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Medecine des Maladies Metaboliques最新文献

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Q4 Medicine Pub Date : 2024-11-22 DOI: 10.1016/S1957-2557(24)00273-6
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Brèves 简介
Q4 Medicine Pub Date : 2024-11-08 DOI: 10.1016/j.mmm.2024.10.007
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Parler autrement de « l’équilibre alimentaire » 以不同的方式谈论均衡饮食
Q4 Medicine Pub Date : 2024-11-07 DOI: 10.1016/j.mmm.2024.10.010
Jean-Daniel Lalau
« Il faut manger équilibré » est un exemple caricatural de formule creuse. Mais que dire en lieu et place ? Quel est-il, finalement, cet « équilibre » ? Nous pouvons au moins dire à son sujet ce qu’il n’est pas : un état stable (comme le présente pourtant le dictionnaire). Cette stabilité est même une fiction. Nous présentons au contraire l’équilibre comme un changement, un processus ; comme la résultante d’un équilibrage qui s’établit ou se rétablit au fil du temps, un équilibrage dans la prise en compte – tant que faire se peut – de l’ensemble des fonctions de la nutrition. Car s’il faut bien considérer l’aliment, en tant que tel, et l’apport de calories afférent ; il y a tout autant la problématique du rapport à l’aliment.
“Eat a balanced diet” is a typical example of hollow phrase. However, what can we say instead? What balance is, ultimately? It is at least possible to say what balance is not: a steady-state (as the dictionary sais). Such a stability is even a fiction. Rather, we present balance as a change, a process, a balancing in an attempt to reconcile with time the various functions of nutrition. All this because we should consider not only food in itself and the calorie intake, but also our relationship with food.
"我们需要均衡饮食 "是一句漫画式的空话。但我们能说什么呢?这个 "平衡 "到底是什么?我们至少可以说它不是什么:一种稳定的状态(正如字典里所描述的那样)。这种稳定甚至是一种虚构。相反,我们把平衡说成是一种变化、一个过程;是随着时间的推移而建立或重新建立的平衡行为的结果,是一种尽可能考虑到所有营养功能的平衡行为。均衡饮食 "就是一个典型的空洞的例子。然而,我们能说什么呢?至少可以说平衡不是什么:稳态(正如字典所言)。这种稳定甚至是一种虚构。相反,我们把平衡说成是一种变化、一种过程、一种平衡,试图用时间来协调营养的各种功能。这是因为我们不仅要考虑食物本身和卡路里摄入量,还要考虑我们与食物的关系。
{"title":"Parler autrement de « l’équilibre alimentaire »","authors":"Jean-Daniel Lalau","doi":"10.1016/j.mmm.2024.10.010","DOIUrl":"10.1016/j.mmm.2024.10.010","url":null,"abstract":"<div><div>« Il faut manger équilibré » est un exemple caricatural de formule creuse. Mais que dire en lieu et place ? Quel est-il, finalement, cet « équilibre » ? Nous pouvons au moins dire à son sujet ce qu’il n’est pas : un état stable (comme le présente pourtant le dictionnaire). Cette stabilité est même une fiction. Nous présentons au contraire l’équilibre comme un changement, un processus ; comme la résultante d’un équilibrage qui s’établit ou se rétablit au fil du temps, un équilibrage dans la prise en compte – tant que faire se peut – de l’ensemble des fonctions de la nutrition. Car s’il faut bien considérer l’aliment, en tant que tel, et l’apport de calories afférent ; il y a tout autant la problématique du rapport à l’aliment.</div></div><div><div>“Eat a balanced diet” is a typical example of hollow phrase. However, what can we say instead? What balance is, ultimately? It is at least possible to say what balance is not: a steady-state (as the dictionary sais). Such a stability is even a fiction. Rather, we present balance as a change, a process, a balancing in an attempt to reconcile with time the various functions of nutrition. All this because we should consider not only food in itself and the calorie intake, but also our relationship with food.</div></div>","PeriodicalId":35047,"journal":{"name":"Medecine des Maladies Metaboliques","volume":"18 8","pages":"Pages 709-712"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2024-11-07","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"142698353","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
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Issue Contents 议题内容
Q4 Medicine Pub Date : 2024-10-29 DOI: 10.1016/S1957-2557(24)00243-8
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La révolution silencieuse de la thérapie cellulaire du diabète 糖尿病细胞疗法的无声革命
Q4 Medicine Pub Date : 2024-10-29 DOI: 10.1016/j.mmm.2024.09.013
Pierre-Yves Benhamou
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Médecine communautaire 社区医疗
Q4 Medicine Pub Date : 2024-10-28 DOI: 10.1016/j.mmm.2024.10.008
Didier Ménard
La santé communautaire fait son chemin en France. Elle apporte au système de soins, les concepts et la méthodologie pour passer de la prise en charge stricto-sensu de la maladie somatique à l’accompagnement de la personne malade sur un parcours de soin et de santé. Elle mobilise les ressources et les savoirs faire de la communauté à laquelle appartient la personne malade. Les soignants ne soignent plus pour mais avec la personne malade. L’objectif pour la personne malade du diabète ; éviter ou reculer la survenue des complications.
