génétique. Les développements récents des outils de génomique permettent désormais d’entreprendre, à grande échelle, des études d’association afin d’identifier les régions chromosomiques des gènes impliqués. L’identification des mutations causales est devenue une priorité afin de proposer de nouveaux schémas de sélection. L’objectif de cet article est de présenter une synthèse des connaissances génétiques sur les anomalies congénitales les plus fréquentes chez le porc et les stratégies mises en œuvre pour gérer ces défauts en sélection.
{"title":"Les anomalies congénitales héréditaires chez le porc","authors":"J. Riquet, S. Rousseau, M. Mercat, Eric Pailhoux, C. Larzul","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2016.29.5.3001","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2016.29.5.3001","url":null,"abstract":"Les anomalies congénitales sont définies comme des défauts de structure ou de fonction présents à la naissance. Bien que la fréquence des anomalies congénitales soit relativement faible, leur impact en production porcine est significatif. Elles provoquent le plus souvent un mal-être des animaux et une dépréciation des carcasses à l’abattoir induisant des pertes économiques. Les anomalies congénitales peuvent être de nature diverse, mais les défauts les plus courants rencontrés chez le porcelet sont de type urogénital (les hernies inguinales et scrotales, la cryptorchidie et l’intersexualité). Ces défauts peuvent être dus à des problèmes nutritionnels, aux conditions d’environnement ou à la conduite de l’élevage, mais une part de leur déterminisme est très souvent génétique. Les développements récents des outils de génomique permettent désormais d’entreprendre, à grande échelle, des études d’association afin d’identifier les régions chromosomiques des gènes impliqués. L’identification des mutations causales est devenue une priorité afin de proposer de nouveaux schémas de sélection. L’objectif de cet article est de présenter une synthèse des connaissances génétiques sur les anomalies congénitales les plus fréquentes chez le porc et les stratégies mises en œuvre pour gérer ces défauts en sélection.","PeriodicalId":56155,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":"1 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2016-12-28","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"67758664","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2016-12-28DOI: 10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2016.29.5.3002
S. Fritz, P. Michot, Chris Hozé, C. Grohs, A. Barbat, Mekki Boussaha, D. Boichard, Aurélien Capitan
Avec le récent développement des approches reposant sur le génotypage et séquençage à haut débit, identifier la mutation responsable d’une anomalie à partir de quelques cas est beaucoup plus simple qu’auparavant. Toutefois, il n’est pas toujours possible d’observer des cas et de disposer du matériel biologique correspondant. Cet article présente deux approches reposant sur l’analyse de données à haut débit, permettant d’identifier des mutations récessives létales ou d’orienter plus efficacement leur recherche à partir des données de séquence du génome. La première approche utilise les données de génotypage à haut débit pour rechercher des régions du génome présentant un déficit en homozygotes. Cette méthode a déjà permis de caractériser plusieurs mutations dans chacune des races bovines analysées. Dans la seconde approche, on recherche dans les données de séquence disponibles des variants dont l’annotation suggère qu’ils ne sont pas tolérés à l’état homozygote. Le nombre de faux positifs est élevé, mais ces données permettent d’orienter la phase d’observation et de diagnostic plus efficacement et, dans les cas les plus favorables, d’anticiper l’émergence de l’anomalie. Des exemples sont fournis avec le gène RP1 responsable de dégénérescence rétinienne ou le gène EDAR responsable de l’absence de poils et de dents.
