Pub Date : 2014-08-28DOI: 10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.3.3066
F. Phocas, Julien Bobe, Loys Bodin, B. Charley, J. Dourmad, N. Friggens, J. Hocquette, P. Bail, Élisabeth Duval, P. Mormède, P. Quéré, F. Schelcher
L’enjeu majeur du phenotypage animal est d’acquerir une connaissance systemique de la robustesse des animaux d’elevage pour repondre au mieux a une double finalite en termes d’exploitation de la variabilite des aptitudes animales : une selection eclairee vers des objectifs majeurs pour ameliorer l’efficience et la robustesse des genotypes, et un elevage de precision exploitant la variabilite individuelle des animaux pour gagner en resilience a l’echelle du troupeau, ou pour ameliorer la conduite a genotype donne. Deux defis majeurs de connaissance, interdependants et communs a toutes les filieres animales, sont a relever pour ameliorer la robustesse des animaux : i) comprendre et predire les compromis entre fonctions vitales, c’est-a-dire les changements de priorites dans l’allocation de ressources limitees ; ii) comprendre et exploiter les aspects temporels de la robustesse au cours de la vie de l’animal pour lui permettre de maintenir son niveau de production dans une large gamme d’environnements sans pour autant compromettre sa reproduction, sa sante et son bien-etre. Atteindre ces objectifs necessite de lever les verrous techniques suivants : i) definir des phenotypes complexes a partir de l’integration de donnees obtenues a differentes echelles moleculaires, tissulaires, de l’animal ou d’une de ses fonctions ; ii) mettre en oeuvre des technologies a haut debit pour caracteriser a moindre cout et le plus precisement possible le plus grand nombre d’animaux ; iii) developper d’importantes bases de donnees, des methodes et outils informatiques performants, necessaires aux traitements des informations a des fins de modelisation et de biologie predictive.
{"title":"Des animaux plus robustes: un enjeu majeur pour le développement durable des productions animales nécessitant l'essor du phénotypage fin et à haut débit","authors":"F. Phocas, Julien Bobe, Loys Bodin, B. Charley, J. Dourmad, N. Friggens, J. Hocquette, P. Bail, Élisabeth Duval, P. Mormède, P. Quéré, F. Schelcher","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.3.3066","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.3.3066","url":null,"abstract":"L’enjeu majeur du phenotypage animal est d’acquerir une connaissance systemique de la robustesse des animaux d’elevage pour repondre au mieux a une double finalite en termes d’exploitation de la variabilite des aptitudes animales : une selection eclairee vers des objectifs majeurs pour ameliorer l’efficience et la robustesse des genotypes, et un elevage de precision exploitant la variabilite individuelle des animaux pour gagner en resilience a l’echelle du troupeau, ou pour ameliorer la conduite a genotype donne. Deux defis majeurs de connaissance, interdependants et communs a toutes les filieres animales, sont a relever pour ameliorer la robustesse des animaux : i) comprendre et predire les compromis entre fonctions vitales, c’est-a-dire les changements de priorites dans l’allocation de ressources limitees ; ii) comprendre et exploiter les aspects temporels de la robustesse au cours de la vie de l’animal pour lui permettre de maintenir son niveau de production dans une large gamme d’environnements sans pour autant compromettre sa reproduction, sa sante et son bien-etre. Atteindre ces objectifs necessite de lever les verrous techniques suivants : i) definir des phenotypes complexes a partir de l’integration de donnees obtenues a differentes echelles moleculaires, tissulaires, de l’animal ou d’une de ses fonctions ; ii) mettre en oeuvre des technologies a haut debit pour caracteriser a moindre cout et le plus precisement possible le plus grand nombre d’animaux ; iii) developper d’importantes bases de donnees, des methodes et outils informatiques performants, necessaires aux traitements des informations a des fins de modelisation et de biologie predictive.","PeriodicalId":49664,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":"80 1","pages":"181-194"},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2014-08-28","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"77429314","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2014-08-28DOI: 10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.3.3068
F. Calenge, Cécile Martin, N. L. Floc’h, F. Phocas, Diego P. Morgavi, C. Rogel-Gaillard, P. Quéré
