Моногенные вариации числа копий участков ДНК (CNV) у пациентов с нарушением психомоторного развития выявляются с частотой до 10%. Исход данного типа аберраций более очевиден, если затронут дозозависимый ген, ассоциированный с заболеванием. Однако патологический фенотип может формироваться в результате гемизиготизации рецессивного варианта нуклеотидной последовательности на интактном гомологе или при сочетании CNV и нуклеотидного варианта (компаундная гетерозигота). Нами разработан и апробирован для 1176 пациентов алгоритм молекулярной диагностики наследственной патологии, ассоциированной с моногенными CNV. Патогенные, вероятно патогенные и структурные хромосомные аберрации с неопределенной клинической значимостью выявлены у 478 пробандов (40,6%), в том числе моногенные CNV - у 60 пациентов (5,1%). Среди 32 моногенных аберраций, присутствие которых подтверждено методом ПЦР в реальном времени, большая часть была унаследована от здоровых родителей (23 CNV или 72%). Семи пациентам проведено секвенирование. Ни одного патогенного варианта нуклеотидной последовательности на интактном гомологе выявлено не было, однако в ряде случаев обнаружены не описанные ранее варианты неопределенного значения в генах, не вовлеченных в CNV. Single-gene copy number variations (CNVs) in patients with impaired psychomotor development are detected with a frequency of up to 10%. The outcome of this type of aberration is more obvious if a dosage-sensitive gene associated with the disease is affected. However, a pathological phenotype can also be formed as a result of hemizygotization of a recessive nucleotide sequence variant from an intact homologue or by combining CNV and a nucleotide variant (compound heterozygote). We have developed and tested for 1176 patients an algorithm for the molecular diagnosis of hereditary pathology associated with single-gene CNV. Pathogenic, likely pathogenic and structural chromosomal aberrations with uncertain clinical significance were detected in 478 probands (40.6%), including monogenic CNV in 60 patients (5.1%). Among 32 single-gene aberrations, the presence of which was confirmed by real-time PCR, most were inherited from healthy parents (23 CNV or 72%). Seven patients underwent sequencing. Not a single pathogenic nucleotide sequence variant was identified on the intact homologue, but in some cases, previously unreported variants of uncertain significance were found in genes not involved in CNV.
{"title":"Algorithm for molecular diagnosis of hereditary pathology associated with single-gene CNVs","authors":"Кашеварова, А.А., Лопаткина, М.Е., Васильева, О.Ю., Федотов, Д.А., Фонова, Е.А., Сивцев, А.А., Зарубин, А.А., Лебедев, И.Н.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.11.36-39","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.11.36-39","url":null,"abstract":"Моногенные вариации числа копий участков ДНК (CNV) у пациентов с нарушением психомоторного развития выявляются с частотой до 10%. Исход данного типа аберраций более очевиден, если затронут дозозависимый ген, ассоциированный с заболеванием. Однако патологический фенотип может формироваться в результате гемизиготизации рецессивного варианта нуклеотидной последовательности на интактном гомологе или при сочетании CNV и нуклеотидного варианта (компаундная гетерозигота). Нами разработан и апробирован для 1176 пациентов алгоритм молекулярной диагностики наследственной патологии, ассоциированной с моногенными CNV. Патогенные, вероятно патогенные и структурные хромосомные аберрации с неопределенной клинической значимостью выявлены у 478 пробандов (40,6%), в том числе моногенные CNV - у 60 пациентов (5,1%). Среди 32 моногенных аберраций, присутствие которых подтверждено методом ПЦР в реальном времени, большая часть была унаследована от здоровых родителей (23 CNV или 72%). Семи пациентам проведено секвенирование. Ни одного патогенного варианта нуклеотидной последовательности на интактном гомологе выявлено не было, однако в ряде случаев обнаружены не описанные ранее варианты неопределенного значения в генах, не вовлеченных в CNV.\u0000 Single-gene copy number variations (CNVs) in patients with impaired psychomotor development are detected with a frequency of up to 10%. The outcome of this type of aberration is more obvious if a dosage-sensitive gene associated with the disease is affected. However, a pathological phenotype can also be formed as a result of hemizygotization of a recessive nucleotide sequence variant from an intact homologue or by combining CNV and a nucleotide variant (compound heterozygote). We have developed and tested for 1176 patients an algorithm for the molecular diagnosis of hereditary pathology associated with single-gene CNV. Pathogenic, likely pathogenic and structural chromosomal aberrations with uncertain clinical significance were detected in 478 probands (40.6%), including monogenic CNV in 60 patients (5.1%). Among 32 single-gene aberrations, the presence of which was confirmed by real-time PCR, most were inherited from healthy parents (23 CNV or 72%). Seven patients underwent sequencing. Not a single pathogenic nucleotide sequence variant was identified on the intact homologue, but in some cases, previously unreported variants of uncertain significance were found in genes not involved in CNV.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"5 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-11-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"128077132","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Воздействие комплекса факторов производственной среды предприятий угольного цикла, может привести к возникновению различных легочных заболеваний. Подтвержденным биомаркером генотоксического воздействия, отражающим индивидуальную чувствительность к воздействию факторов окружающей среды, является частота хромосомных аберраций в лимфоцитах периферической крови человека. Цель: изучение хромосомной нестабильности в клетках периферической крови у рабочих угольных шахт Кузбасса и у больных раком легкого, имеющих стаж работы на угольных шахтах Кузбасса. Материалом для исследования послужила периферическая кровь. Культивирование лимфоцитов крови для получения препаратов хромосом осуществляли стандартным полумикрометодом. Стaтистическaя обрaботкa проводилaсь с использовaнием методов непараметрической статистики, реализованных в программе «Statistica 10.0» (StatSoft, Inc., USA). Выявлено статистически значимое повышение частоты аберрантных метафаз у рабочих угольных шахт Кузбасса и у больных раком легкого, имеющих стаж работы на угольных шахтах Кузбасса, по сравнению со здоровыми донорами из группы сравнения. Mining has a direct impact on the environment and on the health of miners and is considered one of the most hazardous occupations worldwide. The aim of this study was the analysis of chromosomal aberrations (CAs) in lung cancer patients and healthy donors resident in the same territory. Statistical analysis were performed using nonparametric statistics (Mann-Whitney U Test for paired comparison of quantitative characteristics), logistic regression. It was determined that the CAs frequency (both chromatid- and chromosome-type aberrations) was significantly increased in lung cancer patients compared to control group.