{"title":"Anticiper l'émergence d'anomalies génétiques grâce aux données génomiques","authors":"S. Fritz, P. Michot, Chris Hozé, C. Grohs, A. Barbat, Mekki Boussaha, D. Boichard, Aurélien Capitan","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2016.29.5.3002","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2016.29.5.3002","url":null,"abstract":"Avec le récent développement des approches reposant sur le génotypage et séquençage à haut débit, identifier la mutation responsable d’une anomalie à partir de quelques cas est beaucoup plus simple qu’auparavant. Toutefois, il n’est pas toujours possible d’observer des cas et de disposer du matériel biologique correspondant. Cet article présente deux approches reposant sur l’analyse de données à haut débit, permettant d’identifier des mutations récessives létales ou d’orienter plus efficacement leur recherche à partir des données de séquence du génome. La première approche utilise les données de génotypage à haut débit pour rechercher des régions du génome présentant un déficit en homozygotes. Cette méthode a déjà permis de caractériser plusieurs mutations dans chacune des races bovines analysées. Dans la seconde approche, on recherche dans les données de séquence disponibles des variants dont l’annotation suggère qu’ils ne sont pas tolérés à l’état homozygote. Le nombre de faux positifs est élevé, mais ces données permettent d’orienter la phase d’observation et de diagnostic plus efficacement et, dans les cas les plus favorables, d’anticiper l’émergence de l’anomalie. Des exemples sont fournis avec le gène RP1 responsable de dégénérescence rétinienne ou le gène EDAR responsable de l’absence de poils et de dents.","PeriodicalId":56155,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":"1 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2016-12-28","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"67758676","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2016-12-28DOI: 10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2016.29.5.3000
Amandine Duchesne, C. Grohs, P. Michot, M. Bertaud, D. Boichard, Sandrine Floriot, Aurélien Capitan
Cet article présente la méthodologie utilisée pour identifier la mutation responsable d’une anomalie génétique à partir de cas d’animaux affectés. Dans un premier temps, une collection de cas aussi homogènes que possible est constituée, de la même race et avec les mêmes signes cliniques, complétée par une population témoin apparentée mais non atteinte. Une analyse de pedigree est possible pour rechercher l’ancêtre commun qui a pu transmettre l’anomalie à chacun des cas. Le génotypage par puce permet de mettre en évidence très rapidement une petite région du génome homozygote et identique à tous les marqueurs qui contient la mutation recherchée. La mutation est ensuite identifiée par séquençage du génome de quelques cas, filtrage des variants observés sur la base d’une part, de leur présence chez d’autres animaux, et d’autre part, de leur annotation fonctionnelle. Une validation statistique est ensuite pratiquée par génotypage à grande échelle, pour vérifier l’association totale entre génotype et phénotype. Enfin, la causalité de la mutation est étudiée par analyse fonctionnelle, incluant l’analyse des ARN et des protéines, l’imagerie cellulaire, voire la création de modèles transgéniques.
{"title":"Du phénotype à la mutation causale : le cas des anomalies récessives bovines","authors":"Amandine Duchesne, C. Grohs, P. Michot, M. Bertaud, D. Boichard, Sandrine Floriot, Aurélien Capitan","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2016.29.5.3000","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2016.29.5.3000","url":null,"abstract":"Cet article présente la méthodologie utilisée pour identifier la mutation responsable d’une anomalie génétique à partir de cas d’animaux affectés. Dans un premier temps, une collection de cas aussi homogènes que possible est constituée, de la même race et avec les mêmes signes cliniques, complétée par une population témoin apparentée mais non atteinte. Une analyse de pedigree est possible pour rechercher l’ancêtre commun qui a pu transmettre l’anomalie à chacun des cas. Le génotypage par puce permet de mettre en évidence très rapidement une petite région du génome homozygote et identique à tous les marqueurs qui contient la mutation recherchée. La mutation est ensuite identifiée par séquençage du génome de quelques cas, filtrage des variants observés sur la base d’une part, de leur présence chez d’autres animaux, et d’autre part, de leur annotation fonctionnelle. Une validation statistique est ensuite pratiquée par génotypage à grande échelle, pour vérifier l’association totale entre génotype et phénotype. Enfin, la causalité de la mutation est étudiée par analyse fonctionnelle, incluant l’analyse des ARN et des protéines, l’imagerie cellulaire, voire la création de modèles transgéniques.","PeriodicalId":56155,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":"1 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2016-12-28","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"67758652","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2016-12-05DOI: 10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2016.29.4.2968