EnglishThe gastrointestinal microbiota is a symbiont deeply involved in the physiology of its host through the regulation of digestion, metabolism and immunity and consequently in the host adaptability to changing environments. In particular, the role of the gastrointestinal microbiota in maintaining host health is important and has been under-estimated until now. It is an inherent component of the animal that should be described when phenotyping animals. The rapid development of high throughput sequencing technologies facilitates its composition, diversity and stability over time and the measure of its variability according to different factors such as genotype, nutrition and breeding conditions. This kwoledge should allow defining the properties of a "normal" gastrointestinal microbiota associated with health, identifying the microbiota dysfuctions and understanding their consequences or host physiology. It will lead tho the identification of diagnostic and pronostic markers for gastrointestinal dysbiosis thus furnishing new tools for promoting health. Finally, the manipulation of the gastrointestinal microbiota will constitute a way to better adapt animals to their environment by improving their robustness, limit the use of antibiotics and improve food safety by preventing the development of bacteria threatening human health. Due to the high quantity of data to be acquired and analyzed, achieving these objectives for each species of interest remains a challenge. francaisLe microbiote digestif est un symbionte dont on a demontre l'implication essentielle dans la regulation de la physiologie de l'hote qui l'heberge pour la digestion, le metabolisme et l'immunite. Ce microbiote a en particulier un role majeur, et jusqu'ici sous-estime, sur la sante de son hote et participe a son adaptabilite a des environnements changeants. Les technologies de sequencage a haut debit devraient faciliter l'inclusion de cet ecosysteme complexe dans le phenotypage des animaux d'elevage. Ce connaissances devraient permettre de definir les proprietes d'un microbiote digestif "normal" associe a une bonne sante, d'en preciser les dysfonctionnements et de comprendre leurs repercussions sur l'etat de sante de l'animal. Cela conduira a identifier des marqueurs de diagnostic et de pronostic de ces dysfonctionnements, fournissant des moyens de controle nouveaux de la sante en elevage, apprehendee en terme d'optimisation des rendements de production, de resistance aux maladies et de maintien du bien-etre. A terme, le controle du microbiote digestif par l'alimentation, la genetique ou les pratiques d'elevage en ameliorant leur robustesse, de limiter l'utilisation d'antibiotiques et de preserver la securite sanitaire des aliments en evitant le developpement de bacteries pathogenes pour l'Homme. L'ampleurs des donnees a generer et a analyser pour les differentes especes d'interet reste le defi a relever.
胃肠道微生物群是一种共生体，通过调节宿主的消化、代谢和免疫，深入参与宿主的生理活动，从而参与宿主对环境变化的适应。特别是，胃肠道微生物群在维持宿主健康方面的作用是重要的，迄今为止一直被低估。它是动物的固有成分，在对动物进行表型分析时应加以描述。高通量测序技术的快速发展促进了其组成、多样性和随时间的稳定性，并根据基因型、营养和育种条件等不同因素测量其变异性。这些知识应该允许定义与健康相关的“正常”胃肠道微生物群的特性，识别微生物群功能障碍并了解其后果或宿主生理学。它将导致胃肠道失调的诊断和预后标记物的识别，从而为促进健康提供新的工具。最后，对胃肠道微生物群的控制将通过提高动物的健壮性来更好地适应环境，限制抗生素的使用，并通过防止威胁人类健康的细菌的发展来提高食品安全。由于需要获取和分析大量数据，为每个感兴趣的物种实现这些目标仍然是一个挑战。通道微生物的消化和共生体不依赖于一个特定的系统，包括生理调节、生物调节、消化调节、营养调节、代谢调节和免疫调节。这些微生物尤其发挥着重要的作用，因此，它们在自然环境中发挥着重要的作用，并参与了对环境变化的适应性。这些技术导致了序列的变化，导致了生态系统复杂性的变化，导致了表型的变化。因此，不同的温度定义了微生物消化的“正常”状态，“正常”状态，“正常”状态和“正常”状态，以及“正常”状态下的功能失调，以及“正常”状态下对动物健康的影响。Cela conduira标识符des marqueurs de诊断et de pronostic de ces dysfonctionnements fournissant des办法controle de la桑特在elevage, apprehendee en terme d 'optimisation des rendements de生产、辅助疾病et de maintien du bien-etre de阻力。一个术语，“微生物消化控制”指的是营养，“遗传控制”指的是营养，“遗传控制”指的是营养，“遗传控制”指的是营养，“遗传控制”指的是营养，“遗传控制”指的是营养，“遗传控制”指的是营养，“遗传控制”指的是抗生素的使用，“遗传控制”指的是营养，“遗传控制”指的是营养，“遗传控制”指的是营养，“遗传控制”指的是营养，“遗传控制”指的是营养，“遗传控制”指的是细菌和病原体的发展。L' ampliurs(采样器)指的是通用分析器，而不是分析分析器，它提供了一些不同的方面来定义一个相关性。
{"title":"Intégrer la caractérisation du microbiote digestif dans le phénotypage de l'animal de rente : vers un nouvel outil de maîtrise de la santé en élevage ?","authors":"F. Calenge, Cécile Martin, N. L. Floc’h, F. Phocas, Diego P. Morgavi, C. Rogel-Gaillard, P. Quéré","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.3.3068","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.3.3068","url":null,"abstract":"EnglishThe gastrointestinal microbiota is a symbiont deeply involved in the physiology of its host through the regulation of digestion, metabolism and immunity and consequently in the host adaptability to changing environments. In particular, the role of the gastrointestinal microbiota in maintaining host health is important and has been under-estimated until now. It is an inherent component of the animal that should be described when phenotyping animals. The rapid development of high throughput sequencing technologies facilitates its composition, diversity and stability over time and the measure of its variability according to different factors such as genotype, nutrition and breeding conditions. This