{"title":"Chromosomal aberrations in blood cells of lung cancer patients in miners of the Kemerovo region","authors":"Баканова, М.Л., Минина, В.И., Тимофеева, А.А., Савченко, Я.А., Астафьева, Е.А., Глушков, А.Н.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.11.12-15","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.11.12-15","url":null,"abstract":"Воздействие комплекса факторов производственной среды предприятий угольного цикла, может привести к возникновению различных легочных заболеваний. Подтвержденным биомаркером генотоксического воздействия, отражающим индивидуальную чувствительность к воздействию факторов окружающей среды, является частота хромосомных аберраций в лимфоцитах периферической крови человека. Цель: изучение хромосомной нестабильности в клетках периферической крови у рабочих угольных шахт Кузбасса и у больных раком легкого, имеющих стаж работы на угольных шахтах Кузбасса. Материалом для исследования послужила периферическая кровь. Культивирование лимфоцитов крови для получения препаратов хромосом осуществляли стандартным полумикрометодом. Стaтистическaя обрaботкa проводилaсь с использовaнием методов непараметрической статистики, реализованных в программе «Statistica 10.0» (StatSoft, Inc., USA). Выявлено статистически значимое повышение частоты аберрантных метафаз у рабочих угольных шахт Кузбасса и у больных раком легкого, имеющих стаж работы на угольных шахтах Кузбасса, по сравнению со здоровыми донорами из группы сравнения.\u0000 Mining has a direct impact on the environment and on the health of miners and is considered one of the most hazardous occupations worldwide. The aim of this study was the analysis of chromosomal aberrations (CAs) in lung cancer patients and healthy donors resident in the same territory. Statistical analysis were performed using nonparametric statistics (Mann-Whitney U Test for paired comparison of quantitative characteristics), logistic regression. It was determined that the CAs frequency (both chromatid- and chromosome-type aberrations) was significantly increased in lung cancer patients compared to control group.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"7 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-11-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"129876359","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Введение. Неинвазивное пренатальное тестирование (НИПТ) с использованием технологии полногеномного секвенирования ДНК, циркулирующей в крови беременной, является одним из самых эффективных методов для определения риска хромосомных аномалий у плода без инвазивных вмешательств. Данный тест помимо частых хромосомных аномалий позволяет выявлять редкие нарушения. Однако целесообразность использования полногеномного НИПТ для детекции редких хромосомных аномалий остается предметом дискуссий. Цель: оценить эффективность использования полногеномного НИПТ для выявления редких хромосомных аномалий у плода на основе опыта ФГБНУ «НИИ АГиР им. Д.О. Отта». Методы. В период с декабря 2019 по май 2022 года с использованием технологии полногеномного секвенирования проанализированы образцы ДНК, выделенные из плазмы крови 4600 женщин с одноплодной беременностью. Результаты. В 182 (4,0%) случаях обнаружен высокий риск хромосомных аномалий у плода, из них 35 (19,2%) случаев составили редкие аномалии. Чаще встречались трисомии по хромосоме 16 (десять случаев), по хромосоме 19 (три случая), реже - трисомии по хромосомам 8, 9, 20, 10, 22 (по два случая), по хромосомам 2, 3, 4, 5, 11, 12, 14, 15 (по одному случаю), моносомии по хромосомам 21, 18 и 13 (по одному случаю), в одном случае - риск множественной анеуплоидии. Результаты подтверждающей инвазивной диагностики получены у 11 женщин, остальные пациенты отказались от инвазивных процедур. Выявленные аномалии подтверждены в 6 случаях (54,5%). Background. Non-invasive prenatal testing (NIPT) using whole-genome sequencing of DNA circulating in the pregnant woman blood is one of the most effective method for determining the risk of fetal chromosomal abnormalities without invasive interventions. This test, in addition to frequent abnormalities, allows to identify rare pathologies. However, the feasibility of whole-genome NIPT for detection of rare chromosomal abnormalities remains a subject of debate. Aim: to evaluate the effectiveness of whole-genome NIPT for the detection of rare fetus chromosomal abnormalities based on the D.O. Ott Research Institute of Obstetrics, Gynecology and Reproductology experience. Methods. In the period from December 2019 to May 2022, DNA samples isolated from the blood plasma of 4,600 women with singleton pregnancies were analyzed using whole genome sequencing technology. Results. In 182 (4.0%) cases, a high risk of fetal chromosomal abnormalities was found, of which 35 (19.2%) cases were rare pathologies. More common were trisomy on chromosome 16 (ten cases), on chromosome 19 (in three cases), less often - trisomy on chromosomes 8, 9, 20, 10, 22 (in two cases), on chromosomes 2, 3, 4, 5, 11, 12, 14, 15 (one case each), monosomy on chromosomes 21, 18 and 13 (one case each), one case of multiple aneuploidy. The invasive diagnostic results were obtained for 11 women, other patients refused invasive procedures. The identified rare anomalies were confirmed in 6 cases (54.5%).
引入。通过在孕妇血液中循环的全基因组dna测序技术进行非侵入性产前测试是最有效的方法之一，可以在没有侵入性干预的情况下确定胎儿染色体异常的风险。除了经常染色体异常外，这项测试还允许检测罕见的异常。然而，使用全基因组nipt检测罕见染色体异常的可取性仍然是一个争论的话题。目标:根据fgbn的经验，评估全基因组nipt的有效性，以检测胎儿罕见的染色体异常。j.o.奥托”。方法。从2019年12月到2022年5月，使用全基因组测序技术分析了从4600名单身孕妇的血浆中提取的dna样本。结果。182(4.0%)胎儿出现染色体异常的高风险，其中35(19.2%)罕见异常。常见染色体16号染色体(10项)、19号染色体(三)政权染色体三体的8、9、20、10、22(二染色体发生),2、3、4、5、11、12、14、15号染色体(一项),моносом21、18和13(一项),在一个案例多发анеуплоид风险。11名女性接受了侵入性诊断，其他病人拒绝接受侵入性治疗。检测到的异常现象在6例(54.5%)中得到证实。背景。非侵入性测试(NIPT)在最优秀的女性血液中寻找DNA是最有效的方法之一。这是一个测试，在frequent abnormalies的addition, allows到身份验证。However, whohover基因识别系统的新特性。Aim:为研究对象的研究，Gynecology和再创造实验。Methods。在《从2019年到2022年5月22日》中，DNA从4600名女性身上提取了DNA。Results。182年(4.0%)cases, fetal chromosomal abnormalities是found。16 (ten More common were trisomy on chromosome cases) 19 (in three on chromosome cases)少,often trisomy on chromosomes 8、9、20、10、22 (in two cases) on chromosomes 2、3、4、5、11、12、14、15 (one case池)、monosomy on chromosomes 21、18和13 (one one case of多个aneuploidy case池)。这是对11位女性的试探性diagnostic反应。在6个cases(54.5%)中有一个独特的特性。
