首页 > 最新文献

Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika最新文献

英文 中文
Results of the search for rare mutations in the analysis of the entire sequence of the PAH gene 对多环芳烃基因全序列分析中罕见突变的搜索结果
Pub Date : 2022-10-31 DOI: 10.25557/2073-7998.2022.10.43-45
Ряднинская, Н.В., Кузнецов И.А, Рыжкова, О.П., Поляков, А.В.
Фенилкетонурия (ФКУ) - распространённое аутосомно-рецессивное наследственное нарушение работы фенилаланингидроксилазы, обусловленное патогеннными мутациями в гене PAH. После проведения рутинных методов генетического анализа остаётся примерно 2% пациентов с ФКУ, у которых не подтверждён диагноз. В данном исследовании был проведён поиск нуклеотидных замен в некодирующих и регуляторных областях гена PAH методом массового параллельного секвенирования. Был обнаружен вариант c.706+521G>C глубоко в интроне 6, который по программам предсказания влияет на сплайсинг гена PAH. Таким образом, данное исследование дополняет текущие данные о генотипах при ФКУ и показывает, что варианты, расположенные глубоко в интронах, могут являться причиной заболевания. Phenylketonuria (PKU) is a common, autosomal recessive hereditary disorder of phenylalanine hydroxylase caused by pathogenic PAH gene variants. After routine genetic analysis methods were applied, approximately 2% of PKU patients were not diagnosed. In this study, the search of nucleotide replacements were performed in noncoding and regulatory regions of PAH gen via NGS.The variant c.706+521G>C was found deep in intron 6, which in silico predicted the effect on splicing of the PAH gene. Thereby this study supplements current knowledge of PAH genotypes and show that deep intronic analysis of PAH can genetically diagnose PKU.
苯基酮(pcu)是一种常见的自体-衰退遗传疾病,由PAH基因中的病原体突变引起。经过常规的基因分析,剩下大约2%的fcu患者没有得到诊断。在这项研究中,通过大规模并行测序方法,搜索了PAH基因的非编码和调节区域的核苷酸替换。c706 +521G>在内部网6深处被发现,该软件影响了PAH基因的融合。因此,这项研究补充了fcu目前的基因特征数据,并表明深层内部网中的变异可能导致疾病。Phenylketonuria (PKU)是一种常见的,由病理遗传学家PAH基因进化而来。在路的基因分析领域,2%的PKU patients没有对数。在这个工作室里,核反应研究在PAH gen通过区域内进行。变异的C .706+521G>是在6号的时候发现的,而在西利科的时候,有一种被称为“精灵精灵”的东西。瑟比·库尔特·库尔特·库尔特·库尔特·库尔特·库尔特·库尔特·库尔特·库尔特。
{"title":"Results of the search for rare mutations in the analysis of the entire sequence of the PAH gene","authors":"Ряднинская, Н.В., Кузнецов И.А, Рыжкова, О.П., Поляков, А.В.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.10.43-45","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.10.43-45","url":null,"abstract":"Фенилкетонурия (ФКУ) - распространённое аутосомно-рецессивное наследственное нарушение работы фенилаланингидроксилазы, обусловленное патогеннными мутациями в гене PAH. После проведения рутинных методов генетического анализа остаётся примерно 2% пациентов с ФКУ, у которых не подтверждён диагноз. В данном исследовании был проведён поиск нуклеотидных замен в некодирующих и регуляторных областях гена PAH методом массового параллельного секвенирования. Был обнаружен вариант c.706+521G>C глубоко в интроне 6, который по программам предсказания влияет на сплайсинг гена PAH. Таким образом, данное исследование дополняет текущие данные о генотипах при ФКУ и показывает, что варианты, расположенные глубоко в интронах, могут являться причиной заболевания.\u0000 Phenylketonuria (PKU) is a common, autosomal recessive hereditary disorder of phenylalanine hydroxylase caused by pathogenic PAH gene variants. After routine genetic analysis methods were applied, approximately 2% of PKU patients were not diagnosed. In this study, the search of nucleotide replacements were performed in noncoding and regulatory regions of PAH gen via NGS.The variant c.706+521G>C was found deep in intron 6, which in silico predicted the effect on splicing of the PAH gene. Thereby this study supplements current knowledge of PAH genotypes and show that deep intronic analysis of PAH can genetically diagnose PKU.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"16 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-10-31","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"130238965","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
Minor variants spectrum of the SMN locus SMN基因座的小变异谱
Pub Date : 2022-10-31 DOI: 10.25557/2073-7998.2022.10.19-22
Михальчук, К.А., Забненкова, В.В., Щагина, О.А., Поляков, А.В.
Проксимальная спинальная мышечная атрофия 5q (5q СМА) является одним из самых частых аутосомно-рецессивных заболеваний в мире и самой частой причиной генетически обусловленной детской смертности. По мировым данным примерно 5% больных являются компаунд-гетерозиготами по делеции в одной копии гена SMN1 и точковой мутации в другой. Однако в России проведено лишь небольшое число исследований таких случаев. Цель исследования - изучение спектра минорных вариантов в локусе SMN у больных 5q СМА. Работа выполнена на образцах ДНК 2164 больных из неродственных семей, направленных с диагнозом проксимальная спинальная мышечная атрофия 5q. Контрольную группу составили 2973 необследованных неродственных человека. Число копий генов SMN определяли методом количественной MLPA. Поиск мутаций в гене SMN1 осуществлялся методом прямого автоматического секвенирования по Сэнгеру. Результаты и выводы. Исследование числа копий генов SMN1 и SMN2 проведено у 2164 больных, диагноз 5q СМА был подтвержден у 1032. Малые (точковые) мутации в компаунд-гетерозиготном состоянии с делецией экзонов 7-8 были выявлены у 32 больных (1,5%), а среди больных с 1 копией SMN1 малые мутации выявлены у 43%. Варианты (нонсенс-мутации, миссенс-мутации, мутации, приводящие к сдвигу рамки считывания, а также мутации сайта сплайсинга) выявлены во всех экзонах гена SMN1, кроме 2a и 8. В экзоне 6 выявлены повторяющиеся мутации, две из которых c.815A>G и c.821C>T встретились по 6 и 7 раз соответственно. Обнаружена взаимосвязь клинического типа 5q СМА как с типом мутации, так и с числом копий гена SMN2. Частота носительства делеции в популяции по нашим данным составила 1/35 человек. Оценена частота носительства малых мутаций в популяции - 0,000224. Частота носительства малой мутации в популяции составила 1/4464 человек. Риск рождения ребенка с 5q СМА в семье, где родители являются здоровыми носителями - 1/156240. Background. Proximal spinal muscular atrophy 5q is one of the most frequent autosomal recessive disorders worldwide, and is the most common cause of genetically related infant mortality. Globally, approximately 5% of patients are compound heterozygotes with a deletion in one copy of the SMN1 gene and a minor mutation in the other. However, there are only isolated studies on a small number of such cases in Russia. Aim: to study the minor variants spectrum of the SMN locus in proximal spinal muscular atrophy 5q patients. Patients and methods. The research was performed on DNA samples from 2164 unrelated patients referred with the diagnosis of proximal spinal muscular atrophy 5q. A control group consisted of 2973 unrelated individuals. SMN gene copy number was determined by quantitative MLPA. The search for minor mutations in the SMN1 gene was performed by Sanger sequencing. Results and conclusions. SMN1 and SMN2 gene copy number were examined in 2164 patients referred with a presumptive diagnosis of proximal spinal muscular atrophy 5q. The diagnosis of proximal spinal muscular atrophy 5q was co
