Все ПЦР-опосредованные методы секвенирования имеют риск возникновения явления «выпадения» аллеля (allelic dropout, ADO), которое приводит к селективной амплификации аллелей в ходе ПЦР и может снижать диагностическую эффективность генетического тестирования. Для выявления случаев ADO нами было проведено сравнение файлов ВАМ, VCF с хроматограммами прямого секвенирования по Сэнгеру. Для выявления причин ADO анализировали сайты связывания праймеров с использованием базы данных gnomAD. Ампликоны со случаями потенциального ADO были ресеквенированы с альтернативной пары праймеров. Были выявлены 8 случаев ADO как в результатах NGS (таргетные панели генов), так и прямого секвенирования по Сэнгеру. Факт избирательной амплификации аллелей был подтвержден во всех представленных случаях при ресеквенировании с альтернативной пары праймеров. Большинство случаев ADO (6 случаев, 75%) были вызваны частыми или редкими однонуклеотидными генетическими вариантами в местах отжига олигопраймеров, в двух случаях (25%) ADO было предположительно опосредовано присутствием инделов длиной 6 и более нуклеотидов в исследуемых ампликонах. Кроме того, в ряде ампликонов мы обнаружили «недопредставленность» SNVs на ридах NGS либо наличие интересующего SNV только в ридах одного ампликона из двух. Учитывая случаи доказанного и потенциального ADO, мы полагаем, что дизайн олигопраймеров без учета ADO может влиять на эффективность амплификации до 0,85% ампликонов. All PCR-based sequencing methods have a risk of allelic dropout (ADO) phenomenon, which leads to selective allele amplification during PCR process and may reduce the diagnostic yield of genetic testing. To identify the cases of ADO we compared BAM and VCF files with Sanger sequencing chromatograms. To reveal the causes of ADO, primer binding sites using the gnomAD database were analysed. All amplicons with suspected ADO cases were re-sequenced using the alternative oligoprimers pairs. We have identified 8 cases of ADO both in NGS sequences of targeted genes panels and direct Sanger sequencing. The fact of selective allele amplification was confirmed in all cases by re-sequencing using an alternative pair of primers. Most cases of ADO (6 cases, 75%) were caused by common or rare single nucleotide genetic variants at the annealing sites of oligoprimers, and in two cases (25%) ADO was presumably mediated by the presence of six- or more nucleotides indels in the amplicons studied. In addition, in some amplicons we found the “underrepresentation” of SNVs in NGS reads or the presence of the SNV only in the reads of one amplicon out of two. Given cases of proven and potentially ADO, we suppose that design of oligoprimers without registration of ADO phenomenon may affect the amplification efficiency up to 0,85% of amplicons.
所有的pcr -代理测序方法都有可能出现等位基因(ADO)脱位现象，这导致pcr中等位基因的选择性振幅，可能会降低基因测试的诊断效率。为了识别ADO案例，我们将文件与你，VCF和桑格直接测序色谱进行了比较。为了查明原因，ADO分析了使用gnomAD数据库连接primer的网站。ADO潜在病例的振幅是从另一对初选中重新测序的。在NGS(基因目标板)和桑格的直接测序中都发现了8个ADO病例。等位基因的选择振幅在所有给定的案例中都得到了证实，从另一对初选对进行重新测序。大多数ADO(6例，75%)是由橄榄原体退火地点频繁或罕见的单核基因变异引起的，其中两例(25%)ADO被认为是由研究振幅中6个或更多核苷酸的存在促成的。此外，在一些振幅中，我们在NGS里德中发现了SNVs的“不代表”，或者在两个振幅中只有一个感兴趣的SNV。考虑到已经证明的和潜在的ADO案例，我们认为没有ADO的oligoprimer设计可能会影响振幅效率高达0.85%。所有的PCR-基础搜索媒介都有一个完整的芬诺门(ADO)。《ADO we compared BAM》和《VCF文件》的身份证明。《ADO的书》的主题是，最初的双盲模式在分析中使用。所有的amplicons都用悬疑的ADO cass重新启动了另一个oligoprimers pairs。我们在目标基因搜索中有8个ADO both案例，并直接搜索了Sanger sequencing。选择选择的事实是，在所有的案例中都被接受了。Most cases of ADO (6 cases, 75%) were caused by common or rare single nucleotide genetic variants at the annealing文化部of oligoprimers and in two cases (25%) ADO was presumably通路by the奥迪of six - or more nucleotides indels in the amplicons studied。在addition中，我们发现了NGS reads中的“秘密”，或者只有一个“秘密”的“秘密”。《圣经》和《多力多力ADO》，我们设计了一款没有任何功能的橄榄学派，以达到0.85%的安培。
{"title":"Representation of the allelic dropout phenomenon in the sequencing results","authors":"Шестак, А.Г., Букаева, А.А., Сабер, С., Румянцева, В.А., Заклязьминская, Е.В.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.10.65-68","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.10.65-68","url":null,"abstract":"Все ПЦР-опосредованные методы секвенирования имеют риск возникновения явления «выпадения» аллеля (allelic dropout, ADO), которое приводит к селективной амплификации аллелей в ходе ПЦР и может снижать диагностическую эффективность генетического тестирования. Для выявления случаев ADO нами было проведено сравнение файлов ВАМ, VCF с хроматограммами прямого секвенирования по Сэнгеру. Для выявления причин ADO анализировали сайты связывания праймеров с использованием базы данных gnomAD. Ампликоны со случаями потенциального ADO были ресеквенированы с альтернативной пары праймеров. Были выявлены 8 случаев ADO как в результатах NGS (таргетные панели генов), так и прямого секвенирования по Сэнгеру. Факт избирательной амплификации аллелей был подтвержден во всех представленных случаях при ресеквенировании с альтернативной пары праймеров. Большинство случаев ADO (6 случаев, 75%) были вызваны частыми или редкими однонуклеотидными генетическими вариантами в местах отжига олигопраймеров, в двух случаях (25%) ADO было предположительно опосредовано присутствием инделов длиной 6 и более нуклеотидов в исследуемых ампликонах. Кроме того, в ряде ампликонов мы обнаружили «недопредставленность» SNVs на ридах NGS либо наличие интересующего SNV только в ридах одного ампликона из двух. Учитывая случаи доказанного и потенциального ADO, мы полагаем, что дизайн олигопраймеров без учета ADO может влиять на эффективность амплификации до 0,85% ампликонов.