R. Nowak, Elodie Chaillou, Sabrina Gaudin, V. Guesdon, F. Lévy
Les ovins sont bien connus pour développer différentes formes d’attachement social. Le déclenchement de la motivation maternelle et le développement d’un lien mutuel entre la mère et son jeune sont sous l’influence combinée de stimulations hormonales et somato-sensorielles périphériques. Ces stimulations sont fournies par la parturition chez la mère et par les premiers épisodes de tétée chez le nouveau-né. Des changements neurophysiologiques profonds sont observés dans les bulbes olfactifs principaux de la brebis, alors qu’ils sont exposés à des odeurs d’agneau nouveau-né. L’activation de l’hypothalamus consécutive à la mise bas contribue à l’expression de la motivation maternelle et à la mémorisation des odeurs de l’agneau. L’hypothalamus et l’amygdale sont également activés chez le nouveau-né suite à l’ingestion de colostrum. L’ocytocine, un neuropeptide connu pour jouer un rôle clé dans les comportements prosociaux, facilite la construction de la relation mère-jeune. Lorsque des agneaux nouveau-nés sont séparés de leur mère pour être artificiellement nourris, une pratique agricole très commune, ils sont profondément affectés. Les réponses neuroendocrinologiques suggèrent que les agneaux sont dans une situation de détresse. Cependant, si un humain prend soin d’eux, une liaison interspécifique se met en place, facilitée par des contacts sociaux positifs dans lesquels l’allaitement au biberon ou les caresses jouent un rôle clé. De tels contacts activent le système ocytocinergique, comme cela est observé dans la construction du lien mère-jeune. Ainsi, dans des conditions d’élevage artificiel, l’être humain devient une figure d’attachement saillante qui se substitue à la mère et qui peut faciliter la gestion des agneaux.
{"title":"Diversité des relations affiliatives chez les ovins en situation d’élevage : mécanismes comportementaux et neurobiologiques","authors":"R. Nowak, Elodie Chaillou, Sabrina Gaudin, V. Guesdon, F. Lévy","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2016.29.4.2968","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2016.29.4.2968","url":null,"abstract":"Les ovins sont bien connus pour développer différentes formes d’attachement social. Le déclenchement de la motivation maternelle et le développement d’un lien mutuel entre la mère et son jeune sont sous l’influence combinée de stimulations hormonales et somato-sensorielles périphériques. Ces stimulations sont fournies par la parturition chez la mère et par les premiers épisodes de tétée chez le nouveau-né. Des changements neurophysiologiques profonds sont observés dans les bulbes olfactifs principaux de la brebis, alors qu’ils sont exposés à des odeurs d’agneau nouveau-né. L’activation de l’hypothalamus consécutive à la mise bas contribue à l’expression de la motivation maternelle et à la mémorisation des odeurs de l’agneau. L’hypothalamus et l’amygdale sont également activés chez le nouveau-né suite à l’ingestion de colostrum. L’ocytocine, un neuropeptide connu pour jouer un rôle clé dans les comportements prosociaux, facilite la construction de la relation mère-jeune. Lorsque des agneaux nouveau-nés sont séparés de leur mère pour être artificiellement nourris, une pratique agricole très commune, ils sont profondément affectés. Les réponses neuroendocrinologiques suggèrent que les agneaux sont dans une situation de détresse. Cependant, si un humain prend soin d’eux, une liaison interspécifique se met en place, facilitée par des contacts sociaux positifs dans lesquels l’allaitement au biberon ou les caresses jouent un rôle clé. De tels contacts activent le système ocytocinergique, comme cela est observé dans la construction du lien mère-jeune. Ainsi, dans des conditions d’élevage artificiel, l’être humain devient une figure d’attachement saillante qui se substitue à la mère et qui peut faciliter la gestion des agneaux.","PeriodicalId":56155,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":"1 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2016-12-05","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"67758604","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2016-12-05DOI: 10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2016.29.4.2966