近端脊髓肌肉萎缩5q (5q cma)是世界上最常见的自体衰退疾病之一,也是基因决定儿童死亡的最常见原因。据世界统计,大约5%的患者是SMN1基因的复合体异质异构因子,而另一种是精确突变。然而,俄罗斯对这些案件的研究很少。该研究的目标是研究5q cma患者的SMN小调谱。这项工作是在2164名被诊断为近端脊髓肌肉萎缩5q的非近亲患者的dna样本中完成的。对照组由2973名未被调查的非亲属组成。SMN基因的数量是通过定量MLPA测定的。SMN1基因的突变搜索是通过对桑格进行直接自动测序来进行的。结果和结论。对2164名患者进行了SMN1和SMN2基因复制品的研究,诊断为5q cma。7-8异质复合体突变在32名患者(1.5%)和1名SMN1患者中被检测为43%。除了2a和8外,所有SMN1基因外,所有SMN1基因的变异(无意义突变、msens突变、导致读出框架改变和剪接站点突变)都已被检测到。exzon 6显示了重复的突变,其中两个是c815a >G和c821c >T分别相见6次和7次。临床类型5q cma与突变类型以及SMN2的副本数量都有关系。我们估计人口中有1/35的分裂率。据估计,小突变在种群中传播的频率为0.000224。小突变在人口中传播的频率为1/4464。在父母健康的家庭中有5q cma婴儿的风险是156240分之一。背景。普利姆斯·斯库拉尔·阿特拉菲5q是世界上最自由的解剖学家之一,也是最平凡的无知的凡人。格洛里,有5%的人会带着一个SMN1基因的任务和另一个较小的叛变回来。However,在俄罗斯只有一个小的数字案例工作室。Aim:在近端脊髓muscular 5q patients中发现了一个微小的差异谱。Patients和methods。研究是在DNA样本中表现出来的,从2164个不同的基因特征中发现的。A控制集团2973不相关individuals。SMN基因copy number是由量子MLPA解析的。在SMN1基因中寻找微小变化的过程是由歌手搜索完成的。解药和解药SMN1和SMN2基因在2164位位位基因中被重新排列,具有前置脊髓灰质瘤5q。近端脊髓软管5q是1032个patients中的confirmed。在32个不同的人(1.5%)中,有1个不同的人有1个不同的人(43%)。变异(nonsense、missense、frameshift和slice slice兵变)是所有SMN1基因except 2a和8的唯一例外。《exon 6》中的重播叛变,《which c.815A>G和c.821C>T occurred 6和7时报》。前身脊髓灰质瘤5q型是与SMN2基因结合而成的合成器。在我们的数据中,carrier frequency是1/35人。小carrier frequency在population是0.000224。在1/4464中有一个小叛变。在家庭中有5q SMA的孩子,沉默的carriers是156240的1/156240。
{"title":"Minor variants spectrum of the SMN locus","authors":"Михальчук, К.А., Забненкова, В.В., Щагина, О.А., Поляков, А.В.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.10.19-22","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.10.19-22","url":null,"abstract":"Проксимальная спинальная мышечная атрофия 5q (5q СМА) является одним из самых частых аутосомно-рецессивных заболеваний в мире и самой частой причиной генетически обусловленной детской смертности. По мировым данным примерно 5% больных являются компаунд-гетерозиготами по делеции в одной копии гена SMN1 и точковой мутации в другой. Однако в России проведено лишь небольшое число исследований таких случаев. Цель исследования - изучение спектра минорных вариантов в локусе SMN у больных 5q СМА. Работа выполнена на образцах ДНК 2164 больных из неродственных семей, направленных с диагнозом проксимальная спинальная мышечная атрофия 5q. Контрольную группу составили 2973 необследованных неродственных человека. Число копий генов SMN определяли методом количественной MLPA. Поиск мутаций в гене SMN1 осуществлялся методом прямого автоматического секвенирования по Сэнгеру. Результаты и выводы. Исследование числа копий генов SMN1 и SMN2 проведено у 2164 больных, диагноз 5q СМА был подтвержден у 1032. Малые (точковые) мутации в компаунд-гетерозиготном состоянии с делецией экзонов 7-8 были выявлены у 32 больных (1,5%), а среди больных с 1 копией SMN1 малые мутации выявлены у 43%. Варианты (нонсенс-мутации, миссенс-мутации, мутации, приводящие к сдвигу рамки считывания, а также мутации сайта сплайсинга) выявлены во всех экзонах гена SMN1, кроме 2a и 8. В экзоне 6 выявлены повторяющиеся мутации, две из которых c.815A>G и c.821C>T встретились по 6 и 7 раз соответственно. Обнаружена взаимосвязь клинического типа 5q СМА как с типом мутации, так и с числом копий гена SMN2. Частота носительства делеции в популяции по нашим данным составила 1/35 человек. Оценена частота носительства малых мутаций в популяции - 0,000224. Частота носительства малой мутации в популяции составила 1/4464 человек. Риск рождения ребенка с 5q СМА в семье, где родители являются здоровыми носителями - 1/156240.\u0000 Background. Proximal spinal muscular atrophy 5q is one of the most frequent autosomal recessive disorders worldwide, and is the most common cause of genetically related infant mortality. Globally, approximately 5% of patients are compound heterozygotes with a deletion in one copy of the SMN1 gene and a minor mutation in the other. However, there are only isolated studies on a small number of such cases in Russia. Aim: to study the minor variants spectrum of the SMN locus in proximal spinal muscular atrophy 5q patients. Patients and methods. The research was performed on DNA samples from 2164 unrelated patients referred with the diagnosis of proximal spinal muscular atrophy 5q. A control group consisted of 2973 unrelated individuals. SMN gene copy number was determined by quantitative MLPA. The search for minor mutations in the SMN1 gene was performed by Sanger sequencing. Results and conclusions. SMN1 and SMN2 gene copy number were examined in 2164 patients referred with a presumptive diagnosis of proximal spinal muscular atrophy 5q. The diagnosis of proximal spinal muscular atrophy 5q was co","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"58 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-10-31","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"132189882","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
Familial case of ataxia-telangiectasia 共济失调-毛细血管扩张的家族性病例
Pub Date : 2022-10-31 DOI: 10.25557/2073-7998.2022.10.4-8
Минайчева, Л.И., Назаренко, Л.П., Равжаева, Е.Г., Сеитова, Г.Н.
Цель: описание семейного случая атаксии-телеангиэктазии. Методы. Проведено обследование двух братьев с атактическим синдромом неясного генеза. Молекулярно-генетическое исследование выполнено методом полногеномного секвенирования (ООО Эвоген, г. Москва). Результаты. Проведено клиническое обследование и молекулярно-генетическое тестирование пациента в возрасте 1 год 9 месяцев с симптомами атаксии и иммунодефицитным состоянием и его родного брата (6 лет 9 месяцев). Обнаружены 2 варианта нуклеотидной последовательности гена АТМ в компаунд-гетерозиготном состоянии: в экзоне 40, приводящий к преждевременной терминации синтеза белка р.Glu1978Ter (отцовского происхождения), и в экзоне 58, приводящий к преждевременной терминации синтеза белка р.Arg2849Ter (материнского происхождения). Указанные варианты описаны в компаунд-гетерозиготном и гомозиготном состоянии у пациентов с атаксией-телеангиэктазией. Заключение. Установление точного диагноза пациентам позволит своевременно определить план наблюдения, который является междисциплинарным, а также эффективно проводить профилактические и реабилитационные мероприятия. Проведено медико-генетическое консультирование семьи, уточнен прогноз для членов семьи. Aim: description of a family case of ataxia-telangiectasia. Methods. Two brothers with atactic syndrome of unknown origin were examined. Molecular genetic study was performed by whole genome sequencing (LLC Evogen, Moscow). Results. A patient aged 1 year 9 months with symptoms of ataxia and an immunodeficiency state and his brother (6 years 9 months) underwent a clinical examination and molecular genetic testing. According to its results, 2 variants of the nucleotide sequence were found in the compound-heterozygous state of the ATM gene: in exon 40, leading to premature termination of p.Glu1978Ter protein synthesis (paternal origin) and in exon 58, leading to premature termination of p.Arg2849Ter protein synthesis (maternal origin) These variants are described in the compound heterozygous and homozygous state in patients with ataxia-telangiectasia. Conclusions. Establishing an accurate diagnosis for patients will allow timely determination of an observation plan that is interdisciplinary, as well as effectively carrying out preventive and rehabilitation measures. Medical genetic counseling of the family was carried out, the prognosis for the development of the disease for family members was clarified.