\u0000 All PCR-based sequencing methods have a risk of allelic dropout (ADO) phenomenon, which leads to selective allele amplification during PCR process and may reduce the diagnostic yield of genetic testing. To identify the cases of ADO we compared BAM and VCF files with Sanger sequencing chromatograms. To reveal the causes of ADO, primer binding sites using the gnomAD database were analysed. All amplicons with suspected ADO cases were re-sequenced using the alternative oligoprimers pairs. We have identified 8 cases of ADO both in NGS sequences of targeted genes panels and direct Sanger sequencing. The fact of selective allele amplification was confirmed in all cases by re-sequencing using an alternative pair of primers. Most cases of ADO (6 cases, 75%) were caused by common or rare single nucleotide genetic variants at the annealing sites of oligoprimers, and in two cases (25%) ADO was presumably mediated by the presence of six- or more nucleotides indels in the amplicons studied. In addition, in some amplicons we found the “underrepresentation” of SNVs in NGS reads or the presence of the SNV only in the reads of one amplicon out of two. Given cases of proven and potentially ADO, we suppose that design of oligoprimers without registration of ADO phenomenon may affect the amplification efficiency up to 0,85% of amplicons.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"13 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-10-31","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"123675470","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Врожденная мерозин-дефицитная мышечная дистрофия (MDCA1) - аутосомно-рецессивная форма мышечной дистрофии, которая характеризуется мышечной слабостью, проявляющейся при рождении или в первые 6 месяцев жизни. Причиной возникновения данного заболевания является дефицит или полное отсутствие белка мерозина, кодируемого геном LAMA2. На сегодняшний день нет патогенетической терапии данного заболевания, но в мире активно ведутся разработки различных подходов для лечения MDCA1, и вполне возможно, что в скором будущем будет доступна его терапия. Поэтому важно знать спектр патогенных вариантов, которые характерны для российской популяции, разработать наиболее подходящие молекулярно-генетические методы для выявления данного заболевания и дифференциальной диагностики с другими нервно-мышечными заболеваниями. Congenital merosin-deficient muscular dystrophy is an autosomal recessive form of muscular dystrophy characterized by muscle weakness that manifests itself at birth or in the first 6 months of life. The cause of this disease is a deficiency or complete absence of the merosin protein encoded by the LAMA2 gene. To date, there is no pathogenetic therapy for this disease, but various approaches for the treatment of MDCA1 are being actively developed around the world, and it is quite possible that an affordable therapy will exist in the near future. Therefore, today it is important to know the existing range of pathogenic variants characteristic of the Russian population, the most appropriate diagnostic methods and differential diagnosis with other neuromuscular diseases.
{"title":"Сongenital merozin-negative muscular dystrophy: from diagnosis to treatment prospects","authors":"Чаусова, П.А., Миловидова, Т.Б., Булах, М.В., Чухрова, А.Л., Шатохина, О.Л., Рыжкова, О.П., Щагина, О.А., Поляков, А.В.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.10.60-64","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.10.60-64","url":null,"abstract":"Врожденная мерозин-дефицитная мышечная дистрофия (MDCA1) - аутосомно-рецессивная форма мышечной дистрофии, которая характеризуется мышечной слабостью, проявляющейся при рождении или в первые 6 месяцев жизни. Причиной возникновения данного заболевания является дефицит или полное отсутствие белка мерозина, кодируемого геном LAMA2. На сегодняшний день нет патогенетической терапии данного заболевания, но в мире активно ведутся разработки различных подходов для лечения MDCA1, и вполне возможно, что в скором будущем будет доступна его терапия. Поэтому важно знать спектр патогенных вариантов, которые характерны для российской популяции, разработать наиболее подходящие молекулярно-генетические методы для выявления данного заболевания и дифференциальной диагностики с другими нервно-мышечными заболеваниями.\u0000 Congenital merosin-deficient muscular dystrophy is an autosomal recessive form of muscular dystrophy characterized by muscle weakness that manifests itself at birth or in the first 6 months of life. The cause of this disease is a deficiency or complete absence of the merosin protein encoded by the LAMA2 gene. To date, there is no pathogenetic therapy for this disease, but various approaches for the treatment of MDCA1 are being actively developed around the world, and it is quite possible that an affordable therapy will exist in the near future. Therefore, today it is important to know the existing range of pathogenic variants characteristic of the Russian population, the most appropriate diagnostic methods and differential diagnosis with other neuromuscular diseases.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"1 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-10-31","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"126622877","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2022-10-31DOI: 10.25557/2073-7998.2022.10.9-11
Побединская, А.И.
Наследственный дефицит сахаразы-изомальтазы - вид наследственной дисахаридазной непереносимости. Гомозиготные формы данной патологии встречаются c частотой 0,02% в популяции. В статье описан клинический случай этого заболевания, выявленного врачами в Челябинской области. Предоставлены анамнез, клиническая картина, этапы диагностики, а также применяемое лечение. Hereditary sucrase-isomaltase deficiency is a type of hereditary disaccharidase intolerance. Homozygous forms of this pathology occur with a frequency of 0.02% in the population. The article describes a clinical case of this disease, identified by doctors in the Chelyabinsk region. A complete history, stages of the patient’s diagnosis, as well as the treatment used are presented.