kwoledge should allow defining the properties of a \"normal\" gastrointestinal microbiota associated with health, identifying the microbiota dysfuctions and understanding their consequences or host physiology. It will lead tho the identification of diagnostic and pronostic markers for gastrointestinal dysbiosis thus furnishing new tools for promoting health. Finally, the manipulation of the gastrointestinal microbiota will constitute a way to better adapt animals to their environment by improving their robustness, limit the use of antibiotics and improve food safety by preventing the development of bacteria threatening human health. Due to the high quantity of data to be acquired and analyzed, achieving these objectives for each species of interest remains a challenge. francaisLe microbiote digestif est un symbionte dont on a demontre l'implication essentielle dans la regulation de la physiologie de l'hote qui l'heberge pour la digestion, le metabolisme et l'immunite. Ce microbiote a en particulier un role majeur, et jusqu'ici sous-estime, sur la sante de son hote et participe a son adaptabilite a des environnements changeants. Les technologies de sequencage a haut debit devraient faciliter l'inclusion de cet ecosysteme complexe dans le phenotypage des animaux d'elevage. Ce connaissances devraient permettre de definir les proprietes d'un microbiote digestif \"normal\" associe a une bonne sante, d'en preciser les dysfonctionnements et de comprendre leurs repercussions sur l'etat de sante de l'animal. Cela conduira a identifier des marqueurs de diagnostic et de pronostic de ces dysfonctionnements, fournissant des moyens de controle nouveaux de la sante en elevage, apprehendee en terme d'optimisation des rendements de production, de resistance aux maladies et de maintien du bien-etre. A terme, le controle du microbiote digestif par l'alimentation, la genetique ou les pratiques d'elevage en ameliorant leur robustesse, de limiter l'utilisation d'antibiotiques et de preserver la securite sanitaire des aliments en evitant le developpement de bacteries pathogenes pour l'Homme. L'ampleurs des donnees a generer et a analyser pour les differentes especes d'interet reste le defi a relever.","PeriodicalId":49664,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":"1 1","pages":"209-222"},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2014-08-28","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"90789277","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2014-08-28DOI: 10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.3.3069
E. L. Bihan-Duval, R. Talon, M. Brochard, J. Gautron, F. Lefèvre, C. Larzul, E. Baéza, J. Hocquette
EnglishIn order to be able to control the quality of animal products, it is necessary to have reliable, easy to use and if possible early and non-invasive measurements. Research and developpement programs implemented in the various livestock sectors (ruminants, pigs, poultry, fish) concern i) the developpement and standardization of rapid methods both for the detection and quantificaation of biological or chemical contaminants, ii) the development of alternative methods to replace analytical measurements of the composition and functional properties of products through innovative technologies used in routine (optical or imaging methods, non-invasive physical methods...) and/or iii) the research of early biological markers of quality (genetic markers, gene expression or protein levels of metabolites) and their validation by the waqy of modeling. High-throuhput phenotyping applied to a range of increasingly broad criteria of quality, is necessary for genetic or genomic selection, predictive biology and precision livestock. francaisMaitriser la qualite des produits issus des animaux d'elevage suppose de pouvoir l'objectiver a partir de mesures fiables, faciles d'utilisation et si possible precoces et non invasives. Les programmes de recherche-developpement mis en place au sein des differentes filieres animales (ruminants, porcins, volailles, poissons) concernant notamment i) la detection et la quantification des contaminants biologiques ou chimiques des produits, ii) la determination de la composition et des proprietes technologiques des produits grâce a des methodes alternatives aux mesures analytiques de laboratoire (mesures optiques ou par imagerie, mesures physiques non invasives), et iii) la recherche de marqueurs biologiques precoces de la qualite (marqueurs genetiques, expression de genes ou de proteines, teneurs en metabolites) et leur validation par des approches de modelisation. Applique a un panel de plus en plus large de criteres de qualite, ce phenotypage a haut debit est necessaire au developpement de la selection genetique ou genomique, a la biologie predictive et a l'elevage de precision.