目标:描述家庭共济失调的情况——塔拉血管扩张。方法。我们对两兄弟进行了诊断,他们都患有不明起源综合症。分子遗传学研究是通过全基因组测序(莫斯科evogen有限公司)进行的。结果。1岁9个月大的患者接受了临床检查和分子基因测试,症状为共和和免疫缺陷,其亲兄弟(6岁9个月)。在全异质状态下发现了两种atm基因的核苷酸序列变体:40型导致rglu78特(父系)蛋白过早终止,58型导致rg2849ter蛋白过早终止。这些选择被描述为异质异质和同性恋患者的超异质和同性恋状态。囚犯。对病人进行精确诊断将使监测计划能够及时确定,这是跨学科的,并有效地进行预防和康复。对家庭进行了医学和基因咨询,对家庭成员进行了预测。Aim: ataxia-telangiectasia家庭案例的描述。Methods。两兄弟在《未知起源》中相互矛盾。Molecular基因研究是由whole genome sequencing (LLC Evogen,莫斯科)完成的。Results。一个由ataxia 1年9年组成的蒙大拿州和一个由6年9年组成的蒙大拿州的蒙大拿州。According to its序列2 variants results of the nucleotide were found in the compound heterozygous state of the ATM基因:in 40 exon leading to premature termination of p.Glu1978Ter蛋白synthesis (paternal origin) and in exon 58 leading to premature termination of p.Arg2849Ter蛋白synthesis (maternal origin) These variants are described in the compound heterozygous and homozygous state in这样with ataxia telangiectasia。Conclusions。这是interdisplinary调查计划的一项研究,它是一种基于预谋和再利用的研究。《家庭医疗genetic counction》是《照顾家庭》,《家庭健康计划》是《清点》。
{"title":"Familial case of ataxia-telangiectasia","authors":"Минайчева, Л.И., Назаренко, Л.П., Равжаева, Е.Г., Сеитова, Г.Н.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.10.4-8","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.10.4-8","url":null,"abstract":"Цель: описание семейного случая атаксии-телеангиэктазии. Методы. Проведено обследование двух братьев с атактическим синдромом неясного генеза. Молекулярно-генетическое исследование выполнено методом полногеномного секвенирования (ООО Эвоген, г. Москва). Результаты. Проведено клиническое обследование и молекулярно-генетическое тестирование пациента в возрасте 1 год 9 месяцев с симптомами атаксии и иммунодефицитным состоянием и его родного брата (6 лет 9 месяцев). Обнаружены 2 варианта нуклеотидной последовательности гена АТМ в компаунд-гетерозиготном состоянии: в экзоне 40, приводящий к преждевременной терминации синтеза белка р.Glu1978Ter (отцовского происхождения), и в экзоне 58, приводящий к преждевременной терминации синтеза белка р.Arg2849Ter (материнского происхождения). Указанные варианты описаны в компаунд-гетерозиготном и гомозиготном состоянии у пациентов с атаксией-телеангиэктазией. Заключение. Установление точного диагноза пациентам позволит своевременно определить план наблюдения, который является междисциплинарным, а также эффективно проводить профилактические и реабилитационные мероприятия. Проведено медико-генетическое консультирование семьи, уточнен прогноз для членов семьи.\u0000 Aim: description of a family case of ataxia-telangiectasia. Methods. Two brothers with atactic syndrome of unknown origin were examined. Molecular genetic study was performed by whole genome sequencing (LLC Evogen, Moscow). Results. A patient aged 1 year 9 months with symptoms of ataxia and an immunodeficiency state and his brother (6 years 9 months) underwent a clinical examination and molecular genetic testing. According to its results, 2 variants of the nucleotide sequence were found in the compound-heterozygous state of the ATM gene: in exon 40, leading to premature termination of p.Glu1978Ter protein synthesis (paternal origin) and in exon 58, leading to premature termination of p.Arg2849Ter protein synthesis (maternal origin) These variants are described in the compound heterozygous and homozygous state in patients with ataxia-telangiectasia. Conclusions. Establishing an accurate diagnosis for patients will allow timely determination of an observation plan that is interdisciplinary, as well as effectively carrying out preventive and rehabilitation measures. Medical genetic counseling of the family was carried out, the prognosis for the development of the disease for family members was clarified.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"59 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-10-31","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"128899815","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
Genotype verification of cystic fibrosis patients as a major step towards precision Orkambi therapy 囊性纤维化患者的基因型验证是迈向精确Orkambi治疗的重要一步
Pub Date : 2022-09-30 DOI: 10.25557/2073-7998.2022.09.65-68
Ковальская, В.А., Адян, Т.А., Кондратьева, Е.И., Поляков, А.В.
Муковисцидоз является одним из самых распространенных наследственных заболеваний не только в России, но и в мире, значительно снижающих продолжительность и качество жизни при отсутствии эффективного лечения. В эпоху таргетной терапии муковисцидоза подбор эффективного препарата базируется на установлении точного генотипа пациента. Однако далеко не всегда диагностический поиск должен завершаться при детекции двух патогенных вариантов в гене CFTR. В последнее время появляется все больше данных о, так называемых, комплексных аллелях, - присутствии двух и более вариантов нуклеотидной последовательности в цис-положении, которые могут критическим образом влиять на терапевтический ответ. Целью проведенного исследования было определение частоты комплексного аллеля p.[L467F;F508del], влияющего на эффективность терапии лумакафтором/ивакафтором (Оркамби) у российских больных муковисцидозом - гомозигот по мутации F508del. Cystic fibrosis is one of the most common genetic diseases not only in Russia but in the world, it dramatically reduces lifespan and quality of life in the absence of effective treatment. In a time of cystic fibrosis precision therapy, the effective treatment is based on the exact genotype determination. However, the diagnostic search should not always be finished when two pathogenic variants in CFTR gene are detected. In recent years there has been an explosive growth of research studies dedicated to, so-called, complex alleles, - the presence of two or more variants in the cis-position, which may affect in a dramatic way a therapeutic response. The study was aimed to determine the frequency of a complex allele p.[L467F;F508del], that affects the response to lumacaftor/ivacaftor (Orkambi) in cystic fibrosis Russian patients, being homozygous for F508del .
囊性纤维化不仅是俄罗斯最常见的遗传疾病之一,而且是在没有有效治疗的情况下大大降低寿命和生活质量的世界。在targeta时代,囊性纤维化是一种有效药物的选择,其基础是确定病人的精确基因组类型。然而,当CFTR基因检测到两种病原体时,诊断搜索并不总是必须完成。最近,越来越多的关于所谓的复杂等位基因的数据——在cis位置上存在两种或多种核苷酸序列,可能对治疗反应产生关键影响。这项研究的目的是确定p综合征等位基因的频率(L467F;F508del)。Cystic fibrosis是世界上最伟大的集体基因分裂之一,这是一种戏剧性的生活方式和生活的平衡。在“cystic fibrosis prepresy”中,“effective treatment”是基因排序的基础。However,当CFTR基因中的两个病原体变异被发现时,diagnostic搜索还没有结束。在研究工作室的几年里,有两种不同的表现,有两种不同,有两种不同,有两种不同。这是对俄罗斯人在cystic fibrosis上对lumacaftor/ivacaftor的回应,这是对F508del的回应。
{"title":"Genotype verification of cystic fibrosis patients as a major step towards precision Orkambi therapy","authors":"Ковальская, В.А., Адян, Т.А., Кондратьева, Е.И., Поляков, А.В.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.09.65-68","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.09.65-68","url":null,"abstract":"Муковисцидоз является одним из самых распространенных наследственных заболеваний не только в России, но и в мире, значительно снижающих продолжительность и качество жизни при отсутствии эффективного лечения. В эпоху таргетной терапии муковисцидоза подбор эффективного препарата базируется на установлении точного генотипа пациента. Однако далеко не всегда диагностический поиск должен завершаться при детекции двух патогенных вариантов в гене CFTR. В последнее время появляется все больше данных о, так называемых, комплексных аллелях, - присутствии двух и более вариантов нуклеотидной последовательности в цис-положении, которые могут критическим образом влиять на терапевтический ответ. Целью проведенного исследования было определение частоты комплексного аллеля p.[L467F;F508del], влияющего на эффективность терапии лумакафтором/ивакафтором (Оркамби) у российских больных муковисцидозом - гомозигот по мутации F508del.\u0000 Cystic fibrosis is one of the most common genetic diseases not only in Russia but in the world, it dramatically reduces lifespan and quality of life in the absence of effective treatment. In a time of cystic fibrosis precision therapy, the effective treatment is based on the exact genotype determination. However, the diagnostic search should not always be finished when two pathogenic variants in CFTR gene are detected. In recent years there has been an explosive growth of research studies dedicated to, so-called, complex alleles, - the presence of two or more variants in the cis-position, which may affect in a dramatic way a therapeutic response. The study was aimed to determine the frequency of a complex allele p.[L467F;F508del], that affects the response to lumacaftor/ivacaftor (Orkambi) in cystic fibrosis Russian patients, being homozygous for F508del .","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"60 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-09-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"127625769","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
Spastic paraplegia type 47 in Russian patients 俄罗斯患者痉挛性截瘫47型
Pub Date : 2022-09-30 DOI: 10.25557/2073-7998.2022.09.56-60
Кадникова, В.А., Руденская, Г.Е., Шатохина, О.Л., Гусева, Д.М., Рыжкова, О.П.