{"title":"Clinical case of congenital Sucrase-isomaltase deficiency","authors":"Побединская, А.И.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.10.9-11","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.10.9-11","url":null,"abstract":"Наследственный дефицит сахаразы-изомальтазы - вид наследственной дисахаридазной непереносимости. Гомозиготные формы данной патологии встречаются c частотой 0,02% в популяции. В статье описан клинический случай этого заболевания, выявленного врачами в Челябинской области. Предоставлены анамнез, клиническая картина, этапы диагностики, а также применяемое лечение.\u0000 Hereditary sucrase-isomaltase deficiency is a type of hereditary disaccharidase intolerance. Homozygous forms of this pathology occur with a frequency of 0.02% in the population. The article describes a clinical case of this disease, identified by doctors in the Chelyabinsk region. A complete history, stages of the patient’s diagnosis, as well as the treatment used are presented.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"266 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-10-31","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"124323575","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Введение. Множественная экзостозная хондродисплазия (МЭХД) или множественные остеохондромы (МО) (ОМIM 133700, OMIM 133701) - это генетически гетерогенное заболевание, проявляющееся генерализованными формами поражения скелета с многочисленными прогрессирующими деформациями костей и суставов. Заболевание имеет аутосомно- доминантный тип наследования, очень велика доля семейных случаев. В статье проведен анализ гено-фенотипических ассоциаций в группе больных с МЭХД. Цель: составление прогноза развития клинических форм МЭХД для повышения качества жизни больных. Методы. В исследование включены результаты клинического обследования 85 больных с МЭХД из 41 семьи, из них 57 больных с результатами молекулярно-генетических исследований. Проведен анализ ассоциации локализации экзостозов с клиническими формами МЭХД методом логистической регрессии с вычислением отношения шансов. Построены прогностические математические модели. Проанализированы таблицы сопряжённости признаков с вычислением точного критерия Фишера. Статистический анализ проведен в пакете прикладных программ IBM SPSS Statistics 23.0. Результаты. По результатам статистического анализа было установлено, что клинические проявления (локализации экзостозов) при МЭХД в основном зависели от конкретной мутации, а не от гена (EXT1 или EXT2). Также показано, что отдельные сочетания локализации экзостозов влияют на развитие клинических форм заболевания. Заключение. Наличие устойчивых гено-фенотипических ассоциаций даёт возможность прогнозирования дальнейшего клинического течения МЭХД у якутских больных с момента молекулярно-генетической диагностики. Background. Multiple hereditary exostoses (MHE) or multiple osteochondromas (MO) (OMIM 133700, OMIM 133701) is a genetically heterogeneous disease manifested by generalized forms of skeletal damage with multiple progressive bone and joint deformities. The disease has an autosomal dominant type of inheritance, and the proportion of familial cases is exceedingly high. The article analyzes gene-phenotypic associations in a group of patients with multiple hereditary exostoses. Aim: to predict the development of clinical forms of MHE to improve the quality of life of patients. Methods. The results of clinical examination of 85 patients with MHE from 41 families with the results of molecular genetic studies were included in the study. The association of exostoses localization with clinical forms of MHE was analyzed by logistic regression with odds ratio calculation. Prognostic mathematical models were constructed. Congruence tables with the calculation of Fisher’s exact criterion were analyzed. Statistical analysis was performed using the application program package IBM SPSS Statistics 23.0. Results. According to the results of statistical analysis, it was found that clinical manifestations (exostoses localizations) in MHE depended on a specific mutation rather than on the gene (EXT1 or EXT2) in general. Individual combinations of exostoses localization were also sho
{"title":"Gene-phenotypic analysis in patients with multiple hereditary exostoses in the Yakutian population","authors":"Яковлева, А.Е., Данилова, А.Л., Федоров, А.И., Петухова, Д.А., Николаева, И.А., Сухомясова, А.Л., Максимова, Н.Р.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.10.69-74","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.10.69-74","url":null,"abstract":"Введение. Множественная экзостозная хондродисплазия (МЭХД) или множественные остеохондромы (МО) (ОМIM 133700, OMIM 133701) - это генетически гетерогенное заболевание, проявляющееся генерализованными формами поражения скелета с многочисленными прогрессирующими деформациями костей и суставов. Заболевание имеет аутосомно- доминантный тип наследования, очень велика доля семейных случаев. В статье проведен анализ гено-фенотипических ассоциаций в группе больных с МЭХД. Цель: составление прогноза развития клинических форм МЭХД для повышения качества жизни больных. Методы. В исследование включены результаты клинического обследования 85 больных с МЭХД из 41 семьи, из них 57 больных с результатами молекулярно-генетических исследований. Проведен анализ ассоциации локализации экзостозов с клиническими формами МЭХД методом логистической регрессии с вычислением отношения шансов. Построены прогностические математические модели. Проанализированы таблицы сопряжённости признаков с вычислением точного критерия Фишера. Статистический анализ проведен в пакете прикладных программ IBM SPSS Statistics 23.0. Результаты. По результатам статистического анализа было установлено, что клинические проявления (локализации экзостозов) при МЭХД в основном зависели от конкретной мутации, а не от гена (EXT1 или EXT2). Также показано, что отдельные сочетания локализации экзостозов влияют на развитие клинических форм заболевания. Заключение. Наличие устойчивых гено-фенотипических ассоциаций даёт возможность прогнозирования дальнейшего клинического течения МЭХД у якутских больных с момента молекулярно-генетической диагностики.\u0000 Background. Multiple hereditary exostoses (MHE) or multiple osteochondromas (MO) (OMIM 133700, OMIM 133701) is a genetically heterogeneous disease manifested by generalized forms of skeletal damage with multiple progressive bone and joint deformities. The disease has an autosomal dominant type of inheritance, and the proportion of familial cases is exceedingly high. The article analyzes gene-phenotypic associations in a group of patients with multiple hereditary exostoses. Aim: to predict the development of clinical forms of MHE to improve the quality of life of patients. Methods. The results of clinical examination of 85 patients with MHE from 41 families with the results of molecular genetic studies were included in the study. The association of exostoses localization with clinical forms of MHE was analyzed by logistic regression with odds ratio calculation. Prognostic mathematical models were constructed. Congruence tables with the calculation of Fisher’s exact criterion were analyzed. Statistical analysis was performed using the application program package IBM SPSS Statistics 23.0. Results. According to the results of statistical analysis, it was found that clinical manifestations (exostoses localizations) in MHE depended on a specific mutation rather than on the gene (EXT1 or EXT2) in general. Individual combinations of exostoses localization were also sho","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"1 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-10-31","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"129096369","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
RPE65-ассоциированные ретинопатии привлекли огромное внимание благодаря успешной генной терапии. Текущее исследование направлено на оценку частоты RPE65-зависимых форм наследственной дегенерации сетчатки в РФ, а также характеристику изменений в гене RPE65 у российских больных. Из 189 неродственных больных с диагнозами при обращении пигментная дегенерация сетчатки или врожденный амавроз Лебера выявлено 11 больных наследственными дегенерациями сетчатки (НДС) с биалелльными патогенными вариантами в гене RPE65, что составило 5,8% в исследуемой выборке. Наиболее частая мутация - c.370C>T (p.Arg124*) встретилась на пяти хромосомах. Выявлено два ранее не описанных варианта c.1024T>C (p.Tyr342His), c.1340T>C (p.Leu447Pro), классифицированных как вероятно патогенные. Существенный вклад RPE65-зависимых форм НДС в РФ и возможность генной терапии этих больных, а также отсутствие мажорных мутаций и горячих экзонов в гене RPE65 доказывают необходимость молекулярно-генетической диагностики больных различными формами НДС методом массового параллельного секвенирования. RPE65-associated retinopathies have received tremendous attention due to successful gene therapy. The current study is aimed at assessing the frequency of RPE65-dependent forms of hereditary retinal degeneration in the Russian Federation, as well as characterizing changes in the RPE65 gene in Russian patients. Of 189 unrelated patients with a referral diagnosis of RP or LCA, 11 patients with IRD with biallelic pathogenic variants in the RPE65 gene were identified, which accounted for 5.8% in the study sample. The most frequent mutation, c.370C>T (p.Arg124*), was found on five chromosomes. Two previously undescribed variants c.1024T>C (p.Tyr342His), c.1340T>C (p.Leu447Pro), classified as probably pathogenic, were identified. The significant contribution of RPE65-dependent forms of IRD to the Russian Federation and the possibility of gene therapy for these patients, as well as the absence of major mutations and hot exons in the RPE65 gene, proves the need for molecular genetic diagnosis of patients with various forms of IRD using the targeted next-generation sequencing (NGS) method.