Community Health is making headway in France. It brings to the care system, the concepts and methodology to move from the strict management of somatic illness to the support of the sick person on a course of care and health. It mobilizes the resources and know-how of the community to which the sick person belongs. Caregivers no longer provide care for but with the sick person. The objective for the person suffering from diabetes; push back the deadline for complications.
社区保健在法国的地位日益提高。它为医疗保健系统提供了所需的概念和方法,使其从严格管理躯体疾病转向支持病人的护理和健康过程。它调动了病人所属社区的资源和专业知识。护理人员不再为病人提供护理,而是与病人共同护理。糖尿病患者的目标是避免或推迟并发症的发生。社区保健在法国取得了长足的进步。它为护理系统带来了理念和方法,使其从严格的躯体疾病管理转变为在护理和健康过程中对病人的支持。它调动了病人所属社区的资源和专门技能。护理人员不再为病人提供护理,而是与病人一起提供护理。糖尿病患者的目标是:推迟并发症的最后期限。
{"title":"Médecine communautaire","authors":"Didier Ménard","doi":"10.1016/j.mmm.2024.10.008","DOIUrl":"10.1016/j.mmm.2024.10.008","url":null,"abstract":"<div><div>La santé communautaire fait son chemin en France. Elle apporte au système de soins, les concepts et la méthodologie pour passer de la prise en charge stricto-sensu de la maladie somatique à l’accompagnement de la personne malade sur un parcours de soin et de santé. Elle mobilise les ressources et les savoirs faire de la communauté à laquelle appartient la personne malade. Les soignants ne soignent plus pour mais avec la personne malade. L’objectif pour la personne malade du diabète ; éviter ou reculer la survenue des complications.</div></div><div><div>Community Health is making headway in France. It brings to the care system, the concepts and methodology to move from the strict management of somatic illness to the support of the sick person on a course of care and health. It mobilizes the resources and know-how of the community to which the sick person belongs. Caregivers no longer provide care for but with the sick person. The objective for the person suffering from diabetes; push back the deadline for complications.</div></div>","PeriodicalId":35047,"journal":{"name":"Medecine des Maladies Metaboliques","volume":"18 8","pages":"Pages 691-699"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2024-10-28","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"142697342","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
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Surpoids et obésité en France : préoccupant comme ailleurs dans le monde. Mais malbouffe et sédentarité y progressent toujours ! 法国的超重和肥胖问题与世界其他国家一样令人担忧。但垃圾食品和久坐不动的生活方式仍在增加!
Q4 Medicine Pub Date : 2024-10-28 DOI: 10.1016/j.mmm.2024.10.009
Serge Halimi
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Les voies de signalisation régulées par la disponibilité en acides aminés : contrôle de fonctions physiologiques et impacts en santé 受氨基酸供应调节的信号通路:生理功能的控制和对健康的影响
Q4 Medicine Pub Date : 2024-10-24 DOI: 10.1016/j.mmm.2024.10.006
Pierre Fafournoux
Chez les mammifères, la capacité de synthétiser tous les acides aminés (AA) n’a pas été conservée par l’évolution. Neuf acides aminés indispensables (AAI), doivent impérativement être apportés par l’alimentation. Cependant, chez les omnivores vivant à l’état sauvage, une alimentation déficiente en un ou plusieurs AAI est une situation nutritionnelle fréquente. Par conséquent, une adaptation à un apport variable en AA est obligatoire, d’autant plus que le maintien de l’homéostasie protéique est essentiel à la survie. Les voies de signalisation mTORC1 et GCN2 sont des systèmes majeurs permettant aux cellules eucaryotes de s’adapter à une variation de la disponibilité en acides aminés. Elles analysent le contenu et la disponibilité cellulaire en acides aminés, jouant ainsi un rôle important dans le contrôle de la synthèse protéique et la protéolyse. Elles sont également impliquées dans le contrôle de nombreuses fonctions biologiques et sont dérégulées dans de nombreuses situations pathologiques pouvant altérer le fragile équilibre entre protéosynthèse et protéolyse. L’universalité de ces voies et leurs implications dans de nombreuses pathologies démontrent leur importance physiologique. Leur connaissance ouvrira de nouvelles voies thérapeutiques.