Гомозиготные и компаунд-гетерозиготные мутации в гене AP4B1 приводят к спастической параплегии SPG47. Для неё характерны микроцефалия, гипоплазия мозолистого тела, неонатальная мышечная гипотония, сменяющаяся спастичностью, а также тяжелая умственная отсталость. Повторяющийся вариант c.1160_1161del был выявлен у шести пациентов из неродственных неинбредных семей. Был проведен анализ гаплотипов гена AP4B1 у четырех из шести больных на хромосомах с этой мутацией, в результате чего не выявлено единственного гаплотипа, сцепленного с данным вариантом. Таким образом, он может быть, как горячей точкой, так и распространиться в результате эффекта основателя. The reason of SPG47 is homozygous and compound-heterozygous mutations in AP4B1 gene. SPG47 is characterized by microcephaly, corpus callosum hypoplasia, neonatal muscular hypotension, followed by spasticity and severe mental retardation. Variant c.1160_1161del was identified in six patients from unrelated, non-consanguineous families. Was performed haplotype analysis AP4B1 gene for four from six patients on chromosomes with this variant. As a result, there wasn’t found the only haplotype linked to this variant. Therefore, this variant can be a “hot spot” mutation, or could have spread as a result the founder effect.
= = p4b1 = = AP4B1基因的同性恋和复异质突变导致SPG47的痉挛性截瘫。它的特点是小脑、老茧发育不良、新肌肉发育迟缓、肌肉痉挛和严重的智力障碍。重复出现的c.1160_1161del出现在六个非近亲家庭的病人身上。在6个染色体患者中,有4个对AP4B1基因的单倍型进行了分析,但没有发现单倍型具有这种突变。因此,它可能是一个热点,也可能是创始人效应的结果。SPG47的reason是homozygous和compound- AP4B1基因中的heterozygous兵变。SPG47是微动的,corpus callosum hypotension,霓虹花muscular hypotension,由spasticity和severe治疗。变异的c.1160_1161del是一个来自非同源家族的六名特立独行者。这是一个典型的haplotype analysis AP4B1基因。这是正确的,这是正确的,这是正确的,这是正确的。Therefore,这个变异可能是热的,或者是could have spread就像founder effect一样。
{"title":"Spastic paraplegia type 47 in Russian patients","authors":"Кадникова, В.А., Руденская, Г.Е., Шатохина, О.Л., Гусева, Д.М., Рыжкова, О.П.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.09.56-60","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.09.56-60","url":null,"abstract":"Гомозиготные и компаунд-гетерозиготные мутации в гене AP4B1 приводят к спастической параплегии SPG47. Для неё характерны микроцефалия, гипоплазия мозолистого тела, неонатальная мышечная гипотония, сменяющаяся спастичностью, а также тяжелая умственная отсталость. Повторяющийся вариант c.1160_1161del был выявлен у шести пациентов из неродственных неинбредных семей. Был проведен анализ гаплотипов гена AP4B1 у четырех из шести больных на хромосомах с этой мутацией, в результате чего не выявлено единственного гаплотипа, сцепленного с данным вариантом. Таким образом, он может быть, как горячей точкой, так и распространиться в результате эффекта основателя.\u0000 The reason of SPG47 is homozygous and compound-heterozygous mutations in AP4B1 gene. SPG47 is characterized by microcephaly, corpus callosum hypoplasia, neonatal muscular hypotension, followed by spasticity and severe mental retardation. Variant c.1160_1161del was identified in six patients from unrelated, non-consanguineous families. Was performed haplotype analysis AP4B1 gene for four from six patients on chromosomes with this variant. As a result, there wasn’t found the only haplotype linked to this variant. Therefore, this variant can be a “hot spot” mutation, or could have spread as a result the founder effect.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"81 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-09-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"132586009","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
FTO (rs9939609), FABP2 (rs1799883), and PPARG (rs1801282) gene polymorphisms and obesity risk in men living in Kuzbass 库兹巴斯地区男性FTO (rs9939609)、FABP2 (rs1799883)和PPARG (rs1801282)基因多态性与肥胖风险
Pub Date : 2022-09-30 DOI: 10.25557/2073-7998.2022.09.13-16
Яковлева, А.А., Торгунакова, А.В., Соболева, О.А., Минина, В.И.
Цель: изучение ассоциаций полиморфизма генов FTO, FABP2, PPARG и ожирения у жителей Кузбасса. Методы. Выборка для исследования составила 395 мужчин, жителей Кузбасса. Средний возраст испытуемых составил 59±7,7 года. Согласно анкетным данным, все обследованные мужчины отнесли себя к русской национальности. Частота ожирения в данной выборке (индекс массы тела>30) составила 46,3%. Генотипирование полиморфных вариантов FTO (rs9939609), FABP2 (rs1799883) и PPARG (rs1801282) проводилось с использованием TaqMan PCR. Далее проводилась проверка ассоциации данных полиморфных вариантов с ожирением в различных моделях наследования. Результаты. Были выявлены ассоциации вариантов гена FTO rs9939609 с ожирением в кодоминантной (для генотипа T/A OR = 2,05; СI: 1,26-3,33; р = 0,004; для генотипа A/A (OR = 2,27; CI: 1,28-4,04; р= 0,004) и доминантной модели наследования (OR = 2,12; CI: 1,34-3,34 р= 0,001). Другие гены не показали значимой связи с ожирением в нашей выборке. Заключение. Вариант rs9939609 гена FTO ассоциирован с повышенным риском развития ожирения у мужчин, проживающих в Кузбассе. Purpose: To investigate the associations of FTO, FABP2, PPARG gene polymorphism and body mass index in Kuzbass residents. Methods. The sample for the study was 395 men, residents of Kuzbass. The average age of the subjects was 59±7.7 years. According to the questionnaire data, all the examined men referred themselves to the Russian nationality. The frequency of obesity in this sample (body mass index>30) was 46.3%. Genotyping of 3 polymorphic variants: FTO (rs9939609), FABP2 (rs1799883), and PPARG (rs1801282) were performed using TaqMan PCR. The association of these polymorphic variants with obesity in various inheritance models was then tested. Results. The associations of FTO rs9939609 gene variants with obesity in the codominant (for genotype T/A OR = 2.05; CI: 1.26-3.33; p = 0.004; for genotype A/A (OR = 2.27; CI: 1.28-4.04; p = 0.004) and dominant inheritance models (OR = 2.12; CI: 1.34-3.34 p = 0.001) were detected. Other genes showed no significant association with obesity in our sample. Conclusion. The rs9939609 variant of the FTO gene is associated with an increased risk of obesity in Kuzbass residents.