RPE65相关视网膜病变通过成功的基因治疗引起了广泛的关注。目前的研究重点是评估RPE65依赖型遗传视网膜退化的频率，以及俄罗斯病人RPE65基因变化的特征。在189名未确诊的色素变性或先天性视网膜变性患者中，RPE65基因中有11名遗传性视网膜变性患者，在研究样本中为5.8%。最常见的突变是c370c >T (p.Arg124)在5条染色体上相遇。c1024t >C (p tyr342his)， C 1340t >C (p. 447pro)，被归类为可能病原体。RPE65依赖型增值税在rf中的显著贡献以及这些患者的基因治疗能力以及RPE65基因中缺乏丰富的突变和热外邦基因证明需要通过大规模并行测序对不同形式的增值税进行分子基因诊断。RPE65- associatates有一个三联三联三联三联三联三联。老学习者是俄罗斯联邦中的异教异教者，就像俄罗斯爱国者中的异教异教一样。189名无相关性的患者在RP或LCA中出现，11名患者在RPE65基因中出现异常，在study sample中出现5.8%。最伟大的frequent兵变，c.370C>T (p.Arg124)，是5个chromosomes的found。两种不同的先验是C . 1024t >C, C . 1340t >C (p. 1340pro)，The contribution of RPE65一张重要相关forms of IRD to The俄罗斯Federation and The possibility of gene therapy for these这样,as well as The hot exons缺席of major mutations and in The RPE65基因,proves The need for分子genetic diagnosis of立体这样with《forms of IRD The target next - generation helicos (NGS) method。
{"title":"Selective screening of patients with hereditary retinal degeneration to identify the target group for gene therapy with voretigene neparvovec","authors":"Степанова, А.А., Кадышев, В.В., Щагина, О.А., Поляков, А.В.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.10.51-55","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.10.51-55","url":null,"abstract":"RPE65-ассоциированные ретинопатии привлекли огромное внимание благодаря успешной генной терапии. Текущее исследование направлено на оценку частоты RPE65-зависимых форм наследственной дегенерации сетчатки в РФ, а также характеристику изменений в гене RPE65 у российских больных. Из 189 неродственных больных с диагнозами при обращении пигментная дегенерация сетчатки или врожденный амавроз Лебера выявлено 11 больных наследственными дегенерациями сетчатки (НДС) с биалелльными патогенными вариантами в гене RPE65, что составило 5,8% в исследуемой выборке. Наиболее частая мутация - c.370C>T (p.Arg124*) встретилась на пяти хромосомах. Выявлено два ранее не описанных варианта c.1024T>C (p.Tyr342His), c.1340T>C (p.Leu447Pro), классифицированных как вероятно патогенные. Существенный вклад RPE65-зависимых форм НДС в РФ и возможность генной терапии этих больных, а также отсутствие мажорных мутаций и горячих экзонов в гене RPE65 доказывают необходимость молекулярно-генетической диагностики больных различными формами НДС методом массового параллельного секвенирования.\u0000 RPE65-associated retinopathies have received tremendous attention due to successful gene therapy. The current study is aimed at assessing the frequency of RPE65-dependent forms of hereditary retinal degeneration in the Russian Federation, as well as characterizing changes in the RPE65 gene in Russian patients. Of 189 unrelated patients with a referral diagnosis of RP or LCA, 11 patients with IRD with biallelic pathogenic variants in the RPE65 gene were identified, which accounted for 5.8% in the study sample. The most frequent mutation, c.370C>T (p.Arg124*), was found on five chromosomes. Two previously undescribed variants c.1024T>C (p.Tyr342His), c.1340T>C (p.Leu447Pro), classified as probably pathogenic, were identified. The significant contribution of RPE65-dependent forms of IRD to the Russian Federation and the possibility of gene therapy for these patients, as well as the absence of major mutations and hot exons in the RPE65 gene, proves the need for molecular genetic diagnosis of patients with various forms of IRD using the targeted next-generation sequencing (NGS) method.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"96 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-10-31","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"133641043","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Цель: описание клинического случая проведения программы вспомогательных репродуктивных технологий (ВРТ) с преимплантационным генетическим тестированием (ПГТ) спиноцеребеллярной атаксии первого типа (СЦА1) в сочетании с преимплантационным хромосомным анализом. Методы. Планирование и проведение ПГТ выполнено для супружеской пары (30 и 31 год) из Республики Саха (Якутия) с риском СЦА1 у супруги. Нами была разработана система для ПГТ моногенного заболевания (ПГТ-М), включающая анализ патогенного варианта гена ATXN1 (NM_000332.3(ATXN1):c.589_591CAG(36_38) (p.Gln208_His209ins(Gln)n) и полиморфных STR-маркеров, сцепленных с геном ATXN1. Для подготовительного этапа использовали ДНК, выделенную из крови пациентки и супруга, сестры и отца пациентки, а также здорового неродственного донора. Исследование выполняли методом двухраундовой ПЦР с детекцией фрагментным анализом. Разработанную систему валидировали на образцах единичных клеток. Стимуляцию овуляции и эмбриологические процедуры в ходе программы ВРТ выполняли по стандартным протоколам, оплодотворение проводили методом ИКСИ. Биопсию эмбрионов выполняли на 5-е сутки развития. Полногеномную амплификацию (ПГА) ДНК из образцов трофэктодермы эмбрионов выполняли по технологии множественного замещения цепи (MDA). Полученный продукт ПГА использовали для ПГТ-М по разработанной на подготовительном этапе системе и для хромосомного микроматричного анализа анеуплоидии (ПГТ-А). Перенос размороженного эмбриона выполнен с учетом результатов ПГТ. Результаты. Разработанная система ПГТ-М включала анализ фрагмента гена ATXN1, несущего CAG-повторы и анализ 9 информативных маркеров STR, фланкирующих ген. В программе ВРТ получено 5 зрелых ооцитов. Три эмбриона, достигших стадии бластоцисты, были биопсированы; для них была выполнена ПГА и ПГТ-М. Мутантный аллель хорошо идентифицировался в двух эмбрионах. Один из эмбрионов был определен как нормальный по генотипу ATXN1 и материнскому STR-гаплотипу. Для одного нормального эмбриона было выполнено ПГТ-А, результат которого показал нормальный хромосомный статус. Эмбрион был перенесен в полость матки. Результаты ХГЧ (хорионического гонадотропина человека) подтвердили имплантацию эмбриона. Заключение. Представленный нами клинический случай демонстрирует успешное проведение программы ВРТ с ПГТ в отношении СЦА1 в сочетании с анализом ПГТ-А. Aim: description of an assisted reproductive technology (ART) program with preimplantation genetic testing (PGT) for spinocerebellar ataxia type 1 (SCA1) in combination with preimplantation chromosome analysis. Methods. Planning and implementation of PGT was performed for a couple (aged 30 and 31) from Sakha (Yakutia) at risk of SCA1. We have developed PGT system for monogenic diseases (PGT-M), which includes the analysis of the pathogenic variant of the ATXN1 gene (NM_000332.3(ATXN1):c.589_591CAG(36_38) (p.Gln208_His209ins(Gln)n) and polymorphic STR markers linked to the gene. For setup study DNA was isolated from the blood of the patient and part