In mammals, the ability to synthesize all amino acids (AA) has not been conserved by evolution. Nine essential amino acids (IAAs) must be provided by the diet. However, in omnivores living in the wild, dietary deficiencies in one or more EAAs are a common nutritional challenge. Consequently, adaptation to fluctuating amino acid intake is crucial, particularly because maintaining protein homeostasis is vital for survival. The mTORC1 and GCN2 signaling pathways are major systems allowing eukaryotic cells to adapt to a variation in amino acid availability. They analyze the cellular content of amino acids, thus playing an important role in the control of protein synthesis and proteolysis. Additionally, they are involved in the control of various biological functions and are often deregulated in pathological conditions, disrupting the delicate balance between protein synthesis and degradation. The universality of these pathways and their implications in many pathologies demonstrate their physiological importance. Understanding these pathways could pave the way for new therapeutic strategies.
在哺乳动物中,合成所有氨基酸(AA)的能力并没有在进化过程中得以保留。膳食中必须提供九种必需氨基酸(IAA)。然而,在野外生活的杂食动物中,饮食中缺乏一种或多种 IAA 是一种常见的营养状况。因此,适应不同的氨基酸供应是至关重要的,尤其是维持蛋白质平衡对生存至关重要。mTORC1 和 GCN2 信号途径是真核细胞适应氨基酸供应变化的主要系统。它们分析细胞的氨基酸含量和可用性,在控制蛋白质合成和蛋白质分解方面发挥着重要作用。它们还参与控制许多生物功能,并在许多病理情况下发生失调,从而改变蛋白质合成和蛋白质分解之间脆弱的平衡。这些途径的普遍性及其对多种疾病的影响表明了它们在生理上的重要性。在哺乳动物中,合成所有氨基酸(AA)的能力并没有在进化中得到保留。九种必需氨基酸(IAA)必须由饮食提供。然而,在野外生活的杂食动物中,缺乏一种或多种 EAAs 是常见的营养挑战。因此,适应氨基酸摄入量的波动至关重要,尤其是因为维持蛋白质平衡对生存至关重要。mTORC1 和 GCN2 信号通路是真核细胞适应氨基酸供应变化的主要系统。它们分析细胞中的氨基酸含量,从而在控制蛋白质合成和蛋白质分解方面发挥重要作用。此外,它们还参与控制各种生物功能,并经常在病理情况下失调,破坏蛋白质合成和降解之间的微妙平衡。这些途径的普遍性及其在许多病症中的影响表明了它们在生理上的重要性。了解这些途径可以为新的治疗策略铺平道路。
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Physiologie de la digestion des protéines et de l’absorption des acides aminés et déterminants de la digestibilité protéique 蛋白质消化和氨基酸吸收的生理学以及蛋白质消化率的决定因素
Q4 Medicine Pub Date : 2024-10-22 DOI: 10.1016/j.mmm.2024.10.005
Claire Gaudichon, Soukaïna Benhaddou
<div><div>La digestion des protéines et l’absorption des acides aminés sont des processus séquentiels par lesquels les protéines ingérées fournissent des acides aminés à l’organisme. La digestion des protéines commence par le clivage des protéines en fragments absorbables que sont les acides aminés, dipeptides et tripeptides. L’absorption est le processus de passage transépithélial de ces éléments absorbables à partir de la lumière intestinale vers la veine porte. Les protéines ingérées sont progressivement dégradées à partir de l’estomac puis majoritairement dans l’intestin grêle qui est le siège de l’absorption des di- et tripeptides et acides aminés libres. Les résidus échappant à la digestion dans l’intestin grêle sont partiellement transformés par le microbiote colique en divers composés plus ou moins absorbés. L’ensemble du processus de digestion fait intervenir une multitude d’effecteurs, notamment des protéases et des transporteurs, qui assurent une absorption d’environ 90 % des acides aminés ingérés sous forme de protéines. Cependant, les protéines sont plus ou moins digestibles selon leur nature, la structure des protéines étant un déterminant majeur de l’accessibilité des enzymes aux sites de coupure. D’autres déterminants liés à la matrice alimentaire influencent également la digestibilité, soit en raison de la présence d’éléments perturbant la digestion soit du fait des traitements technologiques appliqués aux aliments. Des facteurs intrinsèques à l’individu, qui ne sont pas clairement identifiés, peuvent aussi influencer la digestibilité des protéines.