目标:研究FTO、FABP2、PPARG和库兹巴斯居民的多态性协会。方法。该样本的样本为395名库兹巴斯居民提供了样本。实验对象的平均年龄为59岁7.7岁。根据调查资料,所有被调查的男性都被归类为俄罗斯国籍。该样本的肥胖率(身体质量指数>30)为46.3%。FTO (rs9939609)、FABP2 (rs1799883)和PPARG (rs1801282)都使用了TaqMan PCR。随后,对各种继承模型中的肥胖变体数据协会进行了调查。结果。FTO rs9939609基因的变体被确认为共晶型肥胖(T/A或2.05型);СI: 1.26 - 3.33%;r = 0.004;A/A基因(或2.27);CI: 1.28% 4.04%;r = 0.004)和占主导地位的继承模型(OR = 2.12;CI: 1.34 - 3.34 r = 0.001)。其他基因在我们的样本中没有显示与肥胖相关的相关联系。囚犯。rs9999609 FTO基因的变体与生活在库兹巴斯的男性肥胖风险增加有关。Purpose:引入FTO associations, FABP2, PPARG基因和身体质量在Kuzbass residents。Methods。库兹巴斯的反动分子是395人。subjects的全盛时期是59 7.7年。为追求目标的数据,所有杰出的人对俄罗斯国家的反应。这个sample (body mass index>30)中的物体frequency是46.3%。3波形态变异基因:FTO (rs999609), FABP2 (rs1799883)和PPARG (rs1801282)在《异种异形》中,《异种异种》中的共生异种是不同的。Results。FTO rs9939609基因变化与元素在codominant(为基因T/A或2.05);CI: 1.26 3.33;p = 0.004;为基因A/A(或2.27);CI: 4.04 1.28%;p = 0.004)和主动力模型(或2.12);CI: 1.34-3.34 p = 0.001)。另一个基因在我们的sample中没有签名的协会。Conclusion。FTO基因的变异与Kuzbass residents的实体risk结合。
{"title":"FTO (rs9939609), FABP2 (rs1799883), and PPARG (rs1801282) gene polymorphisms and obesity risk in men living in Kuzbass","authors":"Яковлева, А.А., Торгунакова, А.В., Соболева, О.А., Минина, В.И.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.09.13-16","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.09.13-16","url":null,"abstract":"Цель: изучение ассоциаций полиморфизма генов FTO, FABP2, PPARG и ожирения у жителей Кузбасса. Методы. Выборка для исследования составила 395 мужчин, жителей Кузбасса. Средний возраст испытуемых составил 59±7,7 года. Согласно анкетным данным, все обследованные мужчины отнесли себя к русской национальности. Частота ожирения в данной выборке (индекс массы тела>30) составила 46,3%. Генотипирование полиморфных вариантов FTO (rs9939609), FABP2 (rs1799883) и PPARG (rs1801282) проводилось с использованием TaqMan PCR. Далее проводилась проверка ассоциации данных полиморфных вариантов с ожирением в различных моделях наследования. Результаты. Были выявлены ассоциации вариантов гена FTO rs9939609 с ожирением в кодоминантной (для генотипа T/A OR = 2,05; СI: 1,26-3,33; р = 0,004; для генотипа A/A (OR = 2,27; CI: 1,28-4,04; р= 0,004) и доминантной модели наследования (OR = 2,12; CI: 1,34-3,34 р= 0,001). Другие гены не показали значимой связи с ожирением в нашей выборке. Заключение. Вариант rs9939609 гена FTO ассоциирован с повышенным риском развития ожирения у мужчин, проживающих в Кузбассе.\u0000 Purpose: To investigate the associations of FTO, FABP2, PPARG gene polymorphism and body mass index in Kuzbass residents. Methods. The sample for the study was 395 men, residents of Kuzbass. The average age of the subjects was 59±7.7 years. According to the questionnaire data, all the examined men referred themselves to the Russian nationality. The frequency of obesity in this sample (body mass index>30) was 46.3%. Genotyping of 3 polymorphic variants: FTO (rs9939609), FABP2 (rs1799883), and PPARG (rs1801282) were performed using TaqMan PCR. The association of these polymorphic variants with obesity in various inheritance models was then tested. Results. The associations of FTO rs9939609 gene variants with obesity in the codominant (for genotype T/A OR = 2.05; CI: 1.26-3.33; p = 0.004; for genotype A/A (OR = 2.27; CI: 1.28-4.04; p = 0.004) and dominant inheritance models (OR = 2.12; CI: 1.34-3.34 p = 0.001) were detected. Other genes showed no significant association with obesity in our sample. Conclusion. The rs9939609 variant of the FTO gene is associated with an increased risk of obesity in Kuzbass residents.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"15 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-09-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"123490774","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
Molecular-genetic analysis of Rubinstein-Taybi syndrome in Russia 俄罗斯鲁宾斯坦-泰比综合征的分子遗传学分析
Pub Date : 2022-09-30 DOI: 10.25557/2073-7998.2022.09.48-51
Исмагилова, О.Р., Адян, Т.А., Бескоровайная, Т.С., Поляков, А.В.
Синдром Рубинштейна-Тейби (СРТ) - редкая наследственная патология, характеризующаяся умственной отсталостью и задержкой физического развития в сочетании с определённым комплексом внешних проявлений и аномалиями различных органов и систем. Диагностический алгоритм нацелен на поиск мутаций в двух основных генах: CREBBP и EP300, обнаруживаемых примерно в 60% клинически определённых случаев СРТ. В настоящей работе представлены результаты молекулярно-генетического анализа выборки российских пациентов с СРТ. Несмотря на то, что около 40% пациентов не получают подтверждения клинического диагноза, существуют перспективы для более глубокого понимания патогенеза заболевания и усовершенствования принципов диагностики. Rubinstein-Taybi syndrome (RTS) - rare hereditary disorder characterized by intellectual disability and growth retardation in conjunction with specific craniofacial and skeletal features and a wide range of multiple congenital anomalies. To date, mutations in two genes: CREBBP and EP300 can be discovered in about 60% of clinically identified patients with RTS. We herein report the result of molecular analysis in a cohort of Russian RTS patients. Despite the fact that we cannot confirm the diagnosis of RTS in 40% of causes, there are possibility for a better understanding of causative molecular mechanisms and improving the diagnostic process.
鲁宾斯坦-泰比综合症是一种罕见的遗传病理,其特征是智力落后和身体发育迟缓,加上特定的外部表现和不同器官和系统的异常。诊断算法的目标是在两种主要基因中寻找突变:CREBBP和EP300,在60%的临床确定的cds病例中检测到。本文介绍了俄罗斯患者ctr样本的分子基因分析结果。尽管大约40%的病人没有得到临床诊断的证实,但有可能对疾病的病原体有更深的了解,并改进诊断原则。Rubinstein- syndrome (RTS)是一种传统的解构器,由特殊的边缘和skeletal features提供动力,并提供了多连接连接的范围。《日期》、《基因》中的叛变:CREBBP和EP300可以解锁60%的RTS功能障碍。我们是俄罗斯RTS爱国者公司的一份报告。事实是,我们在40%的causes中都没有获得足够的数据,这是一种很好的方式来处理这种数据。
{"title":"Molecular-genetic analysis of Rubinstein-Taybi syndrome in Russia","authors":"Исмагилова, О.Р., Адян, Т.А., Бескоровайная, Т.С., Поляков, А.В.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.09.48-51","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.09.48-51","url":null,"abstract":"Синдром Рубинштейна-Тейби (СРТ) - редкая наследственная патология, характеризующаяся умственной отсталостью и задержкой физического развития в сочетании с определённым комплексом внешних проявлений и аномалиями различных органов и систем. Диагностический алгоритм нацелен на поиск мутаций в двух основных генах: CREBBP и EP300, обнаруживаемых примерно в 60% клинически определённых случаев СРТ. В настоящей работе представлены результаты молекулярно-генетического анализа выборки российских пациентов с СРТ. Несмотря на то, что около 40% пациентов не получают подтверждения клинического диагноза, существуют перспективы для более глубокого понимания патогенеза заболевания и усовершенствования принципов диагностики.\u0000 Rubinstein-Taybi syndrome (RTS) - rare hereditary disorder characterized by intellectual disability and growth retardation in conjunction with specific craniofacial and skeletal features and a wide range of multiple congenital anomalies. To date, mutations in two genes: CREBBP and EP300 can be discovered in about 60% of clinically identified patients with RTS. We herein report the result of molecular analysis in a cohort of Russian RTS patients. Despite the fact that we cannot confirm the diagnosis of RTS in 40% of causes, there are possibility for a better understanding of causative molecular mechanisms and improving the diagnostic process.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"34 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-09-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"133384637","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
Search for pathogenic changes in the PIK3CA gene in women with HR+/HER- subtype breast cancer from the Republic of Bashkortostan 寻找巴什科尔托斯坦共和国HR+/HER-亚型乳腺癌女性中PIK3CA基因的致病变化
Pub Date : 2022-09-30 DOI: 10.25557/2073-7998.2022.09.52-55
Кагирова, Э.М., Рахимов, Р.Р., Султанбаев, А.В., Хусаинова, Р.И., Минниахметов, И.Р.