{"title":"Preimplantation genetic testing for mucopolysaccharidosis type II: a case report","authors":"Соловьёва, Е.В., Склеймова, М.М., Минайчева, Л.И., Жигалина, Д.И., Чуркин, Е.О., Оккель, Ю.В.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.10.12-18","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.10.12-18","url":null,"abstract":"Цель: описание клинического случая проведения программы вспомогательных репродуктивных технологий (ВРТ) с преимплантационным генетическим тестированием (ПГТ) спиноцеребеллярной атаксии первого типа (СЦА1) в сочетании с преимплантационным хромосомным анализом. Методы. Планирование и проведение ПГТ выполнено для супружеской пары (30 и 31 год) из Республики Саха (Якутия) с риском СЦА1 у супруги. Нами была разработана система для ПГТ моногенного заболевания (ПГТ-М), включающая анализ патогенного варианта гена ATXN1 (NM_000332.3(ATXN1):c.589_591CAG(36_38) (p.Gln208_His209ins(Gln)n) и полиморфных STR-маркеров, сцепленных с геном ATXN1. Для подготовительного этапа использовали ДНК, выделенную из крови пациентки и супруга, сестры и отца пациентки, а также здорового неродственного донора. Исследование выполняли методом двухраундовой ПЦР с детекцией фрагментным анализом. Разработанную систему валидировали на образцах единичных клеток. Стимуляцию овуляции и эмбриологические процедуры в ходе программы ВРТ выполняли по стандартным протоколам, оплодотворение проводили методом ИКСИ. Биопсию эмбрионов выполняли на 5-е сутки развития. Полногеномную амплификацию (ПГА) ДНК из образцов трофэктодермы эмбрионов выполняли по технологии множественного замещения цепи (MDA). Полученный продукт ПГА использовали для ПГТ-М по разработанной на подготовительном этапе системе и для хромосомного микроматричного анализа анеуплоидии (ПГТ-А). Перенос размороженного эмбриона выполнен с учетом результатов ПГТ. Результаты. Разработанная система ПГТ-М включала анализ фрагмента гена ATXN1, несущего CAG-повторы и анализ 9 информативных маркеров STR, фланкирующих ген. В программе ВРТ получено 5 зрелых ооцитов. Три эмбриона, достигших стадии бластоцисты, были биопсированы; для них была выполнена ПГА и ПГТ-М. Мутантный аллель хорошо идентифицировался в двух эмбрионах. Один из эмбрионов был определен как нормальный по генотипу ATXN1 и материнскому STR-гаплотипу. Для одного нормального эмбриона было выполнено ПГТ-А, результат которого показал нормальный хромосомный статус. Эмбрион был перенесен в полость матки. Результаты ХГЧ (хорионического гонадотропина человека) подтвердили имплантацию эмбриона. Заключение. Представленный нами клинический случай демонстрирует успешное проведение программы ВРТ с ПГТ в отношении СЦА1 в сочетании с анализом ПГТ-А.\u0000 Aim: description of an assisted reproductive technology (ART) program with preimplantation genetic testing (PGT) for spinocerebellar ataxia type 1 (SCA1) in combination with preimplantation chromosome analysis. Methods. Planning and implementation of PGT was performed for a couple (aged 30 and 31) from Sakha (Yakutia) at risk of SCA1. We have developed PGT system for monogenic diseases (PGT-M), which includes the analysis of the pathogenic variant of the ATXN1 gene (NM_000332.3(ATXN1):c.589_591CAG(36_38) (p.Gln208_His209ins(Gln)n) and polymorphic STR markers linked to the gene. For setup study DNA was isolated from the blood of the patient and part","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"493 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-10-31","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"125527734","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Наследственные нарушения соединительной ткани - это обширная группа генетически и клинически гетерогенных заболеваний, развитие которых обусловлено мутациями генов, ответственных за синтез белков внеклеточного матрикса или участвующих в морфогенезе соединительной ткани. Данная статья посвящена результатам поиска молекулярно-генетических причин редких наследственных заболеваний соединительной ткани - синдрома Элерса-Данло, несовершенного остеогенеза и остеопетроза. Диагностика этих заболеваний осложняется сходством симптомов и степенью выраженности клинических проявлений. Представленные результаты расширят представление о молекулярном патогенезе наследственных болезней соединительной ткани и позволяют оптимизировать диагностику данной группы заболеваний, тактику медико-генетического консультирования отягощенных семей и оказания им медицинской помощи. Hereditary connective tissue diseases are a large group of genetically and clinically heterogeneous diseases whose development is caused by mutations in the genes responsible for the synthesis of extracellular matrix proteins or involved in connective tissue morphogenesis. This article is devoted to the results of the search for the molecular genetic causes of the rare hereditary connective tissue diseases: Ehlers-Danlos syndrome, osteogenesis imperfecta and osteopetrosis. Diagnosis of these pathologies is difficult because of the similarity of symptoms and their clinical manifestations. The presented results will expand the understanding of the pathogenesis and will allow to optimize the diagnosis of these syndromes, to determine the tactics of medical and genetic counseling of burdened families by both clinical geneticists, orphan disease specialists, and general practitioners, family medicine specialists, and general practitioners.