{"title":"Evaluation of the whole-genome non-invasive prenatal testing effectiveness for detection of rare chromosomal abnormalities based on the Research Institute of Obstetrics, Gynecology and Reproductology named after D.O.Ott experience","authors":"Вашукова, Е.С., Тарасенко, О.А., Козюлина, П.Ю., Моршнева, А.В., Мальцева, А.Р., Глотов, А.С.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.11.19-22","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.11.19-22","url":null,"abstract":"Введение. Неинвазивное пренатальное тестирование (НИПТ) с использованием технологии полногеномного секвенирования ДНК, циркулирующей в крови беременной, является одним из самых эффективных методов для определения риска хромосомных аномалий у плода без инвазивных вмешательств. Данный тест помимо частых хромосомных аномалий позволяет выявлять редкие нарушения. Однако целесообразность использования полногеномного НИПТ для детекции редких хромосомных аномалий остается предметом дискуссий. Цель: оценить эффективность использования полногеномного НИПТ для выявления редких хромосомных аномалий у плода на основе опыта ФГБНУ «НИИ АГиР им. Д.О. Отта». Методы. В период с декабря 2019 по май 2022 года с использованием технологии полногеномного секвенирования проанализированы образцы ДНК, выделенные из плазмы крови 4600 женщин с одноплодной беременностью. Результаты. В 182 (4,0%) случаях обнаружен высокий риск хромосомных аномалий у плода, из них 35 (19,2%) случаев составили редкие аномалии. Чаще встречались трисомии по хромосоме 16 (десять случаев), по хромосоме 19 (три случая), реже - трисомии по хромосомам 8, 9, 20, 10, 22 (по два случая), по хромосомам 2, 3, 4, 5, 11, 12, 14, 15 (по одному случаю), моносомии по хромосомам 21, 18 и 13 (по одному случаю), в одном случае - риск множественной анеуплоидии. Результаты подтверждающей инвазивной диагностики получены у 11 женщин, остальные пациенты отказались от инвазивных процедур. Выявленные аномалии подтверждены в 6 случаях (54,5%).\u0000 Background. Non-invasive prenatal testing (NIPT) using whole-genome sequencing of DNA circulating in the pregnant woman blood is one of the most effective method for determining the risk of fetal chromosomal abnormalities without invasive interventions. This test, in addition to frequent abnormalities, allows to identify rare pathologies. However, the feasibility of whole-genome NIPT for detection of rare chromosomal abnormalities remains a subject of debate. Aim: to evaluate the effectiveness of whole-genome NIPT for the detection of rare fetus chromosomal abnormalities based on the D.O. Ott Research Institute of Obstetrics, Gynecology and Reproductology experience. Methods. In the period from December 2019 to May 2022, DNA samples isolated from the blood plasma of 4,600 women with singleton pregnancies were analyzed using whole genome sequencing technology. Results. In 182 (4.0%) cases, a high risk of fetal chromosomal abnormalities was found, of which 35 (19.2%) cases were rare pathologies. More common were trisomy on chromosome 16 (ten cases), on chromosome 19 (in three cases), less often - trisomy on chromosomes 8, 9, 20, 10, 22 (in two cases), on chromosomes 2, 3, 4, 5, 11, 12, 14, 15 (one case each), monosomy on chromosomes 21, 18 and 13 (one case each), one case of multiple aneuploidy. The invasive diagnostic results were obtained for 11 women, other patients refused invasive procedures. The identified rare anomalies were confirmed in 6 cases (54.5%).","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"188 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-11-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"122629543","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Введение. Поиск биологических маркёров индивидуальной радиочувствительности человека остаётся чрезвычайно актуальной проблемой современной радиационной медицины. Цель - провести оценку аберраций числа копий ДНК (copy number aberration - CNA) в лимфоцитах крови работников, подвергшихся хроническому профессиональному радиационному воздействию. Методы. Обследовано 20 условно здоровых работников Сибирского химического комбината, подвергшихся внешнему радиационному воздействию. Всем обследованным лицам провели стандартный цитогенетический анализ. Выделенная ДНК из образцов крови исследована с использованием микроматрицы «CytoScan HD Array» («Affymetrix», США). Для обработки результатов микрочипирования использовали программу «Chromosome Analysis Suite 4.3» («Affymetrix», США). Результаты. У 4 из 20 работников обнаружено 4 CNA различных типов: 3 мозаичные амплификации, 1 мозаичная делеция. Заключение. Обнаруженные 4 CNA, кандидата на происхождение de novo, не индуцированы хроническим низкоинтенсивным облучением, так как не показали ассоциацию с ним. В данном исследовании, предположение о связи возникших de novo CNA с радиочувствительностью индивидов не подтвердилось. Необходимы дальнейшие исследования механизмов сохранения хромосомных аберраций с целью обнаружения маркёров индивидуальной радиочувствительности. Introduction. The search for biological markers of individual radiosensitivity remains an extremely urgent problem of modern medicine. Aim: to evaluate of the copy number aberrations in the blood lymphocytes of workers exposed to occupational radiation exposure. Methods. The object of the study was the blood of 20 relatively healthy workers of the Siberian Chemical Combine, exposed to external radiation. A standard cytogenetic analysis was performed for all the examined individuals. The blood DNA was examined using a «CytoScan HD Array» microarray («Affymetrix», USA). To process the results of microchipping, a program was used «Chromosome Analysis Suite 4.3» («Affymetrix», США). Results. For4 workers found out 4 CNA: 3 mosaic amplifications, 1 mosaic deletion. Conclusion. The detected 4 candidates for the origin of de novo CNA were not induced by chronic low-intensity radiation, as they did not show an association with radiation. In this study, the assumption about the connection of de novo CNA with the radiosensitivity of individuals was not confirmed. Further studies of the mechanisms of XA preservation are needed in order to detect markers of individual radiosensitivity.
引入。寻找个人辐射敏感性的生物标记仍然是现代辐射医学的一个非常紧迫的问题。目标是评估受慢性专业辐射影响的工作人员血液淋巴细胞(copy number - CNA) dna副本数量的异常。方法。20名西伯利亚化学工厂的试用期健康工人受到外部辐射的影响。所有的测试对象都接受了标准的细胞遗传学分析。通过使用美国Affymetrix微阵列(CytoScan HD Array)，从血样中提取dna。他们使用Chromosome Analysis Suite 4.3来处理微芯片的结果。结果。在20名员工中，有4名被发现是4种不同类型的CNA: 3个马赛克振幅，1个马赛克除法。囚犯。被发现的4个CNA，最初的候选人de novo，没有被慢性低强度辐射诱导，因为没有与之联系。在这项研究中，关于德诺沃CNA与个体放射性敏感性的假设没有得到证实。需要进一步研究染色体畸变守恒机制，以检测个体放射性敏感性的标记。=。这是对现代医学极端城市问题的研究。Aim:在工作人员的血液循环中发现了挑战的数量。Methods。这门课的主题是20位赛伯里化学团队中相对健康的工作人员的血液。标准的cytogenetic分析是为所有杰出的印度人量身定做的。血液DNA是“CytoScan HD Array”(“Affymetrix”)的特例。项目是“Chromosome Analysis 4.3”(美国Affymetrix)。Results。For4 workers found 4 CNA: 3 mosaic amplifect, 1 mosaic deletion。Conclusion。4个加拿大人在《编年史》中没有被编年史上的低强度广播所取代，也没有被编年史上的广播所取代。在这个工作室里，德诺沃CNA与原始人的联系是不完整的。XA preservation的Further工作室需要在独立电台的detect标记上。