为了能够控制动物产品的质量，必须有可靠的，易于使用的，如果可能的话，早期和非侵入性的测量。在各种畜牧业(反刍动物、猪、家禽、鱼)部门实施的研究和开发计划涉及i)开发和标准化生物或化学污染物检测和定量的快速方法，ii)开发替代方法，通过常规(光学或成像方法)使用的创新技术取代产品成分和功能特性的分析测量，非侵入性物理方法…)和/或iii)质量的早期生物标记(遗传标记，代谢物的基因表达或蛋白质水平)的研究及其通过建模方式的验证。高通量表型分析应用于一系列日益广泛的质量标准，对于遗传或基因组选择、预测生物学和精准家畜是必要的。产品质量、产品质量、产品质量、产品质量、产品质量、产品质量、产品质量、产品质量、产品质量、产品质量、产品质量。研究开发方案包括对不同种类动物(反刍动物、猪、野驴、泊松)的检测和定量(1)对污染物的生物学检测和定量(2)对产品的专有技术和成分的测定(3)对产品成分的测定(3)对实验室测量的替代方法(3)对图像的测量，对身体的非侵入性测量)。Et iii) la recherche de marqueurs biologiques precoces de la qualite (marqueurs genetiques，基因的表达，蛋白质的表达，代谢物的表达)和leur validation par des methods de modelisation。在质量标准方面，我们采用了一种单一标准，一种大标准，一种表型是发展的必要条件，一种选择，一种遗传，一种基因组，一种生物学预测，一种精度的提高。
{"title":"Le phénotypage de la qualité des produits animaux : enjeux et innovations.","authors":"E. L. Bihan-Duval, R. Talon, M. Brochard, J. Gautron, F. Lefèvre, C. Larzul, E. Baéza, J. Hocquette","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.3.3069","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.3.3069","url":null,"abstract":"EnglishIn order to be able to control the quality of animal products, it is necessary to have reliable, easy to use and if possible early and non-invasive measurements. Research and developpement programs implemented in the various livestock sectors (ruminants, pigs, poultry, fish) concern i) the developpement and standardization of rapid methods both for the detection and quantificaation of biological or chemical contaminants, ii) the development of alternative methods to replace analytical measurements of the composition and functional properties of products through innovative technologies used in routine (optical or imaging methods, non-invasive physical methods...) and/or iii) the research of early biological markers of quality (genetic markers, gene expression or protein levels of metabolites) and their validation by the waqy of modeling. High-throuhput phenotyping applied to a range of increasingly broad criteria of quality, is necessary for genetic or genomic selection, predictive biology and precision livestock. francaisMaitriser la qualite des produits issus des animaux d'elevage suppose de pouvoir l'objectiver a partir de mesures fiables, faciles d'utilisation et si possible precoces et non invasives. Les programmes de recherche-developpement mis en place au sein des differentes filieres animales (ruminants, porcins, volailles, poissons) concernant notamment i) la detection et la quantification des contaminants biologiques ou chimiques des produits, ii) la determination de la composition et des proprietes technologiques des produits grâce a des methodes alternatives aux mesures analytiques de laboratoire (mesures optiques ou par imagerie, mesures physiques non invasives), et iii) la recherche de marqueurs biologiques precoces de la qualite (marqueurs genetiques, expression de genes ou de proteines, teneurs en metabolites) et leur validation par des approches de modelisation. Applique a un panel de plus en plus large de criteres de qualite, ce phenotypage a haut debit est necessaire au developpement de la selection genetique ou genomique, a la biologie predictive et a l'elevage de precision.","PeriodicalId":49664,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":"32 1","pages":"223-234"},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2014-08-28","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"76017356","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2014-08-28DOI: 10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.3.3070
F. Phocas, J. Agabriel, M. Dupont-Nivet, J. Geurden, F. Médale, S. Mignon-Grasteau, H. Gilbert, J. Dourmad
Dans un contexte de demande croissante en proteines animales, l’elevage de precision et la selection animale doivent viser a accroitre la competitivite des systemes de production et a reduire leur impact environnemental. Les animaux doivent etre plus efficaces pour transformer leur ration (reduire l’ingere tout en maintenant une production stable), en acceptant des ressources alimentaires variees (proteines ou fibres) et en minimisant leurs rejets (totaux ou leurs composantes N et P, GES). Toutefois, l’efficacite alimentaire est un phenotype complexe qui doit etre phenotype finement pour comprendre les processus biologiques sous-jacents avant d’identifier les leviers d’action pour l’ameliorer (efficacite digestive vs metabolique ; efficacite energetique vs proteique). Ce phenotypage doit etre realise en conditions variees tant sur le plan du genotype, du niveau alimentaire que de la composition de la ration (teneur en fibres, en acides amines). Il s’agit aussi d’envisager une approche predictive de l’ingere et de l’efficacite alimentaire basee sur des parametres peu couteux et faciles a mesurer (croissance, bio-marqueurs…) dans le cadre d’un elevage de precision ou de programmes de selection genetique, car le phenotypage a large echelle de l’ingere reste couteux et parfois difficile a mettre en oeuvre. Pour evaluer l’efficience globale des systemes de productions animales, il s’agit de considerer les reponses des animaux pour des genotypes et des regimes alimentaires contrastes en termes d’efficacite alimentaire et de rejets en quantite et en qualite (GES, N, P), mais aussi de robustesse des animaux (comportement alimentaire, activite generale, sante).