Проведена идентификация спектра и частоты патогенных изменений в гене PIK3CA в препаратах опухолевой ткани 60 женщин с гормонозависимым HER2-отрицательным раком молочной железы из Республики Башкортостан методом аллель-специфической полимеразной цепной реакции. В результате было идентифицировано 32 патогенных варианта в гене PIK3CA: 18 мутаций в экзоне 9 и 14 мутаций в экзоне 20. Наиболее частой оказалась мутация H1047R (p.His1047Arg(c.3140A>G)), которая составила 21,6%. Второй по частоте была мутация Е545К (p.Glu545Lys (c.1633G>A)), которая составила 20%. Мутации Е542К (p.Glu542Lys(c.1624G>A)), E545А (p.Glu545Ala(c.1634A>C)) в экзоне 9 и H1047L (p.His1047Leu(c.3140A>T)) в экзоне 20 были идентифицированы с частотой 8,3%, 1,6% и 1,6% соответственно. Полученные результаты показывают высокую частоту соматических мутаций в гене PIK3CA (50%), что указывает на необходимость выявления патогенных изменений для адекватной терапии рака молочной железы. A study was carried out to identify the spectrum and frequency of pathogenic changes in the PIK3CA gene in the tumor tissue preparations of 60 women with hormone-dependent HER2-negative breast cancer from the Republic of Bashkortostan using the allele-specific polymerase chain reaction. As a result 32 pathogenic variants in the PIK3CA gene were identified: 18 mutations in exon 9 and 14 mutations in exon 20. The most frequent mutation was H1047R (p.His1047Arg(c.3140A>G)), which accounted for 21.6%. The second most frequent mutation was E545K (p.Glu545Lys (c.1633G>A)), which was 20%. E542K (p.Glu542Lys(c.1624G>A)), E545A (p.Glu545Ala(c.1634A>C)) mutations in exon 9 and H1047L (p.His1047Leu(c.3140A>T)) in exon 20 were identified with a frequency of 8.3%, 1.6% and 1.6% respectively. The results show a high frequency of somatic mutations in the PIK3CA gene (50%), indicating the need to identify pathogenic changes for adequate therapy of breast cancer.
PIK3CA基因在肿瘤组织中的病原体改变的频谱和频率被鉴定为60名女性,她们的hr2 -阴性乳腺癌来自巴什科尔托斯坦共和国。结果,在PIK3CA基因中发现了32种病原体:在exzona 9和14种突变。最常见的突变是H1047R (p his1047arg),共21.6%。第二个频率是e545k突变(p.Glu545Lys (c.1633G>A),达到20%。e542k (c.1624G>A)、e545a (C)、e545a (p 1634a)和H1047L (C . 3140a >)分别被确认为8.3%、1.6%和1.6%的频率。结果显示,PIK3CA基因(50%)的躯体突变频率很高,这表明需要检测出足够治疗乳腺癌的病原体变化。这个工作室是为了纪念60位女性在皮克斯图姆-德-尼格特-尼格特-尼格特-尼格特-尼格特-尼格特-尼格特-尼格特-尼格特-尼格特-布尔森的《阿勒格特-斯特朗》中的角色。在PIK3CA基因中有32种病理差异:在exon 9中有18种变化,在exon 20中有14种变化。最大的frequent叛变是H1047R (c.3140A>G), which为21.6%。第二阶段的frequent叛变是E545K (c.1633G>A),当时是20%。E542K (c.1624G>A), E545A (c.1634A>C), E545A (C), E545A (p. 347l), E545A (C . 347l), E545A (C . 347l),在exon 20中,有8.3%,1.6%和1.6%的反应。在PIK3CA基因(50%)中,重新定义了需要改变的模式。
{"title":"Search for pathogenic changes in the PIK3CA gene in women with HR+/HER- subtype breast cancer from the Republic of Bashkortostan","authors":"Кагирова, Э.М., Рахимов, Р.Р., Султанбаев, А.В., Хусаинова, Р.И., Минниахметов, И.Р.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.09.52-55","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.09.52-55","url":null,"abstract":"Проведена идентификация спектра и частоты патогенных изменений в гене PIK3CA в препаратах опухолевой ткани 60 женщин с гормонозависимым HER2-отрицательным раком молочной железы из Республики Башкортостан методом аллель-специфической полимеразной цепной реакции. В результате было идентифицировано 32 патогенных варианта в гене PIK3CA: 18 мутаций в экзоне 9 и 14 мутаций в экзоне 20. Наиболее частой оказалась мутация H1047R (p.His1047Arg(c.3140A>G)), которая составила 21,6%. Второй по частоте была мутация Е545К (p.Glu545Lys (c.1633G>A)), которая составила 20%. Мутации Е542К (p.Glu542Lys(c.1624G>A)), E545А (p.Glu545Ala(c.1634A>C)) в экзоне 9 и H1047L (p.His1047Leu(c.3140A>T)) в экзоне 20 были идентифицированы с частотой 8,3%, 1,6% и 1,6% соответственно. Полученные результаты показывают высокую частоту соматических мутаций в гене PIK3CA (50%), что указывает на необходимость выявления патогенных изменений для адекватной терапии рака молочной железы.\u0000 A study was carried out to identify the spectrum and frequency of pathogenic changes in the PIK3CA gene in the tumor tissue preparations of 60 women with hormone-dependent HER2-negative breast cancer from the Republic of Bashkortostan using the allele-specific polymerase chain reaction. As a result 32 pathogenic variants in the PIK3CA gene were identified: 18 mutations in exon 9 and 14 mutations in exon 20. The most frequent mutation was H1047R (p.His1047Arg(c.3140A>G)), which accounted for 21.6%. The second most frequent mutation was E545K (p.Glu545Lys (c.1633G>A)), which was 20%. E542K (p.Glu542Lys(c.1624G>A)), E545A (p.Glu545Ala(c.1634A>C)) mutations in exon 9 and H1047L (p.His1047Leu(c.3140A>T)) in exon 20 were identified with a frequency of 8.3%, 1.6% and 1.6% respectively. The results show a high frequency of somatic mutations in the PIK3CA gene (50%), indicating the need to identify pathogenic changes for adequate therapy of breast cancer.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"13 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-09-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"114414446","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
Molecular genetic diagnostics of Tay-Sachs disease with late clinical manifestation 晚期临床表现的Tay-Sachs病的分子遗传学诊断
Pub Date : 2022-09-30 DOI: 10.25557/2073-7998.2022.09.61-64
Кадырова, Н.В., Иванов, Е.А., Шмунк, И.В., Побединская, А.И., Пушкарев, В.П.