{"title":"Analysis of copy number aberrations in blood lymphocytes of nuclear industry workers exposed to external radiation","authors":"Исубакова, Д.С., Литвяков, Н.В., Цымбал, О.С., Усова, Т.В., Цыпленкова, М.Ю., Мильто, И.В., Тахауов, Р.М.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.11.32-35","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.11.32-35","url":null,"abstract":"Введение. Поиск биологических маркёров индивидуальной радиочувствительности человека остаётся чрезвычайно актуальной проблемой современной радиационной медицины. Цель - провести оценку аберраций числа копий ДНК (copy number aberration - CNA) в лимфоцитах крови работников, подвергшихся хроническому профессиональному радиационному воздействию. Методы. Обследовано 20 условно здоровых работников Сибирского химического комбината, подвергшихся внешнему радиационному воздействию. Всем обследованным лицам провели стандартный цитогенетический анализ. Выделенная ДНК из образцов крови исследована с использованием микроматрицы «CytoScan HD Array» («Affymetrix», США). Для обработки результатов микрочипирования использовали программу «Chromosome Analysis Suite 4.3» («Affymetrix», США). Результаты. У 4 из 20 работников обнаружено 4 CNA различных типов: 3 мозаичные амплификации, 1 мозаичная делеция. Заключение. Обнаруженные 4 CNA, кандидата на происхождение de novo, не индуцированы хроническим низкоинтенсивным облучением, так как не показали ассоциацию с ним. В данном исследовании, предположение о связи возникших de novo CNA с радиочувствительностью индивидов не подтвердилось. Необходимы дальнейшие исследования механизмов сохранения хромосомных аберраций с целью обнаружения маркёров индивидуальной радиочувствительности.\u0000 Introduction. The search for biological markers of individual radiosensitivity remains an extremely urgent problem of modern medicine. Aim: to evaluate of the copy number aberrations in the blood lymphocytes of workers exposed to occupational radiation exposure. Methods. The object of the study was the blood of 20 relatively healthy workers of the Siberian Chemical Combine, exposed to external radiation. A standard cytogenetic analysis was performed for all the examined individuals. The blood DNA was examined using a «CytoScan HD Array» microarray («Affymetrix», USA). To process the results of microchipping, a program was used «Chromosome Analysis Suite 4.3» («Affymetrix», США). Results. For4 workers found out 4 CNA: 3 mosaic amplifications, 1 mosaic deletion. Conclusion. The detected 4 candidates for the origin of de novo CNA were not induced by chronic low-intensity radiation, as they did not show an association with radiation. In this study, the assumption about the connection of de novo CNA with the radiosensitivity of individuals was not confirmed. Further studies of the mechanisms of XA preservation are needed in order to detect markers of individual radiosensitivity.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"13 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-11-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"121157488","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Введение. Аномалии кариотипа и микроделеции в локусе AZF (Yq11.2) хромосомы Y являются частыми генетическими причинами мужского бесплодия, вызванного нарушением сперматогенеза, однако эффект их сочетанного влияния недостаточно исследован. Цель: сравнительный анализ сперматологических показателей у мозаиков по хромосоме Y, имеющих и не имеющих делеции в локусе AZF. Методы. Обследованы 16 мужчин с мозаицизмом по хромосоме Y. Анализ кариотипа выполнен с использованием стандартного цитогенетического исследования на культивированных лимфоцитах периферической крови. Молекулярно-цитогенетическое (FISH) исследование проводили для выявления/верификации мозаицизма и структурных аномалий хромосомы Y. Микроделеции хромосомы Y детектировали методом мультиплексной ПЦР. Спермиологическое исследование выполняли в соответствии с рекомендациями Руководства ВОЗ (2010). Результаты. Цитогенетически идентифицируемые несбалансированные аномалии хромосомы Y обнаружены у 13 (81,25%) из 16 мужчин. Делеции в локусе AZF детектированы у 8 (50%) из 16 пациентов. Выборка разделена на две группы: группа I - без AZF делеций (n=8); и II - с AZF делециями (AZFb+c, n=7 и AZFc, n=1). Выявлены различия в структуре сперматологических диагнозов между группами: в группе I отмечены различные формы патозооспермии (азооспермия - 3; олигоастенотератозооспермия - 3; астенотератозооспермия - 2); в группе II - только тяжелые формы патозооспермии (азооспермия - 7; олигозооспермия тяжелой степени - 1), а также по частоте олигоспермии - 12,5% и 37,5%, соответственно. Более высокая концентрация сперматозоидов обнаружена у пациентов без AZF делеций (группа I - 15,9±31,0 млн/мл, группа II - 0,003±0,009 млн/мл; р=0,026). Не выявлено статистически значимых различий между группами по среднему возрасту пациентов, объёму, pH и вязкости эякулята. Выводы. Структурные аномалии и микроделеции хромосомы Y в локусе AZF (Yq11.2) встречаются с высокой частотой у пациентов с мозаицизмом по хромосоме Y. Несбалансированные перестройки хромосомы Y и патогенные микроделеции в локусе AZF у мужчин-мозаиков по хромосоме Y характеризуются тяжелой степенью нарушения сперматогенеза. Сохранение фертильностного потенциала мужчин с мозаицизмом по хромосоме Y возможно при отсутствии несбалансированных перестроек и тяжелых типов AZF делеций. Introduction. Chromosome abnormalities and microdeletions in the AZF (Yq11.2) locus of the Y chromosome are common genetic causes of male infertility caused by impaired spermatogenesis, however, the effect of their combined influence has not been sufficiently investigated. Aim: a comparative analysis of semen parameters in the Y-chromosome mosaics with and without AZF deletions. Methods. 16 male patients with Y chromosome mosaicism were examined. Chromosome analysis was done using by standard cytogenetic examination. Fluorescence in situ hybridization (FISH) was performed to identify/verify mosaicism and determine the structural Y chromosome abnormalities. The Y chromosome microdeletions w
{"title":"AZF deletion and spermatogenesis defects in men with Y chromosome mosaicism","authors":"Штаут, М.И., Опарина, Н.В., Шилова, Н.В., Сорокина, Т.М., Курило, Л.Ф., Поляков, А.В., Черных, В.Б.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.11.4-11","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.11.4-11","url":null,"abstract":"Введение. Аномалии кариотипа и микроделеции в локусе AZF (Yq11.2) хромосомы Y являются частыми генетическими причинами мужского бесплодия, вызванного нарушением сперматогенеза, однако эффект их сочетанного влияния недостаточно исследован. Цель: сравнительный анализ сперматологических показателей у мозаиков по хромосоме Y, имеющих и не имеющих делеции в локусе AZF. Методы. Обследованы 16 мужчин с мозаицизмом по хромосоме Y. Анализ кариотипа выполнен с использованием стандартного цитогенетического исследования на культивированных лимфоцитах периферической крови. Молекулярно-цитогенетическое (FISH) исследование проводили для выявления/верификации мозаицизма и структурных аномалий хромосомы Y. Микроделеции хромосомы Y детектировали методом мультиплексной ПЦР. Спермиологическое исследование выполняли в соответствии с рекомендациями Руководства ВОЗ (2010). Результаты. Цитогенетически идентифицируемые несбалансированные аномалии хромосомы Y обнаружены у 13 (81,25%) из 16 мужчин. Делеции в локусе AZF детектированы у 8 (50%) из 16 пациентов. Выборка разделена на две группы: группа I - без AZF делеций (n=8); и II - с AZF делециями (AZFb+c, n=7 и AZFc, n=1). Выявлены различия в структуре сперматологических диагнозов между группами: в группе I отмечены различные формы патозооспермии (азооспермия - 3; олигоастенотератозооспермия - 3; астенотератозооспермия - 2); в группе II - только тяжелые формы патозооспермии (азооспермия - 7; олигозооспермия тяжелой степени - 1), а также по частоте олигоспермии - 12,5% и 37,5%, соответственно. Более высокая концентрация сперматозоидов обнаружена у пациентов без AZF делеций (группа I - 15,9±31,0 млн/мл, группа II - 0,003±0,009 млн/мл; р=0,026). Не выявлено статистически значимых различий между группами по среднему возрасту пациентов, объёму, pH и вязкости эякулята. Выводы. Структурные аномалии и микроделеции хромосомы Y в локусе AZF (Yq11.2) встречаются с высокой частотой у пациентов с мозаицизмом по хромосоме Y. Несбалансированные перестройки хромосомы Y и патогенные микроделеции в локусе AZF у мужчин-мозаиков по хромосоме Y характеризуются тяжелой степенью нарушения сперматогенеза. Сохранение фертильностного потенциала мужчин с мозаицизмом по хромосоме Y возможно при отсутствии несбалансированных перестроек и тяжелых типов AZF делеций.\u0000 Introduction. Chromosome abnormalities and microdeletions in the AZF (Yq11.2) locus of the Y chromosome are common genetic causes of male infertility caused by impaired spermatogenesis, however, the effect of their combined influence has not been sufficiently investigated. Aim: a comparative analysis of semen parameters in the Y-chromosome mosaics with and without AZF deletions. Methods. 16 male patients with Y chromosome mosaicism were examined. Chromosome analysis was done using by standard cytogenetic examination. Fluorescence in situ hybridization (FISH) was performed to identify/verify mosaicism and determine the structural Y chromosome abnormalities. The Y chromosome microdeletions w","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"93 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-11-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"117286446","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Представлены результаты молекулярно-генетического исследования четырех пациентов с комплексными геномными перестройками и «хромосомным фенотипом», который может включать нарушение интеллектуального развития и множественные врожденные пороки и аномалии развития. C целью выявления геномного дисбаланса и оценки влияния геномных перестроек на проявление фенотипических аномалий проведены FISH-исследование, ХМА и Hi-C у пациентов с «по-видимому» сбалансированными хромосомными перестройками. Идентификация геномного дисбаланса, его структуры и механизмов формирования в этих случаях позволяет охарактеризовать комплексные геномные перестройки в целом и оценить индивидуальные генетические риски в семье. We present the results of a molecular-genetic study of 4 patients with complex genomic rearrangements and «chromosomal phenotype», which may include phenotype anomalies, intellectual disabilities, and multiple congenital abnormalities. FISH analysis, CMA and Hi-C were carried out in patients with “apparently” balanced chromosomal rearrangements associated with an abnormal phenotype to identify and estimate the genomic imbalance. The identification of the structure, mechanisms of formation and genomic imbalance in these cases allows us to characterize complex genomic rearrangements and assess individual genetic risks in the family.
{"title":"Complex genomic rearrangements in etiology of the «chromosomal phenotype»","authors":"Миньженкова, М.Е., Маркова, Ж.Г., Юрченко, Д.А., Тарлычева, А.А., Маркова, Т.В., Семенова, Н.А., Муртазина, А.Ф., Кадышев, В.В., Гридина, М.М., Весна, Э., Фишман, В.С., Шилова, Н.В.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.11.44-47","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.11.44-47","url":null,"abstract":"Представлены результаты молекулярно-генетического исследования четырех пациентов с комплексными геномными перестройками и «хромосомным фенотипом», который может включать нарушение интеллектуального развития и множественные врожденные пороки и аномалии развития. C целью выявления геномного дисбаланса и оценки влияния геномных перестроек на проявление фенотипических аномалий проведены FISH-исследование, ХМА и Hi-C у пациентов с «по-видимому» сбалансированными хромосомными перестройками. Идентификация геномного дисбаланса, его структуры и механизмов формирования в этих случаях позволяет охарактеризовать комплексные геномные перестройки в целом и оценить индивидуальные генетические риски в семье.\u0000 We present the results of a molecular-genetic study of 4 patients with complex genomic rearrangements and «chromosomal phenotype», which may include phenotype anomalies, intellectual disabilities, and multiple congenital abnormalities. FISH analysis, CMA and Hi-C were carried out in patients with “apparently” balanced chromosomal rearrangements associated with an abnormal phenotype to identify and estimate the genomic imbalance. The identification of the structure, mechanisms of formation and genomic imbalance in these cases allows us to characterize complex genomic rearrangements and assess individual genetic risks in the family.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"20 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-11-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"128501843","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Синдром Вольфа-Хиршхорна (WHS, OMIM 194190) - это один из наиболее частых микроделеционных синдромов, представленный гетерозиготной делецией короткого плеча хромосомы 4 (4p16.3). К основным клиническим проявлениям относят характерные черепно-лицевые дизморфии («шлем греческого воина»), пренатальный и постнатальный дефицит роста, задержку психо-речевого развития и судороги. На сегодняшний день описано несколько механизмов формирования делеций 4р16.3 и несколько критических областей, ответственных за фенотипические проявления у пациентов. В нашем исследовании мы представляем пять случаев делеции 4p16.3, имеющей различное происхождение и механизмы формирования. Wolf-Hirschhorn syndrome (WHS, OMIM 194190) is one of the most common microdeletion syndromes, represented by a heterozygous deletion of the short arm of chromosome 4 (4p16.3). The main clinical features of patients with WHS include: craniofacial features - “Greek warrior helmet”, prenatal and postnatal growth deficiency, developmental disability of variable degree, and seizures. To date, several mechanisms for the formation of 4p16.3 deletions and several critical regions responsible for phenotypic manifestations in patients have been described. In our study, we present five cases of 4p16.3 deletion with different origins and mechanisms of formation.