{"title":"Le phénotypage de l’efficacité alimentaire et de ses composantes, une nécessité pour accroître l’efficience des productions animales","authors":"F. Phocas, J. Agabriel, M. Dupont-Nivet, J. Geurden, F. Médale, S. Mignon-Grasteau, H. Gilbert, J. Dourmad","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.3.3070","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.3.3070","url":null,"abstract":"Dans un contexte de demande croissante en proteines animales, l’elevage de precision et la selection animale doivent viser a accroitre la competitivite des systemes de production et a reduire leur impact environnemental. Les animaux doivent etre plus efficaces pour transformer leur ration (reduire l’ingere tout en maintenant une production stable), en acceptant des ressources alimentaires variees (proteines ou fibres) et en minimisant leurs rejets (totaux ou leurs composantes N et P, GES). Toutefois, l’efficacite alimentaire est un phenotype complexe qui doit etre phenotype finement pour comprendre les processus biologiques sous-jacents avant d’identifier les leviers d’action pour l’ameliorer (efficacite digestive vs metabolique ; efficacite energetique vs proteique). Ce phenotypage doit etre realise en conditions variees tant sur le plan du genotype, du niveau alimentaire que de la composition de la ration (teneur en fibres, en acides amines). Il s’agit aussi d’envisager une approche predictive de l’ingere et de l’efficacite alimentaire basee sur des parametres peu couteux et faciles a mesurer (croissance, bio-marqueurs…) dans le cadre d’un elevage de precision ou de programmes de selection genetique, car le phenotypage a large echelle de l’ingere reste couteux et parfois difficile a mettre en oeuvre. Pour evaluer l’efficience globale des systemes de productions animales, il s’agit de considerer les reponses des animaux pour des genotypes et des regimes\u0000alimentaires contrastes en termes d’efficacite alimentaire et de rejets en quantite et en qualite (GES, N, P), mais aussi de robustesse des animaux (comportement alimentaire, activite generale, sante).","PeriodicalId":49664,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":"36 2","pages":"235-248"},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2014-08-28","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"72544989","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2014-08-28DOI: 10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.3.3067
P. Bail, J. Bugeon, O. Dameron, A. Fatet, Wiktoria Golik, J. Hocquette, C. Hurtaud, I. Hue, Catherine Jondreville, Léa Joret, M. Meunier-Salaün, Jean Vernet, Claire Nedellec, Matthieu Reichstadt, P. Chemineau
Recent technological advances allow the production of large biological datasets that makes the description of phenotypes more accurate. To analyze this huge amount of information with computers and thus compare phenotypes, it is essential to define a standard language that unambiguously defines phenotypic traits so as to serve as a reference, worldwide, to any possible user (geneticist, physiologist, biochemist, modeler, producer...). The absence of such a language/reference for livestock species has led Inra, in collaboration with its international partners, to develop an ontology that is called ATOL (Animal Trait Ontology for Livestock). Its aims are to define the phenotypic characters of livestock species, and allocate them to different types: performance traits (feed efficiency, fertility), production traits (dairy, meat, eggs, fatty liver) and societal traits (welfare). This article summarizes the objectives of the project, the original approach used to build the ontology, but also its current status and performance as well as its limitation. This ontology is publicly available on the web and expected to be widely shared worldwide for the common use of unique terms to annotate publications, databases or mine literature and thus promote systemic as well as predictive biology.
{"title":"Un langage de référence pour le phénotypage des animaux d’élevage : l’ontologie ATOL","authors":"P. Bail, J. Bugeon, O. Dameron, A. Fatet, Wiktoria Golik, J. Hocquette, C. Hurtaud, I. Hue, Catherine Jondreville, Léa Joret, M. Meunier-Salaün, Jean Vernet, Claire Nedellec, Matthieu Reichstadt, P. Chemineau","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.3.3067","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.3.3067","url":null,"abstract":"Recent technological advances allow the production of large biological datasets that makes the description of phenotypes more accurate. To analyze this huge amount of information with computers and thus compare phenotypes, it is essential to define a standard language that unambiguously defines phenotypic traits so as to serve as a reference, worldwide, to any possible user (geneticist, physiologist, biochemist, modeler, producer...). The absence of such a language/reference for livestock species has led Inra, in collaboration with its international partners, to develop an ontology that is called ATOL (Animal Trait Ontology for Livestock). Its aims are to define the phenotypic characters of livestock species, and allocate them to different types: performance traits (feed efficiency, fertility), production traits (dairy, meat, eggs, fatty liver) and societal traits (welfare). This article summarizes the objectives of the project, the original approach used to build the ontology, but also its current status and performance as well as its limitation. This ontology is publicly available on the web and expected to be widely shared worldwide for the common use of unique terms to annotate publications, databases or mine literature and thus promote systemic as well as predictive biology.","PeriodicalId":49664,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":"56 1","pages":"195-208"},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2014-08-28","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"72836067","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2014-06-02DOI: 10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.2.3058
F. Bocquier, N. Debus, A. Lurette, C. Maton, G. Viudes, C. Moulin, M. Jouven
Les fortes contraintes d'elevage dans les systemes peu intensifies (grands troupeaux, larges surfaces, alimentation au pâturage, voire faible productivite par animal) laissent tout de meme entrevoir de formes originales d'elevage de precision. Cet elevage de precision peut notamment s'appuyer sur l'identification electronique des animaux qui permet de les reconnaitre et de les localiser. Selon que les lecteurs d'identifiants sont utilises manuellement, a poste fixe, ou portes par un mâle, il est possible de realiser, respectivement, des inventaires, des operations automatisees de tri ou la detection des femelles en chaleurs. C'est au pâturage que la maitrise du comportement des animaux est la plus delicate car un positionnement judicieux de points d'attraction des animaux (abreuvement, pierres a sel, complementation) ne suffit pas toujours a maitriser la repartition de la pression de pâturage pour repondre aux objectifs pastoraux et environnementaux.