В исследовании представлен редкий клинический случай болезни Тея-Сакса (БТС) с поздней манифестацией у 34-летней женщины смешанного этнического происхождения (русского, украинского, мордовского и удмуртского) с клиникой спинальной амиотрофии и спиноцеребеллярной атаксии. Было проведено таргетное секвенирование следующего поколения кодирующих регионов 300 генов, клинически значимых для развития наследственных нервно-мышечных заболеваний, включая ген HEXA. Были идентифицированы 2 патогенных варианта в гене HEXA - NM_000520.6(HEXA): c.2T>C (p.Met1Thr) и c.805G>A (p.Gly269Ser). Присутствие данных вариантов в геноме пациентки было подтверждено при помощи секвенирования по Сэнгеру. Хорошо известно, что мутация Gly269Ser ассоциирована с БТС с поздней манифестацией. Фенотипы пациентов с поздней манифестацией БТС существенно отличаются от младенческой и ювенильной форм, меньше известны клиницистам и хуже диагностируются. Авторы надеются, что описание этого случая дополнит недостающую информацию и поможет в диагностике БТС с поздней манифестацией. Rare clinical case of Tay-Sachs disease (TSD) with late clinical manifestation in a 33-year-old female of mixed ethnicity (Russian, Ukrainian, Mordovian, Udmurt) with symptoms of spinal amyotrophy and spinocerebellar ataxia is presented. Targeted NGS of coding regions of 300 genes clinically significant for the development of hereditary neuromuscular diseases, including gene HEXA, was carried out. Two pathogenic variants in the HEXA gene have been identified - NM_000520.6(HEXA): c.2T>C (p.Met1Thr) and c.805G>A (p.Gly269Ser). Both variants were validated by Sanger sequencing. It is well known that Gly269Ser mutation associated with the adult onset of symptoms. The phenotypes of patients with late manifestation of TSD differ significantly from infant and juvenile forms, are less known to clinicians and are worse diagnosed. The authors hope that the description of this case will complement the missing information and help in the diagnosis of TSD with late clinical manifestation.
研究显示,一名34岁的混血儿(俄罗斯、乌克兰、摩多夫斯基和乌德穆尔)患有一种罕见的西萨克斯病(btc)。对下一代编码区域进行了测序,300个基因具有临床意义,包括HEXA基因。HEXA - nm_00520.6 (HEXA): c.2T>C (p.Met1Thr)和c.805G>A (p.Gly269Ser)被确认为两种病原体。在病人基因组中存在这些选择是通过桑格测序证实的。众所周知,Gly269Ser突变与后来的宣言有关。晚期bts患者的表型与新生儿和青少年的表型大不相同,临床医生知道的更少,诊断也更差。作者们希望,这一事件的描述将补充缺失的信息,并帮助诊断晚些时候的宣言。俄罗斯、乌克兰、莫德穆(Udmurt)与双线amyotrophy symptoms和双线ataxia是一个很好的例子。300个基因编码领域的目标NGS是为赫赫斯的传统创新发现而设立的。在HEXA基因中有两个病原体变异(HEXA): c.2T>C (p.Met1Thr)和c.805G>A (p.Gly269Ser)。《孙子兵变》中的《变种人》。这是一个很好的改变与成人的交响乐。从本质上和正义的形式上看,这是对人类的一种修饰,是对人类的一种修饰。希望这种情况能被解释为复杂的信息,并帮助在TSD的diagnosis中使用有限的语言管理。
{"title":"Molecular genetic diagnostics of Tay-Sachs disease with late clinical manifestation","authors":"Кадырова, Н.В., Иванов, Е.А., Шмунк, И.В., Побединская, А.И., Пушкарев, В.П.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.09.61-64","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.09.61-64","url":null,"abstract":"В исследовании представлен редкий клинический случай болезни Тея-Сакса (БТС) с поздней манифестацией у 34-летней женщины смешанного этнического происхождения (русского, украинского, мордовского и удмуртского) с клиникой спинальной амиотрофии и спиноцеребеллярной атаксии. Было проведено таргетное секвенирование следующего поколения кодирующих регионов 300 генов, клинически значимых для развития наследственных нервно-мышечных заболеваний, включая ген HEXA. Были идентифицированы 2 патогенных варианта в гене HEXA - NM_000520.6(HEXA): c.2T>C (p.Met1Thr) и c.805G>A (p.Gly269Ser). Присутствие данных вариантов в геноме пациентки было подтверждено при помощи секвенирования по Сэнгеру. Хорошо известно, что мутация Gly269Ser ассоциирована с БТС с поздней манифестацией. Фенотипы пациентов с поздней манифестацией БТС существенно отличаются от младенческой и ювенильной форм, меньше известны клиницистам и хуже диагностируются. Авторы надеются, что описание этого случая дополнит недостающую информацию и поможет в диагностике БТС с поздней манифестацией.\u0000 Rare clinical case of Tay-Sachs disease (TSD) with late clinical manifestation in a 33-year-old female of mixed ethnicity (Russian, Ukrainian, Mordovian, Udmurt) with symptoms of spinal amyotrophy and spinocerebellar ataxia is presented. Targeted NGS of coding regions of 300 genes clinically significant for the development of hereditary neuromuscular diseases, including gene HEXA, was carried out. Two pathogenic variants in the HEXA gene have been identified - NM_000520.6(HEXA): c.2T>C (p.Met1Thr) and c.805G>A (p.Gly269Ser). Both variants were validated by Sanger sequencing. It is well known that Gly269Ser mutation associated with the adult onset of symptoms. The phenotypes of patients with late manifestation of TSD differ significantly from infant and juvenile forms, are less known to clinicians and are worse diagnosed. The authors hope that the description of this case will complement the missing information and help in the diagnosis of TSD with late clinical manifestation.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"227 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-09-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"116388036","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
Evaluation of the effectiveness of next generation sequencing in the clinical practice of the medical genetic consultation in Khanty-Mansi region 评价下一代测序在汉特-曼西地区医学遗传咨询临床实践中的有效性
Pub Date : 2022-09-30 DOI: 10.25557/2073-7998.2022.09.38-40
Донников, М.Ю., Илларионов, Р.А., Изотова, Т.А., Колбасин, Л.Н., Коваленко, Л.В.
Актуальность. Полноэкзомное секвенирование на основе NGS, принятое с 2016 г. в качестве аутсорсинговой услуги, все чаще используется в рутинной клинической практике окружной медико-генетической консультации (МГК). Оценка диагностических возможностей полноэкзомного секвенирования необходима для обоснования проведения NGS непосредственно в региональных клинических условиях. Цель: оценить эффективность диагностики генетических заболеваний у детей в ХМАО-Югра методом полноэкзомного секвенирования. Методы. Полноэкзомное секвенирование методом NGS, валидация данных NGS и анализ сегрегации в семье методом секвенирования по Сэнгеру. Результаты. Молекулярные диагнозы были установлены у 27% (27/100) детей, что соответствует данным, опубликованным в других источниках. Наследственные заболевания чаще диагностировались у лиц с аномалиями нервной, костной и дыхательной систем. Были выявлены преимущественно аутосомно-доминантные заболевания, среди которых наиболее частыми были нейрофиброматоз, несовершенный остеогенез, ахондроплазия. Анализ семейной сегрегации патологических вариантов выявил 5 новых вариантов в генах TSC1, KAT6A, ANKRD26, ARID1B, RPGRIP1. Background. NGS-based exome sequencing, accepted as an outsourced service since 2016, is increasingly being used in the routine clinical practice of our medical genetic counseling centre. Evaluation of the diagnostic capabilities of exome sequencing is necessary to substantiate the effectiveness of NGS in situ in regional clinical settings. Aim: to evaluate the effectiveness of diagnosing genetic diseases in children in Khanty-Mansi region using exome sequencing. Methods. Exome sequencing by NGS, validation of NGS data by Sanger sequencing, family segregation analysis by Sanger sequencing. Results. Molecular diagnoses were reported in 27% (27/100) of children, in line with data published elsewhere. The diagnoses were more often diagnosed in persons with anomalies of the nervous, skeletal and respiratory systems. Predominantly autosomal dominant diseases were identified, among which the most common were neurofibromatosis, osteogenesis imperfecta, achondroplasia. Family segregation revealed 5 new variants in the TSC1, KAT6A, ANKRD26, ARID1B, RPGRIP1 genes.