</div></div><div><div>Protein digestion and amino acid absorption are sequential processes that lead to amino acid release from dietary protein and their disposal for the body. Protein digestion begins with the cleavage of protein to produce absorbable fragments, i.e. amino acids, di- and tripeptides. Absorption is the process by which absorbable residues are up taken from the intestinal lumen and transferred to the portal vein. Dietary proteins are sequentially hydrolyzed in the stomach and then in a greater extend in the small intestine where free amino acids, di and tripeptides are absorbed. Peptides that escape from small intestinal digestion enter into the colon where there are partially converted by the microbiota into various compounds that can be more or less absorbed. Overall, many effectors are involved in the digestion process, mainly proteases and transporters that ensure an absorption rate of around 90% of amino acids ingested in the form of protein. Nevertheless, dietary protein are more or less digestible depending on their type, their structure being the main factor. Other determinants that are related to the food matrix influence protein digestibility, due the presence of other compounds that impair proteolysis efficiency or due to technological treatments. Intrinsic factors related to individuals may also influence digestibility but they are not clearly identified.</d
蛋白质消化和氨基酸吸收是摄入的蛋白质向人体提供氨基酸的连续过程。蛋白质消化首先是将蛋白质裂解为可吸收的片段,即氨基酸、二肽和三肽。吸收是这些可吸收成分从肠腔到门静脉的跨上皮通道过程。摄入的蛋白质在胃中逐渐分解,然后主要在小肠中吸收二肽、三肽和游离氨基酸。未被小肠消化的残留物部分被结肠微生物群转化为各种化合物,或多或少会被吸收。整个消化过程涉及多种效应器,特别是蛋白酶和转运体,它们确保摄入的氨基酸中约有 90% 以蛋白质的形式被吸收。不过,蛋白质的消化率高低取决于其性质,蛋白质的结构是决定酶能否进入裂解位点的主要因素。与食物基质相关的其他决定因素也会影响消化率,这可能是因为食物中存在干扰消化的元素,也可能是因为对食物进行了技术处理。蛋白质消化和氨基酸吸收是一个连续的过程,导致氨基酸从膳食蛋白质中释放出来并被人体利用。蛋白质消化始于蛋白质裂解,产生可吸收的片段,即氨基酸、二肽和三肽。吸收是将可吸收的残余物从肠腔吸收并转移到门静脉的过程。膳食蛋白质在胃中依次水解,然后在小肠中更广泛地吸收游离氨基酸、二肽和三肽。小肠消化后的肽进入结肠,在结肠中被微生物群部分转化为各种化合物,或多或少都会被吸收。总之,许多效应器参与了消化过程,主要是蛋白酶和转运体,它们确保了以蛋白质形式摄入的氨基酸约 90% 的吸收率。不过,膳食蛋白质的消化率有高有低,这取决于它们的类型,而它们的结构是主要因素。与食物基质有关的其他决定因素也会影响蛋白质的消化率,如食物中含有其他会影响蛋白质分解效率的化合物,或食物经过技术处理。与个体有关的内在因素也可能影响消化率,但这些因素尚未明确确定。
{"title":"Physiologie de la digestion des protéines et de l’absorption des acides aminés et déterminants de la digestibilité protéique","authors":"Claire Gaudichon,&nbsp;Soukaïna Benhaddou","doi":"10.1016/j.mmm.2024.10.005","DOIUrl":"10.1016/j.mmm.2024.10.005","url":null,"abstract":"&lt;div&gt;&lt;div&gt;La digestion des protéines et l’absorption des acides aminés sont des processus séquentiels par lesquels les protéines ingérées fournissent des acides aminés à l’organisme. La digestion des protéines commence par le clivage des protéines en fragments absorbables que sont les acides aminés, dipeptides et tripeptides. L’absorption est le processus de passage transépithélial de ces éléments absorbables à partir de la lumière intestinale vers la veine porte. Les protéines ingérées sont progressivement dégradées à partir de l’estomac puis majoritairement dans l’intestin grêle qui est le siège de l’absorption des di- et tripeptides et acides aminés libres. Les résidus échappant à la digestion dans l’intestin grêle sont partiellement transformés par le microbiote colique en divers composés plus ou moins absorbés. L’ensemble du processus de digestion fait intervenir une multitude d’effecteurs, notamment des protéases et des transporteurs, qui assurent une absorption d’environ 90 % des acides aminés ingérés sous forme de protéines. Cependant, les protéines sont plus ou moins digestibles selon leur nature, la structure des protéines étant un déterminant majeur de l’accessibilité des enzymes aux sites de coupure. D’autres déterminants liés à la matrice alimentaire influencent également la digestibilité, soit en raison de la présence d’éléments perturbant la digestion soit du fait des traitements technologiques appliqués aux aliments. Des facteurs intrinsèques à l’individu, qui ne sont pas clairement identifiés, peuvent aussi influencer la digestibilité des protéines.