{"title":"Elevage de précision en systèmes d'élevage peu intensifiés","authors":"F. Bocquier, N. Debus, A. Lurette, C. Maton, G. Viudes, C. Moulin, M. Jouven","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.2.3058","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.2.3058","url":null,"abstract":"Les fortes contraintes d'elevage dans les systemes peu intensifies (grands troupeaux, larges surfaces, alimentation au pâturage, voire faible productivite par animal) laissent tout de meme entrevoir de formes originales d'elevage de precision. Cet elevage de precision peut notamment s'appuyer sur l'identification electronique des animaux qui permet de les reconnaitre et de les localiser. Selon que les lecteurs d'identifiants sont utilises manuellement, a poste fixe, ou portes par un mâle, il est possible de realiser, respectivement, des inventaires, des operations automatisees de tri ou la detection des femelles en chaleurs. C'est au pâturage que la maitrise du comportement des animaux est la plus delicate car un positionnement judicieux de points d'attraction des animaux (abreuvement, pierres a sel, complementation) ne suffit pas toujours a maitriser la repartition de la pression de pâturage pour repondre aux objectifs pastoraux et environnementaux.","PeriodicalId":49664,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":"67 1","pages":"101-111"},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2014-06-02","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"80585447","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2014-06-02DOI: 10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.2.3063
S. Ingrand, A. Lurette, Lucie Gouttenoire, J. Devun, C. Moulin
Le terme « innovation » est largement utilise, notamment dans le domaine de la recherche. L’innovation se demarque de l’invention, processus en amont, et se caracterise par differentes modalites de mise en place de quelque chose de nouveau dans un systeme existant. Les sources de l’innovation peuvent etre exogenes a la structure qui innove, ou bien endogenes dans le cas ou l’innovation est initiee par celui qui pilote la structure (ici les exploitations agricoles). En agriculture, et en elevage en particulier, les innovations organisationnelles (faire autrement avec les memes choses) sont aussi importantes que les innovations technologiques (utiliser un objet nouveau ou un ancien objet modifie), notamment quand les animaux (en tant qu’etres vivants) sont directement en jeu. Le type d’innovation considere, ainsi que le degre et la nature du changement qui lui sont associes, sont essentiels dans la comprehension des processus d’innovation. De meme, les facteurs favorables ou, au contraire, defavorables a ce processus, doivent etre identifies afin d’y contribuer efficacement en tant que chercheurs. Des exemples pris dans le domaine de l’elevage, en France ou ailleurs dans le monde, illustrent les differentes notions liees a l’innovation, tout au long du texte.