{"title":"Molecular diagnosis of hereditary connective tissue diseases","authors":"Надыршина, Д.Д., Зарипова, А.Р., Тюрин, А.В., Ахметова, В.Л., Хусаинова, Р.И.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.10.23-27","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.10.23-27","url":null,"abstract":"Наследственные нарушения соединительной ткани - это обширная группа генетически и клинически гетерогенных заболеваний, развитие которых обусловлено мутациями генов, ответственных за синтез белков внеклеточного матрикса или участвующих в морфогенезе соединительной ткани. Данная статья посвящена результатам поиска молекулярно-генетических причин редких наследственных заболеваний соединительной ткани - синдрома Элерса-Данло, несовершенного остеогенеза и остеопетроза. Диагностика этих заболеваний осложняется сходством симптомов и степенью выраженности клинических проявлений. Представленные результаты расширят представление о молекулярном патогенезе наследственных болезней соединительной ткани и позволяют оптимизировать диагностику данной группы заболеваний, тактику медико-генетического консультирования отягощенных семей и оказания им медицинской помощи.\u0000 Hereditary connective tissue diseases are a large group of genetically and clinically heterogeneous diseases whose development is caused by mutations in the genes responsible for the synthesis of extracellular matrix proteins or involved in connective tissue morphogenesis. This article is devoted to the results of the search for the molecular genetic causes of the rare hereditary connective tissue diseases: Ehlers-Danlos syndrome, osteogenesis imperfecta and osteopetrosis. Diagnosis of these pathologies is difficult because of the similarity of symptoms and their clinical manifestations. The presented results will expand the understanding of the pathogenesis and will allow to optimize the diagnosis of these syndromes, to determine the tactics of medical and genetic counseling of burdened families by both clinical geneticists, orphan disease specialists, and general practitioners, family medicine specialists, and general practitioners.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"3 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-10-31","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"130336810","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Значительная клиническая и генетическая гетерогенность наследственных катаракт существенно затрудняет их раннюю ДНК-диагностику и определяет актуальность изучения эпидемиологии заболевания, популяционных особенностей спектра и частот мутаций в ответственных генах, клинико-генетических корреляций. Мутации в гене коннексина 50 (GJA8) относятся к частым причинам наследственных, преимущественно аутосомно-доминантных, врожденных катаракт. У пациента с врожденной двусторонней зонулярной катарактой в гене GJA8 идентифицированы две нуклеотидные замены в компаунд-гетерозиготном состоянии - ранее не описанный миссенс-вариант с.143A>G (p.Glu48Gly) и известный нуклеотидный вариант с.741Т>G (p.Ile24Met). На основании клинико-генеалогического и молекулярно-генетического анализа установлен спорадический характер заболевания в семье. Впервые выявленный вариант p.Glu48Gly, предположительно, является патогенной мутацией, проявляющей рецессивный характер. Significant clinical and genetic heterogeneity of hereditary cataracts significantly complicates their early DNA diagnosis and determines the relevance of studying the epidemiology of the disease, population features of the spectrum and frequencies of mutations in responsible genes, clinical and genetic correlations. Mutations in the connexin 50 (GJA8) gene are common causes of hereditary, mainly autosomal dominant, congenital cataracts. In a patient with congenital bilateral zonular cataract in the GJA8 gene two nucleotide substitutions were identified in the compound heterozygous state - the previously undescribed missense variant C.143A>G (p.Glu48Gly) and the known nucleotide variant C.741T>G (p.Ile24Met). Based on clinical genealogical and molecular genetic analysis, the sporadic nature of the disease in the family was established. The newly identified variant of p.Glu48Gly is presumably a pathogenic mutation showing a recessive character.