&lt;/div&gt;&lt;/div&gt;&lt;div&gt;&lt;div&gt;Protein digestion and amino acid absorption are sequential processes that lead to amino acid release from dietary protein and their disposal for the body. Protein digestion begins with the cleavage of protein to produce absorbable fragments, i.e. amino acids, di- and tripeptides. Absorption is the process by which absorbable residues are up taken from the intestinal lumen and transferred to the portal vein. Dietary proteins are sequentially hydrolyzed in the stomach and then in a greater extend in the small intestine where free amino acids, di and tripeptides are absorbed. Peptides that escape from small intestinal digestion enter into the colon where there are partially converted by the microbiota into various compounds that can be more or less absorbed. Overall, many effectors are involved in the digestion process, mainly proteases and transporters that ensure an absorption rate of around 90% of amino acids ingested in the form of protein. Nevertheless, dietary protein are more or less digestible depending on their type, their structure being the main factor. Other determinants that are related to the food matrix influence protein digestibility, due the presence of other compounds that impair proteolysis efficiency or due to technological treatments. Intrinsic factors related to individuals may also influence digestibility but they are not clearly identified.&lt;/d","PeriodicalId":35047,"journal":{"name":"Medecine des Maladies Metaboliques","volume":"18 8","pages":"Pages 648-655"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2024-10-22","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"142697271","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
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Comment identifier une protéine ? L’analyse protéomique par spectrométrie de masse 如何识别蛋白质?质谱法蛋白质组分析
Q4 Medicine Pub Date : 2024-10-18 DOI: 10.1016/j.mmm.2024.10.002
Marjorie Leduc , Fabrizio Andreelli , Emilie-Fleur Gautier
Aujourd’hui, l’analyse protéomique est dominée par l’analyse dite bottom-up. Elle se base sur la digestion trypsique de protéines en peptides suivie d’une séparation en chromatographie phase (LC) inverse et d’une analyse au spectromètre de masse (MS). La MS1 permet de mesurer la masse des peptides tandis que la MS2 ou MSMS permet de mesurer la masse des fragments peptidiques. Il existe 2 grands modes d’acquisition en MS2 : le Data Dependent Acquisition (DDA) et le Data Independent Acquisition (DIA). La comparaison de ces masses mesurées aux masses théorique issues d’une digestion in silico d’une banque de séquences fasta pour le DDA, ou bien d’une banque de donnée spectrale en DIA, permet d’identifiées les protéines. Enfin, 2 grandes méthodes de quantification sont utilisées à l’heure actuelle : les méthodes de marquage isobarique et les méthodes label-free. La première est basée sur l’intensité d’ion rapporteurs fixés aux peptides, tandis que la seconde est basée sur l’intensité des peptides eux-mêmes.