相关。自2016年以来,NGS作为外包服务采用的全奇异测序,越来越多地用于县医疗基因咨询的常规临床实践。对全奇异测序诊断能力的评估对于直接在区域临床环境中运行NGS是必要的。目标:通过全面的外来测序来评估诊断hmao - hugra儿童基因疾病的有效性。方法。完整的NGS测序,NGS数据验证和桑格测序分析家庭的种族隔离。结果。27%(27/100)儿童接受了分子诊断,这与其他来源公布的数据相符。遗传疾病通常在神经、骨骼和呼吸系统异常的人身上被诊断。= =发病率= =大多数诊断为自体支配性疾病,其中最常见的是神经纤维瘤病、不完全成骨病、软骨发育不全。对家庭病理变异的分析显示,TSC1、KAT6A、ANKRD26、ARID1B、RPGRIP1基因中有5个新变量。背景。NGS-基础搜索,作为2016年的例外服务,是不值得在我们的医疗genetic乡村中心的心理咨询。在区域边缘边缘的situ中,数字采样器是NGS的非必要条件。Aim:在Khanty-Mansi的搜索区域里,孩子们对数字基因障碍的无知。Methods。通过NGS搜索,通过Sanger搜索的数据验证,通过Sanger搜索的家庭搜索。Results。Molecular diagnoses在27%(27/100)的儿童服务中心报道,在公共领域。有更多的人与nervous、skeletal和respiratory系统合作。先验的autosomal发现,among which在neurofimatosis, osteogenesis imperfecta, achondroplasia。在TSC1、KAT6A、ANKRD26、ARID1B、RPGRIP1基因中有5个新的变种。
{"title":"Evaluation of the effectiveness of next generation sequencing in the clinical practice of the medical genetic consultation in Khanty-Mansi region","authors":"Донников, М.Ю., Илларионов, Р.А., Изотова, Т.А., Колбасин, Л.Н., Коваленко, Л.В.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.09.38-40","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.09.38-40","url":null,"abstract":"Актуальность. Полноэкзомное секвенирование на основе NGS, принятое с 2016 г. в качестве аутсорсинговой услуги, все чаще используется в рутинной клинической практике окружной медико-генетической консультации (МГК). Оценка диагностических возможностей полноэкзомного секвенирования необходима для обоснования проведения NGS непосредственно в региональных клинических условиях. Цель: оценить эффективность диагностики генетических заболеваний у детей в ХМАО-Югра методом полноэкзомного секвенирования. Методы. Полноэкзомное секвенирование методом NGS, валидация данных NGS и анализ сегрегации в семье методом секвенирования по Сэнгеру. Результаты. Молекулярные диагнозы были установлены у 27% (27/100) детей, что соответствует данным, опубликованным в других источниках. Наследственные заболевания чаще диагностировались у лиц с аномалиями нервной, костной и дыхательной систем. Были выявлены преимущественно аутосомно-доминантные заболевания, среди которых наиболее частыми были нейрофиброматоз, несовершенный остеогенез, ахондроплазия. Анализ семейной сегрегации патологических вариантов выявил 5 новых вариантов в генах TSC1, KAT6A, ANKRD26, ARID1B, RPGRIP1.\u0000 Background. NGS-based exome sequencing, accepted as an outsourced service since 2016, is increasingly being used in the routine clinical practice of our medical genetic counseling centre. Evaluation of the diagnostic capabilities of exome sequencing is necessary to substantiate the effectiveness of NGS in situ in regional clinical settings. Aim: to evaluate the effectiveness of diagnosing genetic diseases in children in Khanty-Mansi region using exome sequencing. Methods. Exome sequencing by NGS, validation of NGS data by Sanger sequencing, family segregation analysis by Sanger sequencing. Results. Molecular diagnoses were reported in 27% (27/100) of children, in line with data published elsewhere. The diagnoses were more often diagnosed in persons with anomalies of the nervous, skeletal and respiratory systems. Predominantly autosomal dominant diseases were identified, among which the most common were neurofibromatosis, osteogenesis imperfecta, achondroplasia. Family segregation revealed 5 new variants in the TSC1, KAT6A, ANKRD26, ARID1B, RPGRIP1 genes.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"1 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-09-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"130089939","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
期刊
Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika
全部 Acc. Chem. Res. ACS Applied Bio Materials ACS Appl. Electron. Mater. ACS Appl. Energy Mater. ACS Appl. Mater. Interfaces ACS Appl. Nano Mater. ACS Appl. Polym. Mater. ACS BIOMATER-SCI ENG ACS Catal. ACS Cent. Sci. ACS Chem. Biol. ACS Chemical Health & Safety ACS Chem. Neurosci. ACS Comb. Sci. ACS Earth Space Chem. ACS Energy Lett. ACS Infect. Dis. ACS Macro Lett. ACS Mater. Lett. ACS Med. Chem. Lett. ACS Nano ACS Omega ACS Photonics ACS Sens. ACS Sustainable Chem. Eng. ACS Synth. Biol. Anal. Chem. BIOCHEMISTRY-US Bioconjugate Chem. BIOMACROMOLECULES Chem. Res. Toxicol. Chem. Rev. Chem. Mater. CRYST GROWTH DES ENERG FUEL Environ. Sci. Technol. Environ. Sci. Technol. Lett. Eur. J. Inorg. Chem. IND ENG CHEM RES Inorg. Chem. J. Agric. Food. Chem. J. Chem. Eng. Data J. Chem. Educ. J. Chem. Inf. Model. J. Chem. Theory Comput. J. Med. Chem. J. Nat. Prod. J PROTEOME RES J. Am. Chem. Soc. LANGMUIR MACROMOLECULES Mol. Pharmaceutics Nano Lett. Org. Lett. ORG PROCESS RES DEV ORGANOMETALLICS J. Org. Chem. J. Phys. Chem. J. Phys. Chem. A J. Phys. Chem. B J. Phys. Chem. C J. Phys. Chem. Lett. Analyst Anal. Methods Biomater. Sci. Catal. Sci. Technol. Chem. Commun. Chem. Soc. Rev. CHEM EDUC RES PRACT CRYSTENGCOMM Dalton Trans. Energy Environ. Sci. ENVIRON SCI-NANO ENVIRON SCI-PROC IMP ENVIRON SCI-WAT RES Faraday Discuss. Food Funct. Green Chem. Inorg. Chem. Front. Integr. Biol. J. Anal. At. Spectrom. J. Mater. Chem. A J. Mater. Chem. B J. Mater. Chem. C Lab Chip Mater. Chem. Front. Mater. Horiz. MEDCHEMCOMM Metallomics Mol. Biosyst. Mol. Syst. Des. Eng. Nanoscale Nanoscale Horiz. Nat. Prod. Rep. New J. Chem. Org. Biomol. Chem. Org. Chem. Front. PHOTOCH PHOTOBIO SCI PCCP Polym. Chem.
×
引用
GB/T 7714-2015
复制
MLA
复制
APA
复制
导出至
BibTeX EndNote RefMan NoteFirst NoteExpress
×
0
微信
客服QQ
Book学术公众号 扫码关注我们
反馈
×
意见反馈
请填写您的意见或建议
请填写您的手机或邮箱
×
提示
您的信息不完整,为了账户安全,请先补充。
现在去补充
×
提示
您因"违规操作"
具体请查看互助需知
我知道了
×
提示
现在去查看 取消
×
提示
确定
Book学术官方微信
Book学术文献互助
Book学术文献互助群
群 号:481959085
Book学术
文献互助 智能选刊 最新文献 互助须知 联系我们:info@booksci.cn
Book学术提供免费学术资源搜索服务,方便国内外学者检索中英文文献。致力于提供最便捷和优质的服务体验。
Copyright © 2023 Book学术 All rights reserved.
ghs 京公网安备 11010802042870号 京ICP备2023020795号-1