{"title":"New mutation p.Glu48Gly in the GJA8 gene in a compound heterozygous state in a patient with sporadic congenital zonular cataract","authors":"Хидиятова, И.М., Хидиятова, И.И., Азнабаев, М.Т., Карунас, А.С., Хуснутдинова, Э.К.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.10.56-59","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.10.56-59","url":null,"abstract":"Значительная клиническая и генетическая гетерогенность наследственных катаракт существенно затрудняет их раннюю ДНК-диагностику и определяет актуальность изучения эпидемиологии заболевания, популяционных особенностей спектра и частот мутаций в ответственных генах, клинико-генетических корреляций. Мутации в гене коннексина 50 (GJA8) относятся к частым причинам наследственных, преимущественно аутосомно-доминантных, врожденных катаракт. У пациента с врожденной двусторонней зонулярной катарактой в гене GJA8 идентифицированы две нуклеотидные замены в компаунд-гетерозиготном состоянии - ранее не описанный миссенс-вариант с.143A>G (p.Glu48Gly) и известный нуклеотидный вариант с.741Т>G (p.Ile24Met). На основании клинико-генеалогического и молекулярно-генетического анализа установлен спорадический характер заболевания в семье. Впервые выявленный вариант p.Glu48Gly, предположительно, является патогенной мутацией, проявляющей рецессивный характер. Significant clinical and genetic heterogeneity of hereditary cataracts significantly complicates their early DNA diagnosis and determines the relevance of studying the epidemiology of the disease, population features of the spectrum and frequencies of mutations in responsible genes, clinical and genetic correlations. Mutations in the connexin 50 (GJA8) gene are common causes of hereditary, mainly autosomal dominant, congenital cataracts. In a patient with congenital bilateral zonular cataract in the GJA8 gene two nucleotide substitutions were identified in the compound heterozygous state - the previously undescribed missense variant C.143A>G (p.Glu48Gly) and the known nucleotide variant C.741T>G (p.Ile24Met). Based on clinical genealogical and molecular genetic analysis, the sporadic nature of the disease in the family was established. The newly identified variant of p.Glu48Gly is presumably a pathogenic mutation showing a recessive character.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"1 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-10-31","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"131162860","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Цель работы состояла в исследовании влияния аллельных полиморфизмов гена IL-17F rs2397084 (Glu126Gly) и rs763780 (His161Arg) на выживаемость пациентов с муковисцидозом. В исследовании принимали участие 82 пациента. Все участники исследования находились на активном диспансерном наблюдении, регулярно (каждые 3-6 месяцев) обследовались и получали антибактериальную терапию. Частоты аллелей A и G полиморфизма rs2397084 в группе обследованных пациентов составили 90,2 % и 9,8 % соответственно. Частоты аллелей A и G полиморфизма rs763780 были равны 92,1 % и 7,9 %. В зависимости от генотипа пациенты были разделены на 2 группы. Группа 1 состояла из пациентов с распространенным генотипом AA-AA (rs2397084-rs763780; n=55). Группа 2 включала носителей одного или нескольких аллелей G (n=27). Анализ демографических данных показал, что группы пациентов не различались по возрасту, полу, а также по количеству носителей мутации F508del. За период с 2015 по 2020 гг. в группе 1 умерли 14 пациентов, в группе 2 все пациенты остались живы. Таким образом, выживаемость в группах 1 и 2 составила, соответственно, 74,5 и 100 % (p=0,0035, точный критерий Фишера). Анализ кривых Каплана-Майера показал, что общая выживаемость пациентов первой группы была статистически значимо ниже, чем соответствующий параметр в группе 2 (р=0,0026, Log-Rank Test). Анализ состава микробиома дыхательных путей выявил в группе 1 существенное преобладание пациентов с хронической колонизацией Burkholderia cepacia complex: 22 vs 1 пациент в группе 2 (χ2 = 11,82, p = 0,0006; OR 17,33 [95% CI 2,19-137,21]). Таким образом, повышенная смертность больных муковисцидозом с распространенным генотипом AA-AA связана с высокой частотой развития хронической инфекции Burkholderia cepacia complex. Для получения достоверных данных о рисках заражения Burkholderia cepacia complex и неблагоприятном исходе заболевания необходимо увеличить количество обследованных пациентов. The aim of this study was to evaluate effects of IL-17F gene polymorphisms, rs2397084 (substitution of glutamic acid (GAG) for glycine (GGG) at position 126; Glu126Gly) and rs763780 (substitution of histidine (CAT) for arginine (CGT) at position 161; His161Arg) on the cystic fibrosis (CF) patients mortality rate. The study involved 82 patients who were regularly examined (every 3-6 months) and received antibiotic therapy. The frequency of IL-17F (rs2397084) A and G alleles was 90.2% and 9.8%, respectively. The frequency of IL-17F (rs763780) A and G alleles was 92.1% and 7.9%, respectively. The patients were divided into two groups. Group 1 included individuals with common AA-AA genotype (n=55). Group 2 included carriers of one or more minor G alleles (n=27). The patients of two groups did not differ in age, sex, or number of F508del mutation carriers. At the same time, there were 14 dead patients in group 1, whereas all patients from group 2 were alive. Thus, survival in groups 1 and 2 was 74.5% and 100%, respectively (p=0.0035, Fisher’s exact test).