{"title":"Variability of Formation Mechanisms of Chromosomal imbalance in Wolf-Hirschhorn Syndrome","authors":"Юрченко, Д.А., Миньженкова, М.Е., Маркова, Ж.Г., Тарлычева, А.А., Дадали, Е.Л., Демина, Н.А., Маркова, Т.В., Анисимова, И.В., Шилова, Н.В.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.11.59-61","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.11.59-61","url":null,"abstract":"Синдром Вольфа-Хиршхорна (WHS, OMIM 194190) - это один из наиболее частых микроделеционных синдромов, представленный гетерозиготной делецией короткого плеча хромосомы 4 (4p16.3). К основным клиническим проявлениям относят характерные черепно-лицевые дизморфии («шлем греческого воина»), пренатальный и постнатальный дефицит роста, задержку психо-речевого развития и судороги. На сегодняшний день описано несколько механизмов формирования делеций 4р16.3 и несколько критических областей, ответственных за фенотипические проявления у пациентов. В нашем исследовании мы представляем пять случаев делеции 4p16.3, имеющей различное происхождение и механизмы формирования.\u0000 Wolf-Hirschhorn syndrome (WHS, OMIM 194190) is one of the most common microdeletion syndromes, represented by a heterozygous deletion of the short arm of chromosome 4 (4p16.3). The main clinical features of patients with WHS include: craniofacial features - “Greek warrior helmet”, prenatal and postnatal growth deficiency, developmental disability of variable degree, and seizures. To date, several mechanisms for the formation of 4p16.3 deletions and several critical regions responsible for phenotypic manifestations in patients have been described. In our study, we present five cases of 4p16.3 deletion with different origins and mechanisms of formation.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"180 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-11-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"124497702","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Введение. Преимущественное образование несбалансированных гамет вследствие нарушения мейотической сегрегации хромосом у носителей аутосомных реципрокных транслокаций (АРТ) может зависеть от степени асимметрии мейотического квадривалента и наличия терминальных точек разрывов. Комплексная оценка этих факторов на доимплантационном этапе позволит оценить весь спектр паттернов сегрегации для последующей оценки риска образования несбалансированных эмбрионов. Цель: оценить влияние степени асимметрии квадривалента и наличия терминальных точек разрывов на тип сегрегации хромосом у носителей АРТ. Методы. Кариотипирование супружеской пары, преимплантационное генетическое тестирование (ПГТ-СП) методом флуоресцентной in situ гибридизации (FISH) 271 бластомера эмбрионов, полученных в циклах вспомогательных репродуктивных технологий (ВРТ) у 26 пар-носителей АРТ. Определение паттернов сегрегации хромосом, степени асимметрии квадривалента и наличия терминальных точек разрывов. Результаты. Асимметрия квадривалента и терминальные точки разрыва не влияют на частоту образования эмбрионов со сбалансированным набором хромосом вследствие альтернативного типа сегрегации хромосом. Для носителей АРТ с сильной асимметрией квадривалента и терминальными точками разрывов более характерна сегрегация по типу 3:1 и 4:0, приводящая к хромосомному дисбалансу, в подавляющем большинстве случаев несовместимому с дальнейшим развитием эмбриона. Полученные данные могут быть использованы при медико-генетическом консультировании носителей АРТ. Background. Meiotic quadrivalent asymmetry degree or the presence of terminal breakpoints may affect the risk of unbalanced gametes’ formation due to pathological chromosome segregation in autosomal reciprocal translocations (ART) carriers during meiosis. A comprehensive analysis of these factors in preimplantation embryos allows evaluating the entire spectrum of segregation patterns in ART carriers for subsequent risk assessment. Aim: the purpose of the study was to assess the influence quadrivalent asymmetry degree and the presence of terminal breakpoints on the segregation type in ART carriers. Methods. Karyotyping for ART confirmation, preimplantation genetic testing (PGT-SP) using fluorescent in situ hybridization (FISH) on 271 embryos obtained in assisted reproductive technology (ART) cycles in 26 couples of ART carriers. The chromosome segregation patterns, the quadrivalents’ asymmetry degree, and the presence of terminal breakpoints were determined. Results. An alternative segregation type, leading to the formation of balanced gametes, was observed with the same frequency in ART carriers with and without terminal breakpoints, as well as in carriers with different quadrivalent asymmetry degrees. The 4:0 and 3:1 patterns were more common in ART carriers with severe quadrivalent asymmetry and terminal breakpoints and could result in large-scale chromosomal imbalance. The data obtained can be used in genetic counseling of ART carriers.
{"title":"Analysis of chromosome segregation in reciprocal translocation carriers depending on prophase quadrivalent features","authors":"Тонян, З.Н., Пуппо, И.Л., Сайфитдинова, А.Ф., Кинунен, А.А., Бичевая, Н.К., Беспалова, О.Н., Глотов, А.С.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.11.52-55","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.11.52-55","url":null,"abstract":"Введение. Преимущественное образование несбалансированных гамет вследствие нарушения мейотической сегрегации хромосом у носителей аутосомных реципрокных транслокаций (АРТ) может зависеть от степени асимметрии мейотического квадривалента и наличия терминальных точек разрывов. Комплексная оценка этих факторов на доимплантационном этапе позволит оценить весь спектр паттернов сегрегации для последующей оценки риска образования несбалансированных эмбрионов. Цель: оценить влияние степени асимметрии квадривалента и наличия терминальных точек разрывов на тип сегрегации хромосом у носителей АРТ. Методы. Кариотипирование супружеской пары, преимплантационное генетическое тестирование (ПГТ-СП) методом флуоресцентной in situ гибридизации (FISH) 271 бластомера эмбрионов, полученных в циклах вспомогательных репродуктивных технологий (ВРТ) у 26 пар-носителей АРТ. Определение паттернов сегрегации хромосом, степени асимметрии квадривалента и наличия терминальных точек разрывов. Результаты. Асимметрия квадривалента и терминальные точки разрыва не влияют на частоту образования эмбрионов со сбалансированным набором хромосом вследствие альтернативного типа сегрегации хромосом. Для носителей АРТ с сильной асимметрией квадривалента и терминальными точками разрывов более характерна сегрегация по типу 3:1 и 4:0, приводящая к хромосомному дисбалансу, в подавляющем большинстве случаев несовместимому с дальнейшим развитием эмбриона. Полученные данные могут быть использованы при медико-генетическом консультировании носителей АРТ.\u0000 Background. Meiotic quadrivalent asymmetry degree or the presence of terminal breakpoints may affect the risk of unbalanced gametes’ formation due to pathological chromosome segregation in autosomal reciprocal translocations (ART) carriers during meiosis. A comprehensive analysis of these factors in preimplantation embryos allows evaluating the entire spectrum of segregation patterns in ART carriers for subsequent risk assessment. Aim: the purpose of the study was to assess the influence quadrivalent asymmetry degree and the presence of terminal breakpoints on the segregation type in ART carriers. Methods. Karyotyping for ART confirmation, preimplantation genetic testing (PGT-SP) using fluorescent in situ hybridization (FISH) on 271 embryos obtained in assisted reproductive technology (ART) cycles in 26 couples of ART carriers. The chromosome segregation patterns, the quadrivalents’ asymmetry degree, and the presence of terminal breakpoints were determined. Results. An alternative segregation type, leading to the formation of balanced gametes, was observed with the same frequency in ART carriers with and without terminal breakpoints, as well as in carriers with different quadrivalent asymmetry degrees. The 4:0 and 3:1 patterns were more common in ART carriers with severe quadrivalent asymmetry and terminal breakpoints and could result in large-scale chromosomal imbalance. The data obtained can be used in genetic counseling of ART carriers.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"83 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-11-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"126399043","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Более 90% случаев врожденной дисфункции коры надпочечников (ВДКН) связаны с изменениями в гене CYP21A2, из которых около 20% приходится на различные типы «химерных» генов CYP21A1P/CYP21A2. Проблема идентификации «химерных» генов и взаимосвязи их типов с клиническими формами ВДКН актуальна до настоящего времени. Исследование посвящено анализу «химерного» гена CH4 при неклассической форме ВДКН. В работе использовали методы ПЦР-ПДРФ анализа и секвенирования по Сэнгеру. Проанализированы образцы ДНК 3-х пробандов с неклассической формой ВДКН и их родителей. ПЦР-ПДРФ анализ с CYP21A2 генспецифичными праймерами не позволил определить химерные гены у родителей пробандов, но дал возможность предположить их наличие у самих пробандов. Комплексный анализ с использованием всех методов и псевдоген- и генспецифичных праймеров показал наличие у каждого из трех пробандов химерного гена CH4 в компаунд-гетерозиготном состоянии: в первом случае - с вариантом I173N, во втором - с i2 splice и в 3-м с - 30кб делецией гена CYP21A2. Для молекулярно-генетического анализа в семьях с дефицитом 21-гидроксилазы необходимо применение как анализа точковых мажорных мутаций, так и методов, выявляющих делеционно-дупликационные события в гене CYP21A2. Наличие химерного гена CH4 с точкой разрыва между позициями chr6:38038514 и chr6:32038938 (GRCh38) в компаунде с другими патогенными вариантами приводит к неклассической форме ВДКН. 90% of cases of congenital adrenal hyperplasia (CAH) are associated with changes in the CYP21A2 gene, of which about 20% are in various “chimeric” CYP21A1P/CYP21A2 genes. The problem of identifying “chimeric” genes and the relationship of their various types with the CAH clinical forms is still relevant today. The study is devoted to the analysis of the “chimeric” CH4 gene in the non-classical form of CAH. We used the methods of PCR-RFLP analysis and Sanger sequencing. DNA samples of 3 probands with a non-classical form of CAH and their parents were analyzed. The use of PCR-RFLP analysis with CYP21A2 gene-specific primers did not allow us to identify “chimeric” genes in the parents of the probands, but made it possible to assume their presence in the probands themselves. Whereas a complex analysis using all methods and pseudogene and gene-specific primers showed the presence in each of the 3 probands of the “chimeric” CH4 gene in the compound heterozygous state. In the first case, with the I173N variant, in the second, with i2 splice, and in the 3rd, with the 30 kb deletion of the CYP21A2 gene. For molecular genetic analysis in families with 21-hydroxylase deficiency, it is necessary to use both the analysis of major point mutations and methods that detect deletion-duplication events in the CYP21A2 gene. The presence of a “chimeric” CH4 gene with a break point between positions chr6:38038514 and chr6:32038938 (GRCh38) in a compound with other pathogenic variants leads to the nonclassical form of CAH.