{"title":"Le processus d’innovation en ferme. Illustrations en élevage","authors":"S. Ingrand, A. Lurette, Lucie Gouttenoire, J. Devun, C. Moulin","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.2.3063","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.2.3063","url":null,"abstract":"Le terme « innovation » est largement utilise, notamment dans le domaine de la recherche. L’innovation se demarque de l’invention, processus en amont, et se caracterise par differentes modalites de mise en place de quelque chose de nouveau dans un systeme existant. Les sources de l’innovation peuvent etre exogenes a la structure qui innove, ou bien endogenes dans le cas ou l’innovation est initiee par celui qui pilote la structure (ici les exploitations agricoles). En agriculture, et en elevage en particulier, les innovations organisationnelles (faire autrement avec les memes choses) sont aussi importantes que les innovations technologiques (utiliser un objet nouveau ou un ancien objet modifie), notamment quand les animaux (en tant qu’etres vivants) sont directement en jeu. Le type d’innovation considere, ainsi que le degre et la nature du changement qui lui sont associes, sont essentiels dans la comprehension des processus d’innovation. De meme, les facteurs favorables ou, au contraire, defavorables a ce processus, doivent etre identifies afin d’y contribuer efficacement en tant que chercheurs. Des exemples pris dans le domaine de l’elevage, en France ou ailleurs dans le monde, illustrent les differentes notions liees a l’innovation, tout au long du texte.","PeriodicalId":49664,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":"1 1","pages":"147-160"},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2014-06-02","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"91367697","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2014-06-02DOI: 10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.2.3060
L. Delaby, J. Fiorelli
Apres une periode de grande stabilite des prix et des volumes produits, encadree par une politique agricole commune forte, la filiere laitiere francaise entre dans une zone de turbulences et d’incertitudes. L’augmentation de la demande alimentaire mondiale, associee a l’abandon imminent des quotas laitiers devraient creer un climat d’enthousiasme et favoriser le developpement de la production laitiere en Europe. Mais ces deregulations aboutissent aussi a de fortes tensions sur le marche mondial des produits agricoles qui renforcent les inquietudes concernant l’avenir du potentiel de production laitiere francaise. Les eleveurs s’interrogent sur l’evolution de leurs systemes de production et notamment la pertinence de diverses options. Afin de limiter la sensibilite aux fluctuations du marche, les systemes laitiers a bas intrants font le choix d’une reduction de leur dependance grâce a une forte coherence entre les potentialites du milieu et la demande du troupeau. Ils esperent alors ameliorer leurs revenus par la reduction des couts tout en assurant la perennite du systeme. Ce choix est un puissant stimulant d’innovations pratiques qui s’appuient souvent sur des traditions techniques revisitees et adaptees au contexte. Cette demarche, deja mise en place par un certain nombre d’eleveurs, impose de disposer d’atouts structurels favorables au pâturage de longue duree, de constituer un stock de securite consequent et de favoriser les legumineuses et le recyclage efficace des elements. La conduite du troupeau, notamment en matiere de repartition des velages, et le choix du type de vaches sont egalement des elements strategiques essentiels. Si les performances economiques et sociales de ces systemes sont souvent conformes aux attentes, ces systemes necessitent au minimum apprentissage et conviction du fait d’un changement de paradigme dans l’evaluation des performances.
{"title":"Elevages laitiers à bas intrants : entre traditions et innovations","authors":"L. Delaby, J. Fiorelli","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.2.3060","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.2.3060","url":null,"abstract":"Apres une periode de grande stabilite des prix et des volumes produits, encadree par une politique agricole commune forte, la filiere laitiere francaise entre dans une zone de turbulences et d’incertitudes. L’augmentation de la demande alimentaire mondiale, associee a l’abandon imminent des quotas laitiers devraient creer un climat d’enthousiasme et favoriser le developpement de la production laitiere en Europe. Mais ces deregulations aboutissent aussi a de fortes tensions sur le marche mondial des produits agricoles qui renforcent les inquietudes concernant l’avenir du potentiel de production laitiere francaise. Les eleveurs s’interrogent sur l’evolution de leurs systemes de production et notamment la pertinence de diverses options. Afin de limiter la sensibilite aux fluctuations du marche, les systemes laitiers a bas intrants font le choix d’une reduction de leur dependance grâce a une forte coherence entre les potentialites du milieu et la demande du troupeau. Ils esperent alors ameliorer leurs revenus par la reduction des couts tout en assurant la perennite du systeme. Ce choix est un puissant stimulant d’innovations pratiques qui s’appuient souvent sur des traditions techniques revisitees et adaptees au contexte. Cette demarche, deja mise en place par un certain nombre d’eleveurs, impose de disposer d’atouts structurels favorables au pâturage de longue duree, de constituer un stock de securite consequent et de favoriser les legumineuses et le recyclage efficace des elements. La conduite du troupeau, notamment en matiere de repartition des velages, et le choix du type de vaches sont egalement des elements strategiques essentiels. Si les performances economiques et sociales de ces systemes sont souvent conformes aux attentes, ces systemes necessitent au minimum apprentissage et conviction du fait d’un changement de paradigme dans l’evaluation des performances.","PeriodicalId":49664,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":"34 1","pages":"123-134"},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2014-06-02","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"86546866","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2014-06-02DOI: 10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.2.3061
Laurent Labbé, Florence Lefèvre, J. Bugeon, A. Fostier, M. Jamin, M. Gaumé
La faisabilite technique d’un systeme d’elevage de salmonides en eau recirculee et ses performances ont ete comparees, sur 3 ans, a celle d’un circuit ouvert dans les conditions bioclimatiques de la Bretagne. Seulement 7,2 m3 d’eau neuve par kilogramme de poisson produit ont ete necessaires au lieu de 100 m3 en circuit ouvert. Le dimensionnement des composants du pilote a permis cette forte reduction sans degradation de la qualite de l’eau d’elevage (N-NH4+ : 0,66 ± 0,13 mg.L-1 ; N-NO2- : 0,12 mg.L-1 ± 0,03). Les principaux indicateurs zootechniques ont ete significativement ameliores (de 10 a 15% de croissance ponderale supplementaire avec un indice de consommation diminue de pres de 10%) sans impact sur la mortalite. La reproduction n’a pas ete affectee par ce systeme d’elevage (taux de survie des oeufs embryonnes : 67,03 ± 0,57% vs 62,65 ± 3,36%) et le parasitisme a pu etre controle. La qualite de la chair, et notamment la flaveur du filet, n’a pas ete alteree. Enfin, l’impact de ce systeme sur le rendement au filetage et la qualite physicochimique du filet (texture, couleur, teneur en lipides) reste faible. Malgre un impact environnemental reduit, ce systeme de production est encore peu developpe en Europe. La combinaison judicieuse d’ameliorations techniques dans la boucle de recirculation et de traitementde l’eau, visant a ameliorer l’efficacite du systeme, pourrait aider la filiere piscicole a evoluer vers un mode de production moins dependant des ressources naturelles, tout en continuant a fournir des produits de qualite au consommateur.