Currently, proteomic analysis is dominated by bottom-up analysis. It is based on tryptic digestion of proteins to peptides followed by reverse-phase chromatography (LC) and mass spectrometry analysis (MS). MS1 allows measurement of peptides masse while MS2 or MSMS allows measurement of peptides’ fragments masse. There are 2 major acquisition modes in MS2: Data Dependent Acquisition (DDA) and Data Independent Acquisition (DIA). Comparison of these measured masses to theorical masses obtained by in silico digestion of a fasta database for DDA, or to those from spectral database for DIA, allows to identify proteins. Finally, currently, there are 2 major quantification methods: isobaric tag methods and label-free methods. The first one is based on the intensity of reporter ions attached to peptides, while the second one is based on peptides intensities themselves.
如今,蛋白质组分析主要采用所谓的自下而上分析法。这种方法的基础是将蛋白质胰蛋白酶消化成肽,然后进行反相(LC)色谱分离和质谱(MS)分析。MS1 测量肽的质量,而 MS2 或 MSMS 则测量肽片段的质量。MS2 主要有两种采集模式:数据依赖采集(DDA)和数据独立采集(DIA)。在 DDA 模式下,测量到的质量与 fasta 序列库中的理论质量进行比较;在 DIA 模式下,测量到的质量与光谱数据库中的理论质量进行比较,以确定蛋白质。最后,目前主要使用两种定量方法:等压标记法和免标记法。目前,蛋白质组分析主要采用自下而上的分析方法。它基于将蛋白质胰蛋白酶消化成肽,然后进行反相色谱(LC)和质谱分析(MS)。MS1 可对肽段进行整体测量,而 MS2 或 MSMS 则可对肽段碎片进行整体测量。MS2 有两种主要采集模式:数据依赖采集(DDA)和数据独立采集(DIA)。在 DDA 模式下,将测量到的质量与通过对 fasta 数据库进行硅消化而获得的理论质量进行比较;在 DIA 模式下,将测量到的质量与光谱数据库中的质量进行比较,从而识别蛋白质。最后,目前有两种主要的定量方法:等位标记法和免标记法。前者基于肽上附着的报告离子的强度,后者则基于肽本身的强度。
{"title":"Comment identifier une protéine ? L’analyse protéomique par spectrométrie de masse","authors":"Marjorie Leduc ,&nbsp;Fabrizio Andreelli ,&nbsp;Emilie-Fleur Gautier","doi":"10.1016/j.mmm.2024.10.002","DOIUrl":"10.1016/j.mmm.2024.10.002","url":null,"abstract":"<div><div>Aujourd’hui, l’analyse protéomique est dominée par l’analyse dite <em>bottom-up</em>. Elle se base sur la digestion trypsique de protéines en peptides suivie d’une séparation en chromatographie phase (LC) inverse et d’une analyse au spectromètre de masse (MS). La MS1 permet de mesurer la masse des peptides tandis que la MS2 ou MSMS permet de mesurer la masse des fragments peptidiques. Il existe 2 grands modes d’acquisition en MS2 : le <em>Data Dependent Acquisition</em> (DDA) et le <em>Data Independent Acquisition</em> (DIA). La comparaison de ces masses mesurées aux masses théorique issues d’une digestion in silico d’une banque de séquences fasta pour le DDA, ou bien d’une banque de donnée spectrale en DIA, permet d’identifiées les protéines. Enfin, 2 grandes méthodes de quantification sont utilisées à l’heure actuelle : les méthodes de marquage isobarique et les méthodes label-free. La première est basée sur l’intensité d’ion rapporteurs fixés aux peptides, tandis que la seconde est basée sur l’intensité des peptides eux-mêmes.</div></div><div><div>Currently, proteomic analysis is dominated by bottom-up analysis. It is based on tryptic digestion of proteins to peptides followed by reverse-phase chromatography (LC) and mass spectrometry analysis (MS). MS1 allows measurement of peptides masse while MS2 or MSMS allows measurement of peptides’ fragments masse. There are 2 major acquisition modes in MS2: Data Dependent Acquisition (DDA) and Data Independent Acquisition (DIA). Comparison of these measured masses to theorical masses obtained by in silico digestion of a fasta database for DDA, or to those from spectral database for DIA, allows to identify proteins. Finally, currently, there are 2 major quantification methods: isobaric tag methods and label-free methods. The first one is based on the intensity of reporter ions attached to peptides, while the second one is based on peptides intensities themselves.</div></div>","PeriodicalId":35047,"journal":{"name":"Medecine des Maladies Metaboliques","volume":"18 8","pages":"Pages 680-687"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2024-10-18","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"142697340","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
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Medecine des Maladies Metaboliques
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