超过90%的先天性肾上腺功能障碍与CYP21A2基因的变化有关，其中大约20%是CYP21A2基因的不同类型。到目前为止，识别嵌合体基因及其类型与vdn临床形式的关系的问题仍然存在。这项研究旨在分析非典型vdn形式的CH4嵌合体基因。它使用了pcr - pdrf分析和测序方法。分析了3个样本的dna样本，这些样本是非典型的vdk和他们的父母。与CYP21A2基因初选的pcr - pdrf分析不允许确定试管父母的嵌合体基因，但表明试管本身有。使用所有方法和假基因和基因测序器的综合分析显示，三种不同异质基因中的每一种都存在CH4嵌合基因:一种是I173N，另一种是i2 splice，另一种是CYP21A2基因的c - 30kb。对于缺乏21-羟色胺的家庭来说，分子-基因分析既需要应用于精确的大突变分析，也需要应用于检测CYP21A2基因分裂复制事件的方法。CH4的嵌合体基因存在，chr6:38038514和chr6:32038938之间的分离点与其他病原体形成对比，导致非典型的vdn形式。在CYP21A2基因中，90%的共同基因(CAH)被同化了。基因的身份问题和与CAH clinical forms的关系在今天仍然很重要。在非经典的CAH形式中，这是对CH4基因的分析。我们使用了PCR-RFLP分析和Sanger搜索的媒介。DNA样本3个probands与非经典形式的CAH和their parents匹配。由于PCR-RFLP分析与CYP21A2基因相同，我们在probands的元素中没有“chimeric”基因。Whereas a complex analysis using all methods and pseudogene and gene - specific primers showed the奥迪in池of the 3 probands of the chimeric CH4 gene " in the compound heterozygous state。在第一个案例中，在第二个案例中，有I173N变异，有i2分裂，在第三个案例中，有30 kb的CYP21A2基因。在21 hydroxylase deficency家族中，这是一种非必要的改变和媒介，在CYP21A2基因中。在通往CAH的另一种病理变异的道路上，CH4基因的先验打破了38038514和chr632038938。
{"title":"Determination of the carriage of the «chimeric» CYP21A1P/CYP21A2 gene in families with a proband with non-classical congenital adrenal hyperplasia","authors":"Осиновская, Н.С., Султанов, И.Ю., Главнова, О.Б., Насыхова, Ю.А., Глотов, А.С.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.10.28-32","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.10.28-32","url":null,"abstract":"Более 90% случаев врожденной дисфункции коры надпочечников (ВДКН) связаны с изменениями в гене CYP21A2, из которых около 20% приходится на различные типы «химерных» генов CYP21A1P/CYP21A2. Проблема идентификации «химерных» генов и взаимосвязи их типов с клиническими формами ВДКН актуальна до настоящего времени. Исследование посвящено анализу «химерного» гена CH4 при неклассической форме ВДКН. В работе использовали методы ПЦР-ПДРФ анализа и секвенирования по Сэнгеру. Проанализированы образцы ДНК 3-х пробандов с неклассической формой ВДКН и их родителей. ПЦР-ПДРФ анализ с CYP21A2 генспецифичными праймерами не позволил определить химерные гены у родителей пробандов, но дал возможность предположить их наличие у самих пробандов. Комплексный анализ с использованием всех методов и псевдоген- и генспецифичных праймеров показал наличие у каждого из трех пробандов химерного гена CH4 в компаунд-гетерозиготном состоянии: в первом случае - с вариантом I173N, во втором - с i2 splice и в 3-м с - 30кб делецией гена CYP21A2. Для молекулярно-генетического анализа в семьях с дефицитом 21-гидроксилазы необходимо применение как анализа точковых мажорных мутаций, так и методов, выявляющих делеционно-дупликационные события в гене CYP21A2. Наличие химерного гена CH4 с точкой разрыва между позициями chr6:38038514 и chr6:32038938 (GRCh38) в компаунде с другими патогенными вариантами приводит к неклассической форме ВДКН.\u0000 90% of cases of congenital adrenal hyperplasia (CAH) are associated with changes in the CYP21A2 gene, of which about 20% are in various “chimeric” CYP21A1P/CYP21A2 genes. The problem of identifying “chimeric” genes and the relationship of their various types with the CAH clinical forms is still relevant today. The study is devoted to the analysis of the “chimeric” CH4 gene in the non-classical form of CAH. We used the methods of PCR-RFLP analysis and Sanger sequencing. DNA samples of 3 probands with a non-classical form of CAH and their parents were analyzed. The use of PCR-RFLP analysis with CYP21A2 gene-specific primers did not allow us to identify “chimeric” genes in the parents of the probands, but made it possible to assume their presence in the probands themselves. Whereas a complex analysis using all methods and pseudogene and gene-specific primers showed the presence in each of the 3 probands of the “chimeric” CH4 gene in the compound heterozygous state. In the first case, with the I173N variant, in the second, with i2 splice, and in the 3rd, with the 30 kb deletion of the CYP21A2 gene. For molecular genetic analysis in families with 21-hydroxylase deficiency, it is necessary to use both the analysis of major point mutations and methods that detect deletion-duplication events in the CYP21A2 gene. The presence of a “chimeric” CH4 gene with a break point between positions chr6:38038514 and chr6:32038938 (GRCh38) in a compound with other pathogenic variants leads to the nonclassical form of CAH.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"14 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-10-31","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"124210924","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
У большинства пациентов с мужским бесплодием его причина остается неустановленной. В этиологию азооспермии и олигозооспермии вовлечены многочисленные хромосомные аномалии и патогенные варианты в генах, контролирующих сперматогенез и мужскую фертильность. Данное исследование направлено на повышение эффективности выявления генетических причин мужского бесплодия. Для этого сформирована и обследована выборка из 200 пациентов с азооспермией или тяжелой олигозооспермией неясного генеза. Выполнено комплексное клинико-генетическое обследование с использованием как общепринятых методов (клинико-генетическое, стандартное цитогенетическое исследование, анализ микроделеций хромосомы Y в локусе AZF и вариантов в гене CFTR), так и геномных методов - массового параллельного секвенирования (MPS). С использованием «стандартных» методов диагностики генетические причины бесплодия обнаружены у 92 (46%) пациентов. При полноэкзомном секвенировании (WES) у 18 (42,9%) из 42 пациентов, у которых по данным «стандартного» исследования не обнаружены генетические факторы бесплодия, выявлены варианты в 29 генах, вовлеченных в контроль репродуктивной функции, из них у 7 (16,6%) пациентов варианты в 8 генах предположительно являются каузативными и требуют дальнейших функциональных или сегрегационных исследований. Использование комплексного генетического обследования, включающего геномные методы, позволяет повысить эффективность диагностики генетически обусловленных форм бесплодия. In most patients with male male infertility, it's cause remains unknown. Various chromosomal abnormalities and pathogenic variants in genes controlling spermatogenesis and male fertility are involved in the etiology of azoospermia and oligozoospermia. This study is aimed to improving the effectiveness of identifying the genetic causes of male infertility. For this purpose, a sample of 200 patients with idiopathic azoospermia or severe oligozoospermia was formed and examined. A comprehensive clinical and genetic examination was performed using both conventional methods (clinical and genetic, standard cytogenetic examination, analysis of the Y chromosome microdeletions at the AZF- locus and the CFTR gene), and genomic methods - massive parallel sequencing (MPS). Using “standard” diagnostic methods, genetic causes of infertility were found in 92 (46%) patients. Whole-exome sequencing (WES) revealed variants in 29 genes involved in the control of male fertility in 18 (42.9%) of 42 patients in whom genetic factors of infertility were not detected, according to the “standard” genetic examination, of which variants in 8 genes in 7 (16.6%) patients are presumably causative and require further functional or segregation studies. Comprehensive genetic examination, including genomic methods, makes it possible to increase the effectiveness of the diagnosis of genetically determined forms of infertility.