{"title":"Conception d'un système innovant de production de truites en eau recirculée","authors":"Laurent Labbé, Florence Lefèvre, J. Bugeon, A. Fostier, M. Jamin, M. Gaumé","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.2.3061","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.2.3061","url":null,"abstract":"La faisabilite technique d’un systeme d’elevage de salmonides en eau recirculee et ses performances ont ete comparees, sur 3 ans, a celle d’un circuit ouvert dans les conditions bioclimatiques de la Bretagne. Seulement 7,2 m3 d’eau neuve par kilogramme de poisson produit ont ete necessaires au lieu de 100 m3 en circuit ouvert. Le dimensionnement des composants du pilote a permis cette forte reduction sans degradation de la qualite de l’eau d’elevage (N-NH4+ : 0,66 ± 0,13 mg.L-1 ; N-NO2- : 0,12 mg.L-1 ± 0,03). Les principaux indicateurs zootechniques ont ete significativement ameliores (de 10 a 15% de croissance ponderale supplementaire avec un indice de consommation diminue de pres de 10%) sans impact sur la mortalite. La reproduction n’a pas ete affectee par ce systeme d’elevage (taux de survie des oeufs embryonnes : 67,03 ± 0,57% vs 62,65 ± 3,36%) et le parasitisme a pu etre controle. La qualite de la chair, et notamment la flaveur du filet, n’a pas ete alteree. Enfin, l’impact de ce systeme sur le rendement au filetage et la qualite physicochimique du filet (texture, couleur, teneur en lipides) reste faible. Malgre un impact environnemental reduit, ce systeme de production est encore peu developpe en Europe. La combinaison judicieuse d’ameliorations techniques dans la boucle de recirculation et de traitementde l’eau, visant a ameliorer l’efficacite du systeme, pourrait aider la filiere piscicole a evoluer vers un mode de production moins dependant des ressources naturelles, tout en continuant a fournir des produits de qualite au consommateur.","PeriodicalId":49664,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":"107 1","pages":"135-146"},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2014-06-02","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"76820297","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Pub Date : 2014-06-01DOI: 10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.2.3056
J. Meynard, J. Dourmad
En guise d’introduction a un numero special de la revue « INRA Productions Animales » sur l’innovation, cet article s’interroge sur la contribution des chercheurs au processus d’innovation. Il montre que les moteurs du changement en agriculture et en elevage appellent a un intense effort de conception innovante, et propose un panorama des demarches qui peuvent etre mises en œuvre pour ce faire : conception de novo vs pas a pas, conception assistee par modele vs en atelier de conception, conception au niveau du systeme d’elevage d’un agriculteur ou au niveau du territoire. Il passe en revue les cadres d’analyse utilises pour etudier les innovations in situ et anticiper les conditions de leur diffusion : typologies d’adoptants, verrouillage technologique, etc. Il conclut sur l’importance de revisiter la posture des chercheurs vis a vis de l’innovation.
{"title":"L’innovation en élevage : de nouvelles démarches pour de nouveaux enjeux","authors":"J. Meynard, J. Dourmad","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.2.3056","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2014.27.2.3056","url":null,"abstract":"En guise d’introduction a un numero special de la revue « INRA Productions Animales » sur l’innovation, cet article s’interroge sur la contribution des chercheurs au processus d’innovation. Il montre que les moteurs du changement en agriculture et en elevage appellent a un intense effort de conception innovante, et propose un panorama des demarches qui peuvent etre mises en œuvre pour ce faire : conception de novo vs pas a pas, conception assistee par modele vs en atelier de conception, conception au niveau du systeme d’elevage d’un agriculteur ou au niveau du territoire. Il passe en revue les cadres d’analyse utilises pour etudier les innovations in situ et anticiper les conditions de leur diffusion : typologies d’adoptants, verrouillage technologique, etc. Il conclut sur l’importance de revisiter la posture des chercheurs vis a vis de l’innovation.","PeriodicalId":49664,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":"14 1","pages":"77-88"},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2014-06-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"87367416","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
京公网安备 11010802042870号
京ICP备2023020795号-1
扫码关注我们
求助内容：
应助结果提醒方式：