Ophélie Menant, A. Destrez, V. Deiss, A. Boissy, P. Delagrange, Ludovic Calandreau, Elodie Chaillou
La question des émotions des animaux d’élevage s’inscrit dans la volonté d’améliorer les conditions d’élevage en prenant en compte leur bien-être. La genèse des émotions repose sur la capacité cognitive des individus à percevoir, évaluer et réagir à leur environnement. La capacité de perception met en jeu différentes sensorialités et participe à la reconnaissance des éléments de l’environnement de l’animal sans nécessairement déclencher d’émotions. Les situations déclenchantes d’émotion les plus étudiées chez les animaux d’élevage sont la nouveauté, la séparation sociale ou la présence d’un être humain. De plus, les réactions émotionnelles, évaluées par les réponses comportementales, endocriniennes et neurovégétatives sont modulées par le genre, l’état physiologique ou certaines hormones comme la mélatonine. Les structures cérébrales du réseau neuronal des émotions sont impliquées dans la perception et le traitement des informations de l’environnement, et/ou dans l’expression des réponses émotionnelles. Chez les animaux d’élevage, les structures cérébrales les plus étudiées sont le système olfactif pour la perception, le cortex frontal et l’amygdale pour le traitement des informations, le noyau paraventriculaire de l’hypothalamus pour les réponses endocriniennes. D’autres travaux suggèrent le rôle potentiel de structures du tronc cérébral dans les réponses neurovégétatives et de la substance grise périaqueducale dans les réponses comportementales et plus largement dans les stratégies d’adaptation. En perspective, il est maintenant nécessaire d’étudier l’impact de l’expérience précoce sur le développement du réseau neuronal des émotions et de mieux comprendre la part de l’évaluation cognitive dans la genèse des émotions.
{"title":"Régulation des émotions chez l’animal d’élevage : focus sur les acteurs neurobiologiques","authors":"Ophélie Menant, A. Destrez, V. Deiss, A. Boissy, P. Delagrange, Ludovic Calandreau, Elodie Chaillou","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2016.29.4.2966","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2016.29.4.2966","url":null,"abstract":"La question des émotions des animaux d’élevage s’inscrit dans la volonté d’améliorer les conditions d’élevage en prenant en compte leur bien-être. La genèse des émotions repose sur la capacité cognitive des individus à percevoir, évaluer et réagir à leur environnement. La capacité de perception met en jeu différentes sensorialités et participe à la reconnaissance des éléments de l’environnement de l’animal sans nécessairement déclencher d’émotions. Les situations déclenchantes d’émotion les plus étudiées chez les animaux d’élevage sont la nouveauté, la séparation sociale ou la présence d’un être humain. De plus, les réactions émotionnelles, évaluées par les réponses comportementales, endocriniennes et neurovégétatives sont modulées par le genre, l’état physiologique ou certaines hormones comme la mélatonine. Les structures cérébrales du réseau neuronal des émotions sont impliquées dans la perception et le traitement des informations de l’environnement, et/ou dans l’expression des réponses émotionnelles. Chez les animaux d’élevage, les structures cérébrales les plus étudiées sont le système olfactif pour la perception, le cortex frontal et l’amygdale pour le traitement des informations, le noyau paraventriculaire de l’hypothalamus pour les réponses endocriniennes. D’autres travaux suggèrent le rôle potentiel de structures du tronc cérébral dans les réponses neurovégétatives et de la substance grise périaqueducale dans les réponses comportementales et plus largement dans les stratégies d’adaptation. En perspective, il est maintenant nécessaire d’étudier l’impact de l’expérience précoce sur le développement du réseau neuronal des émotions et de mieux comprendre la part de l’évaluation cognitive dans la genèse des émotions.","PeriodicalId":56155,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":"1 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2016-12-05","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"67759095","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
京公网安备 11010802042870号
京ICP备2023020795号-1
扫码关注我们
求助内容：
应助结果提醒方式：