大多数男性不孕患者的原因尚不清楚。在病因азооспермолигозоосперм涉及许多染色体异常和致病基因的变体,控制сперматогенез和男性的生育能力。这项研究旨在提高能效检测基因造成男性不育。这也导致了200名患者的样本样本，其中包括azo或严重的寡头狼疮。使用常规方法(临床遗传学、标准细胞遗传学研究、AZF染色体微分分析和CFTR基因变异分析)以及大规模并行测序(MPS)进行综合临床遗传学检查。通过“标准”诊断方法，92(46%)患者发现了不孕不育的遗传原因。полноэкзомн测序(WES) 18时(42.9%)42个病人,根据“标准”的研究没有发现的遗传因素不孕,选择在29个基因参与控制生殖功能,其中有7(16.6%)病人选择基因大概八点каузативн且需要进一步功能或隔离的研究。使用综合基因筛查,包括基因组学方法,经过基因改造的形式提高诊断效率不孕。在最伟大的心灵与male male infertility，这是它自己的回归。《chromosomal abnormalities and pathogenic variants in genes controlling spermatogenesis and男fertility are她们in the etiology of azoospermia and oligozoospermia。This is aimed to improving the研究的effectiveness of identifying the genetic of男infertility)。For this purpose, 200这样的with a sample of idiopathic azoospermia or severe oligozoospermia was formed and examined。A: clinical and遗传both立体examination was performed常规methods (clinical and genetic standard cytogenetic examination, analysis of the Y chromosome microdeletions at the AZF locus and the CFTR基因),and genomic methods massive parallel helicos (MPS)。即将到来的“standard diagnostic methods genetic of立体infertility were found in 92(46%)这样的。Whole - exome helicos (WES) revealed variants in 29 genes她们in the control of男fertility in 42这样in工程师18 (42.9%)of genetic豁免权of infertility were not detected, according to the standard "基因examination of的那样variants in 8 genes in 7(16.6%)这样are presumably causative and require继续functional or segregation studies。: genetic examination, including genomic methods, makes it显然to increase the effectiveness of the diagnosis of genetically determined forms of infertility)。
{"title":"Whole-exome sequencing in the complex diagnosis of genetically determined forms of male infertility associated with severe forms of pathozoospermia","authors":"Соловова, О.А., Опарина, Н.В., Рыжкова, О.П., Сорокина, Т.М., Черных, В.Б.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.10.46-50","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.10.46-50","url":null,"abstract":"У большинства пациентов с мужским бесплодием его причина остается неустановленной. В этиологию азооспермии и олигозооспермии вовлечены многочисленные хромосомные аномалии и патогенные варианты в генах, контролирующих сперматогенез и мужскую фертильность. Данное исследование направлено на повышение эффективности выявления генетических причин мужского бесплодия. Для этого сформирована и обследована выборка из 200 пациентов с азооспермией или тяжелой олигозооспермией неясного генеза. Выполнено комплексное клинико-генетическое обследование с использованием как общепринятых методов (клинико-генетическое, стандартное цитогенетическое исследование, анализ микроделеций хромосомы Y в локусе AZF и вариантов в гене CFTR), так и геномных методов - массового параллельного секвенирования (MPS). С использованием «стандартных» методов диагностики генетические причины бесплодия обнаружены у 92 (46%) пациентов. При полноэкзомном секвенировании (WES) у 18 (42,9%) из 42 пациентов, у которых по данным «стандартного» исследования не обнаружены генетические факторы бесплодия, выявлены варианты в 29 генах, вовлеченных в контроль репродуктивной функции, из них у 7 (16,6%) пациентов варианты в 8 генах предположительно являются каузативными и требуют дальнейших функциональных или сегрегационных исследований. Использование комплексного генетического обследования, включающего геномные методы, позволяет повысить эффективность диагностики генетически обусловленных форм бесплодия.\u0000 In most patients with male male infertility, it's cause remains unknown. Various chromosomal abnormalities and pathogenic variants in genes controlling spermatogenesis and male fertility are involved in the etiology of azoospermia and oligozoospermia. This study is aimed to improving the effectiveness of identifying the genetic causes of male infertility. For this purpose, a sample of 200 patients with idiopathic azoospermia or severe oligozoospermia was formed and examined. A comprehensive clinical and genetic examination was performed using both conventional methods (clinical and genetic, standard cytogenetic examination, analysis of the Y chromosome microdeletions at the AZF- locus and the CFTR gene), and genomic methods - massive parallel sequencing (MPS). Using “standard” diagnostic methods, genetic causes of infertility were found in 92 (46%) patients. Whole-exome sequencing (WES) revealed variants in 29 genes involved in the control of male fertility in 18 (42.9%) of 42 patients in whom genetic factors of infertility were not detected, according to the “standard” genetic examination, of which variants in 8 genes in 7 (16.6%) patients are presumably causative and require further functional or segregation studies. Comprehensive genetic examination, including genomic methods, makes it possible to increase the effectiveness of the diagnosis of genetically determined forms of infertility.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"2 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-10-31","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"117147805","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
京公网安备 11010802042870号
京ICP备2023020795号-1
扫码关注我们
求助内容：
应助结果提醒方式：