{"title":"IL-17F gene polymorphisms in cystic fibrosis patients: influence on mortality rate","authors":"Пухальская, Д.А., Шмарин, В.В., Семыкин, С.Ю., Красовский, С.А., Букина, Т.М., Шмарина, Г.В.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.10.33-37","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.10.33-37","url":null,"abstract":"Цель работы состояла в исследовании влияния аллельных полиморфизмов гена IL-17F rs2397084 (Glu126Gly) и rs763780 (His161Arg) на выживаемость пациентов с муковисцидозом. В исследовании принимали участие 82 пациента. Все участники исследования находились на активном диспансерном наблюдении, регулярно (каждые 3-6 месяцев) обследовались и получали антибактериальную терапию. Частоты аллелей A и G полиморфизма rs2397084 в группе обследованных пациентов составили 90,2 % и 9,8 % соответственно. Частоты аллелей A и G полиморфизма rs763780 были равны 92,1 % и 7,9 %. В зависимости от генотипа пациенты были разделены на 2 группы. Группа 1 состояла из пациентов с распространенным генотипом AA-AA (rs2397084-rs763780; n=55). Группа 2 включала носителей одного или нескольких аллелей G (n=27). Анализ демографических данных показал, что группы пациентов не различались по возрасту, полу, а также по количеству носителей мутации F508del. За период с 2015 по 2020 гг. в группе 1 умерли 14 пациентов, в группе 2 все пациенты остались живы. Таким образом, выживаемость в группах 1 и 2 составила, соответственно, 74,5 и 100 % (p=0,0035, точный критерий Фишера). Анализ кривых Каплана-Майера показал, что общая выживаемость пациентов первой группы была статистически значимо ниже, чем соответствующий параметр в группе 2 (р=0,0026, Log-Rank Test). Анализ состава микробиома дыхательных путей выявил в группе 1 существенное преобладание пациентов с хронической колонизацией Burkholderia cepacia complex: 22 vs 1 пациент в группе 2 (χ2 = 11,82, p = 0,0006; OR 17,33 [95% CI 2,19-137,21]). Таким образом, повышенная смертность больных муковисцидозом с распространенным генотипом AA-AA связана с высокой частотой развития хронической инфекции Burkholderia cepacia complex. Для получения достоверных данных о рисках заражения Burkholderia cepacia complex и неблагоприятном исходе заболевания необходимо увеличить количество обследованных пациентов.\u0000 The aim of this study was to evaluate effects of IL-17F gene polymorphisms, rs2397084 (substitution of glutamic acid (GAG) for glycine (GGG) at position 126; Glu126Gly) and rs763780 (substitution of histidine (CAT) for arginine (CGT) at position 161; His161Arg) on the cystic fibrosis (CF) patients mortality rate. The study involved 82 patients who were regularly examined (every 3-6 months) and received antibiotic therapy. The frequency of IL-17F (rs2397084) A and G alleles was 90.2% and 9.8%, respectively. The frequency of IL-17F (rs763780) A and G alleles was 92.1% and 7.9%, respectively. The patients were divided into two groups. Group 1 included individuals with common AA-AA genotype (n=55). Group 2 included carriers of one or more minor G alleles (n=27). The patients of two groups did not differ in age, sex, or number of F508del mutation carriers. At the same time, there were 14 dead patients in group 1, whereas all patients from group 2 were alive. Thus, survival in groups 1 and 2 was 74.5% and 100%, respectively (p=0.0035, Fisher’s exact test). ","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"59 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-10-31","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"123393008","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Первичная цилиарная дискинезия (ПЦД) представляет собой редкое и малоизученное заболевание, фенотип которого пересекается с другими распространенными заболеваниями респираторного тракта, создавая сложности для диагностики. Существующие на данный момент подходы к диагностике и верификации ПЦД требуют подтверждения с использованием геномного анализа, в связи с чем молекулярно-генетические методы, основанные на применении технологий NGS, приобретают решающее значение. В нашей лаборатории был проведен биоинформатический анализ данных полного экзомного секвенирования 19 пробандов из неродственных семей в возрасте до 17 лет с клинически установленным диагнозом ПЦД. В результате у 14 (74%) из 19 пробандов были выявлены варианты в генах, ответственных за формирование фенотипа ПЦД. Обнаруженные генетические варианты были классифицированы в соответствии с рекомендациями ACMG. Таким образом, использование комплексных подходов, включающих клинико-генетические и молекулярно-генетические методы анализа, позволяет повысить диагностическую эффективность в отношении ПЦД. Primary ciliary dyskinesia (PCD) is a rare and poorly studied disease, the phenotype of which is found with some common residual respiratory tracts that are difficult to diagnose. Thus, NGS techniques are becoming crucial in the diagnosis of this disease. At least 46 genes encoding various parts of the ultrastructure of the respiratory tract epithelial cilia and similar structures are involved in the pathogenesis of primary ciliary dyskinesia (PCD). Our research is aimed at finding the genetic cause of the disease and improving diagnostic efficiency in a group of patients with PCD. Bioinformatic analysis of whole exome sequencing data was performed for 19 probands from unrelated families under the age of 18 with a clinically established diagnosis of PCD. According to the data obtained, 14 (74%) of the 19 probands had genetic variants in the genes responsible for the formation of the PCD phenotype. Thus, an application of the complex approaches including methods of clinical genetics and molecular biology can improve the primary ciliary dyskinesia diagnostic efficiency.
{"title":"Clinical significance of molecular genetic approaches based on NGS technologies in a sample of patients with primary ciliary dyskinesia","authors":"Раджабова, Г.М., Смирнова, А.В., Князева, А.А., Новак, А.А., Мизерницкий, Ю.Л., Щербакова, Н.В., Цибульская, Д.С., Поволоцкая, И.С.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.10.38-42","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.10.38-42","url":null,"abstract":"Первичная цилиарная дискинезия (ПЦД) представляет собой редкое и малоизученное заболевание, фенотип которого пересекается с другими распространенными заболеваниями респираторного тракта, создавая сложности для диагностики. Существующие на данный момент подходы к диагностике и верификации ПЦД требуют подтверждения с использованием геномного анализа, в связи с чем молекулярно-генетические методы, основанные на применении технологий NGS, приобретают решающее значение. В нашей лаборатории был проведен биоинформатический анализ данных полного экзомного секвенирования 19 пробандов из неродственных семей в возрасте до 17 лет с клинически установленным диагнозом ПЦД. В результате у 14 (74%) из 19 пробандов были выявлены варианты в генах, ответственных за формирование фенотипа ПЦД. Обнаруженные генетические варианты были классифицированы в соответствии с рекомендациями ACMG. Таким образом, использование комплексных подходов, включающих клинико-генетические и молекулярно-генетические методы анализа, позволяет повысить диагностическую эффективность в отношении ПЦД.\u0000 Primary ciliary dyskinesia (PCD) is a rare and poorly studied disease, the phenotype of which is found with some common residual respiratory tracts that are difficult to diagnose. Thus, NGS techniques are becoming crucial in the diagnosis of this disease. At least 46 genes encoding various parts of the ultrastructure of the respiratory tract epithelial cilia and similar structures are involved in the pathogenesis of primary ciliary dyskinesia (PCD). Our research is aimed at finding the genetic cause of the disease and improving diagnostic efficiency in a group of patients with PCD. Bioinformatic analysis of whole exome sequencing data was performed for 19 probands from unrelated families under the age of 18 with a clinically established diagnosis of PCD. According to the data obtained, 14 (74%) of the 19 probands had genetic variants in the genes responsible for the formation of the PCD phenotype. Thus, an application of the complex approaches including methods of clinical genetics and molecular biology can improve the primary ciliary dyskinesia diagnostic efficiency.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"32 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-10-31","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"131956518","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
京公网安备 11010802042870号
京ICP备2023020795号-1
扫码关注我们
求助内容：
应助结果提醒方式：